Hemaglutiniini primaar ja sekundaarstruktuur Terstiaarstruktuur Valgu tertsiaarstruktuur kirjeldab, kuidas paiknevad ruumiliselt polümeeri erinevad osad (heeliksid ja voldikud). Interaktsioonid, mis stabiliseerivad valkude kõrgemad struktuurid Vesiniksidemed polaarne interaktsioon, kus elektropositiivne H on jagatud kahe elektronegatiivse aatomi vahel (0,30nm) Ioonsidemed elektrostaatilised interaktsioon erilaenguliste aatomite vahel (0,25nm) Van der Waals interaktsioonid kahe kõrvutipaikneva aatomi elektronpilve fluktuatsioonidest tulenev jõud (0,35nm) Hüdrofoobne interaktsioon kahe hüdrofoobse kõrvalahela vahel Disulfiidsidemed kovalentsed sidemed Cys vahel Hemaglutiniini tertsiaar ja kvaternaarstruktuur Sekundaaarstruktuurid kombineeruvad sageli regulaaarseteks kombinatsioonideks- struktuurimotiivid'
- - Tsüklite liitmine (benseeni asemel naftaleen). - VB parem sidumine ja suurem selektiivsus. Adrenaliini retseptorile selektiivne, benseeni asemel naftaleeniga molekul, pronetalool. Selektiive β-retseptorile kuna: α-retseptor liiga väike naftaleeni jaoks, β-retseptoril suurem van der Waalsi sidumisala kui α-retseptoril. - - - Asendajate varieerimine - OH ja Ph-OH - vesiniksidemed - Benseeniring - van der Waals - = - van der Waals, väiksemamõõtmeline kui aromaatne ring. - RCOR ja RCOH - vesiniksidemed, karbonüüli hapnik on H-aktseptor - NH2 - vesiniksideme aktseptor H, doonor N. Tertsiaarse amiini ioniseerumine - RCONH2 - amiidid, vesinikside, peptiidsideme analoogia, amiini analoog. - NR4+ soolad - ioniseerunud sideme teke karboksülaatgrupi või indutseeritud dipoolinteraktsioon kvat
Toimub kovalentsete sidemetega. · Sidemed saavad katkeda ka heterolüütiliselt. Toimub polaarsete sidemete korral · paardumata elektroniga osakesed on radikaalid · kui sidemete tekkimine toimub homogeenselt on tegu radikaalreaktsiooniga · elektronegatiivsus on elemendi voime tommata elektrone enda poole: H (2,1) ; C (2,5) ; N (3,0) ; O (3,5) · laengu jaotust molekulis iseloomustab diipolmoment (müü=e-d). Naitab kui suur ja kaugel on laeng. (Van der Waals). · Elektroonsed efektid molekulis on induktsioon ja resonants/mittepolaarne resonants · Induktsioon elektronegatiivse aatomi moju edasikandumine mooda sigma sidemeid. Sumbub kiiresti. Funktsionaalsete rühmade induktsioon!! Induktsiooni pohjustab aatomite voi funktsionaalsete ruhmade erinev elektronegatiivsus · resonantsmudel kirjeldab p-orbitaalil olevate elektronide omavahelist seotust ja elektronide voimalikke umberpaiknemisi molekulis
kokkupakkumisega reeglina ise hakkama Valkude kokkupakkumine ja stabiilsus Natiivsed valgud on sageli väga kergelt denatureeritavad: 100 aminohappe jäägi kohta 40 kJ/mol (see on ca kahe H sideme energia)! Valgu struktuuri stabiliseerivad faktorid: 1. Hüdrofoobne efekt 2. Nõrgad interaktsioon: elektrostaatiline, Van der Waals, H side 3. Kovalentsed sidemed: SS sillad tsüsteiini jääkide vahel 4. Stabiliseerivad metallioonid (Zn finger) Valgu struktuuri destabiliseerib konformatsiooniline entroopia Erinevate faktorite osakaal valkude kokkupakkumises sõltub konkreetsest valgust G = H T S TS jaguneb: konformatsiooniline
happest ja selle aluselisest konjugaadist Erinevatel puhversüsteemidel on spetsiifline puhver regioon ja puhvri mahtuvus Spordipraktikas olulsied: veres bikarbonaantne (H2CO3 prootoni doonor ja HCO3-prootoni akseptor) puhver ja lihastes amiinohapped Anaeroobse läve leidmine gaasianalüüsi abil Nõrgad sidemed · Ühe mooli (6 x 1023) C-C sidemete lõhkumiseks kulub ca 350 kJ energiat (410 kJ C-H sidemele), aga kõigest 4 kJ van der Waals'i seose lõhkumiseks · Nõrgad molekulide vahelised seoses (vesinikside, iooniline, hüdrofoobne ja van der Waals'i jõud) moodustavad vesilahuses pidevalt muutuvaid molekulide konfiguratsioone · Seoste nõrkusest hoolimata omab nende arvukus olulist summaarset mõju · Iga seos vähendab süsteemi vaba energiat aidates kaasa tekkiva kompleksi stabiliseerimisele sünnivad bioloogiliselt olulised makromolekulaarsed ja suuremad
Kvaternaarstruktuur on viis kuidas monomeersed subühikud on omavahel ühendatud multimeerseks valgu molekuliks. Interaktsioonid, mis stabilisserivad kõrgemaid struktuuritasemeid: Vesiniksidemed polaarne interaktsioon, kus elektropositiivne H on jagatud kahe elektronegatiivse aatomi vahel (0,30nm) Ioonsidemed elektrostaatilised interaktsioon erilaenguliste aatomite vahel (0,25nm) Van der Waals interaktsioonid kahe kõrvutipaikneva aatomi elektronpilve fluktuatsioonidest tulenev jõud (0,35nm) Hüdrofoobne interaktsioon kahe hüdrofoobse kõrvalahela vahel Disulfiidsidemed kovalentsed sidemed Cys vahel 4. -heeliks ja sheet, amfipaatsed heeliksid, paraleelsed ja antiparaleelsed lehed -heeliks üldlevinud valkude sekundaarstruktuurielement; stabiliseeritud lähestikku asuvate aminohappejääkide
Slõpp=2(CplnT-Rlnp+S’km0) kasutatakse, kui komponendid on ühesugused, 2 tuleb sellest, et nüüd on gaasi hulk 2 kilomooli 40. Entroopia statistiline tõlgendus . S=k lnW, k-Boltzmanni konstant, W-süsteemi oleku termodünaamiline tõenäosus, mille all mõistetakse antud oleku võimalike realiseerumisviiside arvu. Pööramatu on iga niisugune protsess, mille puhul temaga astupidise protsessi tõenäosus on äärmiselt väike. 41. Van der Waals võrrand. (v-b)(p-a/vruut)=zRT. Isotermid, joonis. Kui temp tõusta, siis punktid lähenevad teineteisele, kriitiline temp. Võrrand kirjeldab reaalsete gaaside käitumist. a p 2 V b zRT z=m/myy p-väljastpoolt gaasile avaldatav rõhk(võrdne gaasi rõhuga anuma seintele), V ab ja b-eksperimentaalselt määratavad ning eri gaaside puhul erineva väärtusega van der Waalsi konstandid. 42
Kui süsteemil on võrde maksimaalse tõenäosusega olekuid mitu, võib süsteem minna ühest niisugusest olekust teise. Seega käituvad süsteemi entroopia ja tema oleku tõenäosus ühtemoodi: nad kas kasvavad või jäävad muutumatuks. S=k lnW, k-Boltzmanni konstant, W-süsteemi oleku termodünaamiline tõenäosus. Pööramatu on iga niisugune protsess, mille puhul temaga vastupidise protsessi tõenäosus on äärmiselt väike. 40.Van der Waals võrrand.. Võrrand kirjeldab reaalsete gaaside käitumist. a p V b zRT V2 z-moolide arv(m/müü), p-väljastpoolt gaasile avaldatav rõhk(võrdne gaasi rõhuga anuma seintele), a ja b- van der Waalsi konstandid. I joonis:Van der Waals'i gaasi (teoreetiline) isoterm p - V teljestikus kriitilisest madalama temperatuuri korral. Ruumalade vahemikus V2 -- V1
kuulub nukleotiidide ja DNA koostisesse. 2. Nukleiinhapete valemid 3. DNA struktuurid, komplementaarsusprintsiip, Chargraffi reeglid DNA on tsirkulaarne prokarüootides ja lineaarne eukarüootides. DNA on antiparalleelne kaksikheeliks, looduses esineb enamasti B-vormina. DNA primaarstruktuur – nukleotiidide järjestus. loetakse 5’otsast. DNA sekundaarstruktuur – interaktsioonid nukleotiidide lämmastikaluste vahel (vesiniksidemed, aga tegelikult stabiliseerivad ka van der Waals interaktsioonid, hüdrofoobsed interaktsioonid). Suhkur-fosfaat põhiskelett väljaspool; lämmastikalused sees. Lineaarse biheeliksi vormid: A-vorm: paremakäeline, lühike ja lai –, 11 bp pöörde kohta. Esineb DNA-RNA interaktsioonide korral. B-vorm: paremakäeline, pikem ja peenem – 10 bp pöörde kohta. Tavaline. Olulisim omadus on võime painduda piki telge, kui DNA komplekseerub valkudega. Z-vorm: vasakukäeline, pikim ja peenim –12 bp pöörde kohta. Sellise vormi annavad
Kapillaarsust põhjustab vedeliku pinna kõverdumisest (pindpinevusest) tingitud lisarõhk. Märgamine on nähtus, mis väliste jõudede puudumisel avaldub vedelike tendetsis mööda tahkest ainest alust laiali voolata. Vedelikud ja gaasid on isotroopsed (omadused on kõikides sihtides ühesugused), kristallid on anisotroopsed (mitmed füüsikalised (mehaanilised, soojuslikud, elektrilised, optilised) omadused sõltuvad sihist). 36, Reaalsed gaasid Van der Waals võrrand - Võrrand kirjeldab reaalsete gaaside käitumist. a p V b zRT V2 z-moolide arv(m/müü), p-väljastpoolt gaasile avaldatav rõhk(võrdne gaasi rõhuga anuma seintele), a ja b- van der Waalsi konstandid. I joonis:Van der Waals'i gaasi (teoreetiline) isoterm p - V teljestikus kriitilisest madalama temperatuuri korral. Ruumalade vahemikus V2 -- V1 peaks ruumala vähenemisega kaasnema rõhu kahanemine.
omavahel tema (gaasi) termilisi olekuparameetreid (p;v;t). Selle võrrandi saab tuletada: 1) Gaasi molekulaar kineetilise teooria põhivõrrandite alusel; 2) Boyle Mariotte ja Gay Lussac seaduse alusel. Oletame, et mingisugune gaas, mille mass on 1kg, suundub algolekust lõppolekusse. Algoleku parameetrid on (p1;v1;t1) ja lõppu (p2;v2;t2). 1) Isotermiline, Boyle Mariatte 2) Isobaarne, Gay Lussac Vand der Waals Oleku ja protsessi funktsioonid Oleku funktsioonideks minetatakse selliseid suurusi, mis ei sõltu termodünaamilise protsessi iseloomust, vaid on määratud ainult termodünaamilise süsteemi olekuga. Protsessi funktsioonideks nimetatakse suurusi, mis sõltuvad termodünaamilise protsessi käigust, see tähendab nad sõltuvad sellestkuidas termodünaamiline keha läheb algolekust lõppolekusse. Mehhaaniline töö Termodünaamika esimene seadus. Energi jäävuse seadus.
Teemant Kõva, hea soojusjuht, ei juhi elektrit, optiliselt läbipaistev (N ja UV), kõrge murdumisnäitaja Kõrge sulamistemperatuur 4100 C Looduslikud saadakse grafiidist aeglaselt kõrgel rõhul ja temperatuuril Süsiniku aatomid paiknevad tetraeedriliselt Grafiit C püsiv allotroop normaaltingimustel Must, läikiv, hea elektrijuht, pehme, libe Sulab temperatuuril 3700 C Kihtidevahelised sidemed on nõrgad (van der Waals) Neljas valentselektron pole suhteliselt seotud - põhjustab elektrijuhtivuse Kasutatakse määrdeainena, elektroodidena jm Keemiliselt aktiivsem kui teemant Fullereenid Kümned, sajad või tuhanded C aatomid ühinenud palli või torusarnasteks molekulideks. Kõige suuremaid nim. C nanotorudeks. C60 kõige tuntum fullereen. Lahustuvad heksaanis ja tolueenis; hajutavad valgust; ei juhi elektrit; reageerivad leelis- ja
Mitokondritel on kaks membraani. Sisemisel membraanil asuvad ensüümid, mis on seotud energia konverteerimisega. Selleks, et suurendada sisemembraani pinda, on ta sisse sopistunud, moodustades harju e. kriste (cristae). Kirjelda, kuidas need omadused võimaldavad antud organellil täita oma funktsiooni. Tagavad nende organellide ja tsütosooli vahelise iseloomuliku keskkonnaerinevuse: läbimatu hüdrofiilsetele molekulidele; stabiilne, kuna on stabiliseeritud hüdrofoobsete ja van der Waals interaktsioonidega ning polaarne peaosa annab vesiniksidemeid ja ioonseid interaktsioone; moodustavad iseenelikult suletud struktuure (liposoomid ja mitsellid). Sealhulgas too näiteid organelli membraani integraalsetest komponentidest, nende paiknemisest ja kuidas see (asukoht) on seotud antud organelli funktsiooniga retseptorvalgud on integraalsed, et signaal jõuaks rakku. Fagotsütoos - suurte partiklite (mikroorganismid, surnud rakkude osad jne.) sissevõtmine. Pinotsütoos (=
1999). These interactions affect protein func- surface. The “knackwurst,” which contains tionality attributes such as emulsification, pork, beef, spices, and some garlic, is named gelation, and water binding (Gordon and for the familiar popping noise when bitten Barbut 1997). Main molecular forces are (“Knack!”). Generally, “cold emulsions” repulsive electrostatic forces, attractive van give sliceable products, whereas “hot emul- der Waals forces, and steric overlap. sions” give spreadable products. Third, it is Hydrogen bonding and hydrophobic interac- a means to create “value-added” meat: rela- tion are higher-order interactions that occur tively low-value meat offcuts can be used, between specific chemical groups commonly including trimmings or parts of the animal found in food molecules (McClements that are less acceptable in their whole state 1999)
annaabi.ee 
