TTÜ Keemia ja biotehnoloogia instituut Analüütilise keemia õppetool YKA3411 Instrumentaalanalüüs FLU Fluorestsents spektroskoopia Õpperühm: Töö teostaja: Õppejõud: Töö teostatud: Töö kaitstud: Eesmärgid/ töö osad: 1. Dest. vee ja standardainete EEM (ergastus-emissiooni maatriksi) spektrite mõõtmine ja iseloomustamine, interpreteerimine; 2. Uurimine, kas aine fluorestsents sõltub keskkonna pH-st; 3. Vitamiinivee EEM spektri mõõtmine ja iseloomustamine, interpreteerimine; 4. Fluorestsentsi kustutamine vitamiinivee ja joodi näitel; 5
valguse intensiivsus, sest selle protsessi käigus on alati kaod ning osa neeldunud energiast vabaneb soojusena. Rakendamine Fotoluminestsentsi kasutatakse luminofoorlampides, valgusdioodides, ainete keemilise koostise või keskkonnasaaste uurimisel, tahkiste; molekulide ja kristallide elektroonste omaduste uurimisel, optilistes sensorites, rakendused meditsiinis, fotoluminestsents spektroskoopia (elektronstruktuuri uurimine). Fluorestsents Fluorestsents Fluorestsents - Sõna tuleb mineraalist fluoriit. Fluorestsents on valguse kiirgumine ainest, mis on eelnevalt ergastatud UV- kiirgusega või nähtava valgusega. Enamikul juhtudel omab emiteeruv kiirgus pikemat lainepikkust kui neelatav kiirgus ja seeläbi omab ka madalamat energiat. Samas, kui neelatav elektromagnetiline kiirgus on väga intensiivne, võib üks elektron neelata ka kaks footonit. Selline nähtus võib esile kutsuda fluorestsentsi, millel on lühem lainepikkus kui neelatud kiirgusel.
TalTech keemia ja biotehnoloogia instituut YKA0060 Instrumentaalanalüüs FLU Fluorestsents-spektromeetria Õpperühm: Töö teostaja(d): Õppejõud: Töö teostatud (kuupäev): 1 Töö eesmärk Töö eesmärgiks oli uurida fluorestsentsi tekitamist, kustutamist ja sõltuvust pH-st. Kahe tundmatu joogi koostise iseloomustamine standardainete EEM spektritega võrdlemise meetodil. Tooniku hiniini kontsentratsiooni kirjeldamine EEM spektrite alusel. 2 Töö käik 1) Destilleeritud vee ja standardainete EEM (excitation - emission matrix)
Kahekiireline ehitus: Monokromaatne kiir jagatakse kaheks, üks läbib tühiproovi, teine uuritavat lahust. Mõlemad proovid mõõdetakse ühesugustel tingimustel. 17.Kuidas tekib absorptsiooni spekter 1. Molekul neelab footoni hν ja ergastub M + hν → M* 2. Ergastatud molekuli eluiga on 10-8 – 10-9 s 3. Relakseerumisel muutub ergastav energia tavaliselt soojusenergiaks M* → M + soojus Samas võib see olla ka mõni fotokeemiline protsess (lagunemine) või fluorestsents/fosforestsents 18. Seletage, miks riboflaviini lahus on kollast värvi Riboflaviin peegeldab nähtavat valgust kollasele värvusele vastavatel lainepikkustel. Lainepikkused u 300-500 nm absorbeeruvad (neelduvad). 19. Kvantitatiivne analüüs spektrofotomeetrias ● Õige lainepikkuse valimine - valitakse lainepikkus, mille juures neelduvus on max.(meetodi maksimaalne tundlikkus). ● Solvent - uuritavas proovis ja tühiproovis sama.
Seda protsessi nimetatake pumpamiseks. Põhiliselt kasutatakse pumpamiseks elektrivoolu või mingi muu lainepikkusega valgust (mis võib tulla ka teisest laserist Põhilised osad: 1. Optiliselt aktiivne keskkond 2. Energia pöördhõive loomiseks 3. Peegel 4. Poolpeegel 5. Laserikiir Pump (väline kiirgus, elektrivool) ergastab aktiivaine aatomeid või molekule (elektronergastus). Spontaanne kiirgumine ergastatud osakesed kaotavad energiat kvandi kiirgamisega (fluorestsents). See kiirgus ei ole koherentne! Stimuleeritud kiirgumine. Kui ergastatud osakesele mõjub kvant, siis naaseb osake põhiolekusse kiirates kvandi, mis on koherentne ja samasuunaline pealelangeva kvandiga. Stimuleeritud kiirgumine toimub juhul kui kvandi energia on sama suur kui osakese ergastatud ja põhioleku energiate erinevus. Kiirguse neeldumine on stimuleeritud kiirguse tekkega konkureeriv protsess. Neeldumise tulemusel viiakse osakesed (tagasi) ergastatud olekusse.
● Kasutatakse valkude vastastikmõju ja aktiivsuse jälgimiseks ning nende funktsiooni uurimiseks suures ulatuses ● Suur valkude arv saab olla jälgitud paralleelselt ● Kiip koosneb: tugipinnast (nagu alusklaas), nitrotselluloos membraanist, helmest või mikrotiiterplaadist, mille küljes on seotud valkude järjestus. ● Proovi molekulid on märgistatud fluorestseeruva värviga ning lisatud reastusele ● Iga reakstsioon proovi ja fikseeritud valgu vahel kiirgab fluorestsents värvi, mida loeb laser skanner ● Valgukiibid on kiired, automatiseeritud, ökonoomsed, ülitundlikud Reastuse loomine ● Valgud on reastatud kõvale aluspinnale nagu mikroskoobi alusklaasid, membraanid, helmed ● Selline pind pakub tuge valkudele, mis hakkavad sinna kinnituma. ● Valgud on natiivses konformatsioonis. ● Aluspind on kaetud kattega, mis kinnitab proteiini, takistab selle denturatsioonist, võimaldab hüdrofiilse keskkonda, kus saab tekkida reaktsioon
korral tuleb energiat väljaspoolt juurde anda. Juhul kui väliseks energiaks on infrapuna, ultravioletne või nähtav valgus, on tegu fotoluminestsentsiga, nagu ka fluorimeetrilises analüüsis. Fosforestsents on fotoluminestsentsi liik, mis erineb fluosestsentsist seeläbi, et fosforestsentne materjal ei kiirga koheselt välja energiat, mis neeldunud on ning kiirgumine võib toimuda pikema aja vältel, ka peale kiirgusallika eemaldamist. Fluorestsents on valguse kiirgumine materjali/aine poolt, mis on neelanud valgust või muud elektromagnetkiirgust. Fluorestsents on luminestsentsi liik ning enamasti on kiiratava valgus pikemal lainepikkusel (madalama sagedusega, energiaga) kui neelatud valgus. Huvitav on olukord, mil neeldumine toimub UV-s ning emissioon toimub nähtava valguse piirkonnas. Erinevus fosforestsentsist seisneb selles, et kiirgusallika eemaldamisel ei kesta kiirgumine edasi.
8. Kumerlääts: kiirte käik, fookus, fookuskaugus. 9. Nõguslääts: kiirte käik, ebafookus, fookuskaugus. 10. Läätse valem, läätse optiline tugevus. 11. Mis on dispersioon? 12. Mida nim. spektriks? Spektrite liigid: pidev spekter, joonspekter. Nende omadused ja saamine. 13. Kiirguse liigid. (kiirguse tekkimise põhjus. Soojuskiirgus, kemoluminestsents, katoodluminestsents, elektroluminestsents, fotoluminestsents mõiste, ergastusenergia saamisviis, rakendusnäited.) 14. Mis on fluorestsents ja fosforetstsents? 1. Valguse peegeldumine on nähtus, kus valguskiir muudab oma suunda vastasmõjus teiste kehadega. Seadus: langemisnurk on võrdne peegeldumisnurgaga. 2. Joonis vihikus. 3. Valguse murdumine on nähtus, kus valguskiire suund üleminekul ühest keskkonnast teise muutub. 4. Antud keskkonna absoluutne murdumisnäitaja näitab, mitu korda muutub valguse kiirus üleminekul vaakumist antud keskkonda
turbidimeetria mdab läbinud valguse intensiivsust, nefelomeetria mdab hajunud kiirgust 900 nurga all pealelangevale kiirgusele. 11 Nefelomeetrid Kui lahuse hägusus on suur, siis muutuvad nefelomeetrid tundetuks. Kasutataks kvaliteedi kontrollil toiduainetetööstuses (jookide puhtus) ja vee analüüsil 5.4 Fluorestsents ja fosforestsents spektroskoopia Luminestsents: terminit kasutatakse tähistamaks fosforestsentsi ja fluorestsentsi koosvetuna Fluorestsents. Kvandide neeldumise tulemusena ergastatakse molekulid kigidele vimalikele ergastatud singlettolekute vnkenivoodele, kust toimub kiirguseta üleminek ergastatud singletse oleku phinivoole (10-12 s jooksul). Sellest olekust kiirgavad molekulid kvante laskudes kikide ergastamata olekute vnkenivoodele (10- 9 s jooksul)
sest kaotab heemi (ilma tsütokroomC-ta jäävad elektronid seisma, tekivad radikaalid) läbib rida kaspaase (mis on apoptoosi algatajateks ja läbiviijateks) DNA fragmenteerumine, tekivad väikesed membraaniga ümbritsetud vesiikulid. Et rakke värvida, peab nende membraan olema kahjustatud, siis PI, DAPI pääsevad sisse. Rakud mis värvuvad on järelikult kahjustunud või surnud (surnud või hilises apoptoosis). DNA värvid: DAPI, PI, 7AAD. Fluorestsents aine omadus neelata kõrgema lainepikkusega footoneid. Kiire protsess (nanosekundite küsimus). FAS antikeha annab rakule intensiivsust, väärtuse läbivoolutsütomeetria. + suhtelised suurused ja granulaarsus. Suurem intensiivsus rohkem paremat saaki. G1 1kordne genoom. S DNA süntees. PI seostub RNA-ga RNAst tuleb lahti saada. Paljud rakud lähevad G1-st G0 ja seega G1
See on nn eksitonmehhanism, tagab ülikiire ergastuse kandumise üle kogu antenni. 2)Aeglasem on nn. Försteri resonantsmehhanism, kus ühe molekuli ergastus võib kustudes üle minna teise molekuli ergastuseks molekulide tugeva omavahelise mõju tõttu. See töötab ilmselt ergastuse ülehüpetel erinevate monomeeride ja erinevate Chl-valk-komplekside vahel. 3)Kui klorofüllis neeldub sinine kvant, siis ergastus relakseerub ülikiiresti esimesele ergastusnivoole. Defineerige fluorestsents. Miks on klorofülli fluorestsents punane? Fluorestsents on neeldunud valgusenergia uuesti väljakiirgamine fluorestsentsvalgusena. Klorofüll neelab sinise ja punase värvusega kvante ja klorofülli neeldumisspekter sisaldab seetõttu kahte laia neeldumisriba maksimumidega 450 nm (sinine) ja 680 nm (punane) juures. Klorofülli molekulis neeldunud lühema lainepikkusega] sinise valguskvandi suurem energiakogus hajub soojusena [ja nii sinise kui ka punase valguskvandi energiast jääb alles
fosforit. Vees LOA-d võib jagada kahte gruppi, millest esimese moodustavad humiinained, mis omakorda jagunevad fulvo- ja humiinhapeteks ning mittehumiinained, milledeks on aminohapped, rasvad, vahad, madalamolekulaarsed happed ning vaigud. Loa määramine · Kuna vees leiduva LOA otsene määramine on väga raske, siis rutiinseid määramisi tehakse üldiselt kaudsel teel hapniku hulga kaudu, mis kulub vees leiduva LOA oksüdeerumiseks. Lisaks kasutatakse ka UV ja fluorestsents spektroskoopiat, gaas kromatokraafiat /mass spektromeetriat ja stabiilseid isotoope. Samuti on LOA olemasolu võimalik kindlaks teha vee värvi järgi. Kollakas- pruun jõe, järve või oja värvus viitab LOA olemasolule. Isegi puhtad veekogud, nagu teatud sügavad järved, avatud ookeanid või isegi sügaval paiknevad põhjaveed sisaldavad vähemalt väikest fraktsiooni looduslikku orgaanilist ainet , mille kontsentratsioonid võivad ulatuda kuni 5 mg C/l . LOA tähtsus
3) Peegel 4) Poolläbilaskev peegel (3 ja 4 koos resonaator) 5) Laserkiir 4. Laseri tööpõhimõte Laseri tööpõhimõte seisneb selles, et on pump, mis tekitab elektrivälja. Elektriväljas kiirendatud elektronide põrgetel aatomitega (aktiivaine) toimub viimaste üleminek ergastatud seisundisse. Aktiivaineks on Ne ja He. Ergastatud osakesed hakkavad liikuma erinevatele energianivoodele (joonis 2.). Ergastatud osakesed kaotavad energiat kvandi kiirgamisega (fluorestsents). Kui ergastatud osakesele mõjub kvant, siis naaseb osake põhiolekusse kiirates kvandi, mis on koherentne ja samasuunaline pealelangeva kvandiga. Stimuleeritud kiirgumine toimub juhul kui kvandi energia on sama suur kui osakese ergastatud ja põhioleku energiate erinevus. Stimuleeritud e. sundkiirguseks nimetatakse sellist elektromagnetkiirgust, mis tekib aatomi üleminekul ergastatud olekust põhiolekusse välise kiirguse (neeldunud footoni) mõjul.
Koloonia: Koloonia: Koloonia [1]: kuju ümar väike ja ümar profiil kerkinud, kumer kumer servajoon sirge sirge konsistents limajas, läikiv läikiv värvus valkjas beez fluorestsents KingB-l ei esinenud NIA gramreaktiivsus (preparaat gramnegatiivne gramnegatiivne [2] ja KOH test) raku kuju, agregatsioon lühike pulk, agregeerumata coccobacillus [3] endospoor ei ei [2] liikuvus väga hästi liikuv liikuv [2] C-allikad (hape + gaas):
komplementaarsuse tõttu saavad seonduda uuritava DNA molekulile ja selle tähistada 19. Mille poolest erineb multiplex PCR tavalisest PCR-ist?-sama PCR ajal kasutatakse mitut praimerite paari, mitme erineva mikroobi tuvastamiseks samast DNA proovist 20. Mille poolest erineb real-time PCR tavalisest PCR-ist?- võimaldab hinnata algmaterjali kogust, nt. DNA koopia arvu meid huvitavas lookuses. Kasutatakse veel kolmandat praimerit, mille ühes otsas on fluorestsents märgis ja teises nn summutaja. On võimalik kasutada ka kaheahelalise DNA-ga seonduvaid värve. 21. Kuidas on võimalik PCR-iga paljundatud DNAt visualiseerida?- agaroos sulatatakse puhvris->geeli valades pannakse paika geelikamm->tardunud geeli korral kamm eemaldatakse->tekkinud süvenditesse valatakse DNA->Geel valatakse puhvriga üle->DNA koos glütserooli sisaldava värvainega pannakse süvendi põhja-> DNA on negat. Laenguga ja elektri väljas liigub pluss
Seega, terbium oli Väikese osa originaal terbium fraktsioon, domineerivad tema vahetu naabrid, gadoliinium ja Düsproosium. Pärast seda, kui teiste haruldaste muldmetallide olid teased peale seda segu, kumb fraktsioon andis pruun oksiid jääb terbium nime, kuni lõpuks oli see puhas. Pärast seda, OTS Teiste haruldaste muldmetallide olid teased peale seda segu, kumb fraktsioon andis pruun oksiid jääb terbium nime, kuni lõpuks oli see puhas. 19. sajandi uurijad ei olnud kasu fluorestsents tehnoloogia, wherewith kinni geniaalne fluorestsentsi, et oleks võinud see osa palju kergem jälgida segudes. [10] 19. sajandi uurijad EI OLNUD Kasu fluorestsents tehnoloogia, wherewith kinni geniaalne fluorestsentsi, et oleks võinud see osa Palju kergem jälgida segudes. [10] tekkega ioonvahetuse tehnikat. [10] Esinemine Xenotime Xenotime Terbium on kunagi leitud looduses vaba osa, kuid see sisaldub palju mineraale,
Salme Salme on teistega võrreldes väga väike uurimislaev, kõigest 31 meetrit pikk ja 2,5 meetrise süvisega. Meeskond koosneb umbes 6 inimesest, teadlastele on kohti kuni 12 inimesele. (Liblik, T. 2010) 5.1.2Fikseeritud mõõtmisjaamad Peamiselt kahte tüüpi mõõtmisjaamu – avamere ja kaldajaamad. Need on kas ajutiselt või siis püsivalt eksisteerivad mõõtmisjaamad. Peamised mõõdetavad parameetrid on temperatuur, soolsus, hoovused, lainetus, veetase, hapniku sisaldus, fluorestsents. Fikseeritud mõõtmisjaamad võimaldavad teostada kõrge ajalise lahutusega režiimis. Selliste mõõtmisjaamade plussideks on kõrge ajaline lahutus, saab lisada palju andureid ja neid on võimalik paigutada olulistesse kohtadesse. Mõõtmisjaamade miinusteks on horisontaalse ja vertikaalse jaotuse puudumine, nad on ka suhteliselt kallid ning tihtipeale on vaja ka laevade abi. (Liblik, T. 2010) 8 5.1.3 Pinnaujukid
võrra. Lihtdestillatsiooni aparatuur: 84. Luminestsents ehk mittesoojuslik valguskiirgus (ka toatemp): · Liigid: 85. Kemoluminestsents keemilises reaktsioonis tekkiv mittesoojuslik valguskiirgus. Näiteks luminooli oksüdeerumine. 86. o Bioluminestsents elusorganismides toimuv kemoluminestsents. Näiteks jaanimardika poolt toodetav rohekas valgus. 87. Fotoluminestsents valguse või ultraviolettkiirguse toimel tekkiv luminestsents. 88. o Fluorestsents aine võime valgustamisel lühikest aega helenduda. Näiteks klorofülli helendumine valguse käes. 89. o Fosforestsents aine pikaajaline helendumine pärast kiiritust või ergastust. 90. Triboluminestsents aine helendumine hõõrdumisel või purunemisel. 91. Näiteks kahe kvartsitüki teineteise vastu hõõrumisel tekkivad valgussähvatused. · Punase veresoola osa luminooli oksüdeerumise juures on ... · Punase NaOH osa luminooli osküdeerumise juures on ...
Selgitage kuidas see on võimalik. (Б78) 45 ! Spermatosoidides? Sest neil on haploidne genoom. Y-kromosoomiga spermatosoidides puuduvad X- kromosoomi geenid ja vastupidi. Piirsoo: lümfoidsetes rakkudes toimuvad DNA ümberkorraldused ja rakud kaotavad osa DNAst deletsioonide tulemusena. See loob võimalused geneetilisteks variatsioonideks antikehade (toodavad B-lümfotsüüdid) ja T-rakkude retseptorite loomisel. 10. Millised on fluorestsents-mikroskoobi iseärasused ja kasutamisvõimalused? (М84) 49 ! Flouresents ained on võimelised neeldama kindla lainepikkusega valguslaineid (UV), siis ergastama ja kiirgama pikema lainepikkusega laineid. kasutatakse UV-kiirgust. Kasutades fluorokroomidega märgistatud antikehasid - immundiagnostika. ! 11. Millisteks uuringuteks ei sobi kasvajalised rakukultuurid? Miks? (М97) 60 ! Näiteks kui soovitakse uurida kindlat koe- või rakuliiki (neuronite või hepatotsüütide spetsiifilisi
min ja maks detekteeritava kontsentratsiooni vahe. UV-VIS fotomeetrid mõõdetakse neelduvust UV-VIS piirkonnas, mõõdetakse liikumist põhiolekust ergastatud olekusse; mõõdetakse kui suur osa proovile antud kiirgusest neeldub, kasutades Lambert-Beeri seadust. Lahuse neelduvus on proportsionaalne neelava proovi kontsentratsiooni ja teepikkusega. Koostatakse kalibratsioonikõver. Fluorestsents Fluorestsents spektroskoopia puhul mõõdetakse erinevalt UV-VIS spektroskoopiast energia kiirgumist, mispuhul liigub molekul ergastatud olekust põhiolekusse. UV-kiirgusega ergastatakse molekuli elektronid, mille tagajärjel kiiratakse osa energiast tagasi. Massispektromeetriline Ainete lahutamine massi/laengu suhte järgi ioonidena gaasifaasis. Uuritav proov (gaasiline, vedel või tahke) ioniseeritakse nt elektronidega pommitades, mistõttu lagunevad
4. Läbivoolutsütomeetria a. Kuidas tulemused näevad välja ehk graafikud Graafikuid saab analüüsida ainult juhul, kui n-ö kontroll on olemas - pildil olevad populatsioonid on võrreldavad üksteisega, niisama ühest isoleeritud mõõtmisest midagi ei saa. b. Mis on tulpdiagramm/histogram Tulpdiagramm - võrdleb mõõdetud nähtuste arvu vs mõõdetud näitajat (nt fluorestsents) c. Mis on punktdiagramm/dot plot Dot plot (pildil) - iga event on punkt, võimaldab siduda 2 eri näitajat 5. RT pilt läbivoolutsütomeetrias a. Normaalne Enamus rake on ettevalmistavas faasis. b. Blokeeritud Rakud kuhjuvad kuskile faasi 6. Apoptoosi pilt läbivoolutsütomeetrias DAPI x-teljel. 1 Varane apoptoos, 2 hilineapoptoos, 3- terved, 4- nekroos
kollakasroheliseni. Naftaleen on kõige lihtsama ehitusega PAH, koosnedes ainult kahest omavahel ühendatud benseenituumast. PAH-ide hulka kuulub rohkem kui 100 ühendit, mis kõik erinevad üksteisest oma benseenituumade arvu ja asetuse poolest molekulis. PAH-id identifitseeritakse ja nende sisaldust määratakse kvantitatiivselt enamasti kas gaaskromatograafiliselt mass-selektiivse detektoriga või vedelikkromatograafiliselt fluorestsents, UV- või mass-selektiivse detektoriga. Kemikaalide kasutamine ja sattumine keskkonda PAH-id tekivad orgaanilise aine mittetäielikul põlemisel. PAH-e võivad sünteesida mikroorganismid, vetikad ja makrofüüdid, kuid PAH-id tekivad ka orgaanilise materjali diageneesil (setteid ning settekivimeid mõjutavate füüsikaliste ja keemiliste protsesside kogum) fossiilsetest kütustest (temperatuuril 100 kuni 150 °C) ning orgaanilise materjali pürolaasil kõrgel temperatuuril (> 700 °C)
Tulemusi näeme arvutiekraanil piikidena, mille pindala alusel arvutatakse analüüdi kontsentratsioon. Liikuvaks faasiks on (erinevalt gaaskromatograafias kasutatavast gaasist) vedelik, mida nimetatakse eluendiks. Olenevalt analüütide omadustest, kasutatakse vedelikkromatograafias erinevaid detektoreid Detektorid: · UVVIS ( ultravioleti või nähtava valguse), · elektrokeemiline, · massspektromeetriline, · konduktomeetriline, · RI, · Fluorestsents http://www.ttk.ee/~laine/kromatograafia/vedelikkromatograafia_tphimte.html Vedelik-kromatograafiliste ja massispektromeetriliste (LC-MS) ning ioonkromatograafiliste metoodikate arendamine saasteainete määramiseks mitmesugustes maatriksites. See on rakenduslik uurimissuund, milles suur osa tööd käib mitmesuguste koostööprojektide raames. Koostöös Soome Tollilaboriga juurutati metoodika 14 pestitsiidijäägi analüüsiks puu- ja köögiviljades ning akrediteeriti see
Tavaliselt fikseeritakse optilise tiheduse muutus ühel kindlal lainepikkusel. Nähtava valguse ja ultraviolettkiirguse piirkonnas eelavad ained, millede koostises on kaksiksidemeid, eriti hästi aga aromaatseid tsükleid sisaldavaid rühmi. Selliseid rühmi nimetatakse kromofoorideks. Lahuse optiline tihedus A (absorbance) avaldub: kus Io valgusallikast tuleva valguse intensiivsus ning I - lahuse läbinud valguse intensiivsus. Valguse neeldumist kirjeldab Lambert-Beeri seadus: Fluorestsents-spektroskoopia: Fluorestsentsi võib kirjeldada järgmise skeemi abil: Fluorestsents-spektroskoopia on umbes 100 korda tundlikum kui spektrofotomeetria. Looduses on väga vähe piisavalt tugeva fluorestsentsiga ühendeid. Seetõttu kasutatakse sünteetilisi substraate, mille koostisesse on viidud fluorogeenseid rühmi. F fluorestsentsi intensiivsus Io - ergastava kiirguse intensiivsus - ekstinktsioonikoefitsent c - molaarne kontsentratsioon l - neelava kihi paksus
molekulist 5, 15, 30 tsükliga? 5 tsükliga-32 15- 215 30- 230 Praktikas tunduvalt vähem. 14 Töö nr 5: Rekombinantse DNA sekveneerimine ,,DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing Kit" abil. Lähteained: Rekombinantne, inserti sisaldav DNA (~100 ng/l) T7 RNA polümeraasi promootori praimer (100 ng/l) "Sequencing reagent premix" (Amersham), sisaldab fluorestsents-märgitud nukleotiide, puhvrit ja Taq polümeraasi (hoida jääl!) vt lisa. ja www aadress: http://www.gelifesciences.co.jp/tech_support/manual/pdf/us81050pl_rev_c.pdf 75% isopropanool 99% formamiidi 5 mM EDTA-Na2 lahus. Töö käik: (1) PCR tuubis sega kokku järgmine reaktsioonisegu (nn Mastermix, võib olla valmis tehtud juhendaja poolt): 1,5 l H2O 0,5 l 10x reaktsiooni-puhvrit kokku 4 l 1 l T7 praimerit (100 ng) 1 l premix (dNTP + Taq) (2) Lisa 1 l plasmiidset DNA-d
lahust ja reguleeritakse mäit nii, et standardi fluorestsentsi intensiivsus moodustaks 90% suhteline skaala ulatusest. Kvantitatiivsel analüüsil kasut võrdluslahusena standardaine teadaoleva konts-ga lahust. Paralleelselt tehakse kontrollkatse, määratakse uuritavat ainet mittesisaldava lahuse foonfluorestsentsi ehk blanki väärtust. Uuritava lahuse fluorimeetri näidtudest lahutatakse fooni väärtus. X = [(nproov nblank)*] / [nst nblank] Kus n - fluorestsents Sellel meetodil saab tulemust arvutada juhul, kui proovi konts on enamvähem teada ja on võimalik teha uuritavale proovile lähedase konts-ga stand.lahus (intensiivsused ei tohi erineda rohkem kui 2,5 korda). Vastasel juhul tuleb mõõta mitme stand.lahuse fluorestsents ja saadud tulemuste alusel arvutada välja klassikaline kalibratsioonigraafik. Saab teha ka mitme ainete sisaldava segu fluorestseerumine, isegi juhul, kui kõik ained fluorestseeruvad
molekulist 5, 15, 30 tsükliga? Ühest DNA molekulist on võimalik saada 5 tsükliga 2 5 fragmenti, 15 tsükliga215 fragmenti ja 30 tsükliga 230 fragmente. 11 Töö nr 5: Rekombinantse DNA sekveneerimine ,,DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing Kit" abil. Lähteained: Rekombinantne, inserti sisaldav DNA (~100 ng/l) T7 RNA polümeraasi promootori praimer (100 ng/l) "Sequencing reagent premix" (Amersham), sisaldab fluorestsents-märgitud nukleotiide, puhvrit ja Taq polümeraasi (hoida jääl!) vt lisa. ja www aadress: http://www.gelifesciences.co.jp/tech_support/manual/pdf/us81050pl_rev_c.pdf 75% isopropanool 99% formamiidi 5 mM EDTA-Na2 lahus. Töö käik: (1) PCR tuubis sega kokku järgmine reaktsioonisegu (võib olla valmis tehtud juhendaja poolt): 1,5 l H2O 0,5 l 10x reaktsiooni-puhvrit kokku 4 l 1 l T7 praimerit (100 ng) 1 l premix (dNTP + Taq) (2) Lisa 1 l plasmiidset DNA-d. Sega korralikult
vivo. 31. Mis on kromatiini metüleerimise tähtsus? Kromatiini histoonseid sabasid kontrollitakse lisaks veel pöörduva fosforüülimise (Ser, Thr), pöörduva monoubikvitineerimise (Lys H2A C-terminuses) ning mittepöörduva metüleerimisega (Lys). Metüleerimisel on tähis roll kromatiini kondensatsioonis. Ntks heterokromatiinses vormis on H3 Lys positsioonis 9 sageli metüleeritud. 32. Milleks kasutatakse FISH analüüsi? FISH'l (fluorestsents in situ hübridisatsioon) põhineb ntks kromosoomide värvimine, mida kasutatakse kromosoomi alade täpsemaks kirjeldamiseks. (FISH kasutab fluorestsents proobe, mis seonduvad ainult neile kromosoomi piirkondadele, kus nad näitavad kõrget taset järjestuse sarnasuses). 33. Mis on MARide funktsioon? MAR (matrix attachment region) on spetsiifiline DNA järjestus, mille kaudu seotakse kiududeks keeratud nukleosoomid valgumaatriksile
c) Ti plasmiid indutseerib kasvajate teket taimejuurtel d) Ti plasmiid sisaldab opiinide sünteesi ja metabolismi ning ka virulentsusgeene e) Kõik ülaltoodu on õige Kontrolltöö 3. 1. Millist prenataalse diagnostika meetodit on kõige sobivam kasutada loote DNA analüüsiks raseduse 16. nädalal? a) Võrdlev genoomne hübridisatsioon DNA kipidel (array-CGH) b) Amniotsentees c) Koorioni hattude biopsia d) Fluorestsents in situ hübridisatsioon (FISH) 2. Millist järgnevatest süsteemidest saab kasutada eukarüootsesse organismi sisestatud transgeeni ekspressiooni taseme kontrollimisel? a) Rekombinantse TetR promootori süsteemi b) Kõiki siintoodud süsteeme c) Steroid retseptoreid d) Modifitseeritud Lacl repressor süsteemi 3. Milline järgnevatest meetoditest võimaldab meid huvitava transgeeni sisestamist meid huvitavasse lookusesse ehk nn. suunatud geenisiirde tegemist
maksimaalne tundlikus. Solvent - peab olema sama nii uuritavas kui ka tühiproovis. Küvetid - peab valima õige küvetti vastavalt lahusele. Kasutatakse sõltuvust absorptsiooni ja kontsentratsiooni vahel kasutades välisstandardi meetodit ehk ehitatakse kalibreerimisgraafik. 16.Aatomspektroskoopia põhimõte Mõõdetakse vabade aatomite vastasmõju elektromagnetilise kiirgusega: neelatud kiirgus (AAS); emiteeritud kiirgus (AES); fluorestsents kiirgus (AFS). Kasutatakse METALLIDE määramiseks. Vajalik on proovi eeltöötlus ja metallide lahusesse viimine. 17.Seadme ehitus AAS-s Seade mõõdab EM kiirguse absorptsiooni. Valgusallikaks on spetsiaalne lamp ja küveti asemel on leek, kus proovi molekulid atomiseeritakse. 18.Õõneskatoodlamp. Valik ja ehitus. Koosneb volframist tehtud anoodist ja silindrilise kujuga katoodist. Katood on samast elemendist, mida proovis uuritakse. LAmp on täidetud inertgaasiga - Ne või Ar
Kuid jällegi ei ole kasulik panna valgustit kuvari kõrvale või peale, mitte et kuvariga midagi juhtuks, vaid jällegi hakkab valgus sellelt peegelduma. Kui siiski tundub mõttetuna sättida lamp eemale monitorist, mis tavaliselt asub laual, kus tööd tehakse, siis sättige valgusvihk vähemalt kuvarist eemale. See aga ei tähenda jälle, et te selle valgusvihu endale silma peate suunama. Veel on tähtis vahe tehisvalgustuse tüübil. Kas tegemist on hõõglambi või fluorestsents lambiga; viimast võib kutsuda ka päevavalguslambiks. Põhiline vahe seisneb selles, et hõõglamp eritab metsikul viisil rohkem sooja ja on seega võibolla laualambiks suhteliselt ebameeldiv. Laualambiks on tavaliselt ikka vähemalt 60 W, kuid soovitatakse isegi 100W. Ise kasutan viimast ja kuigi lamp eritab tugevalt sooja, ei häiri see mind kuigi. Lihtsalt on võimalik, et mul on ta sätitud piisavalt kaugele oma töö alast. Peale selle on mulle tähtis , kui suudan lugeda ja
tagajärjel kahjustuda võivad. 9. KOKKUVÕTE Lisaks selles kursusetöös loetletud andmesalvestusseadmetele on ka veel hulk teisigi, millest siin juttu ei olnud ning seda sel lihtsal põhjusel, et need andmesalvestusseadmed pole tänapäeval leidnud eriti laialdlast kasutust. Näiteks zip drive, mis on ehituselt ja suuruselt sarnane disketiseadmele, kuid mahutab andmeid kuni 94MB. Lisaks veel erinevad magnet optilisel põhimõttel töötavad seadmed(Limdow, OSD, Fluorestsents ketas). Millist andmesalvestusseadet valida, oleneb eelkõige sellest, kui palju on plaanis infot salvestada, kui tihti seda infot vahetada ja muidugi ka nii hinnast kui ka kasutusmugavusest. Tavakasutajale on kõige mugavamaks andmesalvestusseadmeks kindlasti USB pulk ja väline kõvaketas (ühendub USB pordi kaudu), sest USB port on olemas kõikidel uuematel arvutitel. Samas loob palju eeliseid juurde see, et USB pulga
eksponentsiaalselt. TMA toodab 1001000 koopiat tsükli kohta, mis tõttu 15 -30 minutiga toodab protsess 109 koopiat Chlamydia trachomatis test APTIMA CT (16S rRNA) (Gen-Probe) Mycobacterium tuberculosis Amplified MTD Direct test (rRNA) (Gen-Probe) 23. FISH (metoodika) Fluorescence in situ hybridization (FISH) Kasutab fluorestseeruvaid 16S rRNA või 23S rRNA proove ning fluorestsents mikroskoopiat tervete bakterite detekteerimiseks otse kliinilistest proovidest (veri, koed). FISH metoodikast on palju abi raskesti kultiveeritavate mikroobide analüüsil (Yersini pestis, Bartonella spp.) Samuti saab korraga detekteerida erinevaid organisme, kui kasutada erinevalt fluorestseeruvaid proove (erinev emissiooni lainepikkus) Protsess võtab aega 1-2 tundi, koos proovi fikseerimise, alusklaasile kandmise, rakkude
tagasi, ta üha võimeneb stimuleeritud kiirguse kaudu. Iga peegeldus justkui lisaks uue võimendikristalli. Et kiirt laserist väljastada, tehakse üks peegleist selline, et ta ei peegelda tagasi kogu temale langevat valgust, vaid laseb osa sellest läbi, laserist välja. Laseri tööpõhimõte Pump (väline kiirgus, elektrivool) ergastab aktiivaine aatomeid või molekule (elektronergastus). Spontaanne kiirgumine ergastatud osakesed kaotavad energiat kvandi kiirgamisega (fluorestsents). See kiirgus ei ole koherentne! Stimuleeritud kiirgumine. Kui ergastatud osakesele mõjub kvant, siis naaseb osake põhiolekusse kiirates kvandi, mis on koherentne ja samasuunaline pealelangeva kvandiga. Stimuleeritud kiirgumine toimub juhul kui kvandi energia on sama suur kui osakese ergastatud ja põhioleku energiate erinevus Kiirguse neeldumine on stimuleeritud kiirguse tekkega konkureeriv protsess. Neeldumise tulemusel viiakse osakesed (tagasi) ergastatud olekusse.
jääb konstantseks, kui analüüt on ära reageerinud), c)analüüt reageerub aineks, mis ei neela (tiitrimise jooksul analüüt kahaneb, seega kahaneb ka tema absorptsioon), d)absorbeeriv analüüt muutub värvituks absorbeeriva analüüdi titrandi poolt, e)titrant ja analüüt absorbeerivad, analüüt mitte, f)sama, mis e 23. Aatomspektroskoopia meetodid (absorptsioon, emissioon ja fluorestsents). Proovi atomiseerimise meetodid aatomspektroskoopias (leek ja elektrotermiline atomiseerimine, ICP). Õõneskatoodlamp. Segavad faktoreid aatomspektroskoopias. Kuidas korrigeeritakse fooni aatomspektroskoopias? Kirjeldage induktiivselt seotud plasma spektromeetri ehitust Infrapunane ja NMR-spektroskoopia. Aatomspektroskoopia meetodid- Absorbtsioon-AAS (faas atomeerimine leegiga, elektrotermiline, hübriidide genereerimine, külmaauru meetod Hg määramiseks),
Näiteks karp Pholas, hulkharjasussid Odontosyllis, mõned karpvähilised jt. b) Intratsellulaarne (rakusisene) bioluminestsents kontsentreerub kindlatesse kehapiirkondadesse, spetsiaalsetesse valgusorganitesse, kusjuures valgust tootvad keemilised protsessid toimuvad spetsialiseerunud rakkudes (fototsüütides). Valgusorganid süvavee vähkidel ja kaladel: 1. Keha enda rakud 2. Sümbioos valgust tootvate bakteritega Fluorestsents Osa mer etaimi ja loomi fluorests e e rivad. Nähtus tugineb füüsikalisel prots e s s il, kus silmale nähtam atu elektro m a g n e e tilis e spektri UV ala, näit. lühilain elin e UV valgu s molekulide poolt ümb er m u u n d atak s e , nii et ta nend elt nähtava valgu s e n a tagasi pe e g el d atak s e . Kui näiteks aktiiniat Anemonia sulcata pimedas kiiritatakse, helendavad püüniskombitsad punaka valgusega, mis kohe kaob, kui UV kiirgus
Siis need DNA lõigud puhastatakse ja leitakse nukleotiidne järjestus. Need DNA järjestused peaksid olema seotud uuritava valguga in vivo. Kromatiini histoonseid sabasid kontrollitakse lisaks veel pöörduva fosforüülimise (Ser, Thr), pöörduva monoubikvitineerimise (Lys H2A C-terminuses) ning mittepöörduva metüleerimisega (Lys). Metüleerimisel on tähis roll kromatiini kondensatsioonis. Ntks heterokromatiinses vormis on H3 Lys positsioonis 9 sageli metüleeritud. FISH'l (fluorestsents in situ hübridisatsioon) põhineb ntks kromosoomide värvimine, mida kasutatakse kromosoomi alade täpsemaks kirjeldamiseks. (FISH kasutab fluorestsents proobe, mis seonduvad ainult neile kromosoomi piirkondadele, kus nad näitavad kõrget taset järjestuse sarnasuses). MAR (matrix attachment region) on spetsiifiline DNA järjestus, mille kaudu seotakse kiududeks keeratud nukleosoomid valgumaatriksile. Ehk siis nende regiooni abil organiseeritakse kromatiin strukturaalseteks üksusteks.
16. Kirjeldage karotinoidide molekuli üldist struktuuri Kuuluvad isoprenoidide kategooriasse. Sisaldavad 40C-d, üles ehitatud 4-st terpeeni ühikust. Isopreeni polümeerid, mille otstes on tsüklid. 17. Nimetage kolm võimalust neeldunud kvandi energia liikumiseks klorofülli molekulis 1) energia edasikandumine järgmisele molekulile; 2) kaotada oma energia, liikuda tagasi ergastamata põhiseisundisse ja neeldunud kvandi energia eralduda soojusena või 3) footonina; 18. Defineerige fluorestsents. Miks on klorofülli fluorestsents punane? Fluorestsent valguse kiirgamine ainest, mida eelnevalt on ergastatud elektromagneetilise kiirgusega. Klorofülli molekulis neeldunud lühema lainepikkusega sinise valguskvandi suurem energiakogus hajub soojusena ja nii sinise kui ka punase valguskvandi energiast jääb alles ühesugune punase valguse energiasisaldusele vastav kogus. 19. Kuidas ja kus toimub fotosüsteemides valgusenergia muutumine keemiliseks energiaks?
Kvantifitseerimiseks, kasutatakse fluorestseeruvaid värvaineid (fluorofoore). Põhietapid: 1) PCR produkti kogust mõõdetakse pärast iga tsüklit (reaalajas) 2) Fluorestseeruvat signaali jälgitakse reaktsiooni kestel ja tema intensiivsus korreleerub moodustunud PCR produkti hulgaga 3)Seatakse mingi värvi fluorestsentsi intensiivsuse lävi ülalpool baasfluorestsentsi ja allpool maksimaalset fluorestsentsi 4)Ct (threshold cycle) – lävetsükkel, s.o tsükli number, mil fluorestsents ületab seatud läve 9. Mille poolest PCR erineb RT-PCR-st? 10. Mis on GMO? GMO – on geneetiliselt muundatud organism, mille pärilikkustegureid (genoomi) on inimese poolt muudetud viisil, mida looduses ei esine. 11. Millal leiab aset geneetiline muundamine? Mida ei loeta geneetiliseks muundamiseks? Geneetiline muundamine leiab aset siis, kui kasutatakse vähemalt ühte järgmistest meetoditest: 1) rekombinantse nukleiinhappe tehnikaid, millega luuakse
138. Kui vaatlesime mikroskoobi all puhast proovi, siis nägime oma rakke ka musta sodina (võrreldes bakteritega), kuid nad on palju suurem ning lülitades valgust ära nagime neid roheliste täppidena (GFP signaali järgi). 139. Rakkude immuunotsütokeemiline värvimine 140. Eesmärgiks on tutvustada immuunotsütokeemia ja fluorestsentsmikroskoopia meetodeid rakkudes molekulide ja rakukomponentide asukoha uurimiseks. 141. Fluorestsents - aine omadus emiteerida valgust pärast ergastamist kindla lainepikkusega kiirgisega. Ergastamiseks vajaliku kiirguse lainepikkus on alati lühem, kui emiteeritav kiirgus. Sinise valgusega ergastades saame rohelise fluorestsentsi ja rohelise valgusega ergastades saame punase fluorestsensi. Iga fluorokroomi iseloomustavad neeldumis- ja emissioonispektrid. 142. Enamus molekule rakus ei fluorestseeru ja seetõttu kasutatakse fluorestseeruvaid märgiseid.
Mida kõrgem klass, seda parem on luumenite ja võimsuse suhe. Võimsus arvestatakse elektritarbe järgi ning oodatav eluiga on antud hinnanguga, et lamp põleb päevas keskmiselt kolm tundi. Üks viise pirni efektiivsuse hindamiseks on arvutada, mitu luumenit see vati kohta toodab. Ülemisel joonisel on hõõgniitpirn, halogeenpirn, fluorestsentspirn ning LED pirn. Jaotame nende kohta antud andmed tabelisse koos eelmainitud efektiivsushinnanguga: Hõõgniit Halogeen Fluorestsents LED 100 W 77 W 23 W 20 W 1600 lm 1600 lm 1600 lm 1600 lm 16 lm/W 20,7 lm/W 70 lm/W 80 lm/W Võttes lisaks arvesse 20000 tunnise oodatava eluea on selge, et LED pirn parim ja pikemas perspektiivis odavaim Heledustemperatuur võrdleb musta keha ja mittemusta keha kiirgusspektrit ning on sellise
Pipeteerisin rakususpensioon klaasidel olevatele transfektsioonisegudele, loksutasin. Panin rakud CO2 inkubaatorisse 37°C, 5% CO2. Teine päev – mikroskoopia Mõlemates wellides suspensioon oli punase värvi, seega pH on rakkudele paras, seega saastus ei olnud, vaatamata sellele, et antibiootikum pole olnud lisatud. Saab järjledada, et aseptika oli jälgitud. Selleks, et teha kindlaks, et meie plasmiid on raku sees on vaja kasutada Fluorestsentsmikroskoobi. Fluorestsents - aine omadus emiteerida valgust pärast ergastamist kindla lainepikkusega kiirgisega.Kui vaatlesime mikroskoobi all mõlemaid proovi, siis nägime rakke kujuga, mis on iseloomustav NIH3T3 rakkudele. Lülitades flourisensi sisse nägime, et rakud annavad rohelise signaali EFGP (rohelised täppid). Kui võrrelda tihedused, siis on kindlasti näha, et rohelist signaali rakke on 2x vähem, seega tranfekteerimise effektiivsus on umbes 50%
Praegused radarid lainepikkustega mõnest mm kuni meeter laineteni. Viimaste esindajateks on VHF radarid. Lühem lainepikkusega radari kiirgus suudab tungida vaid puuvõrade ülemistesse osadesse. Ei sobi nt puist tagavara hindamiseks, väärtused küllastuvad kiiresti. Tundlik maapinna kalde suhtes. 16. Kõrglahutusega spektraalanalüüsi kasutamine taimkatte kaugseires. (Klorofüllisisalduse määramine, lehtede veesisalduse määramine, ksantofülli tsükli kaugseire). 17. Fluorestsents. (Fluorimeetrid, taimede fluorestsentsi kasutamisest kaugseires). Võimaldab diagnoosida taimede füsioloogilist seisundit. Fluoromeeter kasutab lühikesi moduleeritud valgusimpulsse taimelehe fotosünteesi mõõtmiseks. Lehes neeldunud valgusenergia kasutatakse fotosünteesiks, muutub soojuseks või kiiratakse välja fluorestsentskiirgusena. Viimased kaks on olulised siis, kui kiirgus on liiga intensiivne või stressi olemasolu korral. KASUT STRESSI AVASTAMISEKS VÕI SELLE TUGEVUSE HINDAMISEKS
fotolitograafilise ekraani, toimub teatud prk aktiveerimine kaitsva rühma eemaldamise kaudu kogu kandja pinnale kantakse fotolabiilse kaitsva rühmaga reagent, reaktsioon saab toimuda vaid I etapis deblokeeritud piirkonnas aktiveeritakse teine piirkond sünteesi kordamine uue reagendiga kindlas piirkonnas kindla struktuuriga ühendi saamine kuni 40 000 ühendit/cm2 kogu maatriksil saab määrata interaktsiooni retseptoriga (fluorestsents) aktiivsuse määramine toimub tahkele kandjale seotud ühenditega (puudus) Kombinatoorse sünteesi olemus ja eelised. Kombinatoorne süntees - suure hulga erinevate keemiliste ühendite segu üheaegne süntees ühes minireaktoris, kasutades kindlaid reaktsioone ja reagente, kuid erinevaid lähteaineid. Ühendite segu. Kombinatoorne süntees on väga kiire ning skriining on eriti kiire, vajalik aktiivse ühendi leidmine.
Aga orgaanilist solventi sisaldades on analüüdil lihtsam stats. faasist lahti tulla. 124. pH mõju ainete retentsioonile pöördfaaskromatograafias. Olenevalt pH-st on orgaanilised happed kas protoneeritud või deprotoneeritud kujul, kuna deprotoneerunud kuju on polaarsem, seega kui pH on kõrgem kui pKa siis on molekul valdavalt deprotoneerunud kujul ning retentsiooniaeg on lühem. 125. Detektorid vedelik-kromatograafias. UV-Vis spektrofotomeetriline, fluorestsents, elektrokeemiline, massispektromeetriline detektor. "Tavalises" vedelik-kromatograafias: UV-Vis spektrofotomeetriline; Fluorestsents; Elektrokeemiline; Massispektromeetriline. Ioonkromatograafias: Konduktomeetriline ( Lihtne ja küllalt odav; Vajab temperatuuri kontrolli; Puudus: ka eluent juhib, see vähendab tundlikkust, Lahendus: Kasutada supressorit (supressor sisuliselt eemaldab eluendi ioonid, kuid jätab alles uuritavad ioonid)).. 126. GC ja HPLC proovisisestussüsteemide erinevused?
Mõõdame neeldumist kõrgel taustal ehk läbilastava valguse taustal. Mõõdame väikest muutust suurel taustal. On vähem tundlik, aga lollikindlam. Eeliseks on see, et kui teame mingi aine ekstensioonikoefitsienti (kirjandusest jne), siis saab laboris kasutada. Fluoromeetria exOem neelates valguskvanti ühel lainepikkuse, molekul ergastub, jõuab kõrgema energiaga nivoole, sest sai kvandienergia juurde. Kõik, mis neelavad, need ei fluorestseeru. Fluorestsents on erijuht, kus osa energiast antakse tagasi valguskvandina, osa läheb aga soojuseks (osa energiast läheb kaduma seega). ex väiksem kui em, ex on ergastus, em on emissioon. Ergastuslainepikkus on alati madalam emissioonilainepikkus. Mida väiksem lainepikkus, seda kõrgem on energia". Eeliseks on see, et me mõõdame täisnurga all fluorestsentsi fluoromeetria puhul me mõõdame väikest muutust pimedal taustal, tausta pm pole. Emissioonivalgus läheb igasse
mille eluiga pikem (~10-3 s) ja sellelt seisundilt suur tõenäosus, et elektronid liiguvad hapnikule ROS tekkega. 24. Nimetage kolm võimalust neeldunud kvandi energia liikumiseks klorofülli molekulis 1) Ergastus kasutatakse laengute lahutamiseks - toimub fotokeemiline reaktsioon 2) Ergastus kiirgub välja fluorestsentsina 3) Ergastusenergia muutub soojuseks 25. Defineerige fluorestsents. Miks on klorofülli fluorestsents punane? keha või molekuli (eriti pigmentide) omadus neelata kiirgusenergiat mingis lainepikkuses ja selle tagajärjel kiirata suurema lainepikkusega valgust. Näit. klorofüll neelab sinist ja punast valgust, tema fluorestsentskiirgus on aga tumepunane. Selle tõttu näib klorofüllilahus otsevalguses roheline, otsekiirgusega ristisuunas vaadatuna kirsipunane.
antikehad lokaliseeritakse sekundaarsete antikehadega mis on märgistatud. Geene ja DNA järjestusi saab klonoteegist isoleerida kasutades molekulaarset hübridisatsiooni, märgistades DNA spetsiifiliste antikehadega. 52. Mis on roheline fluorestseeruv valk, milleks ja kuidas seda kasutatakse? GFP on nähtav rohelises spektris. Kui GFP siduda mõne teise molekuliga, geeniga, siis meid huvitav valk ei muuda oma funktsiooni, vaid on tänu GFPle nähtav fluorestsents mikroskoobiga. Tõi revolutsiooni geeniekspressiooni uurimisse valkude tasandil. Ühendgeene on mugav konstrueerida, kui koos uuritava geeni poolt määratava valgu järjestusega on neis GFP sünteesi määrav DNA- järjestus. Moodustuv hübriidne valk on sel juhul rakus UV valguses helenduv ja kvantitatiivselt mõõdetav. GFP valku saab kasutada ka valkude uurimisel elusrakus in situ tingimustel. 53. Kuidas konstrueerida üht transgeenset looma? 1
dHPLC: -eelised: Kiire ja kvantitatiivne -puudused: Kallis, ei selgu asukoht SSCP: -eelised: Lihtne ja odav -puudused: Väikesed fragmendid DGGE: -eelised: Kõrge tundlikus -puudused: Kallid praimerid 17.TaqMan ja Molecular Beacon töötamisprintsiip Homogeensed hübridisatsioonitestid kasutades reaalaja PCR-d ja fluorestsentsil põhinevat detektsiooni: -Tuntumad TaqMan ja Molecular Beacon proovid.Erinevad quencherid (TAMRA ja DABCYL) -Põhinevad energia ülekandel, kus fluorestsents detekteeritakse tänu muutusele füüsikalises distantsis fluorokroomi ja vaigistaja (quencher) vahel pärast proovide hübridisatsiooni. FRET (fluoresence resonance energy transfere) tehnika -Iga SNP vajab spetsiaalpraimereid -Kõige efektiivsemad väheste SNP-de ja suure hulga proovide puhul Introduction to TaqMan® probes TaqMan® probes are dual labeled hydrolysis probes and are a registered trademark of the Roche Molecular Systems, Inc
vorm. HER2 testid võimaldavad kindlaks teha need haiged, kelle kasvaja raviks kasutatakse (lisatuna keemia-ja/või hormoonravile) bioloogilist ravi. (MOVET 2011) HER2 staatust määratakse operatsioonil või biopsiaga võetud koetükist. Kasutusel on kaht tüüpi HER2 testimise meetodit. IHC (immunohistokeemia) meetodit kasutatakse liigse HER2 valgu (üleekspressiooni) määramiseks rinnavähi koes. CISH või FISH (kromogeenne või fluorestsents In situ hübridisatsioon) meetodit kasutatakse liigse HER2-geenikoopiate (amplifikatsiooni) määramiseks. (HER2... 2011) 22 3.2.7. Lisauuringud Kõrge rinnavähiriskiga naiste puhul kasutatakse ka geneetilist sõeluuringut selle uuringu eesmärgiks on leida muutusi rinnavähi geenides. Selleks tehakse enamasti vere analüüs või uuritakse mingi organi või koe tükikest
annaabi.ee 
