Tüübid jaotatakse omakorda alamklassideks. *Eraldi klass alpha satelliit DNA (alphoid DNA). Koosneb 171 bp tandeemsest kordusest tsentromeerses heterokromatiinis. Funktsioon teadmata (tsentromeeri seostumisvalgu CENP-B sait) 2)Minisatelliit DNA: *Keskmise suurusega tandeemsed DNA kordusjärjestused. *Hüpervariaabel minisatelliit DNA on kõrge polümorfsusega ja organiseeritud <1000 (0.1-20 kb pika) blokina. *Omavad põhikonsensust GGGCAGGAXG. *Mõned üksikud ka transkribeeritavad (MUC1lookus). On rekombinatsiooni "hot spots". *Kasutatakse geneetiliste markeritena. *Paljud paiknevad telomeeride lähedal. 3-20 kb tandeemsed heksanukleotiidsed kordused TTAGGG 3)Mikrosatelliit DNA: *Kutsutakse ka lihtsateks kordusjärjestusteks (simple sequence repeats, SSR). Koosneb lihtsate tandeemsete korduste (<10 bp) lühikestest blokkidest, mis on hajutatud üle genoomi. *Moodustavad 2% (60 Mb) genoomist. *Tekivad replikatsiooni libisemise tõttu
Tuumake - tuumas paiknev kehake, kus toimub rRNA süntees ja ribosoomi allüksuste moodustumine TÄHTSUS - Sisaldab ja säilitab raku pärilikku informatsiooni, kontrollib raku elutegevust Mõisted: kromatiinaine lahti keerdunud kromosoomid eukromatiin - aktiivne DNA o värvub nõrgemalt o hõredamalt kokku pakitud o paikneb tsentraalselt o histoonid on DNA-ga nõrgemalt seotud o seal paiknevad ainult transkribeeritavad geenid o moodustab 10% kromatiinist o sisaldab rohkesti regulatoorseid valke Heterokromatiin - inaktiivne DNA o värvub tugevamalt o maksimaalselt kokku pakitud o paikneb perifeerselt o seal paiknevat DNA-d ei transkribeerita o moodustab 90% kromatiinist, sisaldab rakule hetkel mittevajalikke geene o Seal paiknevad tsentromeer, Barr'i kehake, replikatsiooni alguspiirkonnad
konkureerivad DNA-ga seostumise suhtes, kusjuures struktuursed valgud takistavad nendega seoses oleva DNA kättesaadavust transkriptsiooni masinavärgile. Katsed näitavad, et kui näit. geeni promootorpiirkond on nukleosoomi koostises, siis on transkriptsioon kõvasti alla surutud. Kui in vitro tingimustes lisada DNA-le histoone, et moodustuks nukleosoomne struktuur, surutakse transkriptsioon alla. Eriti tugevalt mõjub H1 lisamine. Aktiivselt transkribeeritavad geenid on nõrgalt seotud H1-ga või see puudub hoopis. 30. ChIP immunosadestamismeetod - usutav meetod kui proteiin seob spetsiifilisse genoomi piirkonda in vivo. Elurakud on töödeldud sillutamise agendiga, et formeeruda mittespetsiifilisi sillutamisi DNA ja seostavate proteiinide vahel. Peale kromatiini pügamise väiksteseks fragmentideks, eelis proteiin on imunosadestav. Iga proteiin-seov DNA on pärast
hübridisatsiooni ja diferentsiaalvärvimise meetodite abil kromosoomitasandil nähtavale tuua. Prokarüootide (Archaebacteria ja Eubacteria incl. Cyanobacteria) kromosoom on rõngas- DNA molekul. Kogu prokarüdoodi genoom on pakitud ühte kromosoomi, mille koostisesse kuuluvad peale DNA kaksikahela veel valgud ja RNA-d. DNA, mille pikkuseks on keskmiselt 1 mm, on kokku pakitud mitmekümneks linguks, mida hoitakse koos RNA abil. Transkribeeritavad lingualad despiraliseeruvad. Valkude abil kinnituvad DNA lingud oma basaalse alaga bakteriraku sisemembraanile, moodustades nukleoidi piirkonna. Kõigil eukarüootidel on nukleosoomse struktuuriga kromosoomid, mis paiknevad rakutuumas ning on tsütoplasmast eraldatud kahekihilise tuumamembraaniga. Lisaks tuumagenoomile on eukarüoodi rakus tuumaväline mitokondrigenoom, millele taimede ja mõnede vetikate puhul lisandub kloroplastigenoom. Erinevalt prokarüoodi genoomist on
gradient tsentrifuugimisega. Tüübid jaotatakse omakorda alamklassideks, Eraldi klass alfa satelliit DNA (alphoid DNA). Koosneb 171 bp tandeemsest kordusest tsentromeerses heterokromatiinis. Funktsioon teadmata (tsentromeeri seostumisvalgu CENP-B sait). Minisatelliit DNA: Keskmise suurusega tandeemsed DNA kordusjärjestused, Hüpervariaabel minisatelliit DNA on kõrge polümorfsusega ja organiseeritud <1000 (0.1-20 kb pika) blokina, Omavad põhikonsensust GGGCAGGAXG, Mõned üksikud ka transkribeeritavad (MUC1 lookus), On rekombinatsiooni "hot spots", Kasutatakse geneetiliste markeritena, Paljud paiknevad telomeeride lähedal. 3-20 kb tandeemsed heksanukleotiidsed kordused TTAGGG. Mikrosatelliit DNA: Kutsutakse ka lihtsateks kordusjärjestusteks (simple sequence repeats, SSR). Koosneb lihtsate tandeemsete korduste (<10 bp) lühikestest blokkidest, mis on hajutatud üle genoomi, Moodustavad 2% (60 Mb) genoomist, Tekkivad replikatsiooni libisemise tõttu, Sagedaseim tüüp dinukleotiidkordused:
hübridisatsiooni ja diferentsiaalvärvimise meetodite abil kromosoomitasandil nähtavale tuua. Prokarüootide (Archaebacteria ja Eubacteria incl. Cyanobacteria) kromosoom on rõngas- DNA molekul. Kogu prokarüdoodi genoom on pakitud ühte kromosoomi, mille koostisesse kuuluvad peale DNA kaksikahela veel valgud ja RNA-d. DNA, mille pikkuseks on keskmiselt 1 mm, on kokku pakitud mitmekümneks linguks, mida hoitakse koos RNA abil. Transkribeeritavad lingualad despiraliseeruvad. Valkude abil kinnituvad DNA lingud oma basaalse alaga bakteriraku sisemembraanile, moodustades nukleoidi piirkonna. Kõigil eukarüootidel on nukleosoomse struktuuriga kromosoomid, mis paiknevad rakutuumas ning on tsütoplasmast eraldatud kahekihilise tuumamembraaniga. Lisaks tuumagenoomile on eukarüoodi rakus tuumaväline mitokondrigenoom, millele taimede ja mõnede vetikate puhul lisandub kloroplastigenoom. Erinevalt prokarüoodi genoomist on
coli on olemas mõlemad SOD-id. Fe-seoseline SOD ekspresseerub nii aeroobsetes kui ka anaeroobsetes tingimustes, Mn-seoseline (SodA) on aga indutseeritud ainult rakkude aeroobse kasvu korral. Katalaasid on esindatud nii aeroobsetes kui ka fakultatiivselt anaeroobsetes bakterites. Bakteris E. coli asuvad reaktiivse hapniku kahjutustamisel osalevaid ensüüme kodeerivad geenid kahes oksüdatiivse stressi modulonis, mida kontrollivad SoxS ja OxyR. SoxS modulon soxSR geenid on vastassuunaliselt transkribeeritavad. SoxR on FeS-sisaldav valk, mis kontrollib SoxS geeni transkriptsiooni. SoxR aktiveerub vastusena signaalile, milleks on kas O 2- või NO. Seejärel aktiveerib SoxR globaalse transkriptsiooniregulaatori SoxS, mis kontrollib ligikaudu 40 geeni transkriptsiooni. Enamus neid geene kodeerivad valke, mis kaitsevad rakku oksüdatiivse stressi puhul ja peaaegu kõik neist on SoxS poolt positiivselt reguleeritavad. SoxS moduloni kuulub ka SodA Mn-seoseline superoksiidi
Kromatiini struktuur ja geenide ekspressioon. Lihtsustatud mudeli järgi struktuursed valgud ja transkriptsioonifaktorid konkureerivad DNA- ga seostumise suhtes, kusjuures struktuursed valgud takistavad nendega seoses oleva DNA kättesaadavust transkriptsiooni masinavärgile. Kui in vitro tingimustes lisada DNA-le histoone, et moodustuks nukleosoomne struktuur, surutakse transkriptsioon alla. Eriti tugevalt mõjub H1 lisamine. Aktiivselt transkribeeritavad geenid on nõrgalt seotud H1-ga või see puudub hoopis. Teatud piirkonnad kromosoomides (DNA ahelas) on nukleosoomi-vabad ning vastavad geeni regulaatorpiirkondadele. Kromatiini struktuuri muutused rakutsüklis. Kui rakk alustab mitootilist jagunemist, kondenseerub kromatiin ning individuaalsed kromosoomid muutuvad valgusmikroskoobis nähtavaks. Peale mitoosi lõppu kromatiin dekondeseerub uuesti. Kondenseerumine- dekondenseerumine on täpselt reguleeritud, kusjuures oluline on H1
Kromatiini struktuur ja geenide ekspressioon. Lihtsustatud mudeli järgi struktuursed valgud ja transkriptsioonifaktorid konkureerivad DNA-ga seostumise suhtes, kusjuures struktuursed valgud takistavad nendega seoses oleva DNA kättesaadavust transkriptsiooni masinavärgile. Kui in vitro tingimustes lisada DNA-le histoone, et moodustuks nukleosoomne struktuur, surutakse transkriptsioon alla. Eriti tugevalt mõjub H1 lisamine. Aktiivselt transkribeeritavad geenid on nõrgalt seotud H1-ga või see puudub hoopis. Teatud piirkonnad kromosoomides (DNA ahelas) on nukleosoomi-vabad ning vastavad geeni regulaatorpiirkondadele. Kromatiini struktuuri muutused rakutsüklis. Kui rakk alustab mitootilist jagunemist, kondenseerub kromatiin ning individuaalsed kromosoomid muutuvad valgusmikroskoobis nähtavaks. Peale mitoosi lõppu kromatiin dekondeseerub uuesti. Kondenseerumine-dekondenseerumine on täpselt reguleeritud,
nende sisemusse. Sisemised laiemad IC laguunid sisaldavad splaissingu faktoreid. 5 • CT-de detailsem struktuur: kromatiini domäänid (CD)=fraktaalsed gloobulid= ‘chromatin liquid drops’; periromatiinne piirkond. Kromatiini gloobulid on tihedalt pakitud kromatiini domeenid. Fraktaalsed gloobulid moodustavad kromosoomi territooriumeid. Gloobuli tuumikus paiknevad aktiivselt transkribeeritavad geenid ning mittetranskribeeritav kromatiin paikneb gloobuli perifeerias. Iga piirkond fraktaalsest gloobulist on võimeline kiiresti lahti voltuma, translokeeruma ning muutuma transkriptsioonifaktoritele ja teistele valkudele kättesaadavateks. Perikromatiinne piirkond on funktsionaalne ruum tuumas, mis määrab kromatiini voltumise. Selles piirkonnas esinevad replikatsiooni, transkriptsiooni ja RNA prosessingu faktorid
mida bakterirakud sünteesivad statsionaarsesse kasvufaasi jõudes või nälgides. Kirjeldatud on veel teisi väikeseid rakus S taset mõjutavaid signaalmolekule nagu ppGpp (positiivne mõju) ning cAMP ja UDP- glükoos (negatiivne mõju). RpoS ei ole ainuke faktor, mis kontrollib statsionaarses faasis indutseeritud geenide avaldumist. Rakkude süsiniku-nälgimisel on tuvastatud 20 S-st sõltumatu valgu induktsioon. Mis põhjustab promootori äratundmise ES poolt? ES poolt transkribeeritavad promootorid on sageli äratuntavad ka E70 poolt (v. a. fic promootor). Osade S-st sõltuvate promootorite puhul on leitud spetsiifilisust määravaid determinante promootori -10 regioonist. Võrreldes erinevate S-st sõltuvate promootorite järjestusi, on välja pakutud konsensusjärjestus CTATACT. Andmed on mõnevõrra vastuolulised. Mitmed katsetulemused viitavad sellele, et tegelikult S- spetsiifilist konsensusjärjestust polegi teatud tingimustel on teatud promootorid ES poolt paremini
annaabi.ee 
