kompleksioon omab negatiivset laengut (kompleksanioon), negatiivse laenguga ioonid juhul, kui kompleksioon omab positiivset laengut (komplekskatioon). Välissfäär võib ka puududa ja kui kompleksi laeng on 0, on tegemist neutraalse kompleksiga, nagu näiteks [Co(NH3)3Cl3]. Kompleksühendite klassifitseerimiseks kasutatakse kas ligandide nimetusi või omadusi. Kasutamist on leidnud alljärgnevad üldnimetused: a) ammiinkompleksid ligandiks on NH3 molekulid; b) atsiidokompleksid ligandiks on hapete dissotsiatsioonil moodustuv anioon; c) akvakompleksid ligandiks on H2O molekulid; d) hüdroksokompleksid ligandiks on OH- rühmad. Tugev kompleksühendist elektrolüüt dissotsieerub ioonideks nagu mistahes tugev elektrolüüt. Nii on kompleksühendi [Ag(NH ) ]Cl vesilahuses [Ag(NH ) ]+ ja Cl- ioonid. 3 2 3 2 [Ag(NH3)2]Cl [Ag(NH3)2]+ + Cl- Lisaks ülaltoodud ioonidele on esimeses lahuses veel [Ag(NH3)]+ ja Ag+ ioone
(:OSO32) jt. Bidentaatsete ligandide hulka kuuluvad näiteks oksalaatioon C2O42- (:OOCCOO:), etüleendiamiin :NH2-CH2-CH2-H2N: jt. Plaatina(II) kompleks bidentaatse liganditega bis(etüleendiamiin)plaatina(2+)-iooni [Pt(en)2]2+ näitel: 2 Kompleksühendite klassifitseerimiseks kasutatakse kas ligandide nimetusi või omadusi. Kasutamist on leidnud alljärgnevad üldnimetused: c) akvakompleksid ligandiks on H2O molekulid; b) atsiidokompleksid ligandiks on hapete dissotsiatsioonil moodustuv anioon; a) ammiinkompleksid ligandiks on NH3 molekulid; d) hüdroksokompleksid ligandiks on OH- rühmad. Tugev kompleksühendist elektrolüüt dissotsieerub ioonideks nagu mistahes tugev elektrolüüt. Nii on kompleksühendi [Ag(NH3)2]Cl vesilahuses [Ag(NH3)2]+ ja Cl- ioonid, H2[AgI3] vesilahuses H+ ja [AgI3]2- ioonid jne: [Ag(NH3)2]Cl [Ag(NH3)2]+ + Cl
B= 9. Koordinatiivühendid 1. Koordinatiivühendite nomenklatuur. Nimetused valemite järgi ja valemid nimetuste järgi. 2. Osata nimetada kõiki antud töös esinevaid koordinatiivühendeid. Üleval on vastus. 3. Millest koosneb koordinatiivühend? 4. Kuidas klassifitseeritakse koordinatiivühendeid? Koordinatiivühendite klassifitseerimiseks kasutatakse kas ligandide nimetusi või omadusi. Kasutamist on leidnud alljärgnevad üldnimetused: a) ammiinkompleksid – ligandiks on NH3 molekulid; b) atsiidokompleksid – ligandiks on hapete dissotsiatsioonil moodustuv anioon; c) akvakompleksid – ligandiks on H2O molekulid; d) hüdroksokompleksid – ligandiks on OH− rühmad 5. Tuua näiteid monodentaatsete ligandide kohta. Kui ligand on seotud kompleksimoodustajaga ühe aatomi kaudu, on tegemist monodentaatse ligandiga. 10. Tuha analüüs 1
Toimub proteasoomides- ATPsõltuv proteaas- 1% koguvalgust- 76AA jääki, tsütosoolne 20S-4 heptameerset domääni 19S- cap-piirkond- ATPaasne aktiivsus Hästi konserveerunud valgud- pärmides vaid 3 AH erinevus Ubikvitiin-konjugeerivad valgud E1- ubikvitiini aktiveerivad valgud E2- ubikvitiin konjugeerivad valgud E3- aksessuaarne valk, moodustab E2-E3 kompleksi-ubikvitiini ligaasid E2-E3- kompleks seondub E3 abil märklaudvalgu Lys ja moodustab E2 abil polüubikvitiinahela- ligandiks proteasoomile Valkude aktiivsus sõltub tema N terminuse struktuurist -amidatsioon -Met Ile Val Gly Pro Thr -tsükliinidel konsensus: X-X-Leu-GlyX-Ile-Gly-Asn -PEST rikkad alad 3 tüüpi E3 valke, mis tunnevad erinevaid N terminusi: 1.Aluselised AHd Cys, His 2.Hüdrof. Ahd Phe Tyr Trp Leu Valkude topoloogia Valkude bioloogilise aktiivsuse avaldumine toimub kindlates kohtades, selle realiseerumiseks kasutatakse erinevaid signaaljärjestusi: 2 tüüpi: -võivad olla järjestikused
Lüsosoom on membraaniga ümbritsetud organell, kus on hüdrolüütilised ensüümid. Lüsosomaalne degradatsioon toimub lüsosoomides intratsellulaarselt ehk rakusiseselt. ??? (natuke vähe võitu ). 16 Ubikvitiini ligaasid E1- ubikvitiini aktiveerivad valgud, E2- ubikvitiin konjugeerivad valgud, E3- aksessuaarne valk, moodustab E2-E3 kompleksi-ubikvitiini ligaasid E2-E3- kompleks seondub E3 abil märklaudvalgu Lys ja moodustab E2 abil polüubikvitiinahela- ligandiks proteasoomile Valkude aktiivsus sõltub tema N terminuse struktuurist (amidatsioon; Met Ile Val Gly Pro Thr; tsükliinidel konsensus: X-X-Leu-GlyX-Ile-Gly-Asn; PEST rikkad alad) 3 tüüpi E3 valke, mis tunnevad erinevaid N terminusi: 1)Aluselised AHd Cys, His 2)Hüdrof. Ahd Phe Tyr Trp Leu 3)Mittelaetud Ala Ser Thr 17 Valkude posttranslatoorsed modifikatsioonid Modifitseerimise käigus muudetakse valgu konformatsiooni või lisatakse molekule/aineid
See kõik sõltub tingimustest nagu o keskkonna pH o liganide arv ja tüüp o ülekaal lahuseses o temperatuur Klassifitseerimine Kompleksühendeid klassifitseeritakse ligandide omaduste alusel: o ammiinkompleksid – ligandiks NH3 o atsiidokompleksid – hapete dissotsiatsioonil moodustuv anion o akvakompleksid – ligandiks H2O molekulid o hüdroksokompleksid – ligandiks OH- rühmad Tähtsus looduses Paljud bioloogilised ühendid on kompleksid N: hemoglobiin, klorofüll, paljud ensüümid Värvus ja kuju Värv sõltub nii metallist kui ligandidest ja seetõttu kaasnevad vahetusreaktsioonidega
Heemi Fe-ioon (sõltumata oksüdatsiooniastmest) saab interakteeruda 6 ligandiga. Neli neist on pürrooli lämmastiku aatomid, mis asuvad samas tasapinnas. Viies ja kuues ligand asuvad ülalja allpool seda tasapinda. Müoglobiinis on heemi Fe viiendaks ligandiks His F8;; oksümüoglobiinis lisandub kuuenda ligandina O2. Metmüoglobiini puhul on 6. ligandiks vesi. LIISI KINK 41 BIOKEEMIA test I Müoglobiini konformatsiooni muutus O2 mõjul · Hapniku sidumine muudab Mb konformatsiooni
osalevad põhimõtteliselt kõikides bioloogilistes protsessides: käituvad katalüsaatoritena, transpordivad ja hoiustavad teisi molekule (näiteks hapnikku), pakuvad mehaanilist tuge ja immuunkaitset, vastutavad rakuliikumise eest, osalevad närviimpulsside ülekandes, kontrollivad kasvu ja rakkude diferentseerumist. Paljude valkude funktsiooniks on teiste molekulide sidumine. Seotavat molekuli kutsutakse ligandiks. Ligandide mööduv seondumine on elusorganismis äärmiselt oluline, sest lubab organismil reageerida keskkonnamuutuste ja metabolismiseisunditele kiiresti ja pöörduvalt. 17. Geneetiline kood. Geneetiline kood on mRNA kolme järjestikuse nukleotiidi ehk koodoni vastavus ühele aminohappejäägile valgu molekulis. kindel vastavus nukleiinhapete koodonite ja valke moodustavate aminohapete vahel.
on väga suur hulk Seriini ja Treoniini, kuhu Golgi kompleksis liidetakse suhkruahelad. Valkude glükosüleerimine on oluline mitmes mõttes. Paljudes juhtudel kaitseb see valke lagundamise eest proteolüütiliste ensüümide poolt. 7 Valkudel olevad suhkrujäägid on eriti olulised ka rakkude omavahelises äratundmises. Ühe raku pinnal olevad suhkrujäägid on ligandiks teistel rakkudel olevatele retseptoritele ja nende omavahelise seondumise tulemusel teatud rakud kleepuvad omavahel. Näit. leukotsüütide kinnitumine veresoonte siseseinale ja nende väljumine veresoontest kudedesse toimubki just sel moel. Leukotsüütide membraanivalkude küljes olevad suhkrujäägid (sialüleeritud Lewis x struktuur) on ligandiks versoone siseseina e. endoteeli rakkude teatud molekulidele - selektiinidele. Fosforüleerimine. Fosforüülimisega tegelevad fosfotransferaasid
Analüüsida karnitiini struktuuri ja funktsiooni rasvhapete transpordil mitokondrisse. Tsütosoolis paiknev karnitiini atsüültransferaas I katalüüsib pööratavat reaktsiooni, mille tulemusena CoA tioesterside vahetatakse karnitiini estersideme vastu. Et rasvhappe kataboliseerimiseks on vajalik molekul mitokondrisse viia ja see toimub atsüül-karnitiini transpordi teel, on karnitiini atsüültransferaas I oluline kontrollpunkt rasvhapete kataboliseerimisel. Atsüül-karnitiin on ligandiks spetsiifilisele transporterile, karnitiini / atsüülkarnitiini antipordile. Mitokondrisse transpordituna on atsüülkarnitiin substraadiks karnitiini atsüültransferaasile II, mis taastab atsüülCoA molekuli ja vaba karnitiini 8. Loetlege 4 oksüdatsiooni tsükli reaktsiooni. NAD+ ja FAD funktsioonid rasvhapete oksüdatsioonil. - I oksüdatsioon katalüüsitakse membraanseoselise atsüülCoA dehüdrogenaasi poolt. Elektronid
treoniini OH rühma hapniku aatomile). Valkude glükosüleerimine kaitseb valke lagundamise eest proteolüütiliste ensüümide poolt. Mutsiinid on ulatuslikult glükosüleeritud valgud, suhkrukomponentide molekulmass on kuni 80% valgu kogu molekulmassist. Tänu sellele on mutsiinid väga vastupidavad proteolüütilistele ensüümidele, samuti madalatele pH väärtustele. Valkudel olevad suhkrujäärgid on olulised ja rakkude omavahelises äratundmises. Ühe raku pinnal olevad suhkrujäägid on ligandiks teistel rakkudel olevatele retseptoritele ja nende omavahelise seondumise tulemusel rakud kleepuvad omavahel. Fosfotransferaasid varustavad valgu fosfaatrühmaga, sulfotransferaasid sulfaatrühmaga. 7. Lüsosoomide ehitus ja funktsioonid. Lüsosoomides paiknevad ensüümid. Lüsosoom on membraaniga ümbritsetud hüdrolüütilisi ensüüme sisaldav organell, mis toimetab makromolekulide kontrollitud lagundamist rakusiseselt. Tuntakse umbes 40 hüdrolüütilist ensüümi,
NK rakkude in vitro uurimine on näidanud, et kui nad on aktiveeritud, siis nad on võimelised tapma kõikvõimalikke rakke. Organismis käituvad nad aga väga selektiivselt, tappes ainult võõraid ja nakatatud rakke, kuid mitte normaalseid rakke. Tuntakse nii positiivseid retseptoreid (mis vastava ligandiga seostumisel käivitab NK-rakus sihtrakku surmava aktiivsuse), kui ka negatiivseid retseptoreid (mis ei lase NK-rakul sihtrakku tappa). Üheks ligandiks, mis seostub nn. negatiivse retseptoriga ja mis seega pidurdab sihtraku tapmise NK-raku poolt, on suure koesobivuskompleksi klass I antigeenid (MHC klass I). Need valgud on olemas enamikes normaalsetes kudedes kuid tihti on nende valkude ekspressioon kadunud vôi alanenud kasvajarakkudes vôi ka viiruste poolt nakatatud rakkudes. Kuna tsütotoksilised T-lümfotsüüdid vajavad sihtraku tapmiseks MHC-antigeenide olemasolu, siis NK-rakkude
Valkude glükosüleerimine kaitseb valke lagundamise eest proteolüütiliste ensüümide poolt. Mutsiinid on ulatuslikult glükosüleeritud valgud, suhkrukomponentide molekulmass on kuni 80% valgu kogu molekulmassist. Tänu sellele on mutsiinid väga vastupidavad proteolüütilistele ensüümidele, samuti madalatele pH väärtustele. Valkudel olevad suhkrujäärgid on olulised ja rakkude omavahelises äratundmises. Ühe raku pinnal olevad suhkrujäägid on ligandiks teistel rakkudel olevatele retseptoritele ja nende omavahelise seondumise tulemusel rakud kleepuvad omavahel. Fosfotransferaasid varustavad valgu fosfaatrühmaga, sulfotransferaasid sulfaatrühmaga. 7. Lüsosoomide ehitus ja funktsioonid. Lüsosoomides paiknevad ensüümid. Lüsosoom on membraaniga ümbritsetud hüdrolüütilisi ensüüme sisaldav organell, mis toimetab makromolekulide kontrollitud lagundamist rakusiseselt
Kostimulatoorset signaali T- raku pinnal vahendab CD28 molekul. CD28 interakteerub dendriitraku pinnal B7 molekuliga ning alles nende kahe retseptori interaktsioon annab edasi signaali. Kui T- raku ja APC vaheline sünaps on alles algusjärgus, siis dendriitraku pinnal olev B7 molekulide vähene arv ei suuda täiemahulist signaali edasi anda. Selleks, et dendriitrakk ekspresseeriks B7 kõrgel tasemel, aktiveerub sünapsi tekke tagajärjel T- raku pinnal CD40L molekul, mis on CD40- retseptori ligandiks dendriitraku pinnal. CD28 vahendataval signaalil on mitu hästi läbi uuritud tagajärge: transkriptsioonifaktorite aktivatsioon, IL-2 süntees, IL-2R retseptori aktivatsioon. Ko-retseptorid: CD4 ja CD8, seonduvad MHC molekulidele ja osalevad samuti signaali ülekandes, võimendavad TCR-i poolt saadud signaali, CD4 seondub MHCII-ga ja CD8 MHCI-ga. 20. Nimeta ja kirjelda T helper rakkude alatüüpe, nimeta nende poolt toodetud tsütokiine ja kirjelda nende funktsioone organismis.
Kaasasündinudtest TNF, IL1, aga mõlemas on veel hästi palju teisi. Kaasasündinud – põletiku reaktsiooni esilekutsumine ja rakud lähevad kudedesse veenulites, kuhu minna ja kes lähevad – tsütokiinide abil kontroll. Tsütokiinide molekulaarsed struktuurid Tsütokiine on jummala palju, ja ka retseptoreid ka. Neid on klassifitseeritud nende struktuuri järgi. Viis põhilist klassi. Iga retseptori tüübi kõrval siin toodud ka tsütokiinid, mis on ligandiks. 1. Imuunoglobuliinide superperekond 2. klass I tsütokiinide retseptorid, konserneerunud tsüsteiinid, osad on retseptoriteks ka päris hormoonidele ja sp pole hormoonide ja tsütokiinide piir päris selge 3. klass II – valdavaltr interferoonide retseptorid 4. TNF retseptorid - monomeersed erinevalt klass I ja klass II, FAS ligand kasutab seda tüüpi retseptoreid 5. Kemokiini retseptorid – kompleks kahest valgust, G – valk ja membraane läbivad G-valguga
siis nad on võimelised tapma kõikvõimalikke rakke. Organismis käituvad nad aga väga selektiivselt, tappes ainult võõraid ja nakatatud rakke, kuid mitte normaalseid rakke. Aastatel (1994-1996) isoleeriti mitmeid geene, mis kodeerivad NK-rakkude retseptorvalke. Tuntakse nii positiivseid retseptoreid (mis vastava ligandiga seostumisel käivitab NK-rakus sihtrakku surmava aktiivsuse), kui ka negatiivseid retseptoreid (mis ei lase NK-rakul sihtrakku tappa).. Üheks ligandiks, mis seostub nn. negatiivse retseptoriga ja mis seega pidurdab sihtraku tapmise NK-raku poolt, on suure koesobivuskompleksi klass I antigeenid (MHC klass I). Need valgud on olemas enamikes normaalsetes kudedes kuid tihti on nende valkude ekspressioon kadunud vôi alanenud kasvajarakkudes vôi ka viiruste poolt nakatatud rakkudes. Kuna tsütotoksilised T-lümfotsüüdid vajavad sihtraku tapmiseks MHC-antigeenide olemasolu,
annaabi.ee 
