peptiidsidemega (-N(H)-C(=O)-) külgnevad aminohappejäägid paikneda (planaarse peptiidsideme suhtes). Peptiidside – side, mis ühendab valkude primaastruktuuris esinevaid aminohappejääke. Peptiidside on planaarne, sest seal esineb resonantsstruktuur. N ja C terminus – peptiidahela (valkude primaarstruktuuri) otsas; N-ots tähistab vaba aminorühmaga otsa ning C-ots vaba karboksüülrühmaga otsa. Valgu süntees toimub N- terminusest C-terminuse poole, st. uusi aminohappeid liidetakse eelmise aminohappe karboksüülrühma külge. Üldiselt aminohappe aminorühmapoolne ots ja karboksüülrühmapoolne ots. Polüpeptiid ja oligopeptiid – polüpeptiid tähistab (pikka) polümeeri, mille monomeerideks on aminohapped; oligopeptiid on lühike aminohapete polümeer (5-7? aminohapet). Natiivne ja denatureeritud struktuur – natiivne struktuur on valgu selline konformatsioon,
Tagab ka peptiidsideme pikkuse 1,33A (vs.1,45A tavaline). Peptiidside on jäik ja samatasapinnaline- trans peptiidside. Osaliselt laetud: amiidrühma N on osaliselt positiivne, karbonüülrühma O osaliselt negatiivne. Keemiliselt väheaktiivne – stabllisus suur. Pro- tsükliline kõrvalahel välistab pöörde-cis peptiidsidemed- b- pööre Valkude järjestuses eristatakse N- ja C- terminust (vaba aminorühm ja karboksüülrühm). Valk kasvab alati N-terminusest C-terminusse. 4. Kuidas on defineeritud peptiidid ja valgud? Peptiid – aminohappejärjestus, millel puudub selgelt defineeritud kolmemõõtmeline struktuur, enamasti lühikesed ahelad (<100 aminohappe) Valk – polüpeptiidahel, millel on kindel kõrgemat järku struktuur (ja bioloogiline funktsioon), sageli kvaternaarstruktuur 5 Valgu struktuuritasemed, interaktsioonid, mis stabiliseerivad struktuure Valkude funktsionaalsus on tagatud nende kolmemõõtmelise struktuuriga-
Replikatsioon Viirus- spetsiifiliste valkude kogunemine initseerib ümberlülitamise transkriptsioonilt replikatsioonile. Selle tõttu sõltub VSV replikatsioon aktiivsest ja kestvast viirus- spetsiifilisest valgusünteesist (eriti N- ja P valkude süntees). Replikatsiooni käigus ignoreerib RdRp liider- RNA-le järgnevaid ja geenide vahelisi “stop-signaale”. Kahe polümeraasi mudel: Transkriptsiooni teostab polümeraas, kuhu kuulub L- valk ja N-terminusest fosolüreeritud P-valgu tetrameer (L-P4 polümeraas). Replikatsiooni teostab L-valgust ja uuesti sünteesitud N- ja P- valkudes koosnev L-N-P4 polümeraas, milles P- valk on veel N-terminusest fosfolüreerimata kuid on fosfolüreeritud C- terminusest. Sugukond Paramyxoviridae Genoom on segmenteerimata (-)ssRNA; virionides RNP-na. Virion Sfäärilised ja ümbrisega virionid Membraani all paiknevad maatriks-valgud ja ribonukleokapsiid ning
Peptiidside: Seob aminohappejääke peptiidideks ja aminohappeteks Kovalentne side, mille moodustumine vajab energiat Ketorühm on osaliselt kahekordne Puudub vaba rotatsioon (rigiidne side; aatomid paiknevad ühel tasapinnal) Iseloomulik trans-konformatsioon 2.1 Kuidas määratakse eksperimentaalselt valgu primaarstruktuuri? Valgu primaarstruktuuri määratakse Edmani meetodi abil, mis seisneb selles, et N-terminusest eraldatakse 1 aminohappe ja identsifitseeritakse, sellele järgneb järgmise aminohappe eraldamine ja identsifitseerimine. Selle meetodi keemia: Lisatakse valgule fenüültsüanaati, mis reageerib N- terminuses oleva aminohappega, moodustades sidet süsiniku ja aminohape aminorühma vahel. Järgmisena lisatakse trifluoroäädikhapet, mis eraldab fenültsüanaati koos esimese aminohappega ülejäänud peptiidist. 1 M HCl abil toimub struktuuri korrastamine
31. Kas peptiidside on oma olemuselt: a) glükosiidne side b) esterside c) amiidside Amiidside 32. Mitme erineva aminohappe lülitamine valkudesse on geneetiliselt kodeeritud? Valkude struktuurne ja funktsionaalne mitmekesisus baseerub 20 erineval aminohappe kombinatsioonil. 33. Mitmest aminohappejäägist võiks koosneda valk molekulmassiga 50 kDa? 400-st 34. Joonistage toodud neljast aminohappest moodustunud tetrapeptiid. Aminohapete järjestus tetrapeptiidi N terminusest alates oleks (a,b,c,d) (võivad olla erinevad aminohapped) NH2 ja COO liituvad. 35. Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. Valkude fosforüleerimine võiks toimuda türosiini, seriini ja treomiiniga, sest nad on ainukesed, mis sisaldavad OH-rühma, mis saab seostuda fosfaatrühmaga. 36. Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine. Seriin, O-seoseline. Asparagiin, N-seoseline. 37
kaksksideme iseloomule on 6 peptiidsideme aatomit asetunud planaarselt; peptiidi põhiskelett on kergelt laetud. Polüpeptiid on aminohapete järjestus. Peptiid on aminohapete järjestus, millel puudub selgelt defineeritud 3D struktuur (lühemad kui 100 aminohapet). Valk on 3D mõõtmelise struktuuriga polüpeptiidahelad, sageli olemas ka kvaternaarsstruktuur. Valkude järjestuses eristatakse N- ja C- terminust (vaba amino rühm, või vaba karboksüülrühm). Valk kasvab alati N- terminusest C-terminusse. Dalton on aatommassiühik, s.o mikroosakeste massi mõõtühik, 1/12 süsiniku isotoobi C-12 aatommassist. 1 da = 1/N A (NA on avogadro arv). 3. Valgu struktuuritasemed, interakstsioonid, mis stabiliseerivad struktuure Sekundaarstruktuur on polüpeptiidahela mingi osa lokaalne konformatsioon, mis on stabiliseeritud vesiniksidemetega amiidrühma vesiniku ja karbonüülrühma hapniku vahel. Tertsiaarstruktuur on kogu polüpeptiidahela kolmemõõtmeline struktuur
Tertsiaarstruktuur valgu polüpeptiidahela üldine 3-mõõtmeline pakkimin. Kvaternaarstruktuur polüpeptiidsete subühikute omavaheline asetus multimeerse valgu molekulis. Aminohappeline järjestus on igale valgule omane unikaalne tunnus, mis on kodeeritud vastava geeni nukleotiidse 3 järjestusega. Loetav N-terminusest C-terminuse poole. Lehekülg 3. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest. Liitvalgud sisaldavad lisaks aminohapetele ka mitte-aminohappelist osa. Kui mitte-aminohappeline osa on funktsionaalselt oluline, siis nim sed prosteetiliseks rühmaks.
Kui aminohappejäägid on polümeriseeritud üheks molekuliks, siis seal näeme, et selle polümeeri otsad erinevad üksteisest. Ühte otsa jääb vaba aminorühm, mis ei moodusta peptiidsidet. Teise otsa jääb vaba karboksüülrühm, mis samuti ei moodusta peptiidsidet. Nii räägimegi valkude puhul amiinoterminaalsest otsast või N-terminaalsest otsast ja karboksüülrühmast või C terminaalsest otsast. Nii on ka valkudel oma orientatsioon ja süntees toimub alati N-terminusest C-terminuse poole, ehk järgmine aminohappe jääk lülituks C-termaalsesse otsa. Kuidas valkusid sünteesitakse? Kuidas ribosoom teab, milline aminohappe jääk tuleb järgmisena sünteesitavasse valgu molekuli lülitada? On olemas sellised reeglid, et näiteks kui saabub ribosoomi selline mRNA osa, milles kõrvuti on näiteks tähed UCA, siis ribosoom teab, et tuleb lülitada Seriin jne
Histidiin,lüsiin ja arginiin 30. Milliste aminohappejääkide kaudu toimub valkudes disulfiidsildade moodustumine? Tsüsteiini jäägid 31. Kas peptiidside on oma olemuselt? Amiidside 32. . Mitme erineva aminohappe lülitamine valkudesse on geneetiliselt kodeeritud? 20 erineva AH 33. Mitmest aminohappejäägist võiks koosneda valk molekulmassiga 50 kDa? 400 34. Joonistage toodud neljast aminohappest moodustunud tetrapeptiid. Aminohapete järjestus tetrapeptiidi N terminusest alates oleks (a,b,c,d) Asparagiin Tsüsteiin iseleutsiin lüsiin Asn-Cys-Ile-Lys 35. Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine? Türosiin, seriin 36. Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine? Seriin ja asparagiin 37. Millised nimetatud molekulidest on valgud? kollageen, DNA polümeraas 38
30. Milliste aminohappejääkide kaudu toimub valkudes disulfiidsildade moodustumine? V: Tsüsteiin 31. Kas peptiidside on oma olemuselt: a) glükosiidne side b) esterside c) amiidside 32. Mitme erineva aminohappe lülitamine valkudesse on geneetiliselt kodeeritud? V: 20 33. Mitmest aminohappejäägist võiks koosneda valk molekulmassiga 50 kDa? a) 400 b) 50 c) 1100 34. Joonistage toodud neljast aminohappest moodustunud tetrapeptiid. Aminohapete järjestus tetrapeptiidi N terminusest alates oleks (a,b,c,d) (võivad olla erinevad aminohapped) asparagiin Tsüsteiin isoleutsiin lüsiin Asn-Cys-Ile-Lys 35. Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. V: Türosiin ja treoniin (ka seriin) 36. Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine. V: Seriin (treoniin) 37. Millised nimetatud molekulidest on valgud? (võivad olla erinevad molekulid)
Hb seob hapniku kopsus ja vabastab kudede kapillaarides · Kui Hb heemi Fe-le seotakse esimene hapniku molekul, initsieeritakse konformatsiooniliste muutuste seeria, mis kantakse üle teistele subühikutele · Selle tulemusel suureneb järgmise subühiku hapniku sidumise afiinsus · Sellist nähtust nimetatakse positiivseks kooperatiivsuseks Müoglobiini detailne struktuur Müoglobiini polüpeptiidahel koosneb kaheksast helikaalsest segmendist, tähistatud A-H (N- terminusest). 7-26 jäägi pikkused heeliksid on ühendatud lühikeste struktureerimata osadega, mida nimetatakse AB, BC jne. Veel tähistusi: His F8 tähendab, et F heeliksi 8. jääk on histidiin. Heem asetseb pakitud polüpeptiidahela sees. Müoglobiini struktuur Mb on monomeerne hemo- proteiin · Müoglobiinis on hapniku sidu- jaks polüpeptiidahelaga seotud heemne raud, mis esineb raud(II) vormis (Fe2+) · Fe2+ oksüdeerimisel omandab ta 3+ laengu
terminaalset nukleotiidi vahel), 3'-NTR-id aga mitte. Peale selle kujutavad mõlema segmendi terminaalsed järjestused endast inverteeritud korduvjärjestusi. Need terminaalsed struktuurid võivad moodustada sekundaarstruktuure, mis on olulised viiruse genoomi replitseerumiseks ja pakkimiseks. Segmendi A kodeeriv ala sisaldab erinevates faasides kahte osaliselt kattuvat ORF-i. Pikk ORF1 kodeerib 110 kDa polüproteiini. Valmis valkude järjekord polüproteiinis on (N-terminusest alates) VP2-VP4-VP3. ORF2 kodeerib VP5 valku (17 kDa). VP5 on mittestruktuurne valk, mis pole viiruse replikatsiooniks absoluutselt vajalik. Segmendi B kodeeriv ala sisaldab ühte lugemisraami, mis kodeerib VP1 valku. VP1 on dsRNA segmentide terminaalseks valguks (side RNA 5'-terminaalse G-jäägiga Ser-jäägi kaudu VP1-s), mille abil genoomi segmendid moodustavad stabiilseid rõnga kujulisi struktuure. Peale selle on
AUG start-koodon on komplementaarne initsiaator-tRNA-ga (ehk fMet-tRNA, antikoodoniks 3’ – UAC – 5’, mis võimeline seega seondama AUG start-koodoniga). Initsiatsioonisaidi valik sõltub suuresti 30S subühiku omavahelisest interaktsioonist mRNA järjestusega. Elongatsioon Elongatsioon on tsükliline protsess, mille ühe tsükli käigus pikeneb peptiidahel ühe aminohappe võrra. Valgud sünteesitakse N-terminusest C-terminuse poole. Igal aminohappel on alfa-aminogrupp ja alfa-karbosküülgrupp, järgmine aminohape lisatakse karboksüülhappele. Uue aminohappe aminorühm atakeerib alfa-karboksüülrühma süsinikku. Ribosoom loeb mRNA-d 5’ 3’ suunas (RNA sünteesi suund sama). Ribosoomi sees tRNA- d liiguvad alguses A, siis P ja lõpuks E saiti. Ribosoomi subühikud liiguvad teineteise suhtes iga elongatsioonitsükli käigus
Valkude srukturne ja funktsionaalne mitmekesisus baseerub 20 erineva aminohappe kombinatsioonidel. 33.(129) Mitmest aminohappejäägist võiks koosneda valk molekulmassiga 50 kDa? a) 400 b) 50 c) 1100 ca 400st aminohappejäägist. Ühe Daltoni (Da) võib võrdustada g/mol ja ühe AH molekulmassi keskeltläbi 110g/mol. Seega kõige lähedasem pakutud arvudest on 400. 34.(130) Joonistage toodud neljast aminohappest moodustunud tetrapeptiid. Aminohapete järjestus tetrapeptiidi N terminusest alates oleks (a,b,c,d) (võivad olla erinevad aminohapped) Nterminus: vaba aminorühm ehk esimene AH peptiidahelas annab peptiidsideme karbonüülrühma kaudu. 35.(131) Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. Serseriin, Thrtreomiin türosiin, seriin ja treomiin on ainukesed 20 kodeeritava ah seas, mis sisaldavad hüdroksüülrühm, mis saab seostuda
nii ATP-d kui ka ADP-d. F-iga seondub SpoIIAB-ATP, SpoIIAB-ADP seondub aga eelistatult SpoIIAA-ga. Seega sõltub F-i aktiivsus ATP/ADP suhtest prespooris. Emarakus avalduv spoIIG operon sisaldab kahte geeni, spoIIGA, mis kodeerib membraan-seoselist proteaasi ja spoIIGB, mis kodeerib E prekursorit. E aktiveeritakse proteaasi poolt vahetult pärast septumi moodustumist. E protsessingu käivitab prespooris avalduva F poolt kontrollitud SpoIIR ning SpoIIGA proteaas lõikab E prekursori N-terminusest maha 27 aminohapet. Sporulatsiooni hiliste geenide avaldumine F-i ekspressiooni tagajärjel transkribeeritakse geeni spoIIIG, mis kodeerib prespoori-spetsiifilist sigma faktorit G. G aktiivsus on samuti SpoIIAB poolt kontrollitud. Lisaks aktiveerib teda E poolt kontrollitav hüpoteetiline faktor Y. K ekspressiooni kontrollitakse nii transkriptsiooni, sait-spetsiifilise rekombinatsiooni kui ka valgu protsessingu kaudu. E aktiveerib transkriptsiooni aktivaatori spoIIID transkriptsiooni
ADP-d. F-iga seondub SpoIIAB-ATP, SpoIIAB-ADP seondub aga eelistatult SpoIIAA-ga. Seega sõltub F-i aktiivsus ATP/ADP suhtest prespooris. Emarakus avalduv spoIIG operon sisaldab kahte geeni, spoIIGA, mis kodeerib membraan-seoselist proteaasi ja spoIIGB, mis kodeerib E prekursorit. E aktiveeritakse proteaasi poolt vahetult pärast septumi moodustumist. E protsessingu käivitab prespooris avalduva F poolt kontrollitud SpoIIR ning SpoIIGA proteaas lõikab E prekursori N-terminusest maha 27 aminohapet. Sporulatsiooni hiliste geenide avaldumine F-i ekspressiooni tagajärjel transkribeeritakse geeni spoIIIG, mis kodeerib prespoori-spetsiifilist sigma faktorit G. G aktiivsus on samuti SpoIIAB poolt kontrollitud. Lisaks aktiveerib teda E poolt kontrollitav hüpoteetiline faktor Y. 86 K ekspressiooni kontrollitakse nii transkriptsiooni, sait-spetsiifilise rekombinatsiooni kui ka valgu protsessingu kaudu
annaabi.ee 
