(meteoniin). Viimaseks koodoniks on stopp- ehk nonsenskoodon (3 varianti), millele ei vasta ühtegi aminohapet. Translatsiooni terminatsioon Translatsiooni terminatsioon on protsess, mille kaigus lopuni sunteesitud polupeptiid ribosoomist vabaneb ning 70S ribosoom laguneb subühikuteks. Ka terminatsioonil osalevad valgulised faktorid, mis stimuleerivad polupeptiidi ulekannet tRNA-lt veele ja subuhikute dissotsiatsiooni. Polupeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub uks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG voi UGA. Stop-koodoneid tunnevad ara terminatsioonifaktorid RF-1 ja RF-2. RF-1 tunneb ara UAA ja UAG terminatsioonikoodoneid ning RF-2 UAA ja UGA terminatsioonikoodoneid. RF3 kompleksis GDPga kataluusib RF-1 ja RF-2 vabanemist ribosoomilt. Eukaruootides on ainult uks RF (eRF), mis tunneb ara koiki kolme terminatsioonikoodonit
panemiseni. 12 Lisaülesanded: 5.1) Sekveneerimissegu sisaldab nii dNTP kui ddNTP, mis on nende erinevus? dNTP- desoksüribonukleotiid- OH rühm puudub 2´asendis. ddNTP- didesoksüribonukleotiid- OH rühm puudub 2´ja 3´ asendites. Kuna ddNTP-l pole OH rühma 3´asendis ta ei ole võimeline moodustada fosfodiester sideme järgmisega nukleotiidiga. 5.2) Kui ddNTP inkorporeerub kasvavasse DNA ahelasse, miks ekstensioon termineerub? Kui ddNTP inkorporeerib kasvavasse DNA ahelasse, termineerub ekstensioon, sest ddNTP-l pole OH rühma 3´asendis ja ta ei ole võimeline moodustada fosfodiestersideme järgmise nukleotiidiga. 5.3) Pikemad järjestused (>1000 nt) sekveneeritakse järestuse otstest kahe erineva vastassuunalise praimeriga kahes erinevas katseklaasis. Miks ei teostata sekveneerimist kahe erineva praimeriga ühes katseklaasis? Kahe erineva praimeriga ei teostata sekveneerimist ühes katseklaasis, kuna sel juhul moodustub segasegment ja me ei saa sekveneerimise tulemuse näha
jällegi üks GTP molekul ja tekib EF-Tu~GTP (3) Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub EF-G toimel mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas, tarbides GTP energiat ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Translatsioon termineerub, kui terminatsioonifaktorid tunnevad A-saidis ära stop koodonid. Bakteris RF1 UAA ja UAG koodonid, RF2 UAA ja UGA. Eukarüootides on ainult eRF, mis tunneb ära kõiki 3 koodonit. A-saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasi aktiivsust ja peptidüültransferaas lisab polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühmale vee molekuli Vabaneb valmis polüpeptiidahel P-saidis asuvalt tRNA molekulilt ning vaba tRNA liigub ribosoomi E- saiti
panemiseni. 15 Lisaülesanded: 5.1) Sekveneerimissegu sisaldab nii dNTP kui ddNTP, mis on nende erinevus? dNTP-desoksü, ddNTP-didesoksü (2' ja 3' asendites vesinikud, terminaatornukleotiid). ddNTP ei inkorporeeru nii hästi, pannakse lahusesse suure kontsentratsiooniga (ülehulgas). 5.2) Kui ddNTP inkorporeerub kasvavasse DNA ahelasse, miks ekstensioon termineerub? 3' otsas on vesinik, ei saa moodustuda fosfodiesterside järgmise nukleotiidiga. 5.3) Pikemad järjestused (>1000 nt) sekveneeritakse järestuse otstest kahe erineva vastassuunalise praimeriga kahes erinevas katseklaasis. Miks ei teostata sekveneerimist kahe erineva praimeriga ühes katseklaasis? Sest järjestused kuhjuksid üksteise peale ning pildi pealt pole neid kerge eristada. 5.4) Sekveneeritav DNA sade lahustatakse formamiidis, mis sisaldab 5 mM lõppkontsentratsiooniga
ribosoomid, erinevad translatsioonifaktorid. mRNA molekuli nukleotiidne järjestus transleeritakse polüpeptiidi aminohappeliseks järjestuseks vastavalt geneetilisele koodile, mille alusel vastab igale aminohappele kas üks või mitu koodonit. Igal tRNA-l on oma aminohape ning antikoodon, mis paardub mRNA-l koodoniga. Peptidüültransferaas katalüüsib aminohapete vahel peptiidsideme. Kui valgu süntees termineerub, järgneb modifikatsioon, näiteks valgu prekursorite proteolüütiline lõikamine, glükosüleerimine, fosfolüleerimine, atsetüleerimine. 33. Autosoom-retsessiivse pärilikkusega sugupuu (3 põlvkonda, kui vanaisa ja vanaema olid mutatsiooni kandjad) 34. Mida tähendab sulamistemperatuur nukleiinhapete hübridisatsioonil (melting temperature) Tm0 ? Kuidas seda saab lihtsalt arvutada 20- meerse oligonukleotiidi paardumise puhul kui seal on 10 AT paari ja 10 GC paari
tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat. 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA. Stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid, milleks on valgud tähistusega RF (release factor. A-saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasi aktiivsust, nii et peptidüültransferaas lisab polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühmale vee molekuli. Selle tulemusena vabaneb valmis
DNA polümeraas I- lagundab RNA praimeri ja asendab DNA-ga DNA- polümeraas- viib läbi replikatsiooni Ligaas- ühendab Okazaki fragmendid Replikatsioon algab mitmes kohas, raku paljunemistsükli S-faasis suunas 3´--5` DNA- ahelad on antiparalleelsed, replikatsioon saab olla pidev ainult ühelt ahelalt(leading strand). Teiselt ahelalt Okazaki gragmentide kaupa. Vigade parandamiseks on DNApolümeraasil ´´proofreading´´- eemaldab valed ja asendab õigetega Replikatsioon termineerub siis kui kogu kromosoomistik on replitseerunud. 4. Transkriptsioon põhimõte, peamised ensüümid, erinevused euk. prok. Üheahelalise RNA süntees, mis on komplementaarne ühega kahest DNA ahelast ja kasutab seda DNA ahelat matriitsina sünteesil. Transkriptsioonis kopeeritakse DNA kodeeriva ahela(sense-ahel) aluste järjestus vastavaks mRNA ahelaks. Transkriptsiooni initsiatsiooni kompleks- trans-faktorid, TATA box, ´´enhancer´´ ja sellega
tRNA-ga, mis asub A-saidis. 3) Selle tulemusena vabaneb kasvav polüpeptiidahel tRNA-st P-saidis ja seotakse kovalentselt tRNA-ga, mis asub A-saidis Polüpeptiidahela elongatsioon toimub kiiresti. Bakteris E. coli kulub eelpoolkirjeldatud kolme etapi läbimiseks 0,05 sekundit. Seega kulub 300 aminohappe pikkuse polüpeptiidi sünteesiks ligikaudu 15 sekundit. 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Translatsioon termineerub, kui terminatsioonifaktorid tunnevad A-saidis ära stop koodonid Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA. Stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid, milleks on valgud tähistusega RF (release factor). Bakteris E. coli on kaks RF-i: RF-1 tunneb ära UAA ja UAG terminatsioonikoodoneid ning RF-2 UAA ja UGA terminatsioonikoodoneid. Eukarüootides on ainult üks RF (eRF), mis tunneb ära kõiki
3. Ribosoomi A saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam AH-ga seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub EF-G toimel mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3' otsa suunas, tarbides GTP energiat ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Translatsioon termineerub, kui terminatsioonifaktorid tunnevad A-saidis ära stoppkoodoni. Bakteris RF1 tunneb ära UAG ja RF2 UGA ning mõlemad tunnevad ära UAA. Eukarüootides on ainult eRF, mis tunneb ära kõik 3 koodonit. · A-saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasi aktiivsust ja peptidüültransferaas lisab polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühmale vee molekuli
3) Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub EF-G toimel mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3'-otsa suunas, tarbides GTP energiat ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül- tRNA molekuliga. 67. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Translatsioon termineerub, kui terminatsioonifaktorid (valgud tähistusega RF) tunnevad A-saidis ära stoppkoodonid. UAA, UAG, UGA. 1)A-saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasiaktiivsust,nii et see lisab polüpeptiidahela viimase karboksüülrühmale vee molekuli 2)selle tulemusena vabaneb valminud polüpeptiidahel ning vaba tRNA liigub ribosoomi E-saiti. 3)nüüd on ribosoomi subühikud valmis ühinema uue polüpeptiidahela sünteesiks. 68. Geneetiline kood ja selle omadused.
asub A-saidis. 3) Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub EF-G toimel mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3’ otsa suunas tarbides GTP energiat ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Translatsioon termineerub, kui terminatsioonifaktorid tunnevad A-saidis ära stopkoodonid (UAA, UAG, UGA). A- saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasi aktiivsust ja peptidüültransferaas lisab polüpeptiidahela viimase aminohappe karboksüülrühmale vee molekuli. Vabaneb valmis polüpeptiidahel P-saidis asuvalt tRNA molekulilt ning vaba tRNA liigub ribosoomi E-saiti. Translatsiooni terminatsiooniprotsess lõpeb mRNA vabanemisega ribosoomilt ja ribosoomi jaotumisega kaheks alaosaks
interakteeruma liiderjärjestuses asuva koodoniga. Tulemuseks on aminoatsüül tRNA süntetaasi geeni transkriptsiooni terminatsioon. Trüptofaani degradatsioon Transkriptsiooni regulatsiooni attenuatsiooni kaudu on kirjeldatud ka kataboolsetel operonidel. Üheks näiteks on trüptofaani katabolismi operoni tnaAB regulatsioon. Kui trüptofaani rakus pole, translatsioon peatub, sest rho-faktor saab seonduda RNA-ga, mille tulemusena transkriptsioon termineerub. Antiterminatsioon valgulise faktori abil, mis seondub mRNA-ga Bacillus subtilise trp operon on negatiivselt reguleeritud TRAP (Trp Attenuator Protein) poolt. Trp olemasolul seondub see valk (G/U)AG kordusjärjestustele, mis asuvad trp mRNA liiderjärjestuses. Trp puudumisel TRAP ei seondu ja moodustub antiterminaator alternatiivne sekundaarstruktuur, mis kattub terminaatorjärjestusega. Globaalne regulatsioon aminohapete nälja puhul
Üheks näiteks on trüptofaani katabolismi operoni tnaAB regulatsioon. Operoni 319 nt-pikkuses liider-RNA-s moodustub rho-sõltuv transkriptsiooni terminaator. Liiderjärjestus kodeerib 24 aminohappe pikkust liiderpeptiidi ning kodeeriva järjestuse kindlas positsioonis asub Trp koodon. Kui trüptofaani rakus pole, translatsioon sellel kohal peatub ning rho-faktor saab seonduda RNA-ga, mille tulemusena transkriptsioon termineerub. Trüptofaani ülehulgas tõuseb tnaAB transkriptsioonitase rakus 100 korda, kuna rho-sõltuvat transkriptsiooni terminatsiooni ei toimu. Transkriptsiooni antiterminatsioon regulaatorvalkude abil Transkriptsiooni antiterminatsiooni spetsiifiliste valkude abil on kirjeldatud eeskätt suurte operonide puhul, kus geenide avaldumine toimub etapiviisiliselt. Antiterminatsioonil on kirjeldatud 2 mehhanismi:
võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat. Polüpeptiidahela elongatsioon toimub kiiresti. Bakteris E. coli kulub eelpoolkirjeldatud kolme etapi läbimiseks 0,05 sekundit. Seega kulub 300 aminohappe pikkuse polüpeptiidi sünteesiks ligikaudu 15 sekundit. Translatsiooni terminatsioon Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA. Stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid, milleks on valgud tähistusega RF (release factor). Bakteris E. coli on kaks RF-i: RF-1 tunneb ära UAA ja UAG terminatsioonikoodoneid ning RF-2 UAA ja UGA terminatsioonikoodoneid. Eukarüootides on ainult üks RF (eRF), mis tunneb ära kõiki terminatsioonikoodoneid. A-saiti sisenenud RF muudab
võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat. Polüpeptiidahela elongatsioon toimub kiiresti. Bakteris E. coli kulub eelpoolkirjeldatud kolme etapi läbimiseks 0,05 sekundit. Seega kulub 300 aminohappe pikkuse polüpeptiidi sünteesiks ligikaudu 15 sekundit. Translatsiooni terminatsioon Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA. Stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid, milleks on valgud tähistusega RF (release factor). Bakteris E. coli on kaks RF-i: RF-1 tunneb ära UAA ja UAG terminatsioonikoodoneid ning RF-2 UAA ja UGA terminatsioonikoodoneid. Eukarüootides on ainult üks RF (eRF), mis tunneb ära kõiki terminatsioonikoodoneid. A-saiti sisenenud RF muudab
annaabi.ee 
