Valgukiibid (1)

Valgukiibid
Veera Tychkova VI rühm
Valgukiipid: mis need on?
●
Suure tootlikusega meetod
●
Kasutatakse valkude vastastikmõju ja aktiivsuse jälgimiseks ning nende funktsiooni 
uurimiseks suures ulatuses
●
Suur valkude arv saab olla jälgitud paralleelselt
●
Kiip koosneb: tugipinnast (nagu alusklaas), nitrotselluloos membraanist, helmest või 
mikrotiiterplaadist, mille küljes on seotud valkude järjestus. 
●
Proovi molekulid on märgistatud fluorestseeruva värviga ning lisatud reastusele 
●
Iga reakstsioon proovi ja fikseeritud valgu vahel kiirgab fluorestsents värvi, mida 
loeb laser skanner
●
Valgukiibid on kiired, automatiseeritud , ökonoomsed, ülitundlikud 
Reastuse loomine
●  Valgud on reastatud kõvale aluspinnale nagu mikroskoobi  
alusklaasid, membraanid , helmed
● Selline pind pakub tuge valkudele , mis hakkavad sinna 
kinnituma. 
● Valgud on natiivses konformatsioonis.
●  Aluspind on kaetud kattega , mis kinnitab proteiini, takistab selle 
denturatsioonist, võimaldab hüdrofiilse keskkonda, kus saab 
tekkida reaktsioon
Kiipide tüüpid I
Analüütilised 
●  Antikehad kinnitatakse pinnale
● Lisatakse valgu lahus (nt lüüsunud rakkudega)
● Saab määrata ekspressiooni, afiinsust, aktiivsust
● Eriti hea ekspressiooni võrdlemiseks erinevate lahuste puhul
Kiipide tüüpid II
Funktsionaalsed valgukiibid
● Kasutatakse puhtaid valke
● Uuritakse valk-valk, valk-DNA, valk-RNA, valk-fosfolipiid 
vastastikmõju
● Samuti hindamaks ensüümide aktiivsust, leidmaks antikehasid 
ja näidata nende spetsiifilisust
Kiipide tüüpid III
Pöördfaasi valgukiibid
● Kasutatakse lüüsitud koeproovi
● Eksponeeritakse uuritavale valgule vastava antikehaga 
● Tuvastatakse luminestsentsiga
● Prinditakse alusele, et määrata koguseid
● Saab tuvastada modifitseeritud valke
Antikehadel baseeruvad valgukiipid
● Pinnale immobiliseeritakse antikeha
● Märgistatud proov kantakse kiibile 
● Seondumine detekteeritakse 
fluorestsentsi mõõtmisega
● Tulemuste alusel saab võrrelda valkude 
ekspressioonitaseme muutusi erinevates 
rakkudes ja kudedes
Milleks on seda tehnoloogiat vaja?
●
Annab võimaluse autoimmuunhaigusi õppida ja välja selgitada, miks 
kindlad rakud ja iseäranis just valgud on antikehade märklauaks
●
Võimaldab hinnata antikehade kogust patsiendi seerumis 9000 
unikaalse inimese valgu vastu
●
Rakendades andmeanalüüsi meetodeid on bioinformaatikud 
võimelised tuvastama antikehade märklaudvalke
●
Teades neid valke, saavad bioloogid läbi viia edasisi katseid ning 
formuleerida uusi hüpoteese autoimmuunhaiguste mehhanismide ja 
esinemise kohta
Kasutatud allikad
1.
https://en.wikipedia.org/wiki/Biochip 
2.
https://en.wikipedia.org/wiki/Antibody_microarray 
3.
https://comserv.cs.ut.ee/ati_thesis/datasheet.php?id=56807&year=0
Tänan tähelepanu eest!