5'otsa lahtilõikamine,lõigatakse lahti ka introni 3' ots, ensüüm ligaaside abil eksonite alad ühendatakse, vaba nitron lagundatakse tuumas splaisosoomide; . 3. Polüadenüleerimissaidi (polyA- saba) lisamist pre-MRNA 3'otsa, lisatakse pärast transkriptsiooni 50-250 adeniini. Kuna eukarüootidel pole väga kindlat struktuuri, siis kulgeb tranripstioon sageli üle kodeeritava ala. Liigne ala eemaldatakse RNA endonukleaasi poolt ja tekkinud 3'-OH rühmitusele lisatakse polü(A)- polümeraasi poolt polü(A) - saba 9. Iseloomusta üldiselt eukarüootset translatsiooni? Põhimõtteliselt on protsess sarnane pro- ja eukarüootidel, kuid eukarüootide translatsioonil osaleb rohkem valke. Üldiseloomustus: Vajab väga paljude valkude koostoimet, sh ka palju lahustuvaid valke. 3-5 liiki RNA molekule (mrna, trna, rrna). Osaleb vähemalt 20 aminohappeid aktiveerivat ensüümi. Osaleb 40-60 trna molekuli.
(tandeemsed kordused) või ka hajusalt laiali (hajuskordused ehk polündroomsed kordused). Palindroomsed - geneetilised laused, kus teatud sümmeetriateljest paremale ja vasakule lugedes on järjestus sama. 93. Restriktaasid. Ekso- ja endonukleaasid. Nukleaasid - ensüümid, mis degradeerivad nukleiinhapet, lõhkudes fosfodiestersidemeid. Restriktaasid - rõngasmolekulist lineaarse vormi tagasi moodustumine alusspetsiifilise endonukleaasi toimel. Eksonukleaasid- eemaldavad nukleotiide DNA ahela otsast (lagundavad nukleiinhappe ahelat kas 5' või 3' otsast (5'eksonukleaasid ja 3'eksonukleaasid) Endonukleaasid- atakeerivad ja võtavad ära nukleotiide DNA ahela seest. 94. DNA polümeraas I omadused. Kornbergi polümeraas. 1) sünteesisuund 5'-3' (info loetakse matriitsahelast suunaga 3'-5') 2) 5'-3' eksonukleaasne aktiivsus. On reparatsiooniline polümeraas, kuna selle abil parandatakse ja
Kapsiid on ca 40 nm paksune ja sellest ulatuvad välja pikad niitjad jätked ja kapsiidi all paikneb kaks kahekihilist membraani. Mimiviirus kodeerib: 1.Vähemalt kümmet valgusünteesil osalevat valku sh. nelja aminoatsüül-tRNA süntetaasi, translatsiooni initsiatsioonifaktoreid 4E (cap-siduv faktor) ja IF-4A (helikaas); translatsiooni faktor eF-TU (GTP-d siduv faktor) 2. DNA reparatsiooni valke sh. kahte ensüümi, mis kõrvaldavad DNA-st oksüdeeritud puriin- jääke ja UV-damage endonukleaasi (UvdE) 3. Chaperone: kahte HSP70 perekonna chaperoni ja kolme DnaJ domeeni sisaldavat valku (sellised valgud seonduvad sageli HSP70 perekonna valkudega). 4. Viirustele uute ensümaatiliste radade valke, muu hulgas - glutamiini metabolismi ensüüme (vähemalt viite erinevat) - kuute glükosüültransferaasi. Esilagsed andmed näitavad, et need ensüümid osalevad viiruse valkude glükosüleerimisel
294. Mikrokiibid: diagnostiline meetod, kus ränikihiga klaasile on korrapäraselt üliväikestesse sektoritesse seotud tuhendeid in vitro sünteesitud lühikesi diagnostilisi geeniproove, mis hübriiduvad vaid DNA täieliku homoloogsuse korral, saab uurida genoomi saite 295. Inteinid: Inteinid on iseseisvalt DNA-fragmendilt sünteesitud valgud, mis transleeritakse koos peremeesgeeni valguga, eellasvalgus toimub inteini koosseisus oleva endonukleaasi toimel valgu autokatalüütiline splaissing, moodustuvad peremeesvalk ja intein. X 296. Vaimsed võimed: IQ alla 20 pole võimelised rääkima, 35 tugev vaimne alaareng, 45 mõõdukas vaimne alareng, alla 70 low, üle 115 high, üle 145 exeptionally gifted, 160+ genius; põhjused- geenid (lugemis-, kirjutamis-, kõnevõime, dementsus), keskkond (teadmata geenide avaldumine) 297. Vaimne iga (individuaalsed testid Binet-simeon'i intelligentsustest 1904 koolilastele- eraldada rumalad targematest,
rhizogenes´i suur rõngasplasmiid, mis põhjustab taimedel kalluskasvajate (haiguste) induktsiooni ning mis on tähtsaks vektoriks geenide ülekandel (eriti kahekojalistesse) taimedesse. Plasmiidse DNA Agrobacterium’i vahendatud ülekanne vigastatud taime. Ti-plasmiidi kandev Agrobacterium meelitatakse atsetosüringooni abil (toodetakse vigastatud taime poolt) vigastuskohta. Endonukleaasi toimel lõigatakse Ti-plasmiidist välja üksikahelaline T-DNA, seotakse kaitsvate valkudega ja transporditakse taimerakku konjugatsioonisarnasel meetodil. T-DNA siseneb taimeraku tuuma, kus ta integreerub taime kromosoomse DNA-ga. 9. Transgeensete loomade saamisviisid A. Rekombinantse DNA mikrosüstimine pronukleuse lähedusse. B. Somaatiliste rakkude reprogrammeeritud tuumade transplantatsioon tuumata munarakku. C
sisaldavad, viirusega nakatunud rakud, autoreaktiivsed lümfotsüüdid jne) Iseloomustage apoptoosi etappe 1. Spetsiifiliste proteaaside – kaspaaside aktiveerumine. Peptiidsidemeteb lagundamine nende poolt. Kaspaase on palju, kõigepealt aktiveerub prokaspaas, mis osalise proteolüüsi teel aktiveerib järgmise prokaspaasi jne. Akiveerib kaspaaside kaskaad. 2. Kromatiini kondenseerumine 3. DNA fragmentatsioon – kaspaaside toimel lagundatakse endonukleaasi inaktiveeriv valk ja aktiveerub endonukleaas, mis hüdrolüüsib sidemed nukleosoomide vahel. Tuumamembraan (lamiinid) laguneb. 4. Valkude fragmenteerumine kaspaaside aktiveerumise tõttu. 5. Rakumembraanis toimuvad muutused, mis märgistavad apoptootilise raku fagotsüütidele. 6. Tsütoplasma fragmenteerub – rakk jaguneb väikesteks vesiikuliteks nn apoptoosi kehakesteks. 7. Vesiikulid endotsüteeritakse fagotsüütide poolt.
nakatunud rakud, autoreaktiivsed lümfotsüüdid jne) 10. Iseloomustage apoptoosi etappe · Spetsiifiliste proteaaside kaspaaside aktiveerumine. Peptiidsidemete lagundamine nende poolt. Kaspaase on palju, kõigepealt aktiveerub prokaspaas, mis osalise proteolüüsi teel aktiveerib järgmise prokaspaasi jne. Akiveerib kaspaaside kaskaad. · Kromatiini kondenseerumine · DNA fragmentatsioon kaspaaside toimel lagundatakse endonukleaasi inaktiveeriv valk ja aktiveerub endonukleaas, mis hüdrolüüsib sidemed nukleosoomide vahel. Tuumamembraan (lamiinid) laguneb. · Valkude fragmenteerumine kaspaaside aktiveerumise tõttu. · Rakumembraanis toimuvad muutused, mis märgistavad apoptootilise raku fagotsüütidele. 18
ka ristsiirde toimumist. Need katsed näitavad, et ristsiire toimub 4 kromatiidi staadiumis meioosi I profaasis. Ristsiirde molekulaarne mehhanism (Robin Holliday, 1960s): Homoloogsed kromosoomid konjugeeruvad. DNA üksikahel laguneb ja seostub teise kromosoomi ahelaga (igas kromosoomis on alati vaid üks DNA molekul) moodustades nn. Holliday kompleksi. Kromosoomide terminaalsed osad tõmmatakse eemale ja moodustub ristikujuline struktuur. See töödeldakse endonukleaasi poolt, mis muudab risti uuest lineaarseks. DNA täidab lõhed. Füüsiline lookuste vahetus kromosoomi otstes peaks toimuma 50% sagedusega, ühes tasapinnas jäävad vanemkromatiidid, teises tasapinnas rekombinantsed. Geneetiline kromosoomide kaart: Geneetiliste rekombinatsioonid sagedus (%) näitab aheldatuse ulatust. Geneetilised kaardid koostatakse lähtuvalt rekombineerumise eksperimentidest. Ristsiire toimb seda sagedamini, mida kaugemal lookused üksteisest paiknevad. Oodatav
ning tõuseb SOS vastuse käigus, kus DNA on kahjustatud. DNA "mismatch" reparatsioon MMR DNA "mismatch" reparatsioon MMR korrigeerib DNA replikatsioonijärgset järjestust, kõrvaldades valestipaardunud nukleotiide sellest DNA ahelast, mida pole jõutud veel metüleerida. MutS seondub otseselt mittepaarduva alaga, seejärel liitub MutL. MutS-MutL-DNA kompleks translokeerub hemimetüleeritud GATC saidiga seondunud endonukleaasi MutH juurde, stimuleerides MutH endonukleaasset aktiivsust. MutH lõikab fosfodiestersidet ajutiselt metüleerimata DNA ahelast. MutH poolne lõige võib toimuda kahjustusest kas 5´ või 3´ suunas. Seejärel toimub valestipaardunud nukleotiidi sisaldava regiooni kõrvaldamine eksonukleaaside toimel. DNA ahelate lahtikeeramisel osaleb helikaas UvrD. ssDNA-le sünteesib komplementaarse DNA ahela DNA polümeraas III kompleks.
Bakterirakus toimub DNA metülatsioon GATC saitidest Dam- metülaasi toimel. Vahetult peale DNA replikatsiooni on uus DNA ahel veel metüleerimata. DNA "mismatch" reparatsioon MMR korrigeerib DNA järjestust replikatsioonijärgselt, kõrvaldades valestipaardunud nukleotiide sellest DNA ahelast, mida pole jõutud veel metüleerida. MutS seondub otseselt DNA kaksikahela mittepaarduva alaga, seejärel liitub MutL. MutS-MutL-DNA kompleks translokeerub hemimetüleeritud GATC saidiga seondunud endonukleaasi MutH juurde, stimuleerides MutH endonukleaasset aktiivsust. MutH lõikab fosfodiestersidet ajutiselt metüleerimata DNA ahelast. MutH poolne lõige võib toimuda kahjustusest kas 5´- või 3´-suunas, mis võib olla kahjustatud kohast kuni 1000 nt kaugusel. Seejärel toimub valestipaardunud nukleotiidi sisaldava regiooni kõrvaldamine eksonukleaaside toimel. DNA ahelate lahtikeeramisel osaleb helikaas UvrD. ssDNA-le sünteesib komplementaarse DNA ahela DNA polümeraas III kompleks
Bakterirakus toimub DNA metülatsioon GATC saitidest Dam- metülaasi toimel. Vahetult peale DNA replikatsiooni on uus DNA ahel veel metüleerimata. DNA "mismatch" reparatsioon MMR korrigeerib DNA järjestust replikatsioonijärgselt, kõrvaldades valestipaardunud nukleotiide sellest DNA ahelast, mida pole jõutud veel metüleerida. MutS seondub otseselt DNA kaksikahela mittepaarduva alaga, seejärel liitub MutL. MutS-MutL-DNA kompleks translokeerub hemimetüleeritud GATC saidiga seondunud endonukleaasi MutH juurde, stimuleerides MutH endonukleaasset aktiivsust. MutH lõikab fosfodiestersidet ajutiselt metüleerimata DNA ahelast. MutH poolne lõige võib toimuda kahjustusest kas 5´- või 3´-suunas, mis võib olla kahjustatud kohast kuni 1000 nt kaugusel. Seejärel toimub valestipaardunud nukleotiidi sisaldava regiooni kõrvaldamine eksonukleaaside toimel. DNA ahelate lahtikeeramisel osaleb helikaas UvrD. ssDNA-le sünteesib komplementaarse DNA ahela DNA polümeraas III kompleks
IFN-alfa/beeta produktsioon aktiveerib viirusvastaseid mehhanisme kõrvalolevates rakkudes. Interferoonid aktiveerivad hulk geene, millest 2 on viirusvastase aktiivsusega: Geen, mis kodeerib proteiini kinaasi, mis inhibeerib eIF-2 fosforüülimist. See eIF-2 on valgu translatsiooni initsiatsiooni faktor, st selle mehhanismiga pärsitakse valgutranslatsiooni; Geen, mis kodeerib 2’,5’-oligoadenülaadi süntetaasi, mis aktiveerib latentset endonukleaasi, mis omakorda degradeerib RNA-d. IFN-gamma ja IFN-alfa/beeta stimuleerivad MHC I ja II klassi molekulide suurenenud produktsiooni ning mõlemad need interferoonid on võimelised aktiveerima makrofaaage ja NK rakke. IFN-gamma’l ei ole mitte ainult viirusinfektsioonide vastase immuunsuse roll, tal on ka hulk teisi funktsioone. Nimelt, Indutseerib (koos TNF-alfa ja IL-1ga) põletikuregioonides mõningaid endoteeli adhesioonimolekule,
mahareguleeritud ning tõuseb SOS vastuse käigus, kus DNA on kahjustatud. DNA "mismatch" reparatsioon MMR DNA "mismatch" reparatsioon MMR korrigeerib DNA replikatsioonijärgset järjestust, kõrvaldades valestipaardunud nukleotiide sellest DNA ahelast, mida pole jõutud veel metüleerida. MutS seondub otseselt mittepaarduva alaga, seejärel liitub MutL. MutS-MutL-DNA kompleks translokeerub hemimetüleeritud GATC saidiga seondunud endonukleaasi MutH juurde, stimuleerides MutH endonukleaasset aktiivsust. MutH lõikab fosfodiestersidet ajutiselt metüleerimata DNA ahelast. MutH poolne lõige võib toimuda kahjustusest kas 5´ või 3´ suunas. Seejärel toimub valestipaardunud nukleotiidi sisaldava regiooni kõrvaldamine eksonukleaaside toimel. DNA ahelate lahtikeeramisel osaleb helikaas UvrD. ssDNA-le sünteesib komplementaarse DNA ahela DNA polümeraas III kompleks.
12.1. Konjugatsiooni etapid Konjugatsiooni protsess jagatakse kahte etappi: 1. rakk-rakk interaktsiooni loomine ehk MPF (mating-pair formation) 1. sugupiili teke, mis on vajalik rakk-rakk kontakti tekkeks ning DNA ülekandumiseks (tüüp 4 sekretsioonisüsteem ehk T4SS type 4 secretion system) 2. DNA ülekanne 1. relaksosoomi teke, üheahelalise katke tekkimine oriT järjestuses ning DNA lahti-hargnemine. Selleks on vajalik konjugatsioonispetsiifilise endonukleaasi ehk relaksaasi ekspressioon (mõnel juhul eraldi helikaasi ekspressioon) 2. DNA-relaksosoomi kompleksi esitlemine T4SS-le T4CP (T4SS coupling proteiin) abil ning DNA ülekandmine retsipienti 3. DNA süntees ja ligeerimine 4. (piili lagunemine ning) rakkude lahknemine. 100 Rakk-rakk kontakti loomiseks peab doonorrakk olema võimeline moodustama sugupiili
annaabi.ee 
