lämmastikalusteks A, G, C ja U. See RNA tüüp osaleb valgusünteesis. X 6. Loe artikkel ja vasta küsimustele. http://tartu.postimees.ee/315748/aparaat-loeb-otsast-lopuni-kogu-dna a) Mida teeb genoomi sekveneerija? Uus tehnoloogia annab infot inimese pärilikkusaine kohta algusest kuni lõpuni ehk järjestab kõik kolm miljardit nukleotiidi, ja seda vaid nädalaga. Seda on vaja, et kiiremini haigeid ravida b)Miks on vaja genoome sekveneerida? . Genoomi sekveneerimine tähendab genoomi nukleotiidse järjestuse määramist ehk kui teadlased seda järjestust teavad, teavad nad kogu infot ühe indiviidi pärilikkuse kohta. Leia internetist võimalikult palju näiteid liikide kohta, kelle genoom on praeguseks sekveneeritud.
mustandgenoomi järjestuse loomist, millelelt edasiselt on võimalik andmete edasine analüüs ja tulemuste tõlgendamine. Joonis 1. Genoomi koostu paneb genoomi kokku lühikestest DNA sekventsijuppidest. Koostu kvaliteet Kuigi esineb teravaid probleeme koostute tegemisel, ei takista see asjaolu uute genoomiprojektide alustamist. Projekt i5k alustati aastal 2009 ja selle eesmärgiks on 5000 putukagenoomi sekveneerimine. Sellele järgneb Genome 10K projekt, mille eesmärk on sekveneerida 10 000 selgroogse genoomi. Ulatuslikuma eesmärgi on seadnud Hiinas asuv globaalne sekveneerimiskeskus BGI Shenzhen, mille sooviks on sekveneerida nii miljoni inimese, taime, mikroobi kui ka looma genoomi. Põhjused, miks koostus vead esinevad, on mitmesugused. Järjestusetükid on koostu ülesehitamisel kõrvale heidetud (märgistatud kui viga või kordus), tükkide ühinemine on toimunud vales asukohas või tükkide suund on vääralt määratud
Fagemiid on plasmiid, mis sisaldab f1 filomentse faagi regiooni, mis sisaldab replikatsiooni alguspunkte. Fagemiid Plasmiid M13 1.Filamentse faagi 1.toodab palju 1. ringikujuline DNA ahel kujuna või plasmiidina; rekombinantset DNAd 2.laseb eraldada kloonitud DNA võib käituda nii 2.kasutatakse cDNA fragmendid üheahelalisel kujul (võimalik plasmiidina, kui ka kloonimiseks sekveneerida) faagina 3.Konjugatiivsed ja 3.ei tapa bakterirakku 2.stabiilne mitte, runway tüüp 4.F-spetsiifiline rekombinantne DNA 3.Üheahelaline DNA 4.Sobib suuremate fragmentide sisseviimiseks 12. Kuidas on võimalik ligeerida sisend vektorisse õige suunaga? Kõige lihtsam on lideerida kleepuvate otstega DNA fragmentdid. DNA fragmendi paigutamiseks vektorisse õige suunaga, kasutatakse 2 piiravat restriktsiooni ensüümi DNA läbitöötamiseks, et
Esimene aminohape Reverse praimer Forward praimer Vektori järjestus Milliseid programme kasutasin? Bioedit näitas sekveneerimise tulemusi, leidsin sealt usaldusvahemikud ja hindasin sekventsi kvaliteeti. BLAST andis nukleotiidse järjestuse põhjas vastava geeni ja seejärel vaatasin mis pidi insert on sisenenud, kas on gapse ja mutatsioone. 15 Mis juhtub kui proovid ühes reaktsioonisegus kahe praimeriga korraga sekveneerida? Saame kaks nukleotiidset järjestus mis katavad üksteist ja teevad lugemise võimatuks. Väga pikkade fragmentide sekveneerimiseks kasutatakse forward ja reverse praimereid, kuid eraldi reaktsioonides. Praktiline töö nr. 10: Ümberkloneerimine Eesmärk: Sekveneerimistulemuste põhjal koostada plaan funktsionaalse ekspressioonivektori koostamiseks, millega saaks huvipakkuvat valku (liitvalguna koos GFP-ga) koekultuuri rakuloonides ekspresseerida. Töö käik:
praimeriga kahes erinevas katseklaasis. Miks ei teostata sekveneerimist kahe erineva praimeriga ühes katseklaasis? Sest järjestused kuhjuksid üksteise peale ning pildi pealt pole neid kerge eristada. 5.4) Sekveneeritav DNA sade lahustatakse formamiidis, mis sisaldab 5 mM lõppkontsentratsiooniga EDTA-d (FA+EDTA lahus). Kui palju on vaja pipeteerida 800 l FA+EDTA tegemiseks 0,5 M EDTA lahust? 8 l. Kokkuvõte: Mastermix oli millegi pärast inaktiveerunud ning DNA-d ei õnnestunud sekveneerida. 16 Töö nr 6: Rekombinantse DNA järestuse bioinformaatiline analüüs (teostatakse auditooriumis/arvutiruumis või iseseisvalt) (1) Saadud DNA järjestuse editeerimine, vastavalt saadud elektroforegrammile, kasutades programme MS Word, DNAMAN, Chromas, jt. plasmiidii osa lahutamine.
geeniprodukte neid iseloomustava: bioloogilise protsessi, rakulise komponendi, molekulaarse funktsiooni nomenklatuuri abil liigist sõltumatul moel. Go projekti iseloomustab ontoloogiate arendus ning hooldus ja tarkvaraarendus (võimaldab ontoloogiate loomist, hooldamist ja kasutamist) 27. Mis on järjestamine? 4:3. DNA sekveneerimine e. järjendamine tähendab protsessi, mille käigus selgitatakse DNA nukleotiidne järjestus. 28. Milliseid molekule saab sekveneerida? DNA, RNA, valgud. 29. Kirjeldage tähtsamaid sekveneerimise ajalooga seotud verstaposte. Mis oli nende avastuste ja tehnoloogiate tähtsus? 4:6- 10, 4:14. 1951. aastal tegi Frederick Sanger kindlaks veise insuliini aminohappelise järjestuse. Esimene sekveneeritud molekul oli seega valk! 1953. aastal avaldasid James D. Watson ja Francis Crick artikli DNA kaksikheeliksmudeli kohta. Sek. meetodi looja oli 1977.aastal Frederick Sanger
2.2) Millisel juhul võib bakterikoloonia sisaldada rekombinantset plasmiid, kuid samas koloonia värvus on ikka sinine. Kuidas määrata, et selles koloonias on rekombinantne plasmiid? Bakterikoloonia võib sisaldada rekombinantset plasmiid, kuid samas koloonia värvus on ikka sinine, juhul, kui insert on väga väike ja ei muuda lugemisraami või kui järjestuses ei ole Stop-koodonit. PCR, ühe või teise praimeriga sekveneerida järjestus, restriktsiooniga on võimalik määrat ,et selles koloonias on rekombinantne plasmiid. 5 2.3) Mis juhtub, kui jätta Amp panemata? Meie bakterid on resistentsed Amp-le. Amp abil surevad teised bakterid ära ja me saame lihtsalt eristada vajalikud kolooniad. 2.4) Rakkude kompetentsus on nende võime vastu võtta DNA-d/plasmiidi. Ligeerimissegu transformatsiooniks võiks rakkude kompetentsus olla vähemalt 106. See tähendab, et 1 mikrogrammi
· Eri patogeenide tuvastamine (tollis) Loetakse fluorestsentsanduritega. Affymetrix Gene ChipTM: Klaasil kovalentse linkeri abil fotoaktiivsed järjestused, mask ees. Vahel avatakse teatud positsioonid maskis ja lisatakse mingi nukleotiid, mis ühineb -> protekteeritakse -> mask ette tagasi -> avatakse järgmised positsioonid. Nii sünnibki jupphaaval oligonukleotiid. Oligokiibid: Uuritakse absoluutset geeniekspressiooni taset kui palju saab sekveneerida (?) SNPde genotüpiseerimine Spotitud cDNA mikrokiibid: DNA kloonid klaasile, kuhu hübridiseeritakse RNA, millest tehtud cDNA, mis värvitakse ja hübridiseeritakse microarrayga. Kahe laseriga (punane, roheline) mõõdetakse tulemit. Arvuti arvutab välja ekspressioonitasemete pildi: midagi on tõusnud, midagi langenud, midagi samaks jäänud. Näiteks anname rakukle kuumasoki ja siis analüüsime 2000 geeni reaktsiooni. plussid: odavamad, paidlikumad,
ala. Kolmanda etapina viib polümeraas läbi 5'--> 3'suunas praimerite pikendamise (3). Käesolevat tsüklit korratakse mitmeid kordi, mille tulemusena saadakse lõpus piisavas ülehulgas soovitud kopeeritud ala, et seda edasi analüüsida vastavalt vajadustele. 46. Kuidas on polümeraasi ahelreaktsioon muutnud geenitehnoloogiat? Tänu PCR-ile saame väikesest kogusest DNA-st teha uurimiseks vajaliku suurusega nukleiinhappe. Saame näiteks muteerunud geene uurida, genoome sekveneerida, uusi ravimeid väljatöötada, kriminalistikas “geneetilist sõrmejälge uurida ja palju muud. 47. Milleks kasutatakse bioloogias tsentrifuugimist? Tsentrifuugides eraldatakse lahusest teatud suuruse, kuju, tiheduse, viskoossusega osakesi. Mõõdetakse molekulide suurust. 48. Kromatograafia Sisuliselt meetodite grupp segudes ainete eraldamiseks üksteisest. Ained eraldatakse nende adsorptsiooni- või jaotusomaduste erinevuse järgi. Moodsad
XX/X0-mosaiigid arenevad organismideks, kelle vasak kehapool on emasorganismi tunnustega (XX) ja parem kohapool on isasorganismi tunnustega (X0), iga rakk arendab välja oma sugulise fenotüübi sõltumatult teisest rakust, suguline mosaiik 260. Inimese genoom: 20 000- 25 000 struktuurgeeni, Inimgenoomi Organisatsioon e. HUGO- esimene direktor James Watson, eesmärgiks kaardistada kõik inimese geenid, sekveneerida inimese kõik 24 kromosoomi, konstreerida inimese genoomi füüsikaline kaart 261. Antikeha geenide assembleerimine: a)Kerge ahela lambdageenide assambleerimine kahest geenisegmendist b)Kerge ahela kapageenide assambleerimine kolmest geenisegmendist c)Raske ahela geenide assambleerimine neljast geenisegmendist d)Varieeruvad ühendamissaidid 262. Kerged ja rasked ahelad: Inimese antikehade raskete ahelate geneetiline determinatsioon- iga raske ahela geen
neodarvinismi ja NT vahel. Molekulaarset evolutsiooni jälgitakse kas valkude aminohappelise järjestuse varieeruvuse alusel, või veel parem - otseselt DNA järjestuse alusel. Erijuhtudel ka RNA järjestuste alusel. DNA omab olulisi eeliseid, kuivõrd a) kaugelt suurem osa genoomist ei kodeeri paljude organismide puhul valke; b) kaugeltki mitte kõik muutused geenis ei pruugi põhjustada aminohappe muutust. Neutraalse teooria (NT) ideestiku algajal (1968 - 1975) ei osatud veel sekveneerida DNA’d ja ka valkude massiline sekveneerimine evolutsioonibioloogiliste küsimuste lahendamiseks ei olnud valdavalt jõukohane. Seetõttu saadi suurem osa andmeist palju kaudsemate meetoditega - põhiliseks oli valkude elektroforeetilise liikuvuse muutuste hindamine. Nii saadud andmed aga ei peegelda kaugeltki piisava täpsusega mutatsioonide (polümorfismi) tegelikku taset geenis - liikuvuse muutumine elektriväljas eeldab laengu muudatust, mis aga ei käi kaasas kaugeltki iga
Kiire Vähi genoomi mosaiikne struktuur muudab CNVde tuvastamise keerulisemaks Sondide jaotus ei ole homogeenne – spetsiifiline regioon jääb sidumata, piiratud resolutsioon. Ei võimalda tuvastada tasakaalustatud kromosomaalseid translokatsioone, inversioone ja ülegenoomset ploidsuse muutust ilma teiste meetoditega kombineerimist. • Paired-end sekveneerimine – võimaldab sekveneerida fragmendi mõlemad otsad ja saada kõrge kvaliteediga, joondatavad järjestuse andmed. DNA proov fragmenteeritakse ja spetsiifilise suurusega fragmentide otstesse ligeeritakse adaptorid. Fragmendid tsirkulariseeritakse adaptorite vahendusel, lõigatakse ning selekteeritakse adaptoreid sisaldavad fragmendid. Fragmentide otsad sekveneeritakse kaardistatakse võrrelduna referents järjestusega. Kui otsad on
kaksikhelikaalse struktuuri. 1993-ndast aastast juhib projekti Francis Collins. Töö jaotati erinevate teaduslaborite vahel (põhilised tegijad 8 laborit USA-st ja Sangeri Keskus Inglismaalt). 1998. aastal moodustas J. Craig Venter (juhtis enne seda Rockvilli Genoomiuuringute Instituuti Marylandis ja oli seni sekveneerinud mitmete bakterite genoome) firma Celera Inc. Projekti finantseeris Perkin-Elmer korporatsioon. Venter lubas sekveneerida inimese genoomi täielikult kolme aasta jooksul. Võrreldes HGP projektiga olid Venteril kasutada uut tüüpi, võimsamad automaatsekvenaatorid. Konkurents inimese genoomi sekveneerimisel kiirendas ka HGP tegevust. Kogu genoomi DNA järjestuse mustandvariandi valmissaamisest teatati 2000-nda aasta juunis mõlema konkureeriva projekti poolt. Sekveneeriti mitme inimese DNA segu. Saadud andmete põhjal leiti, et inimesel on 30000 kuni 40000 geeni. Inimese genoom on 3 miljardit aluspaari pikk
kaksikhelikaalse struktuuri. 1993-ndast aastast juhib projekti Francis Collins. Töö jaotati erinevate teaduslaborite vahel (põhilised tegijad 8 laborit USA-st ja Sangeri Keskus Inglismaalt). 1998. aastal moodustas J. Craig Venter (juhtis enne seda Rockvilli Genoomiuuringute Instituuti Marylandis ja oli seni sekveneerinud mitmete bakterite genoome) firma Celera Inc. Projekti finantseeris Perkin-Elmer korporatsioon. Venter lubas sekveneerida inimese genoomi täielikult kolme aasta jooksul. Võrreldes HGP projektiga olid Venteril kasutada uut tüüpi, võimsamad automaatsekvenaatorid. Konkurents inimese genoomi sekveneerimisel kiirendas ka HGP tegevust. Kogu genoomi DNA järjestuse mustandvariandi valmissaamisest teatati 2000-nda aasta juunis mõlema konkureeriva projekti poolt. Saadud andmete põhjal leiti, et inimesel on vähem geene kui algul arvati 30000 kuni 40000. Inimese genoom on 3 miljardit aluspaari pikk
annaabi.ee 
