HIV puhul lülitub viiruse genoom peremehe raku genoomi. HIV põhjustab AIDS-i. HIV on retroviirus. Märklauaks immuunsüsteemi rakud. Genoomil mRNA struktuur. Viiruse paljunemise etapid: 1. viiruse kinnitumine raku pinnale 2. sisenemine rakku 3. kapsiidis olevad valgud ja nukleiinhapped vabanevad rakku, 4. valkude süntees ja genoomi paljundamine, 5. viirusosakeste kokku panemine, 6. väljumine rakust Tunda ära paljunemise kirjeldusest, milliste genoomidega on tegu: RNA miinussuunaga üheahelaline- enne tuleb sünteesida vastasahel ja siis translatsioon Plusssuunaga üheahelaline- Translatsioon kohe RNA- sünteesitakse DNA Üheahelaline DNA- Rakutuumas sünteesitakse vastasahel Kaheahelaline DNA- Rakutuumas sünteesitakse mRNA Lüsogeenne tsükkel-Viirus jääb peremehele märkamatuks ja paljuneb koos bakteriga Lüütiline tsükkel- Peremehe hävitamine, viiruspartiklite massiline tootmine
VZV (varizella-zoster virus) SubPh: Betaherpesvirinae CMV (cytomegalovirus) HCMV (Human cytomegalov) SubPh: Gamaherpesvirinae G. Lymphocryptovirus EBV (Epstein-Barr virus) G. Rhadinovirus HHV-8 (Inimese herp.v8) Ehk KSHV Suurte dsDNA genoomidega viirused Ph. Poxviridae SubPh: Chordopoxvirinae rõuge (variola) viirus Vaktsiinia viirus Hiirte rõugeviirus SubPh: Entomopoxvirinae Ph. Phycodnaviridae Paramaecium bursaria Chlorella ehk PBCV-1 MpV, CbV
Euploidsus - haploidse kromosoomiarvu kordne suurenemine või vähenemine Monoploidsete (haploidsete) organismide karüotüüp moodustub ühest genoomist - iga kromosoomi on neil ainult üks (kromosoomiarv n). Diploidsetel organismidel on aga igast kromosoomist (teatavaid tunnuseid määravate aheldunud geenide rühmast) kaks eksemplari (kromosoomiarv 2n). Kui isendil on üle kahe genoomi, nimetatakse neid polüploidseteks. Ühe liigi piires tekkinud polüploidid (ühetaoliste genoomidega nt AAAA-, kus A tähistab ühte genoomi) kannavad autoploidide (autopolüploidide) nime. Erinevate liikide hübrididseerimisel, kui lähtevormid on polüploidsed, tekivad nn alloploidid (allopolüploidid) (mitu erinevat genoomi - nt AABB). 31. Aneuploidsus Klinefelteri sündroomi olemus Aneuploidsus - Üldreeglina lahknevad diploidse isendi homoloogsete kromosoomide paarid meioosis, mille tagajärjel moodustuvad haploidsed gameedid. Siiski esineb ka erandeid, kus
Diploidsetel organismidel on aga igast kromosoomist (teatavaid tunnuseid määravate aheldunud geenide rühmast) kaks eksemplari (kromosoomiarv 2n). Seejuures võib diploidne kromosoomistik pärineda ühelt liigilt (ühetaoline: 2n) või on see moodustunud kahe lähedase liigi hübridiseerimisel (erinevate genoomide ühinemisel: n1 + n2). Kui isendil on üle kahe genoomi, nimetatakse neid polüploidseteks. Ühe liigi piires tekkinud polüploide (ühetaoliste genoomidega näit. AAAA-, kus A tähistab ühte genoomi) nimetatakse autoploidideks (autopolüploidideks). Erinevate liikide hübrididseerimisel, kui lähtevormid on polüploidsed, tekivad nn alloploidid (allopolüploidid) (mitu erinevat genoomi 21.Aneuploidsus.Klinefelteri sündroom aneuploidsus - kromosoomiarvu suurenemine või vähenemine mõne kromosoomi võrra, mis pole haploidse arvu kordne.( esimestel on üks kromosoom ülearu, teistel aga puudu) Selle nähtuse avastas C. Bridges 1916
KO jne hiired, 1996 andmebaasidest otsimine ("uuringud arvutis"). Paradigmade muut on viinud genoomika: Strukturaalsetest uuringutest funktsionaalsetele, Geenikaardi põhiselt geenide tuvastamiselt järjestuspõhilisele, Haiguste etioloogia (põhjuslikest) uuringutest patogeneesi uurimiseni (mehhanismini). Küsimus momendil mitte miks vaid kuidas, Haiguse diagnoosist haigussoodumuse tuvastamisele (personaalse meditsiini tekkeni). Probleemsed aspektid töös genoomidega: Genoomika andmed on väiksema "väärtusega", kui ad hoc (märgade) eksperimentide tulemid, Metoodikate ja suurte andmehulkade tõttu esineb palju vigu, Kompuuteranalüüs, algoritmid ning neil põhinev andmetöötluse loogika on suhteliselt algeline (post hoc ergo propter hoc pärast seda, järelikult selle pärast), Kellele kuuluvad andmed, Viib paradigmani, et uuringute aluseks pole hüpotees vaid andmed ise. Millised peaksid olema ideaalsed genoomika metoodikad: Odavad,
kromosoom- ja geenmutatsiooni tõttu. Euploidsus - haploidse kromosoomiarvu kordne suurenemine või vähenemine. Monoploidsete (haploidsete) organismide karüotüüp moodustub ühest genoomist (kromosoomiarv n). Diploidsetel organismidel on aga igast kromosoomist (teatavaid tunnuseid määravate aheldunud geenide rühmast) kaks eksemplari (kromosoomiarv 2n). Kui isendil on üle kahe genoomi, nimetatakse neid polüploidseteks. Ühe liigi piires tekkinud polüploide (ühetaoliste genoomidega – nt AAAA-, kus A tähistab ühte genoomi) nimetatakse autoploidideks. Erinevate liikide hübrididseerimisel, kui lähtevormid on polüploidsed, tekivad alloploidid (allopolüploidid) (mitu erinevat genoomi - nt AABB). 31. Aneuploidsus. Klinefelteri sündroomi olemus Aneuploidsus – kromosoomiarvu suurenemine või vähenemine mõne kromosoomi võrra, mis pole haploidse arvu kordne. Tekivad kui homoloogsete kromosoomide paarid meioosis ei lahkne (meioosi patoloogia)
aheldunud geenide rühmast) kaks eksemplari (kromosoomiarv 2n). Seejuures võib diploidne kromosoomistik pärineda ühelt liigilt (ühetaoline: 2n) või on see moodustunud kahe lähedase liigi hübridiseerimisel (erinevate genoomide ühinemisel: n1 + n2). Viimasel juhul nimetatakse isendeid diploidseteks hübriidideks. Kui isendil on üle kahe genoomi, nimetatakse neid polüploidseteks. Ühe liigi piires tekkinud polüploide (ühetaoliste genoomidega näit. AAAA-, kus A tähistab ühte genoomi) nimetatakse autoploidideks (autopolüploidideks). Erinevate liikide hübrididseerimisel, kui lähtevormid on polüploidsed, tekivad nn alloploidid (allopolüploidid) (mitu erinevat genoomi - näit. AABB). Esineb ka autoalloploide (AAAABB). Kuna kromosoomiarv võib muutuda nii organismi somaatilises kui ka generatiivrakkudes või viljastatud munarakus ehk sügoodis, on polüploidsus kas 1) mitootiline, 2) sügootne või
selle poolest, et esimeste kordusalad on lühemad. Minisatelliidid on polümorfsed ning nende alade pikkuse järgi saab iga inimese jaoks koostada unikaalse DNA sõrmejälje. Speiser DNA. Mitteklassifitseeritud, mittetranskribeeritav, genoomis esindatud üksikkoopiana, sisaldub rRNA transkriptsiooniühikus. Inimese genoomi suurus ca 3 miljardit bp ja struktureeritus 46 kromosoomi, 23 000 geeni, valke ja funktsionaalseid RNAsid kodeerib vaid 5%, võrdlus teiste organismide genoomidega varieerub suuresti, seost genoomi suuruse ja organismi keerukuse vahel pole. 5. Liikuv DNA (transposoonid). DNA järjestused, mis suudavad ühe raku piires genoomis ümber paigutuda. Erinevad klassid. Klass I ehk retrotransposoonid (retroviiruse tüüpi, tuntud ka kui LTR-tüüpi ja mitte-LTR-tüüpi (LINEd ja SINEd)) ning klass II ehk DNA transposoonid. Evolutsiooniline tähtsus. Transpositsioon võib esile kutsuda mutatsioone ja geenide duplikatsioone. 6
14 Anaeroplasma ja Asteroplasma on seni leitud vaid lamba ja veise vatsast, kus nad kääritavad tärklist. Spiroplasmasid on putukate süljenäärmetes ja sooles. Sealt nad satuvad taimedesse, kus nad põhjustavad haigusi. Molekulaarbioloogia ja geneetika. Väike genoom, järelikult vähe geene. Erinevaid geene on mükoplasmadel ca 5x vähem, kui E. coli'l. Mükoplasmad on väikseimate genoomidega bakterid. DNA GC- sisaldus on madal: 23 - 41 %. Kuna genoom on väike, siis sünteesitakse ka vähem valkusid ja tõesti on mükoplasmad metaboolselt defektsed, mis on seotud nende parasiitse eluviisiga. Nende keeruliste toitumisnõudluste tõttu on neid laboratoorsetel söötmetel seetõttu raske kasvatada. Mükoplasmadel puuduvad tsütokroomid, tsitraaditsükli ensüümid ning enamik biosünteesiradadest. Näiteks M.
Näiteks, plasmiidid, mis tagavad DNA ette-valmistamise, kuid ei taga sugupiili moodustumist, nimetatakse mobiliseeritavateks plasmiidideks. Mobiliseeritava plasmiidi korral võib see retsipientrakku kanduda juhul, kui doonorrakus on veel konjugatiivne (transmissiivne) plasmiid, mis tagab sugupiili moodustumise. Konjugatsioon on bakterite seas väga laialt levinud, sest (konjugatsiooni tähtsus): 1. Konjugatsiooni abil on võimalik sarnaste genoomidega bakteritel läbi viia homoloogilist rekombinatsiooni, mis meenutab eukarüootide sugulist paljunemist. Konjugatsiooni nimetatakse sageli mikroorganismide suguliseks paljunemiseks. 2. Konjugatsiooni abil on bakteritel võimalik toime tulla keskkonnamuutustega ning suurendada kohasust. Konjugatsiooniga levivad antibiootikumide resistentsusgeenid, metabolismiradade geenid ja teised mobiilsed geneetilised elemendid. 3
annaabi.ee 
