lagundamisele.) 39. Selgita lühidalt mRNA polüadenüleerimise tähtsust eukarüoodi rakus. a. Polü A-saba lisamine: kaitseb, lokalisatsioon. 40. Seleta lühidalt attenuatsiooni mehanismi põhimõtet. Kasuta oma selgituses jooniseid. a. trp operoni regulatsiooni järjestuse trpL vahendusel. Attenuatsioon kontrollib 41. transkriptsiooni terminatsiooni mehhanismi operoni liiderjärjestustel. 42. Mis on genoom, proteoom, trankriptoom, reguloom? a. Genoom kogu organismi poolt kantav geneetiline informatsioon. b. Proteoom organismis sisalduvate valkude kogum (muutub pidevalt erinevalt genoomist). c. Transkriptoom rakkude poolt toodetud mRNA hulk. d. Reguloom rakus olevate regulatsioonikomponentide hulk (geenid, mRNA..). 43. Loetle kõik tuumakeses sünteesitavad RNA tüübid. Missugused ensüümid neid RNAsid transkribeerivad? a. rRNA PolI 44
Tsütoplasmaatiline RanGAP stimuleerib Rani GTPd hüdrolüüsima. Shuttle'vad hnRNP valgud dissotseeruvad retseptorvalkudelt (leutsiin-rikaste NESide puhul eksportiinilt) ning nad transporditakse tagasi tuuma. mRNA seondub nüüd tsütosoolis asuvate mRNP valkudega, nende hulgas polü(A)ga-seonduva valgu PABPga, mis interakteerub mRNA 3' otsaga. 55. Genoom on ühes liigiomases kromosoomikomplektis (haploidne kromosoomistik) sisalduv geneetiline materjal. Kõikide geenide kogum. Proteoom organismis sisalduvate valkude kogum, kodeeritud raku, koe, organismi genoomi poolt. Erinevalt genoomist: proteoom on erinev organismi erinevates rakkudes; proteoom muutub pidevalt Transkriptoom kõigi mRNA molekulide või "transkriptide" kogum, mis on toodetud ühes rakus või terves populatsioonis rakkudes. Reguloom geenide kogum, mida reguleeritakse sama regulaatorproteiini poolt. See mõiste
ensüümikombinatsioone, mis produtseerivad erinevaid ioone näit. amidaasid, dekarboksülaasid, esteraasid, fosfataasid ja nukleaasid. *** Optiliste biosensorite hulka kuuluvad ka mitmesugused ühekordse kasutamisega testribad. Näiteks glükoosi hulga mõõtmiseks veres ja ka uriini analüüsideks. Esimesel juhul on testribale immobiliseeritud ensüümid: glükoosi oksüdaas ja mädarõika peroksidaas koos kromogeeniga (värvust muutva ainega). 10. Bioinformaatika. Proteoom; proteiinide andmepank (Protein Data Pank) Bioinformaatika on suhteliselt uus interdistsiplinaarne teadussuund, mida võib määratleda kui ühenduslüli bioloogia ja arvutiteaduste vahel. Selle alaga tegelevad inimesed omavad enamasti kas bioloogia või arvutialast baas-haridust. Teist ala nad õpivad tavaliselt lahendades konkreetseid ülesandeid ja kasutades teise valda jäävaid töövahendeid. Mõiste "bioinformaatika" ei ole hästi defineeritud. Sellega seondub
Transport ise aga on ühesuunaline. Transpordi suund on import(eksport)kompleksi kiire dissotsiatsiooni tagajärg pärast seda, kui ta on tuumaplasmasse jõudnud. Selle tulemusena moodustub importkargokompleksi grandient läbi NPC: see on suhteliselt kõrgem tsütoplasmas, kus kompleks moodustub, ja suhteliselt madalam tuumas, kus ta dissotseerub. Antud kontsentratsioonigradient on see, mis teeb tuumaimpordi ühesuunaliseks protsessiks. 55. Mis on genoom? proteoom? transkriptoom? reguloom? Genoom on ühes liigiomases kromosoomikompleksis sisalduv geneetiline materjal. Proteoom on kõik valgud, mis on genoomi, raku, koe või organismi poolt ekspresseeritud (antud ajahetkel ja tingimustes). Transkriptoom on kõigi RNA molekulide kogum produtseeritud ühes rakus või rakuhulgas. Terminit võib laiendada ka kogu organismi RNAde kogumile. Reguloom on kõigi regulaarsete komponentide kogum rakus. (Need komponendid võivad olla geenid, mRNAd,
Et saada kindla järjestusega peptiidi, tuleb tuleb kaitsta esimese aminohappe aminorühm ja teise (s.o liidetava) aminohappe karboksüülrühm. Karboksüülrühm kaitstakse tavaliselt metüleerimisel, aminorühma kaitsmisel kasutatakse Boc või Fmoc rühma. 5. Proteoomika, definitsioon. Proteoomika on uurimus kõigist genoomi poolt kodeeritud valkudest, nende dünaamikast kindlalt defineeritud tingimustel. (Proteoom kindlal ajahetkel ekspresseerunud valkude kogum. IV NUKLEIINHAPPED 1. Nukleotiid, nukleosiid, deoksüriboos (valemid). Nukleotiid = nukleosiidfosfaat = lämmastikalus + suhkur + 1-3 fosforüülrühma. Enamik vabu nukleotiide on ribonukleotiidid, millele fosforüülrühm riboosi 5'-asendis. Nukleotiidid on polüprootsed happed. Fosforüülrühma esimene
Peptiidide keemiline süntees – aminohapped liidetakse ükshaaval; et tagada liitumine soovitud järjekorras, kaitstakse ühe karboksüülrühm ja teise aminorühm reaktsiooni ajaks, hiljem kaitsvad rühmad eemaldatakse 5. Proteoomika, definitsioon Proteoomika on uurimus kõigist genoomi poolt kodeeritud valkudest, nende dünaamikast kindlalt defineeritud tingimustel. (Genoomist tulenev info ei kirjelda bioloogilisi süsteeme piisavalt.) Proteoom – kindlal ajahetkel ekspresseerunud valkude kogum. Proteoomika rakendused • Tevetete ja patoloogiliste kudede võrdlus • diagnostiliste markerite identifitseerimine • märklaudvalkude identifitseerimine • patoloogilistes protsessides esinevate radade uurimine • Ravimitega töödeldud ja kontrollkudede võrdlemine • Biokeemiliste radade uurimine • Farmakoloogiliste mehanismide selgitamine • Toksikoloogia, kõrvaleffektide leidmine
Mis on raku arengupuu ja kus selles asuvad terminaalselt diferentseerunud rakud? Diferentseerumine tähendab geenide valikulist ekspressiooni. Ühe organismi kõik rakud, vaatamata nende väga erinevale diferentseeritusele, omavad ühesugust genoomi (eranditeks on erütrotsüüdid, B-lümfotsüüdid). Rakkude diferentseerumise käigus muutub geenide ekspressiooni tase ja muster (ka splaising). Diferentseerunud rakud sisaldavad sama genoomi, nende proteoom aga on erinev. Seetõttu erinevad need rakud nii funktsionaalselt kui morfoloogiliselt jagunevatest, arenguliselt primitiivsematest rakkudest. Raku arengupuu:? ... Determineeritud tüvirakk -> päritolu-seoseline (commited) tüvirakk -> amplifitseeruvad rakud -> end cells. kolm esimest on progenitorid e. eellasrakud, mis jagunevad · Milleks kasutatakse kultuuris hoitavate rakkude diferentseerimist? Rakuteraapiaks
Antikeha geenide assambleerimine a. Kerge ahela lambdageenide assambleerimine kahest geenisegmendist b. Kerge ahela kapageenide assambleerimine kolmest geenisegmendist c. Raske ahela geenide assambleerimine neljast geenisegmendist d. Varieeruvad ühendamissaidid 2. Geneetiline kontroll 6. Transkriptoom transkriptoom (ingl. Transcriptome)- Genoomilt transkribeeritud kõikvõimalikud RNA-d. 7. Proteoom proteoom (ingl. Proteome)- Genoomi poolt kodeeritav täielik valkude kogum. 8. Epigenoomika epigenoomika (ingl. Epigenomics)- Genoomi tasandil toimuv keskkonnatoimelise muutlikkuse (metüülimine, heterokromatinisatsioon) uurimine. 9. Genoomika tüübid Funktsionaalne genoomika Võrdlev genoomika Arvutigenoomika Metagenoomika a. Struktuurne genoomika b. Personnaalne genoomika 10
jagunemisele? eluspüsimisele? diferentseerumisele? surmale? genoomile? Proto-Onkogeenid kodeerivad valke, mis reguleerivad raku kasvu ja diferentseerumist. Onkogeeniks muutudes hakkab rakk rohkem paljunema, vältima surma ja diferentseerumist, raku genoom võib hakata suure kiirusega muteeruma. 50 48. Mis on genoom? proteoom? transkriptoom? reguloom? tselloom (cellome)? metaboloom? interaktoom? metüloom? morfoom? nukleoom? operoom? ORFeoom? translatoom? transportoom? unknome? Selle küsimuse vastuse leiad http://www.geocities.com/pribond/bioinfo/glossary/omes.htm Genoom on ühes liigiomases kromosoomikomplektis (haploidne kromosoomistik) sisalduv geneetiline materjal. Proteoom on organismis sisalduvate valkude kogum, mis on erinev organismi erinevates rakkudes ja muutub pidevalt
kvalitatiivne koosseis ja suhteline arv mingi liigi populatsioonides. Genoom - koikide geenide kogum. 9. Mis on feen, fenotüüp, fenofond, proteonoom? Feen - elementaarne, diskreetne, geneetiliselt tingitud tunnus kindla organismi fenotuüübis. Fenotüüp - kindla organismi ehituse ja elutegevuse eripärad, mis on tingitud tema genotüübi ja keskkonna faktorite vastastikuse toimega. Fenofond - elementaarsete tunnuste kvalitatiivne koosseis ja suhteline arv mingi liigi populatsioonides. Proteoom - valkude kogum. 10. Mis on alleelid ja kuidas nad tekivad? Mis on lookus? Alleelid - uhe ja sama geeni erinevad seisundid, mis asetsevad homoloogiliste kromosoomide identsetes piirkondades. Koosnevad nukleiinhappest. Alleelid tekivad üksteisest geenmutatsioonide tagajärjel. Paaris olevad alleelid lahknevad ühekaupa sugurakkudesse. Lookus - koht kromosoomis, kus asub geen voi geenid. 11. DNA srmejäljed, PCR reaktsioon. Geeniteraapia.
tuumorsupressori geenides mõjutavad raku jagunemist? Hakkavad vohama eluspüsimist? Surematud diferentseerumist? Väheneb surma? Ei sure. 22. Aneuploidia (kromosoomide vale kordsus) kui vähi tekke üks võimalikke mehanisme - kutsub esile väga paljude geenide doosi muutuse, nii võib proto-onkogeene juurde tulla või tuumorsupressorite arv väheneda. 23. Mis on genoom? Ühes liigiomases kromosoomikomplektis (haploidne kromosoomistik) sisalduv geneetiline materjal proteoom? Organismis sisalduvate valkude kogum transkriptoom? Raku poolt toodetava RNA kogum reguloom? Rakus olevate regulatsioonikomponentide hulk (geenid, mRNA) tselloom (cellome)? Kõik molekulid ja nende interaktsioonid rakus metaboloom? Ainevahetusprotsessi ehk metabolismi väikesemolekuliliste vahe- või lõppsaaduste metaboliitide - kogum interaktoom? Makromolekulaarsete interaktsioonide kogum metüloom? DNA metüleerimiste kogum rakus morfoom
· identifitseerimine DNA (genoomi) alusel · PCR, multiplex-PCR -SeptiFast -M.tuberculosis GeneXpert, MRSA GeneXpert · sekveneerimine · hübridiseerimine -Prove-It -DNA/PNA FISH (in situ hübridiseerimine) -DNA Micro Array (DNA mikrokiip) "Kaasaegsed" füüsikalis-keemilised meetodid · identifitseerimine valgulise koostise (proteoomi) alusel · bakterile on iseloomulik konkreetne valkude kogum-proteoom · proteoomid on liigispetsiifilised · identifitseerides proteoomi võib identifitseerida mikroorganismi
annaabi.ee 
