ehk faage. nakatunud rakk lülitub norm elutegevuselt viiruse paljundamisele 2. Kirjelda viiruse üldist ehitust ja genoomi? Võib joonisena. - Ümbrise valgud viirusspetsiifilised. Viiruse ümbris ehk kest pärineb peremeesraku membraanist. Pöördtranskriptaas ehk revertaas ensüüm, mis retroviiruste ssRNA-st sünteesib komplementaarse dsDNA, mis integreerub peremehe genoomi ensüüm integraasi abil. Proviirus viiruse DNA latentne koopia peremehe genoomis. Kapsiid NH ümbritsev valguline kate. iseloomulik on, et viiruse kromosoom koosneb valdavalt nukleiinhappest ja ei ole seotud valkudega näiteks faagil MS2 on genoomiks üks RNA molekul, milles 3569 nukleotiidi ja 4 geen.i faag T2 DNA järjestuses on 150 geeni 3. Joonista skeem retroviiruse genoomist. Milliseid põhilisi valke kodeerib retroviiruse genoom (3)? - Retroviiruse genoomi ehitus
Viroloogia 1. Miks pidi lisama LB puljongit, kui olime külviaasaga soft agari tuubi kogunud? Muidu on soft agar liiga viskoosne, LB-ga teeme vedelamaks. 2. Miks seejärel kasutasime kloroformi? Kloroform surmab bakterid, kes faagi käest pääsesid (keda faag ei nakatanud). 3. Miks bakteriofaag lambdat ei saa transduktsioonil kasutada, kuid T4 saab? Faag lambda integreerub bakteri rõngaskromosoomi profaagina ja väljub sealt nukleotiiditäpsusega (integraasi ja ektsionaasi abil). Madala tõenäosusega võib väljatulek olla ebatäpne ja osa geene on asendunud bakteri omadega, selline faag on defektne ja vajab paljunemiseks helperfaag abi. Faag lambdal algab pakkimine kontaktemeeridest. Faag lambdal pakitakse DNA, mis jääb kahe cos saidi vahele (spetsiifilised lõikesaidid). T4 toimub pakkimine „headfull „mehhanismi abil ja algab suvalisest DNA segmendist. Esinevad pac saidid. 4. Milleks oli vaja filtreerida? Saada lahti bakteritest
koopia ei tehta mitte DNA-lt vaid RNA-lt. Retrotransposoonide transpositsioon on RNA-st vahendatud.Viiruslikud retrotransposoonid on sarnased vähkitekitavate RNA viiruste, retroviiruste, struktuuriga. Sisaldavad pöördtranskriptaasi geeni. Retrotransposoonide paljunemisel DNA piirkonnal sünteesitakse mRNA, sellel tekib translatsiooni protsessis pöördtranskriptaas. Pöördtranskriptaasi toimel sünteesitakse cDNA, mis lülitub integraasi toimel uude genoomi kohta ja vanasse kohta jääb geen samuti alles. Seega retrotransposoonid sisaldavad lisaks pöördtranskriptaasile ka integraasi (sama funktsioon mis transposaasil transposonides) ja Gag valgu geeni (viirustes osaleb viirusosakese struktuuri moodustamises), mis on mõlemalt poolt piiratud terminaalsete kordustega. Terminaalsetes kordustes esinevad lühikesed osad (5-10 bp),
genoomiks on dsRNA. ssRNA genoomiga viiruste näiteks võib tuua retroviirused, näit. HTLV, mis põhjustab leukoosi ja HIV, mis põhjustab AIDS-i. Retroviiruste genoomiks on ssRNA molekul. Pärast raku nakatamist retroviirusega sünteesitakse rakus viiruse RNA-le komplementaarse dsDNA. DNA sünteesi viib läbi pöördtranskriptaas e. revertaas, mis on viiruse poolt kodeeritud ja on valmiskujul olemas juba viiruspartiklites. dsDNA integreerub raku genoomi viiruse poolt kodeeritud integraasi abil. Integreerunud DNA võib genoomis püsida pikka aega latentsena, proviirusena. Viiruse genoomi paljundamisel muutub ta transkriptsiooniliselt aktiivseks. Viiruse valkude sünteesiks avalduvad viiruse-spetsiifilised geenid. Samuti toimub viiruse genoomi (RNA) amplifikatsioon. Viiruse nukleiinhapet ümbritseb valkkate - kapsiid, millel võib olla ümbris. Genoomi pakkimine kapsiidi on vajalik selleks, et kaitsta nukleiinhapet välismõjude eest
millest 23 on membraanvalgud. See kajastab EhV peamist bioloogilist eripära – praegustel andmetel omab EhV välismembraani (mitte kapsiidi all) ja siseneb peremeesrakku endotsütoosi sarnase protsessi teel. Samuti on kirjeldatud EhV vabanemist pungumise teel. FsV ja EsV tsükkel on seotud peremehe arenguga EsV ja FsV viirused erinevad muudest vetikate viirustest selle poolest, et nende infektsioonis esineb lüsogeene staadium: viiruste genoom kodeerib integraasi ja integreerub peremehe genoomi (genoom on latentne vegetatiivses rakus ja aktiveerub sugurakkude moodustamisel). - EsV genoom on dsDNA (335 kbp, praegustel andmetel lineaarne, väga pikkade ITR- idega – 12% genoomist) ja kodeerib 221 valku. FsV genoom on tsirkulaarne (?) DNA , mis eksisteerib kahe variandina (mõõtmetega vastavalt 158 ja 179 kbp) FsV integreerub peremehe genoomi. Integratsiooni koht peremehe genoomis on kummalgi FsV genoomi variandil erinev.
kirjeldada? Transposonid ja retrotransposonid. Transposonid on ''hüppavad'' DNA elemendid, liiguvad cut-paste meetodil genoomis ühest kohast teise, enamasti ühe kromosoomi piiris. Retrotransposonid liiguvad aga copy-paste meetodil, geen jääb vanasse kohta alles. DNAlt sünteesitakse mRNA, sellelt omakorda pöördtranskriptaas, RNA+pöördtranskriptaas otsivad DNAs uue koha, RNA pöörtranskripteerib end tagasi DNAks ja integraasi toimel liigub uude kohta. 37. Kust tuleneb retrotransposoni ,,retro" nimetus? Retrotransposonide liikumismehhanism sarnaneb retroviiruste omadega. 38. Millised ensüümid vahendavad transposonide (1) ja retrotransposonide (2) transponeerumist? Kui suure protsendi inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid? Transposonitel transposaas, retrotransposonil pöördtranskriptaas ja integraas. 45%.
Viiruse ümbrise pinnal on valgus, mis käituvad signaalidena. Kui raku membraani pinnal plevad valgud seonduvad viiruse valkudena, siis rakk arvab, et see on mingi signaal ja viirus viiakse raku sisse..Siis viirus alustab raku sees oma tegevust. HIVi molekulaarbioloogia HIV on retrovirus ehk RNA-viirus. HIVi genoom on veidi alla 10 kb suurune. HIVil on kolm ühisgeeni: gag- määrab kapsiidvalgu pol- määrab transkriptaasi, integraasi ja ribonukleaasi. env- determineerib viiruse ümbrises asuva glükoproteiini. Inimese retroviirus HIV infitseerib immuunsüsteemi rakke ja põhjustab eluaegse haigestumise AIDS´i. Inimese HIVi elutsükkel Viirusvalk gpe20 ja raku CD4 retseptorvalk interakteeruvad ja viirus saab tungida rakku. Pöördtranskriptsioonil sünteesitakse viiruse dsDNA, mis integreerub raku DNA-ga. Viiruse dsDNA-lt sünteesitakse viiruse ssRNA, mis liigub peremeesraku tsütoplasmasse,
Transposonid ja retrotransposonid. Transposonid on ''hüppavad'' DNA elemendid, liiguvad cut-paste meetodil genoomis ühest kohast teise, enamasti ühe kromosoomi piiris. Retrotransposonid liiguvad aga copy-paste meetodil, geen jääb vanasse kohta alles. DNAlt sünteesitakse mRNA, sellelt omakorda pöördtranskriptaas, RNA+pöördtranskriptaas otsivad DNAs uue koha, RNA pöörtranskripteerib end tagasi DNAks ja integraasi toimel liigub uude kohta. 37. Kust tuleneb retrotransposoni ,,retro" nimetus? Retrotransposonide liikumismehhanism sarnaneb retroviiruste omadega. 38. Millised ensüümid vahendavad transposonide (1) ja retrotransposonide (2) transponeerumist? Kui suure protsendi inimese genoomist moodustavad transponeeruvad elemendid? Transponeerumiseks on vaja liikumist tagav geen, mis tuleb transkipteerida valguks nimega transposaas. Transposonid moodustavad inimese genoomist 3%
mutatsioonid. HIV viirusel selle protsessi blokeerivad vif geen. Mehhnism kuidas APOBEC toimib. Miks viirus ei saa normaalselt funktsioneerida. Igal rakul on oma kemokiiinide spekter. Kemokiini reteptorite mille korral ei nakatu HIVi seostatakse viikingite ekspansiooniga. SDF-1, katab kemokiine miks? AIDSi haigetel salmonella võib olla surmav ja toksikoos kahjsutada aju. Ravimid, mis kontrolli all hoiavad viiruse hulka Rohkem T-lümfotsüüte alles kauem. Integraasi inhibiitorid. Proteaasi inhibiitorid. Pöördtranskriptaasi inhibiitorid. 10. loeng KASVAJAD JA IMMUUNVASTUS VÄHK (PAHALOOMULINE KASVAJA)--RAKUD, MIS ENAM EI DIFERENTSEERU JA POOLDU TAVAPÄRASELT EGA ALLU TUUMORSUPRESSOR NING PROTOONKOGEENIDE KONTROLLILE. KARTSINOOM - EPITELIAALNE SARKOOM - MESENHÜMAALNE LÜMFOOM - LÜMFOIDNE LEUKEEMIA - HEMATOPOEETILINE MELANOOM- NEUROEKTODERMAALNE SEMINOOM - TÜVIRAKULINE
Transposoonide kolm põhiklassi : DNA-ainult transposoonid- esinevad ainult DNA kujul, liikumiseks on vajalik transposaas, sisenevad retsipenti lõika ja kleebi viisil. Transposoon võib olla korduv ümberpääratud DNA järjestus, transposaasid kinnituvad järjestusele ja moodustavad transposoomi, mis eemaldatakse ahelaase (doonor koromosoon parandatakse, kuid sinna võivad jääda augud. Retroviirusesarnased retrotransposoonid- kasutavad pöördtranskriptaasi ja integraasi (viiruste transposaas), levivad vahendaja RNA kaudu rakkude jagunemisel Mitteretroviiruselised retrotransposoonid-kasutavad pöördtranskriptaasi ja endonukleasi, levivad vahendaja RNA kaudu. L1 element kromosoomis,tehakse RNA, endonukleaas seondub polyA sabaga. PolyA seondub sihtmärk DNA ja RNA pealt sünteesitakse uus DNA lõik, mis seotakse sihtmärk DNA ga DNA-ainult transposoonide ja retrotransposoonide põhimõtteline erinevus. Transposaaside olemus ja funktsioon.
Üldine osa Mikroorganismide ehitus ja elutegevus § Mikrobioloogia on teadus, mis uurib väikseimate elusorganismide mikroorganismide morfoloogiat, füsioloogiat, biokeemiat ja geneetikat, seega mikroobide mitmesuguseid omadusi. Kihn § Nimetatakse veel: glükokaaliks, limakiht, kihn. § Ei esine kõigil bakteritel, varieerub paksuses ja rigiidsuses. § Tagab bakteri adhesioonivõime, väldib fagotsütoosi. § Paljud bakterid kaotavad kunstlikel söötmetel kihnu. Bakterite rakusein § Mükoplasmad on ainukesed bakterid, kellel rakusein puudub. § Bakterite (v.a. klamüüdia) rakusein on poolrigiidne, sisaldades peptidoglükaani [PG] (mureiini). § PG tagab bakterite kuju ja takistab osmoosist tingitud lüüsi. Tsütoplasma membraan § Tegemist on permeaabelsusbarjääriga, määrates, mis liigub sisse ja mis välja. § Vesi, lahustuvad gaasid (CO2, O2), rasvlahustuvad molekulid difundeeruvad läbi membraani, vesilah...
• B: ekstsentrilise nukleokapsiidiga küps virion (nt. hiire rinnanäärme kasvaja viirus) • C: tsentraalselt paiknev nukleokapsiid • D: nukleokapsiid on silinderjas. Struktuur. Retroviirused on enamvähem kerajad, diameeter 80…120 nm. Ümbrises on viiruse glükoproteiinid, ümbris saadakse pungumisel. Ümbris ümbritseb kaht identset koopiat +RNAd sisaldavat nukleokapsiidi. Virionis on ka 10…50 koopiat pöördtranskriptaasi, integraasi ja 2 rakulist tRNAd. Neid tRNAsid kasutatab RT praimerina. Genoomil on 5’ cap ja 3’ polüA saba. Genoom sarnaneb küll mRNAle, kuid ei ole iseseisvalt infektsioosne. Lihtsate retroviiruste genoom koosneb 3 peamisest geenist, mis kodeerivad polüproteiine järgmiste ensüüm- ja struktuurvalkude tarvis: • Gag: grupispetsiifiline antigeen. Kapsiidi, maatriksi ja nukleiinhapete seostusvalgud. • Pol: polümeraas, proteaas, integraas. • Env: ümbrise glükoproteiinid.
Siiski ei allu RNaas III lõikusele suvaline kaksikahelaline RNA struktuur. Kuigi on üritatud välja tuua konsensust ka primaarstruktuuri tasemel, võivad ensüümi spetsiifika suhtes määravaks osutuda eeskätt just kõrgemat järku struktuurid. RNaas III osalust on näidatud faagi T4 varajaste geenide mRNA protsessingul, kus mRNA muutub tranlatsiooniliselt aktiivseks alles pärast selle ensüümi lõiget algsesse mRNA molekuli. Faag lambda int geeni mRNA (kodeerib integraasi) puhul aga soodustab RNaas III selle edasist degradatsiooni. Vastava mRNA atakeeritavus RNaas III poolt sõltub int geeni transkriptsiooni terminatsioonist. int geeni transkriptsioon võib toimuda kahelt promootorilt: 1) Transkriptsioon promootorilt pI lõpeb terminaatoriga tI, mis kattub osaliselt järjestusega sib. Sellelt mRNA-lt sünteesitakse Int valk. 2) Transkriptsioon promootorilt pL, mis ei termineeru tänu N valgule (kuna transkribeeritakse ka
liikumiseks 3. eukarüoodi transposoonid pöördkordused raamis-„lõika-kleebi“ P element; tavad intronitega geene mAT perekond 88 Transposoonid: - laialt levinud, kordusjärjestused on küllalt pikad. Esinevad otsimised kordused otsas. Viiruse saransed retroposoonid on transposoonid, mis käivad üle RNA – sisaldavad pöördtranskripttaasi, integraasi, viirussarnaste valkude geeni. Eukarüootidel pole erinevalt bakteritest iseka DNA väljalõikamise mehhanismi. Kui faag Mu tungib bakteritesse, siis ühe bakteri tsükli jooksul paljuneb faagi genoom mitusada korda. PolyA retroposoonid oleks nagu RNA sarnane peremees - sisaldavad pöördtransferaasi. 3’ otsas on alati mingi järjestus. Teine transposoonide klass on replikatiivsed transposoonid. Ei esine „lõika-kleebi“ mehhanism
annaabi.ee 
