sellest ülavoolu asub TATAbox ja enhanser). Edukaks transkriptsiooniks on vaja mõndasid TF´eid. Suurim TFIID sisaldades omakorda TBP (tata binding protein) mille kaudu kogu kompleks istub DNA transkriptsiooni initsiatsiooni saidile kasutadeski selleks TATAboxi. Seejärel lisanduvad teised TF, eeskätt TFIIB luues võimaluse POLII seondumiseks, mis omakorda aktiveeritakse TFIIF poolt- moodustub preinitsiatsiooni kompleks. Sellele seondub TFIIE luues võimaluse TFIIH seondumiseks.. TFIIH põimib kaksikahela lahti ja annab polümeraasile võimaluse mööda matriitsahelat liikuma hakata. Kui 5-10 bp kodeeritud hakkab TFIIH sünteesima Poly saba. TFIIH ise DNAle ei istu enne peavad olema sinna lisandunud teised valgud. Transformatsioon - geneetilise informatsiooni ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil. DNA helikaasid. DNA helikaasid on ensüümid, mis katalüüsivad DNA ahela lahtikeerdumist. DNA helikaasid vajavad lisaenergiat ATP näol
lähedaloleva promootori juurest. Kui N-terminaalne DNA-siduv domään siduda erinevate C-terminaalsete osade külge, siis tema funktsioon säilib. Kompleksid kas moodustuvad või ei moodustu. 5. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? TBPga seonduvad TFIIB, TFIIA TBP is a subunit of the eukaryotic transcription factor TFIID. 6. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? ATPd hüdrolüüsib helikaasse aktiivsusega TFIIH, mis kasutab ATP hüdrolüüsi energiat selleks, et DNA dupleks startsaidis lahti kerida. 7. Võrdle transkriptsiooni initsitatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüoo-tidel. Prokarüoodid toimuvad tsütoplasmas. *RNA polümeraasi holoensüümi (2 , ß, ß', ) seondumine DNA promootorpiirkonda *RNA polümeraasi toimel lokaalne DNA-ahelate lahtikeeramine ja matriitsahela teke *Fosfodiestersidemete esmane teke tekkivas RNA ahelas, pärast 8 9 lülitust
assotseeruks mittefosforüülitud PolII CTD'ga (C-terminaalne-domään), moodustades väga suure holoensüümi, mis sisaldab enamuse GTF'dest. Arvatakse, et selline kompleks istub DNA'le ühe sündmusena. 9. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? (TBP on eukarüootse transkriptsiooni faktori TFIID alaühik: TBP + 16 TAF'i = TFIID). Nime järgi võiks oletada, et kõik on. GTF'dest aga TFIIA. 10. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH kahel alaühikul on helikaasi ja ATPaasi aktiivsus. Sellega aitab ta luua transkriptsioonimulli. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. (TFIIH ühe teise sub-kompleksi roll on fosforüleerida RNA polümeraasi suurima subühiku C-terminaalset domääni (CTD), mis on vajalik polümeraasi vabanemiseks PIC-ilt (pre-initsiatsiooni kompleks) ning transkriptsiooni üleminekul elongatsioonifaasi). 3
inhibitsioon. eIF4G (220 kDa). Molekulaarne adaptor, seob eIF4E, eIF4A, eIF3, Pab1p. eIF5 (125 kDa). Ribosoomist sõltuv GTPaas, soodustab ribosoomi alaühikute ühinemist. eIF6 (25 kDa) Seob 60S alaühikut, põhiline antiassotsiatsioonifaktor. 10. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Transkriptsiooni- initsiatsiooni kompleksi moodustumine. 11. Mediaator PILT on suur
16. Too näide bioloogilisest protsessist, kus enhanceri' aktiivsusega kontrollitakse geeni ekspressiooni taset. B-lümfotsüütide süntees. Kui inimesel eemaldada GADD45G enhancer, siis võib esiaju suureneda. Arengus on neil roll lülitada transkriptsioon sisse või välja vastavalt rakutüübile. 17. RNA Polümeraas II transkriptsiooni initsiatsioon. Generaalsed transkriptsiooni faktorid paigutavad RNA Pol II startsaidile ja osalevad initsiatsioonis, TFIIB, TFIIF, THIIE ja TFIIH, in vivo ka TFIIA ja TFIID. RNA Pol II preinitsiatsioonikompleksid moodustamine. See pannakse kokku valkhaaval. Kõigepealt istub TBP TATAbox promootorile, seejärel seondub TFIIB, sellele järgneb TFIIF ja RNA Pol II sidumine, viimase tulemusena seondub RNA Pol II startsaidile, lõpuks seonduvad veel TFIIE ja TFIIH. 18. Mis on TBP funktsioon initisiatsiooni kompleksi tekkes? Painutab DNA ahelat, et järgmine faktor saaks seonduda. 19
kompleksis. TATA kast – DNA ahela neljanukleotiidne järjestus. Promootorist 25 nukleotiidi kaugusel. Sinna seondub TBP (TFIID’i alaühik) Transkriptsiooni alustamiseks vajab RNA polümeraas mitmeid transkriptsiooni faktoreid: FFIIA, TFIIB, TFIID (TBP), TFIIH (CTD) A) TFIID (TBP kaudu) seostub TATA-le B) See võimaldab seostuda TFIIB-l C) Tulemuseks kogu transkriptsiooni faktorite hunnik ja RNA polümeraas ise ka seostuvad promootorpiirkonnale. D) Siis kasutab üks transfaktoritest ATP hüdrolüüsi energiat ja siseneb DNA kaksikheeliksisse E) TFIIH fosforüleerib RNA polümeraas II-e. (CTD subühiku kaudu). Polümeraasi konformatsioon muutub ning polümeraas vabaneb transfaktroritest – eraldub
terminaalne ots stabiliseerib tekkinud interaktsiooni laiudes START-saidi poole. TFIIB sidumisele järgnevalt toimub preformeeritud tetrameerse TFIIF ja RNAPolII sidumine. Viimase tulemusena paiguldub RNAPolII START-saidile. Enamuse promootorite puhul peab kompleksile siduma veel kaks GTFi, et DNA ahelad saaks eralduda ja toimuks matriitsahel vabanemine. Esimesena seondub tetrameerne TFIIE, mis tekitab sidumisvõimaluse TFIIHle (samuti multimeerne faktor, mis koosneb 9 alaühikust). TFIIH kompleksi seondumine lõpetab transkriptsiooni preinitsiatsiooni kompleksi formeerumise in vitro. 12. Mis on transkriptsiooni aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori omadusi? N-terminaalne DNAd - siduv domään, mis seondub teatud DNA järjestustele, ja C-terminaalne aktivatsiooni 3
· TBP sõltuv initsiatsioon selline initsitatsioon sisaldab promootorjärjestuses TATA-boxi, TBP on sellele seonduv TFIID alaühik. See on esimene valk, mis nö istub TATA-box alale. Järgneb TFIIB seondumine promootorile. TFIIB interakteerub kahel pool TATA-boxi TBP ja DNAga, samas kui tema N-terminaalne ots stabiliseerib tekkinhd interaktsiooni. Järgneb TFIIF ja RNA-pol II seondumine. (Hiljem peavad lisanduma ka TFIIF ja TFIIH). · TBP sõltumatu initsiatsioon sellises initsitatsioonis ei ole TATA-box ala promootrjärjestuses ning ei ole TBP. Nende asemel on kas näiteks initsiaator kompleks või CpG saarekesed. Sigma faktor () on prokarüootne transkriptsiooni initsiatsiooni faktor, mis võimaldab spetsiifilise RNA polümeraasi spetsiifilist seondumist geeni promootoriga. Erinevad sigma faktorid aktiveeritakse vastuseks erinevatele keskkonna tingimustele
―TBP ― TFIID ― Süntees hakkab TFIIB-st. TF IIB – oma äratundmiskoht. Esiteks seonduvad DNA-ga. 56 TFIID = TBP + TAF (ka TFIID ise sisaldab juba TBP). TAF on transkriptsiooni aktivatsiooni faktor. Kõik valgud seonduvad DNA-le korraga → kompleksis. Eelnevalt tehti DNA histoonidest vabaks. 2) Seondub lisaks TFIIA ja TFIIB. TFIIF seondub koos RNA polümeraas II-ga ja see kompleks hakkab ruumiliselt ümberkorralduma. 3) Seondub veel TFIIH – tekitab transkriptsiooni mulli. TFIIH ja TFIIE seondumise järel hakkab transkriptsioon. TFIIH fosforüleerib Ser (OH jääki), seejärel algab transkriptsioon. Tal on ka helikaasne aktiivsus. TFIIH-l on proteiinkinaasne aktiivsus (fosforüleerib CTD e karboksüterminaalse domääni, koosneb korduvatest järjestustes; 7 AH, millest 3 on Ser). TBP seondumine muudab DNA kuju. Transkriptsioon muudab DNA topoloogiat - DNA on nii pikk, ei saa ümber telje pöörelda
transkripti poolestusaeg 5 tundi, prokarüootidel 5 minutit. 114. RNA ahela initsiatsioon eukarüootidel. Cis-toimelised järjestused. Vajalikud põhilised transkriptsioonifaktorid, TFIIX. Esimesena TFIID, sisaldab TATA-seonduvat valku ja rida TBP-assotsieerunud valke. Järgnevalt TFIIA ja kohe TFIIB. Järgnevalt TFIIF, seondub polümeraasiga ning moodustab seejärel transkriptsiooni initsiatsioonikompleksi. Tal 2 alaüksust, milledest ühel DNA-d lahtikeerav aktiivsus. TFIIE, TFIIH, TFIIJ jne. DNA pol I ja pol III analoogsete faktoridega, teatud eripäradega Cis-toimelised järjestused - regulatoorsed järjestused, mis avaldavad môju samas DNA molekulis olevale geenile. 115. RNA ahela elongatsioon eukarüootidel ja "mütsi" lisamine.??? 7-metüülguanosiin müts (cap) lisatakse 5'-otsa 5'-5' trifosfaadi seondumise abil. Tagurpidi nukleotiid - kaitse nukleaaside eest. Kasutatakse 2'-O-, guaniin-7-metüül- ja guanülüül transferaasid. Toimub 5' - 3' suunas. 116
reguleerivad mitmeid erinevaid protsesse rakus, k.a. X-kromosoomi inaktivatsioon . DNA struktuuris oleva TATA-kasti ja promootori piirkonna roll DNA transkriptsiooni läbiviimises. Eukarüoodi DNA transkriptsiooniks vajaliku valkude kompleksi põhilised komponendid. TATA box- DNA ahela neljanukleotiidne järjestus, millele kinnitub TBP valk,mis on transkriptsioonifaktori TFIID koosesisus. Transkriptsioonifaktorid: TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIH (käitub nagu helikaas), TFIIF Promootor- Spetsiifiline järjestus millele kinnitub RNA polümeraas II Enchancer-akivaatorvalk, mis on vajalik transkriptsiooni alustamises, kinntiub mediaatorile CTD- Rna polümeraasi c-terinaalne doeen, RNA polümeraasi saba fosforüülitakse ja ta erladub promootorilt ning jätkab RNA ahela pikedamist. Fosforüülimise tagajärjelt seostuvad RNA töötlemise faktorid polümeraasile ja hakkavad RNA-d ümberkujundama. Kromatiini ümberkujundav kompleks
GGGCGG. Eri kombinatsioonid eri geenide promootorites. RNA peab olema lõpetatud molekul, muidu ta ei ole stabiilne. Lõppu pandakse mitte... järjestused. RNA polümeraas II Transkriptsioonifaktor sama mis sigma prokarüoodil;kõik RNA polümeraasid vajavad. TFid on valgud, mis formeeruvad promootori basaalelemendil. Iga TF töötab vaid oma RNA polümeraasiga, iga polümeraas nõuab TF'i. Märgitakse vastavalt polümeraasile TFIID, TFIIB, TFIIF, TFIIE, TFIIH. RNA polümeraas + TF kompleksi nimetatakse preinitsiatsioonikompleksiks. Transkriptsiooni aktiveerib enhancer järjestus DNA-l. mRNA erinevused pro- ja eukarüootidel: Prokarüoodid : mRNA transkript on kohe selline, millel algab translatsioon. Kuna proakrüoodil puudub tuum, siis translatsioon algab kohe kui algab transkriptsioon (protsessid on üheaegsed), toimub muidugi ribosoomil. mRNAs on polüstistroonne: sisaldab mitmelt geenilt transkribeeritud mRNAd. Hiljem valkude eraldamine.
annaabi.ee 
