KAHEMÕÕTMELISTEKS KOODIDEKS. KAHEMÕÕTMELISI KOODE ESITATAKSE NII VÖÖTKOODIDE KUI KA NN MAATRIKSKOODIDE KUJUL. PEAMISED VÖÖTKOODI TÜÜBID • MAAILMAS ON KASUTUSEL MITMEID VÖÖTKOODITÜÜPE. LEVINUMAD VÖÖTKOODISÜSTEEMID ON CODE 39, INTERLEAVED 2 OF 5 (I2/5), EAN JA CODE 128. PABERIL TUNDUVAD NEED KÕIK SARNASTENA, KUID TÄHELEPANELIKUL UURIMISEL VÕIB MÄRGATA ERINEVUSI. ANDMEID SISALDAVAD NII VALGED KUI KA MUSTAD TRIIBUD. VÖÖTKOODI TRIIBU KÕRGUS EI OLE KODEERITAVA INFO SUHTES OLULINE. PÕHIMÕTTELISELT PIISAB LUGEMISEKS KITSAST (VÄIKESE KÕRGUSEGA) TRIIBUST, PARAKU ON AGA SELLISE KOODI LUGEMINE TEHNILISELT RASKENDATUD JA EELDAB KOODILUGEJA VÄGA TÄPSET KOODILE SUUNAMIST. VÖÖTKOODI ALL OLEVAD MÄRGID (NUMBRID VÕI NUMBRITE JA TÄHTEDE KOMBINATSIOON) ON MÕELDUD JUHTUDEKS, MIL KOODI EI OLE VÕIMALIK TEHNILISTE VAHENDITEGA LUGEDA. CODE 39 CODE 39 VÕIMALDAB ESITADA KÕIKI NUMBREID JA TÄHTI
2. Splaising, mille käigus pre-mNA koostisest lõigatakse välja nitronid ja soovimatud eksonid (introni 5'otsa lahtilõikamine,lõigatakse lahti ka introni 3' ots, ensüüm ligaaside abil eksonite alad ühendatakse, vaba nitron lagundatakse tuumas splaisosoomide; . 3. Polüadenüleerimissaidi (polyA- saba) lisamist pre-MRNA 3'otsa, lisatakse pärast transkriptsiooni 50-250 adeniini. Kuna eukarüootidel pole väga kindlat struktuuri, siis kulgeb tranripstioon sageli üle kodeeritava ala. Liigne ala eemaldatakse RNA endonukleaasi poolt ja tekkinud 3'-OH rühmitusele lisatakse polü(A)- polümeraasi poolt polü(A) - saba 9. Iseloomusta üldiselt eukarüootset translatsiooni? Põhimõtteliselt on protsess sarnane pro- ja eukarüootidel, kuid eukarüootide translatsioonil osaleb rohkem valke. Üldiseloomustus: Vajab väga paljude valkude koostoimet, sh ka palju lahustuvaid valke. 3-5 liiki RNA molekule (mrna, trna, rrna).
2. rakusiseste sekundaarsete signaalmolekulide süntees peptiidsed hormoonid Muutused märklaudraku geeni(de) ekspressioonis Steroidhormoon, nagu näiteks estrogeen, siseneb märklaudrakku ja interakteerub seal vastava valgulise retseptoriga Hormoon-retseptor kompleks liigub raku tuuma kus ta seostub kindlatele piirkondadele DNA-l ja seeläbi kas aktiveerib või inhibeerib teatud geenide transkriptsiooni Tulemusena muutub vastava geeni poolt kodeeritava valgu hulk rakus Sekundaarsete signaalmolekulide (second messenger) süntees Hormoon interakteerub märklaudraku plasmamembraanis paikneva valgulise retseptoriga Hormooni seostumine indutseerib retseptoris konformatsioonilise muutuse mille tagajärjel aktiveeritakse sekundaarse signaalmolekuli sünteesi katalüüsiv ensüüm Sekundaarsed signaalmolekulid on näiteks: adenosiin 3`,5`-monofosfaat ehk tsükliline AMP ehk cAMP 1,2-diatsüülglütserool
ekspressioonivektori koostamiseks, millega saaks huvipakkuvat valku (liitvalguna koos GFP-ga) koekultuuri rakuloonides ekspresseerida. Töö käik: Leiame restriktaasid BamHI SalI KASUTAN C1 lugemisraami! Puhver Double Digest lehelt. BamHI buffer BamHI 2-fold excess of SalI Incubate at 37°C Mida on oluline ümberkloneerimisel silmas pidada? Inserdis ei tohi olla ümberkloneerimiseks kasutatave restriktaaside saite, kuna siis lõigataks meie kodeeritava ala keskelt fragment pooleks, aga me tahame tervet kodeeritavat ala saada. Ümberkloneerimist ei saa teha vaid ühte restriktaasi kasutades, kuna pärast me ei saaks kontrollida kumba pidi insert vektorisse siseneb. Meil on vaja aga, et ta õiget pidid siseneks, muidu me ei saa funktsionaalset valku. Doonorplasmiid pSTBlue1 vektor koos meie inserdiga Aktseptor plasmiid pEGDP-C
33.(129) Mitmest aminohappejäägist võiks koosneda valk molekulmassiga 50 kDa? ca 400st aminohappejäägist. Ühe Daltoni (Da) võib võrdustada g/mol ja ühe AH molekulmassi keskeltläbi 110g/mol. Seega kõige lähedasem pakutud arvudest on 400. 35.(131) Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. Ser seriin, Thrtreomiin türosiin, seriin ja treomiin on ainukesed 20 kodeeritava ah seas, mis sisaldavad hüdroksüülrühm, mis saab seostuda fosfaatrühmaga, andes fosfoestersideme (analoogne fosfoestersideme moodustumisega nukleotiidis suhkru ja fosfaatrühma vahel) 36.(132) Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine. Ser (seriin) O seoseline glükosüleerimine, Asn (asparagiin) N seoseline glükosüleerimine 37.(133) Millised nimetatud molekulidest on valgud? (võivad olla erinevad molekulid) b) kollageen, c) DNA polümeraas 38
galaktosidaasi. Substraadi X-gal juuresolekul tekitavad bakterid elutegevuse käigus (β- galaktosidaas hüdrolüüsib glükosiidsideme ja tekivad galaktoos, mille bakter ära sööb, ning 5- bromo-4-kloro-3-hüdroksüindool, mis dimeriseerumise ja oksüdeerimise tagajärjel annab sinist värvi) sinist pigmenti – kolooniad on sinised. Valgete kolooniade puhul sisestatav järjestus rikub lacZ geeni ning muudab sealt kodeeritava ensüümi inaktiivseks, mille tõttu sisestatud DNA järjestusega plasmiide sisaldavad bakterikolooniad ei värvu siniseks. Meid aga huvitavad valged kolooniad. 1. Transformeerimiseks on vaja inaktiveerida ligaas. Seda tegin eppendorfis, inkubeerides 5 min 70 °C juures. 2. Kompetentseid rakke tuleb võtta jääle sulama ning 10 min pärast lisasin 20 μl rakke ligatsioonisegule. Kogu segu inkubeerisin 30 min jääl. Meie kasutasime DH5α, mille
juba enne translokatsiooni. 40. Geenide kaardistamine deletsioone ja duplikatsioone sisaldavate kromosoomide abil. Mõnikord läheb fragment kromosoomist lihtsalt kaotsi, deleteerub. Kui sel juhul ilmnevad indiviidil muutused fenotüübis, näiteks põeb ta mingit haigust, võimaldab deletsioon lokaliseerida geene, mille defektsus seda haigust põhjustab. Duplikatsioone sisaldavad kromosoomid põhjustavad rakus kodeeritava valgu suuremat sisaldust ja see omakorda kõrgenenud ensüümiaktiivsust. Analüüsiks kasutatakse translokatsioonidega kromosoome. 41. Millist tüüpi nukleiinhape võib olla päriliku informatsiooni kandjaks? Ühe- või kaheahelaline DNA või RNA 42. Eksperimentaalsed tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni. Tehti katse DNA transformeerumisega katseklaasis. Katses surnud virulentsete DNA kandus
oligonukleotiidsete praimerite hübridatsiooni ja polünukleotiidi sünttesi tsüklite tulemusel 292. Kontiigid: DNA kattuvad alad (segmendid) või kogum kattuvaid kloone, mille põhjal saab moodustada DNA pidevjärjestusecvõi konkreetse kromosoomipiirkonna füüsilise kaardi 293. Fluoresentsmärgistus: Meduusist pärit roheliselt fluorestseeruv valk GFP- GFP-valgu järjestuse saab sisse viia uuritava geeni ette (variant 1) või järele (variant 2) ilma geeni poolt kodeeritava valgu funktsiooni muutmiseta, hübriidvalk on fluorestsentsi tõttu jälgitav elusates rakkudes, kudedes ja organismis. 294. Mikrokiibid: diagnostiline meetod, kus ränikihiga klaasile on korrapäraselt üliväikestesse sektoritesse seotud tuhendeid in vitro sünteesitud lühikesi diagnostilisi geeniproove, mis hübriiduvad vaid DNA täieliku homoloogsuse korral, saab uurida genoomi saite 295
34.(130) Joonistage toodud neljast aminohappest moodustunud tetrapeptiid. Aminohapete järjestus tetrapeptiidi N terminusest alates oleks (a,b,c,d) (võivad olla erinevad aminohapped) Nterminus: vaba aminorühm ehk esimene AH peptiidahelas annab peptiidsideme karbonüülrühma kaudu. 35.(131) Nimetage kaks aminohappejääki mille kaudu võiks toimuda valkude fosforüleerimine. Serseriin, Thrtreomiin türosiin, seriin ja treomiin on ainukesed 20 kodeeritava ah seas, mis sisaldavad hüdroksüülrühm, mis saab seostuda fosfaatrühmaga, andes fosfoestersideme (analoogne fosfoestersideme moodustumisega nukleotiidis suhkru ja fosfaatrühma vahel) 36.(132) Nimetage üks aminohappejääk mille kaudu toimub valkude glükosüleerimine. Ser (seriin) O seoseline glükosüleerimine Asn (asparagiin) N seoseline glükosüleerimine 37.(133) Millised nimetatud molekulidest on valgud? (võivad olla erinevad molekulid) a) sorbitool
kujunemise geneetiline taust. Alternatiivne splaissing on see kui erinevate eksonite kombinatsioonid kodeerivad erinevate omadustega valke. Alternatiivset splaissingut on kirjeldatud imetajate -globiini puhul ja kanade ovalbumiini puhul. Sellisel juhul võib algse pre-mRNA splaissingu tulemusena tekkida erinava pikkusega mRNA molekule, millest osadel on valguliselt mõni ekson puudu. Kuid kollineaarsus mRNA molekuli ja tema poolt kodeeritava polüpeptiidi vahel säilib siiski. Alternatiivne splaissing võib vahel olla koespetsiifiline. Nt. loomede erinevate organites ja kehaosades on erinevad lihastüübid, mis sisaldavad erinevaid tropomüosiini vorme.
Füüsikalisi parameetreid saab mõõta ja arvudena kodeerida (näiteks helilaine esitus ajas, pildi lahutus erivärvilisteks punktideks jne.). Selliselt kodeerituna saab arvutis esitada suvalist informat- siooni. Jämedalt võib öelda, et kõige väiksema mahuga on tekstifailid, mahukamad on pil- difailid ja helifailid ning kõige suurema mahuga videofailid. Täpsemad hinnangud sõltuvad loomulikult kodeerimisviisist ja kodeeritava sisulisest andmemahukusest (teksti pikkus, pil- di mõõtmed, helinäite kestus jmt.) Märk ¥ on teatavas kooditabelis kuueteistkümnendsüsteemi koodiga A5. Mis on selle märgi kood kahend- ja kümnendsüsteemis? Lahendus. Kuna A16 = 1010 = 10102 ja 516 = 510 = 01012 , siis A516 = 101001012 = 128 + 32 + 4 + 1 = 16510 . 1.4. Arvutite liigitus. Arvutikorpus Personaalarvuti (personal computer, edaspidi arvuti) on seade informatsiooni sisestamiseks,
Alternatiivset splaissingut on kirjeldatud näiteks imetajate -globiini puhul ja kanade ovalbumiini puhul. Sel juhul võib algse pre-mRNA splaissingu tulemusena tekkida erineva pikkusega mRNA molekule, millest osadel on valikuliselt mõni eksonitest puudu. Nende mRNA-de pealt transleeritud polüpeptiidid on omavahel lähedalt suguluses, kuid erinevates variantides, valgu isovormides, on teatavad lõigud aminohappelisest järjestusest puudu. Iga konkreetse splaissitud mRNA molekuli ja tema poolt kodeeritava polüpeptiidi vahel säilib siiski kolineaarsus. Alternatiivne splaissing võib sageli olla koespetsiifiline. Näiteks imetajate tropomüosiini erinevad isovormid mõjutavad lihaste kontraktsiooni iseloomu. Loomade erinevates organites ja kehaosades on erinevad lihastüübid, mis sisaldavad erinevaid tropomüosiini isovorme. Hiirel on leitud vähemalt 10 selle valgu erinevat isovormi. Geenisegmentide assambleerimine erinevaid immunoglobuliine kodeerivateks järjestusteks
Alternatiivset splaissingut on kirjeldatud näiteks imetajate -globiini puhul ja kanade ovalbumiini puhul. Sel juhul võib algse pre-mRNA splaissingu tulemusena tekkida erineva pikkusega mRNA molekule, millest osadel on valikuliselt mõni eksonitest puudu. Nende mRNA-de pealt transleeritud polüpeptiidid on omavahel lähedalt suguluses, kuid erinevates variantides, valgu isovormides, on teatavad lõigud aminohappelisest järjestusest puudu. Iga konkreetse splaissitud mRNA molekuli ja tema poolt kodeeritava polüpeptiidi vahel säilib siiski kolineaarsus. Alternatiivne splaissing võib sageli olla koespetsiifiline. Näiteks imetajate tropomüosiini erinevad isovormid mõjutavad lihaste kontraktsiooni iseloomu. Loomade erinevates organites ja kehaosades on erinevad lihastüübid, mis sisaldavad erinevaid tropomüosiini isovorme. Hiirel on leitud vähemalt 10 selle valgu erinevat isovormi. Geenisegmentide assambleerimine erinevaid immunoglobuliine kodeerivateks järjestusteks
Levinumad vöötkoodisüsteemid on Code 39, Interleaved 2 OF 5 (I2/5), EAN ja Code 128. Paberil tunduvad need kõik sarnastena, kuid tähelepanelikul uurimisel võib märgata erinevusi. Andmeid sisaldavad nii valged kui ka mustad triibud. Vöötkoodi triibu kõrgus ei ole kodeeritava info suhtes oluline. Põhimõtteliselt piisab lugemiseks kitsast (väikese kõrgusega) triibust, paraku on aga sellise koodi lugemine tehniliselt raskendatud ja eeldab koodilugeja väga täpset koodile suunamist. Vöötkoodi all olevad märgid
annaabi.ee 
