1990ndate. popmuusika Taasiseseisvumisega muutus palju ka popmuusikas. Esile kerkis terve hulk muusikatootjaid ja muusika müüjaid- produtsente, mänedzere, promootoreid. 1990. aastatel oli Eurovisiooni lauluvõistlus suureks läbilöögiks, millest Eesti osa võis võtta. Suurem edu saavutati 1996. a Oslos, kui Ivo Linna ja Maarja-Liis Ilus laulsid ,,Kaelakee häält``. Pärast seda avanes Maarjal paljud eelised. 1990. aastate Eesti popmuusika mitmetest suundadest oli üks tooniandvam kindlasti tantsumuusika. Tipptasemel tehnika kättesaadavus muutis selle muusika tootmise suhteliselt lihtsaks ja tegijaid oli palju. Kümnendi esimesel poolel paistsid
Retroviirusvektoritega saab sisestada materjali vaid jagunevatesse rakkudesse. Paljudes kudedes aga suur osa rakkudest ei jagune. Seega tuleb kasutada teisi meetodeid. Kuna koed millesse on vaja sisestada geneetilist materjali on tavaliselt väga erinevad, siis ka meetodid on erinevad.(2) VIIRUSLIKUD SÜSTEEMID Retroviirused ja retroviirusvektorid Näiteks kasutatakse pakkimisliini konstrueerimisel erinevaid promootoreid asetades gag ja pol geenid 5'LTR-i kontrolli alla ja env geeni tsütomegaloviiruse promootori kontrolli all. (Sellist konstrukti nim. plasmoviiruseks ja see ei tohiks rekombineeruda replikatsiooni kompetentse retroviirusega. Sinna saab sisestada vaid 3.5 kb DNA-d). Teine võimalus on vektori pakkimine teise viiruse valk-kesta (envelope) sisse, mis määrab seostumise ja infektsiooni spektri. Nimetatakse viiruse pseudotüüpideks.(2) Adenoviirused
rakkudes ja kudedes. 16. Mis on MARide funktsioon? a. Iga kromosoom on üks DNA molekul, mis on pakitud nukleosoomidesse ja keeratud 30 b. nm kiududeks. Viimased kinnituvad valgumaatriksile spetsiifiliste järjestuste (MARide) c. abil. 17. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud gene? a. Footprinting. Märklaud geenid ei sisalda TATAboxi. 18. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? a. Sidumine proksimaalse elemendi teatud järjestusele stimuleerib peatunud RNA-polII jätkama elongatsiooni ja indutseerib kiiret reinitsiatsiooni uute RNA-polII molekulidega. 19. Mida tähendab väljend "kasutades lacZ reporterina" ja mis analüüsi- meetodiga on tegu? Transgeenne analüüs. a. Reportergeen viiakse uuritavasse rakku... 20. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid
16. Nimeta vähemalt 3 üldist bioloogilist protsessi, kus enhancerite aktiivsusega kontrollitakse geeni ekspressiooni tasemeid? Enhancerite näiteid: (1) Pärmi GAL1 ja GAL10 geenid. Need 2 geeni on reguleeritud ühe enhanceri juuresolekul ja transkribeeritud vastupidistes suundades. (2) Inimese globiini geeniklaster. 17. Kuidas tuvastada transkriptsiooniregulaatorite märklaud geene? 18. Miks kasutatakse "heat-shock" geenide promootoreid? (Jälle üks imelik küsimus, selleks, et geenilt trankribeerida mRNA ja mRNA'lt vajalik valk.) Heat-shock geenide aktiivsus indutseeritakse rakusiseste tingimuste muutumisel, mille tagajärjel valgud hakaksid denatureerima. 4 Mõned neist geenidest kodeerivad valke, mis on denatureerivatele tingimustele erakordselt vastupidavad, teised jälle tsaperone, mis denatureeritud valke uuesti re-struktureerivad. Heat-shock geenide transkriptsioonil peatub
Saba südamikus olev toru läbib rakukesta, kuid mitte rakumembraani ning valkkatteta DNA siseneb läbi rakumembraani. Selleks, et faagi DNA oleks kaitstud rakusiseste nukleaaside eest, on ta modifitseeritud. Faagi paljunemistsükli erinevatel etappidel avalduvad erinevad geenid. Varajases infektsioonistaadiumis inaktiveeritakse faagi poolt kodeeritud valkude abil raku geenide transkriptsioon ja translatsioon. Bakteri RNA polümeraas modifitseeritakse nii, et ta tunneb ära faagi geenide promootoreid. Toimub ka intensiivne faagi genoomi paljundamine. Hilised geenid kodeerivad faagi kapsiidi valke ja faagi DNA-d lahtilõikavaid ensüüme. Lisaks basaalplaadis sisalduvale lüsotsüümile sünteesitakse ka lahustuvat lüsotsüümi, mis hävitab rakuseina. Vabaneb 200 viiruspartiklit, kogu infektsioonitsükkel kestab 25 minutit. Faag paljuneb erinevates bakteritüvedes erineva edukusega. Seda nähtust kirjeldati esmalt faag lambda ja P2 puhul. W. Arber leidis, et T4 paljunemine on osades E
Samasse stimuloni kuuluvate regulatoorsete üksuste tööd kontrollivad erinevad regulaatorid. Stiimulite mõjul võidakse sünteesida väikeseid signaalmolekule nagu näiteks cAMP, ppGpp või homoseriin laktoon, mis mõjutavad transkriptsiooni kas otseselt või interakteerudes transkriptsioonifaktoritega. Globaalse regulatoorse võrgustiku uurimine eeldab erinevate meetodite kombineeritud rakendamist: 1. Genoomi järjestuse analüüs võimaldab identifitseerida potentsiaalseid promootoreid ja motiive, mis on konserveerunud sama regulaatori poolt kontrollitavate geenide ees. Regulaatori seondumisala suurem kokkulangevus konsensusjärjestusega esineb geenide puhul, mille avaldumisele on uuritaval regulaatoril tugevam efekt ja siis, kui regulaatorvalk seondub ühte kindlasse saiti promootorala ees. Samas valgud, mis seonduvad paljudesse saitidesse, interakteeruvad tavaliselt ka teiste valkudega. Valkude kooperatiivsel seondumisel DNA-ga ei
70 on vajalik bakterile eluliselt tähtsate geenide, nn. "house keeping" geenide avaldumiseks eksponentsiaalselt kasvavates 4 rakkudes. Seetõttu nimetatakse seda põhiliseks faktoriks. Bakteris Escherichia coli on põhiliseks faktoriks 70, Bacillus'es 43. Stressitingimustes (näit. temperatuuri tõus kasvukeskkonnas, toitainete nälg, oksüdatiivne stress) lülitatakse tööle geenid, mille promootoreid tunnevad ära alternatiivsed faktorid. faktorite tähistamisel kasutati algul indeksit, mis iseloomustas vastava valgu liikuvust SDS geelis. Paljud faktorid liikusid aga anomaalselt ning sellepärast hakati indeksina kasutama arvestuslikku molekulmassi kDa-nites, mis tuletati geeni pikkusest. Näit. Bacillus subtilise 43 algne tähis oli 55. Bacilluse puhul jäädi ka selle nomenklatuuriga hätta, kuna mitmete faktorite molekulass oli ligikaudu 30 kDa. Seetõttu võeti kasutusele tähestik
Pärast integreerumist transkribeeritakse viiruse DNAlt kui raku geenilt peremehe RNA polümeraas II poolt, tekib täispikkusega RNA, milles lihtsatel retroviirustel on gag, gag-pol või env geenijärjestused. Täispikkusega genoomi transkriptid võivad assambleeruda uuteks virionideks. Kuna viirus käitub raku geenina sõltub tema replikatsioon viiruse DNA metüleerituse astmest ja raku kasvukiirusest, peamiselt aga raku võimest ära tunda LTRregiooni enhancereid ja promootoreid. Raku stimulatsioon vastusena teistele infektsioonidele, tsütokiinide või mitogeenide toimel toodab transkriptsioonifaktoreid, mis seostuvad LTRiga, võivad viiruse transkriptsiooni aktiveerida. Kui viirus kodeerib viiruse onkogeene, võib ta promoda rakukasvu, stimuleerida transkriptsiooni ja seega viiruse replikatsiooni. Raku võime retroviirusgenoomi transkribeerida on koetropismi ja peremeeste spektri teine peamine determinant. HTLV ja HIV on komplekssed retroviirused
mis keerduvad ümber CBP interaktsioonidomääni. Ligand-siduvad domäänid funktsioneerivad tuuma-retseptoritel kui aktivatsioonidomäänid, kui nad on ligandseoselises vormis. Ligandi sidumine indutseerib konformatsioonilise muutuse, mis lubab ligand-siduval domäänil ligand-seoseliselt anda interaktsioone ka tuuma-retseptorite ko-aktivaatori lühikese -heeliksi domääniga, mille tulemusena moodustub kompleks, mis aktiveerib nende geenide promootoreid, mis sisaldavad tuuma-retseptori sidumissaiti. 23. Mis on sidumissait? ja mille poolest ta a)sarnaneb, b)erineb TATAbox-st? Sidumissait on ala DNA-l, millele transkriptsioonifaktor seondub. Mõlemad on transkriptsioonifaktorite sidumisalad. TATA-box esineb eukarüootides, sidumissait on ka prokarüootides; TATAbox-ile seondub TBP (mõni TAF ka; TFIID kompleks), konkreetne järjestus; sidumissaitidel on erinevad järjestused, mistõttu võib neile seonduda ka erinevaid transkriptsioonifaktoreid
subühikud on α – geen rpoA; β subühik, geen rpoB, β’, rpoC; sigma, rpoD. Holoensüümis on kaks α subühikut, üks β, üks β’ ja üks sigma. Molekulmass 428-486 kDA. Transkriptsiooni elongatsiooni viib läbi põhi- e. tuumikensüüm – core enzyme, milles puudub sigma subühik, seega olemas α, β, β’. sigma subühik osaleb ainult translatsiooni initsiatsioonil suunates põhiensüümi seondumist promootoriga. Kuna on mitut tüüpi promootoreid, siis on vastavalt ka mitu sigmafaktorit. Põhiline on sigma 32 – valk, mis suunab suure enamuse bakteri geenide avaldumist. Polümeraasis toimub struktuurne muutus töö käigus. Ühest faasist teise üleminekul on see väga oluline, Bakteri RNA polümeraas koosneb mitmest polüpeptiidist (α, 2β ja γ). Algul on avatud, hiljem suletud. RNA polümeraasi kiirus: 40-80 nukleotiidi sekundis, DNA polümeraasi kiirus: 1000 nukleotiidi sekundis
SIR aga tunneb ära H3 ja H4 N-terminusi, mis on SIR2 aktiivsusest tingituna deatsetüleeritud vormis. Kromatiini remodelleerijad. Repressorid võivad teatud geenidel kontrollida histoonide deatsetüleerimist, aktivaatorid kontrollivad teatud geenidel histoonide atsetüleerimist, histoonide teatud AAjääkide modifitseerimise kaudu kontrollitakse kromatiini kondensatsiooni, kromatiini moduleerivad faktorid võivad aktiveerida või represseerida teatud geenide promootoreid. Mediaator kompleks ja selle tähtsus moodustab molekulaarse silla aktivatsioonidomeenide ja RNA Pol II vahel, on veel üks ko-aktivaatori tüüpe. 23. Transkriptsioonifaktorite aktiivsuse regulatsioon. INF-initsieeritud geeni regulatsioon: STAT1 fosforüülimine, dimerisatsioon ja translokatsioon tuuma, kus initsieerib INF-tundlike geenide transkriptsiooni. 24. Kus toimub transkriptsioon? Tuumas. Kus transkriptsioonifaktorid rakus paiknevad? Tuumas ja tsütoplasmas
rpoC ' (beeta prim) 160 kDa rpoD (sigam) 32-90 kDa Holoensüümis on kaks subühikut, üks , üks ' subühik ja üks sübühik (2') molekulmassiga 428-486 kDa. Transkriptsiooni elongatsiooni viib läbi põhi- e. tuumikensüüm ('core enzyme' ingl. k.), milles puudub subühik, seega 2'. subühik osaleb ainult translatsiooni initsiatsioonil suunates põhiensüümi seondumist promootoriga. Kuna bakteri kromosoomides on mitut tüüpi promootoreid, siis on ka neile vastavaid faktoreid mitu. Neist põhiline on 32, molekulmassiga 32 kDa, valk mis suunab suure enamuse bakteri geenide avaldumist. 1999. aastal avaldati kolm olulist tööd RNA polümeraaside ruumilisest struktuurist (vt. Cell vol. 98, Sep. 17), mis kirjeldavad pärmi RNAP II (kuni 6 Å lahutuse tasemel) ja bakteri Thermus aquaticus RNA polümeraasi põhiensüümi (3,3 Å lahutuse tasemel) ruumilst struktuuri.
globaalne regulatsioon). RNAP kuues subühik -subühik ehk -faktor on vajalik ainult promootori äratundmiseks ning avatud kompleksi moodustumiseks. Esimeste RNA nukleotiidide sünteesimiste järel -faktor vabaneb ning RNAP apoensüüm jätkab transkriptsiooni elongatsiooni ning lõpetab RNA sünteesi. E. coli'l on 7 põhilist -faktorit, mida kasutatakse geenide ekspressiooni reguleerimiseks, kuna -subühikud tunnevad ära erinevaid DNA järjestusi ehk promootoreid. Erinevalt eukarüootidest on eubakteritel promootor alati geeni ees. Bakteritel on üheks globaalseks regulatsiooni võimaluseks reguleerida geenide avaldumist erinevate sigma faktoritega. Tavaliselt on bakteritel mitmeid sigma faktoreid, mis tunnevad ära erinevaid promootoreid ning reguleerides sigma faktorite ekspressiooni rakus on võimalik reguleerida stimulone sigma faktoritega. 8.2. Sigma faktorid ja promootorite konsensused
jäävad initsiatsioonisaidist ,,ülespoole", seega 5´ suunas, näidatakse ,,-" märgiga, mis aga jäävad ,,allapoole", näidatakse ,,+" märgiga. Järgnevalt leiab täpsemat käsitlust bakteris Escherichia coli toimuv transkriptsiooni initsiatsioon. Bakteris E. coli (nii nagu ka teistes graam-negatiivsetes bakterites) on mitu erinevat sigma faktorit, millest põhiline 68 on sigma70. See sigma faktor võimaldab ära tunda promootoreid, milles on konserveerunud kaks 6- nukleotiidset regiooni, mida nimetatakse 35 elemendiks ja 10 elemendiks (need järjestused paiknevad transkriptsiooni alguspunktist keskmiselt 35 ja 10 nukleotiidi kaugusel). 35 elemendis on konserveerunud (esinevad kõige sagedamini) nukleotiidid TTGACA, -10 elemendis aga TATAAT. DNA ahelate lahtisulamine transkriptsiooni initsiatsioonil hõlmab ka regiooni, kus paikneb A:T-rikas 10 element (DNA
Kõigi nende nukleotiidide asukohti DNA-s, mis jäävad initsiatsioonisaidist ,,ülespoole", seega 5´ suunas, näidatakse ,,-" märgiga, mis aga jäävad ,,allapoole", näidatakse ,,+" märgiga. Järgnevalt leiab täpsemat käsitlust bakteris Escherichia coli toimuv transkriptsiooni initsiatsioon. Bakteris E. coli (nii nagu ka teistes graam-negatiivsetes bakterites) on mitu erinevat sigma faktorit, millest põhiline on sigma70. See sigma faktor võimaldab ära tunda promootoreid, milles on konserveerunud kaks 6- nukleotiidset regiooni, mida nimetatakse 35 elemendiks ja 10 elemendiks (need järjestused paiknevad transkriptsiooni alguspunktist keskmiselt 35 ja 10 nukleotiidi kaugusel). 35 elemendis on konserveerunud (esinevad kõige sagedamini) nukleotiidid TTGACA, -10 elemendis aga TATAAT. DNA ahelate lahtisulamine transkriptsiooni initsiatsioonil hõlmab ka regiooni, kus paikneb A:T-rikas 10 element (DNA
annaabi.ee 
