Eukarüootsete organismide genoomiprojektid (pärmid, eelloomad, hulkraksed) Pärmid: *Esimesena sekveneeritud eukarüoot Saccharomyces cerevisiae -pagaripärm (1996 a., 14 Mb, 16 kromosoomi, lisaks plasmiidid ja dsRNA viirused). Umbes 6340 geeni, 7% kodeerib mittetransleeritud RNA-d. Valke kodeerivaid ORF-e 5773 (25% nendest iseloomustamata). Geenide pikkus ca. 1.5 kb. Geenide kaugus ca 2 kb. Genoom väga kompaktne. Kromosoomides funktsionaalsed elemendid ARS, TEL, CEN. 2002 a. Schizosaccharomyces pombekäärituspärm, genoom. 13.8 Mb. 4940 valke kodeerivat geeni e. 57% genoomist. Sarrnasem kõrgemate eukarüootidega kui S.cerevisiae. *Erinevused intronite arvus (S.cerevisiae275 e. 5%, S.pombe43%), transposonite arvus (S.cerevisiaearvukalt, S.pombevaid mõned) Protozoa: *Esimene sekveneeritud eukarüootne parasiit Plasmodium falsiparum2002 a. (samal aastal P.yoelii yoelii, näriliste parasiit). Genoomi suurus 23 Mb, 14 kromosoomi, umbes 5300 ...
Metazoa ph käsnad (Porifera) Eumetazoa Hk kõrveraksed (Cnidaria) kl hüdraloomad kl Karikloomad kl Täringmeduusid kl Õisloomad hk Ctenophora (kammloomad) Bilateralia Protostomia (algsuused) Lophotrochozoa hk Platyhelminthes (lameussid) kl Ripsussid kl imiussid kl ainupõlvsed kl Paelussid hk Gastrotricha (ripskõhtsed) hk Gnathostomulida (lõugsuud) hk Rotifera (keriloomad) hk Entoprocta (kummarloomad) kl kidakärssussid hk Ectoprocta (sammalloomad) hk Brachiopoda (käsijalgsed) hk Phoronida (pärgussid) hk Nemertea (kärssussid) hk Mollusca (limused) kl soomuslimused ...
Organismide mitmekesisuse 1. kontrolltöö küsimused protistide kohta kati 1-19 / hannela 20-36 / tormi 32-53 / hannes 50-75 / piret 75-100 / kontrollis alvar 1 Ränivetikate pantsri välimine pool on epitheeka. 2 Punavetikatel vibur puudub. 3 Punavetikad esinevad tüüpiliselt mere rannikualadel. 4 Krüptomonaadidele on iseloomulik nukleomorfi olemasolu. 5 Krüptomonaade on teada alla 300 liigi. 6 Stramenopiilide sünapomorf on kolmeosaliste karvakestega kaetud viburi olemasolu. 7 Stramenopiilide hulka kuuluvad muu hulgas ka pruunvetikad ja ränivetikad. 8 Fototroofsetele stramenopiilidele on iseloomulik klorofülli c esinemine. 9 Stramenopiilid on monofüleetiline rühm. 10 Fototroofsete stramenopiilide plastiidi katab neli membraani. 11 Fototroofsete stramenopiilide plastiidides on tülakoidid paigutunud pakitult lamellides. 12 Stramenopiilide rühmal puuduvad orgaanilisest ainest rakku katvad soomused 13 Krüsofüüdid on peamiselt levinud magevees....
1 ZOOLOOGIA EKSAM 2012 1 TAKSONOOMIA: Metazoa PH käsnad Porifera CL Klaaskäsnad hexactinellida CL päriskäsnad demospongiae CL lubikäsnad calcarea PH plaatloomad LEVIK: enamus merevees EHITUSE ERIPÄRAD: - kinnitunud vees olevatele objektidele - ebasümmeetrilised - pole välja kujunenud kudesid - 2 rakukihti: ekto- (keha kaitsvad rakud) ja entoderm (kaelusviburr.) - rakukihtide vahel mesoglöa (sültjas mass) (sugurakud) KLASSIDE VÕRDLUS klaaskäsnad päriskäsnad lubikäsnad -skelett ränidioksiidist -värvilised - kõige privitiivsem - vaasi/ karika kujuga - enamus käsnad - väikesed - süvamere loomad - pesukäsn - tagasihoidlike järvekäsn värvidega - veenusekorv MIKS LIHTS...
- osa elutsüklist pinnases · Ascaris lumbricoides solge · Enterobius vermicularis naaskelsaba · Trichurius trichiura piuglane · Trichinella spiralis keeritsuss · Strongyloides stercoralis ürgpihtlane Evolutsioonis eristatakse: 1. Protozoa üherakulised parasiidid suguta paljunemine e. skisogoonia · Giardia · Trichomonas 2. Sporozoa vahepealsed e. üleminekuvormid sporaadiliselt esineb ka suguline paljunemine · Plasmodium · Pneumocystis 3. Metazoa hulkrakulised parasiidid suguline paljunemine 2 · helmindid Fülogeneesist lähtudes jagatakse helmindid: 1. ürgsed parasiidid - parasiteerivad inimesel väga ammu - väga hästi kohanenud - suhteliselt nõrgad immonogeenid - harva kiiniliselt väljendunud haiguskulg - parasiidi suured mõõtmed - pikk eluiga 2. nn. noored parasiidid - parasiteerivad inimesel tunduvalt hiljem - tugevad immunogeenid - eluiga lühem, mõõtmed väiksemad
Trichurius trichiura – piuglane Trichinella spiralis – keeritsuss Strongyloides stercoralis – ürgpihtlane Evolutsioonis eristatakse: 1. Protozoa – üherakulised parasiidid suguta paljunemine e. skisogoonia Giardia Trichomonas 2. Sporozoa – vahepealsed e. üleminekuvormid sporaadiliselt esineb ka suguline paljunemine Plasmodium Pneumocystis 3. Metazoa – hulkrakulised parasiidid suguline paljunemine helmindid Fülogeneesist lähtudes jagatakse helmindid: 1. ürgsed parasiidid 2 Helmintiaasid 3 - parasiteerivad inimesel väga ammu - väga hästi kohanenud - suhteliselt nõrgad immonogeenid - harva kiiniliselt väljendunud haiguskulg - parasiidi suured mõõtmed - pikk eluiga 2. nn
tekkivat mutatsiooni, mis hakkab tasapisi levima populatsioonis. On kasulik meeles pidada, et mutatsiooni mõiste on sügavam, kui lihtsalt muudatus mingis kindlas geenilookuses - tüüpiliselt punktmutatsioon, mis asendab ühe nukleotiidi teisega. Kuivõrd enamus meie geenidest on vähemasti kahes eksemparis (kaks alleeli) ja paljud ka enamate alleelidena, on võimalik ka rekombineerumine. Siiski märgime, et paljalt koopiate olemasolu ei taga rekombineerumist: nii näiteks on metazoa mtDNA koopiate arv rakus väga suur - keskmiselt 1000 ja munarakus kogunisti vast 100 000, kuid nad ei rekombineeru (vähemasti valdavalt). Samuti ei rekombineeru näiteks suurem osa Y kromosoomist - siin on aga seletus lihtsam - ta on ühes koopias ja pole, millega rekombineeruda (v.a. väike osa, mis on homoloogne X kromosoomiga) Seega, kuigi ka rekombineerumine on mutatsioon, on ta sedavõrd
Genoomika kursuse kordamispunktid 1. Mis on ja mida uurib genoomika? Genoomika - teadus genoomide ehitusest. Genoomika uurib põhjusi, miks konkreetne DNA järjestus on evolutsioonis välja valitud (säilunud). Genoomika ülesandeks on mitte ainult teada konkreetse geeni ja selle produkti funktsiooni organismis, vaid ka kõikide geenide, nende produktide, funktsioonide ja regulatsiooni seoseid, mis viivad organismi tekkeni. GENes and chromosOMEs (kromosoomide täielik kogu koos neis sisalduvate geenidega). Genoomika on geneetika edasiarendus tegeledes: Genoomikaartide ja ülesehitusega, DNA sekveneerimisprobleemidega, Andmete säilitamise ja töötlemisega (bioinformaatika), Geenide identifitseerimisega, Funktsionaalse analüüsiga (funktsionaalne genoomika), Genoomide evolutsiooniga, Farmakogeneetiliste probleemidega jne. 3. Genoomika suundumused ja probleemid. Post-genoomika e. modulaarne bioloogia: Genoomide tasemel - Molek...
1.Eluslooduse süsteem Maal on kokku u 1,5miljonit liiki, neist loomad 1,3 miljonit (750 000 putukat ja 280 000 muud), prokarüoodid 4800 liiki, seened 69 000, taimed 250 000 ja protistid 57 700. Prokarüoodid: Planeedil Maa on korraga umbes 5*1030 bakterit. Üks inimese soolestikus elav bakter Escherichia coli suudab ühe ööga tekitada populatsiooni suurusega 10 miljonit bakterit. 1cm2 inimese nahal on 1000 – 10 000 bakterit. Eluvormid ja uurimisvaldkonnad: bakterid (sinivetikad e sinikud) – bakterioloogia vetikad (osa protiste) – algoloogia seened, sh samblikud(seen+vetikas) – mükoloogia ja lihenoloogia taimed – sammaltaimed – brüoloogia; sõnajalgtaimed, paljasseemnetaimed, katteseemnetaimed – botaanika Eluvorm on sarnase välimuse ja eluviisiga organismide rühm. Taimede uurimine: botaanika – teadus taimedest botaanika valdkonnad: taimemorfoloogia, taimeanatoomia, taimefüsioloogia, taimegeneetika, taimeembrüoloogia, taimeökoloogia, taime...
signaalirajad Taimede immuunsüsteemi elemente PAMPS- Pathogen-associated molecular pattern LRR- leucine-rich repeat (leutsiini rikaste kordustega retseptorid) R genes (resistentsuse geenid) RNA interference Lihtsamad keemilised mediaatorid ja signaalnolekulid (salitsüül hape,jasmon hape, etüleen.....) Immuunreaktsioonid taimedel miRNA ssRNA molekule mõnest tuhandest kuni 40,000 molekulini raku kohta Leitud kõigis metazoa liikides, 0.5-1% geenidest siRNA märklauaks on geenid, millest on ise pärit miRNA reguleerib erinevaid geene 100 erinevat mRNA molekuli võib olla reguleeritud ühe miRNA poolt 3. loeng Immuunsüsteemi rakud ja koed Primaarsed lümfoidsed organid – spetsiifilised immuunsussüsteemi organid – alates kõhrkaladest. Sekundaarsed lümfoidsed organid – seotud lümfotsüütide küpsemisega.
Kordamisküsimused MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA EKSAM 2011 KEEMILINE SIDE 1. Keemilise sideme tüübid (kovalentne, mitte-kovalentne vesinik-, ioon-, van der Waalsi ja hüdrofoobne side). Keemilise sideme omadused. Sideme energia, pikkus, küllastatavus, suund. 2. Miks vesi on hea lahusti (solvent)? Sest moodustuvad vesiniksidemed. 3. Termodünaamika II seadus. Isoleeritud süsteemis kulgevad kõik protsessid entroopia kasvu suunas. 4. Mis on kiraalsus ja kuidas seda kasutab loodus? Üks asümmeetriline aatom on kovalentselt seotud nelja erineva aatomi või rühmaga; enamik suhkruid on D isomeerid, aminohapped L isomeerid, ka ensüümid on kiraalsed. ravimitööstus? Sünteesitakse ravimühendte enantiomeere, mida ensüümid seoksid ning millel oleks vajalik toime. Tihti omab bioloogilist aktiivsust vaid üks isomeer ning ravimitööstuses kasutatakse seda bioloogiliselt aktiivsemate ainete saamiseks, looduses mitmekesisuse tõstmiseks....
ilmumist, oli lahustunud hapniku sisaldus merevees tõusnud küllalt kõrgele – ligikaudu 1/10 nüüdsest. See võimaldas aeroobselt hingavatel loomadel aktiivsemat elu. Ka suuremad (protistidega võrreldes) loomad said hakata kiiremini kulgema: nii edukalt jahti pidama kui põgenema. Võibolla oli ka mineraalse toese ehitamine nüüd füsioloogiliselt lihtsam. Muutus ju pikapeale ka mitmesuguste mineraalainete sisaldus ookeanis. 89. Hulkraksed loomad ( Metazoa ): kas monovõi polüfüleetiline rühm? monofüleetiline rühm 90. Loomade kolm põhilist sümmeetriatüüpi (ühtlasi arengutaset). Asümmeetrilised loomad, kel polegi veel selgeid sümmeetriatelgi. Koosnevad kahest rakkudekihist. Hulkraksete kõige algelisem vorm – aga ka mõned parasiidid võivad olla teiseselt lihtsustunud, algse sümmeetria kaotanud (Käsnad, naastloomad) Kiirjad ehk radiaalsümmeetrilised. (Ainuõõssed, kammloomad) Kahekülgselt ehk bilateraalselt sümmeetrilised
Bioinformaatika 5 Andmebaasid (KEGG, NCBI, RCSB), järjestuste (SMS, BioEdit) ja struktuuride (SPdbV) analüüs 1. KEGG-i kasutamine (http://www.genome.jp/ a. Leida liikide Escherichia coli K12 MG1655, Drosophila melanogaster ja Homo sapiens glükolüüsi rajad ning ensüümid aldolaas ja püruvaatkinaas. Escherichia coli glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=eco&mapno=00010 Drosophila glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=dme&mapno=00010 Homo sapiens glükolüüsi rada: http://www.kegg.com/dbget-bin/get_pathway?org_name=hsa&mapno=00010 aldodaas: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+4.1.2.13 püruvaatkinees: http://www.kegg.com/dbget-bin/www_bget?enzyme+2.7.1.40 b. Leida vastavad geenid KEGG-i entry numbrid, geeni nimed, nukleotiidsed järjestused ning asukohad geenikaardil. Aldolaas : Escherichia coli K12 MG165...
Ökoloogia õppematerjal Mõisted Ökoloogia: Teadus, mis uurib organismide ja keskkonna vahelisi suhteid. Biosfäär: globaalne kõigi ökosüsteemide kogum, Maa elusosa – suletud ja isereguleeruv süsteem. Ökosüsteem: Biosfääri elementaarosa, milles üks biotsönoos (eluskooslus) koos sellele omase biotoobiga (elu- või kasvupaigaga) moodustab mingil piiritletaval alal aineringe kaudu reguleeruva süsteemi. Bioom: struktuuri ja funktsiooni poolest sarnaste ökosüsteemide kogumid Maal. Maismaa põhibioome 5, veebioome 2. Biotsönoos (kooslus): Mingit elu- või kasvupaika asustavate populatsioonide kogum. Floora (taimestik): mingil alal kasvavate taimede kogum, mis on kujunenud ajalooliselt või esinenud mingil paleontoloogilisel ajajärgul. Fauna (loomastik): mingil alal kasvavate loomade kogum, mis on kujunenud ajalooliselt või esinenud mingil paleontoloogilisel ajajärgul. Biodiversiteet (elurikkus): mingi ökosüsteemi taks...
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
