oksasolidoonid tutikad, täiesti sünteetilised! • G- tänu efluksile resistentsed linesoliid kitsas – G+ bakterid, s.h. VRE, MRSA Ainulaadsed! Mõjutavad • Resistentsus seostub 23S initsiatsioonikompleksi 50S rRNA mutatsiooniga, harv alaühikul (23S rRNA V ala) linkoosamiinid seostuvad 50S alaühikule, • 23S rRNA metüleerumisel klindamütsiin Aktiivne stafülokokkide, G- anaeroobsete batsillide suhtes. Aktiivsus (bakterio- blokeerivad valgu elongatsiooni
! 15. Valgusünteesi initsiatsioon tsütoplasmas bakteril – kirjeldala. Miks, kus ja milleks on Shine-Delgarno järjestatud. ! a) Metioniini formüülimine. Bakteril on initsiaatorkoodoniks GUG, kodeerib samuti nagu AUG, aminohapet metioniin, kuid selle keemiliselt modifitseeritud vormi- N-formüül-metioniini. Fosforüülimist teostab ensüüm transformülaas. Formüülrühm võetakse doonorainelt. (b) Initsiatsioonikompleksi moodustumine. · Kõigepealt peab ribosoom lagunema kaheks allüksuseks. Kui ribosoom ei lagune, ei toimu ka valgusünteesi. · mRNA ühineb 5‘-otsaga ribosoomi väikese allüksusega. · Transportkompleks nr 1 (formüül-metionüül-tRNA) ühineb ribosoomi väikese allüksusega. Vajalik initsiatsioonifaktor IF-2. · Ribosoomi allüksused ühinevad. · Ribosoom liigub piki mRNA molekuli initsiaatorkoodonini.
Geenid transkribeeritakse koos mRNA ahelasse. Mediaatorkompleks moodustab molekulaarse silla aktivatsioonidomäänide ja RNAPolII vahel. Mediaator mõjutab otseselt transkriptsiooni preinitsatsiooni kompleksi kokkupanekut Inteiin on valgu segment, mis on võimeline iseennast välja lõikama ja järele jäänud valguosade vahele sünteesima peptiidsideme. RNAPolI-sõltuv initsiatsioon. Initsiatsiooniks absoluutselt vajalik on core element (ulatub -40bp kuni +5bp). Initsiatsioonikompleksi moodustumine algab multimeerse UAF (ülavoolu-aktiveeriv- faktor) sidumisega -155bp kuni -60bp alale. Järgnevalt seondub trimeerne core-faktor koos TBP'ga core-elemendile. Viimases etapis RNAPolII eelmoodustunud kompleks koos Rnp3'ga assotseerub seondunud valkudega, paigutades polümeraasi startsaidi lähedusse. RNAPolIII-sõltuv initsiatsioon. Promootoralad asuvad täielikult transkribeeritava ala sees (tRNA geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box)
12. PolI ja PolIII-sõltuv transkriptsioon. Mille poolest need erinevad PolII-sõltuvast transkriptsioonist. Iga kolmest RNAPol'st vajab oma polümeraasspetsiifilisi GTF'e ning tunneb ära erinevaid DNA järjestusi. PolI ega PolIII ei vaja erinavalt PolII'st transkriptsiooni initsiatsiooniks ATP-energiat. RNAPolI-sõltuv initsiatsioon. Initsiatsiooniks absoluutselt vajalik on core element (ulatub -40bp kuni +5bp). Initsiatsioonikompleksi moodustumine algab multimeerse UAF (ülavoolu-aktiveeriv-faktor) sidumisega -155bp kuni -60bp alale. Järgnevalt seondub trimeerne core-faktor koos TBP'ga core-elemendile. Viimases etapis RNAPolII eelmoodustunud kompleks koos Rnp3'ga assotseerub seondunud valkudega, paigutades polümeraasi startsaidi lähedusse. RNAPolIII-sõltuv initsiatsioon. Promootoralad asuvad täielikult transkribeeritava ala sees (tRNA geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box)
RNA on algselt kaetud RNA-seoseliste valkudega (kaitse nukleaaside eest). Eukarüootse geeni transkripti poolestusaeg 5 tundi, prokarüootidel 5 minutit. 114. RNA ahela initsiatsioon eukarüootidel. Cis-toimelised järjestused. Vajalikud põhilised transkriptsioonifaktorid, TFIIX. Esimesena TFIID, sisaldab TATA-seonduvat valku ja rida TBP-assotsieerunud valke. Järgnevalt TFIIA ja kohe TFIIB. Järgnevalt TFIIF, seondub polümeraasiga ning moodustab seejärel transkriptsiooni initsiatsioonikompleksi. Tal 2 alaüksust, milledest ühel DNA-d lahtikeerav aktiivsus. TFIIE, TFIIH, TFIIJ jne. DNA pol I ja pol III analoogsete faktoridega, teatud eripäradega Cis-toimelised järjestused - regulatoorsed järjestused, mis avaldavad môju samas DNA molekulis olevale geenile. 115. RNA ahela elongatsioon eukarüootidel ja "mütsi" lisamine.??? 7-metüülguanosiin müts (cap) lisatakse 5'-otsa 5'-5' trifosfaadi seondumise abil. Tagurpidi nukleotiid - kaitse nukleaaside eest
Moduleerivad transkriptsioonifaktorite funktsiooni erinevate mehhanismide kaudu, nt funktsioneerides koregulaatoritena, modifitseerides transkriptsioonifaktorite aktiivsust või reguleerides koregulaatorite aktiivsust. Reguleerivad transkriptsiooni masinavärki – märklauaks RNAP II vahendatud transkriptsiooniks vajalikud transkriptsioonifaktorid. Nt initsiatsioonikompleksi komponendid. RNAP III poolt transkribeeritud lncRNAd 2. Posttranskriptsiooniline regulatsioon – Splaissimine – translatsioon ja – siRNA juhitud geeniregulatsioon – substraadiks endogeensetele siRNAde tekkele 3. Epigeneetiline regulatsioon – Imprinting Xist ja X-kromosoomi inaktivatsioon – X inaktivatsiooni viib läbi
transkriptsioon on lõppenud, s.o. transkriptsiooni ajal; transkriptsioon ja splaising toimuvad väikeses hulgas rakutuumas asuvates struktuurides. pre-mRNA 3' lõikamine ja polüadenüülimine on omavahel tihedalt seotud protsessid. Primaarse transkripti 3' lõikamine eelneb polüadenüülimisele. Suure multivalkse lõikamis/polüadenüülimiskompleksi moodustumine AU-rikka polü(A) signaali ümbruses on väga sarnane initsiatsioonikompleksi moodustumisele TATAboxil mõlemal juhul moodustuvad kompleksid läbi valk-valk ja valk- NH interaktsioonide järjestikuse jada. Polüadenüülimine toimub kahes etapis esimese 12 A lisamine toimub väga aeglaselt, sellele järgneb väga kiire 200 või enama A lisamine. Selgita lühidalt mRNA polüadenüleerimise tähtsust eukarüoodi rakus kaitseb mRNAd lagundamise (eksonukleaasse aktiivsuse) ja modifikatsioonide eest; reguleerib mRNA eluiga ja translatsiooni initsiatsiooni
§ Polümüksiin ja seente vastased preparaadid põhjustavad membraani muutusi, mille tulemusena nukleiinhapped, katioonid jt. liiguvad rakust välja, vesi sisse > raku hukkumine. § Seene membraanis ergosterool, imetajatel kolesterool, bakteritel steroolid puuduvad. Valgu sünteesi pärssimine (III) Valgu sünteesi pärssimise korral on antibiootikumide ründepunktid erinevad: §Tetratsükliin takistab tRNA seostumist 30S ribosoomiga ja 30S initsiatsioonikompleksi moodustamist (bakteriostaatiline) §Aminoglükosiidid takistavad valgu süntees seostudes 30S ja vähem 50S ribosoomiga - koodi valesti lugemine (bakteriotsiidsed) §Klooramfenikool, makroliidid, klindamütsiin takistavad 50S ribosoomile seostudes peptiidahela korrektset moodustumist translatsioonil (bakteriostaatilised) Nukleiinhapete sünteesi pärssimine (IV) § DNA replikatsiooni takistamine toimub topoisomeraas I ja güraasi pärssimise kaudu - takistatud
lõikamisfaktor I (CFI) ja halvasti kirjeldatud lõikamisfaktor II (CFII); 3) polü(A) polümeraas (PAP), mis seondub kompleksile vahetult enne lõikamist. PAPi seondumine liidab omavahel 3' lõikamise ja polüadenüülimisprotsessid, nii et lõigatud transkripti vaba 3' saba koheselt polüadenüülitakse. Suure multivalkse lõikamis/polüadenüülimiskompleksi moodustumine AU-rikka polü(A) signaali ümbruses on väga sarnane initsiatsioonikompleksi moodustumisele TATAboxil. Mõlemil juhul moodustuvad kompleksid läbi valk-valk ja valk-NH interkatsioonide järjestikuse jada. Polüadenüülimine toimub kahes etapis. Esimese 12 A lisamine toimub väga aeglaselt, sellele järgneb väga kiire 200 või enama A lisamine. Kiire faas eeldab mitme RRM motiivi omava polü(A)ga-seonduva valgu sidumist. Seda valku nim. PABPII, et eristada seda polü(A)ga-seonduvast valgust, mis asub tsütoplasmas
AUG koodonite või tugevate (> -50 kJ/Mol) RNA sekundaarstruktuuride tekitamine 5´cap-i ja valku kodeeriva lugemisraami vahele inhibeerib sellelt translatsiooni või kaotab selle sootuks. Siit tuleneb klassikaline skaneeriv translatsiooni intsatsiooni mudel, mille kohaselt ribosoom seostub mRNA-le 5´cap-st sõltuvalt ning koos initsiaator-tRNA'ga skaneerib mRNA-d 5´3´ suunas kuni esimese õiges kontekstis initsaatorkoodonini kus toimub valgusünteesi initsatsioon. Initsiatsioonikompleksi moodustumine toimub järgmiste etappide kaudu: 1. eIF1A ja eIF3 seonduvad ribosoomi 40S alaühikuga, tekib 43S kompleks. eIF3 takistab 60S alaühiku seondumist 40S-ga. 2. 43S kompleks seob Met-tRNAiMet-eIF2-GTP kompleksi. 3. eIF4E, eIF4G ja eIF4A (neid kolme valku koos kutsutakse eIF4F-ks) seonduvad mRNA 5´-otsaga. eIF4E on mRNA cap-i siduv valk, eIF4A on RNA helikaas, mis harutab lahti RNA sekundaarstruktuuri. eIF4G on selles cap-i siduvas kompleksis adaptorvalk
AUG koodonite või tugevate RNA sekundaarstruktuuride tekitamine 5’ capi’i ja valku kodeeriva lugemisraami vahele inhibeerib sellelt translatsiooni või kaotab selle sootuks. Siit tuleneb klassikaline skaneeriv translatsiooni initsiatsiooni mudel, mille kohaselt seostub ribosoom mRNA-le 5’ cap-ist sõltuvalt ning koos initsiaator-tRNA-ga skaneerib mRNA-d 5’-3’ suunas kuni esimese õiges kontekstis initsiaatorkoodonini, kus toimub valgusünteesi initsiatsioon. Initsiatsioonikompleksi moodustumine: 1. eIF1A ja eIF3 seonduvad ribosoomi 40S alaühikuga, tekib 43S kompleks. eIF takistab 60S alaühiku seondumist 40S-ga. 2. 43S kompleks seob Met-tRNAi Met-eIF2-GTP kompleksi 3. eIF4E, eIF4G ja eIF4A – eIF4F – seonduvad mRNA 5’- otsaga. eIF4E on mRNA cap’i siduv valk, eIF4A on RNA helikaas, mis harutab lahti RNA sekundaarstruktuuri. eIF4G on selles cap’i siduvas kompleksis adaptorvalk. eIF4G seob teisi initsiatsioonifaktoreid (eIF3, eIF4E, eIF4A, ja Pab1p valku),
transkriptsiooni initsiatsiooni ja seega ka geenide avaldumist. Sellest johtuvalt jaotatakse DNA piirkonnad kolmeks: -90 ... -40 promootorist ülesvoolu jääv piirkond, -40 ... -1 promootori piirkond ning +1 ... +20 promootorist allavoolu jääv piirkond (NB! 0 nukleotiidi pole, on -1 ja +1 nukleotiid, vastavalt üks nukleotiid enne geeni ja geeni esimene nukleotiid, mis tavaliselt on A või G). Promootorist ülesvoolu jääval regioonil on transkriptsiooni initsiatsioonikompleksi moodustamist reguleeriv funktsioon. Siia seonduvad tavaliselt transkriptsiooni aktivaatorid, mis soodustavad RNAP seondumist promootorile, avatud kompleksi teket või promootori vabanemist. DNA-l endal võib ka olla regulatoorne tähtsus. DNAs olevad lühikesed AAAA või TTTT järjestused soodustavad DNA paindumist, mis tõenäoliselt soodustab DNA mähkumist RNAP ümber ning transkriptsiooni initsiatsiooni. Spetsiifilisi AT-rikkaid
annaabi.ee 
