struktuuritasemete moodustumisel? Kõige tähtsamat rolli tavaliselt mängib vesinikside, kuid stabiliseeruva mehhanismidena esinevad: R-rühmade hüdrofoobsed interaktsioonid Erinimeliste laengutega R-rühmade elektrostaatilised interaktsioonid Ioonsed sidemed Ka S-S sidemed 3. Kirjeldade hemoglobiini struktuuri ja konformatsioone vabas ja hapnikuga seotud olekutes. Hemoglobiin on a2b2 – tetrameer, mis koosneb neljast subühikutest. Iga subühik sisaldab heemi. Heem on niisugune struktuur, mille keskel asub raua aatom, mis on seotud protoporfüriiniga, aga täpsemalt selle nelja pürrooli ringiga, mis on omavahel seotud menteensildadega. Pürroolidega on seotud ka kaks vinüülrühma, kaks metüülrühma ja kaks propionaati. Raud on heemis otseselt 4 lämmastiku aatomitega. Viiendat sidet moodustab raud hemoglobiini polüpeptiidahela histidiini
0.05V, millele vastav ΔGo’= -9.6 kJ/mol iga ülekantud elektronide kohta. Seda ei ole piisavalt ATP sünteesiks. Energiate erinevus protsessides, mis on seotud vastavalt I või siis II kompleksiga, on ka põhjuseks, miks NADH ja suktsinaadi oksüdatsioonil on võimalik ühe paari elektronide ülekandel hapnikule sünteesida erinev hulk ATPd (2.5 ja 1.5 ekvivalenti vastavalt). Kompleks II on neljast erinevast subühikust koosnev tetrameer, sisaldades FAD ja 3 Fe-S klastrit. Suktsinaadi dehüdrogenaas on TCA tsükli komponent, ainuke TCA tsükli ensüümidest, mis lokaliseerub sisemembraanis. Kompleks II subühikud ei ole kodeeritud mitokondriaalse genoomi poolt. Kompleksis II ei toimu prootonite pumpamist ning seega ei kontributeeri kompleks II prootongradiendi moodustamisel, erinevalt kompleksidest I , III ja IV. Bakteriaalse suktsinaadi dehüdrogenaasi kompleksi ruumiline struktuur määrati esimesena
Kalmoduliin ühineb selle valguga, tekib kaltsium-kalmoduliini aktiivne kompleks, mis mõjutab kaltsium-kalmoduliin- sõltuvaid ensüüme. Seeläbi tekib metaboolne vastus. Kinaaside kaskaad ja autofosforüülimine (pm insuliini rada) · Insuliin, EGF (epidermal growth factor), PDGF (platelet-derived growth factor), FGF (fibroblast growth factor); NGF (nerve growth factor), IGF, STH, PRL, EPO) Insuliini retseptor on tetrameer, kus on 2 alfa-SU ja beeta-SU. Alfa-SU on see, kus on insuliini sidumiskoht, kus nad interakteeruvad. Beeta-SU sisaldab palju türosiini. Türosiinijäägi (OH-rühm) tuleb fosforhappe juurde ning toimub fosforüülimine. Tekib aktiivne vorm. Seejärel on 2 teed. 1. aktiivne fosforüülitud türokinaaskompleks aktiveerib insuliin- retseptor-substraadi selle fosforüülimise läbi. aktiivne IRS-1 võib avaldada mõju läbi proteiinkinaaside. 2. võib genoomi
Hemoglobiini afiinsus hapniku suhtes sõltub hapniku kontsentratsioonist. Madalatel kontsidel on afiinsus väike ja sidumine nõrk, mida kõrgem hapniku konts, seda tugevam seostumine. d) Hapniku kontsi kasvades läheb nõrk seostumine üle tugevaks seostumiseks. Sellist käitumist nimetatakse substraadi kooperatiivseks sidumiseks. Fenomen saab avalduda ainult multisubühikuliste valkude puhul (hemoglobiin on tetrameer), sobib ka see, kui valk sisaldab endas mitu seostumiskohta. Ühe seostumiskohaga pole seda võimalik saavutada aktiivtsentrite, ligandi seostamiskohtade vahel. Allosteerilised ensüümid: sigmoidsed V versus [S] kõverad Seda käitumist seletatakse kahe konformatsioonilise vormi esinemise kaudu: T-vorm (tense) madal afiinsus substraadi suhtes. Subühikut tähistatakse kastina R- vorm (relaxed) kõrge afiinsus substraadi suhtes. Sellises vormis subühik on ring
Viirus- spetsiifiliste valkude kogunemine initseerib ümberlülitamise transkriptsioonilt replikatsioonile. Selle tõttu sõltub VSV replikatsioon aktiivsest ja kestvast viirus- spetsiifilisest valgusünteesist (eriti N- ja P valkude süntees). Replikatsiooni käigus ignoreerib RdRp liider- RNA-le järgnevaid ja geenide vahelisi “stop-signaale”. Kahe polümeraasi mudel: Transkriptsiooni teostab polümeraas, kuhu kuulub L- valk ja N-terminusest fosolüreeritud P-valgu tetrameer (L-P4 polümeraas). Replikatsiooni teostab L-valgust ja uuesti sünteesitud N- ja P- valkudes koosnev L-N-P4 polümeraas, milles P- valk on veel N-terminusest fosfolüreerimata kuid on fosfolüreeritud C- terminusest. Sugukond Paramyxoviridae Genoom on segmenteerimata (-)ssRNA; virionides RNP-na. Virion Sfäärilised ja ümbrisega virionid Membraani all paiknevad maatriks-valgud ja ribonukleokapsiid ning membraani sees on viiruse glükoproteiin.
· Tuum: o Sisaldab palju RNAd o Palju kromosoome o Kiire kasv ja paljunemine, seetõttu valgusüntees o Puudub tuumamembraan o Piirkonda kus asub DNA nim nukleoidiks o Rõngaskromosoomi pikkus on üle 1mm, seega on oluline tema kokkupakkimine o Kokkupakkimises osalevad aluselised valgud o Mõningatel arhedel on leitud valgud, mis on sarnased eukarüootsetele histoonidele (arhedel tetrameer, eukarüootidel oktameer) o Bakterirakk on haploidne tal on üks rõngakujuline kromosoom o Mõndel on leitud ka lineaarseid kromosoome o Enamikel bakteritel on lisaks kromosoomile ka veel plasmiidid, kus paiknevad geenid, mis ei ole tavaolukorras bakterile hädavajalikud, kuid teatud olukordades osutuvad talle vajalikuks, (seal võivad esineda geenid, mis kodeerivad antibiootikume kahjustavaid ensüüme või toksiine.)
hapnikuvahetuse! · Hemoglobiini allosteeriline käitumine seisneb selles, et ainult -ahelad on võimelised siduma O2 T-olekus (-ahelatel on see steeriliselt takistatud). Hapniku sidumise tulemusena - ahelatele toimuvad konformatsioonimuutused teevad alles võimalikuks O2 sidumise - ahelatele. Hb: 2O2 - R-olek. Segu MWC ja KNF mudelist. Müoglobiini ja hemoglobiini ja ahelate võrdlus Hemoglobiin on 22 tetrameer. Kõikide subühikute konformatsioon on identne müoglobiini (monomeer) konformatsiooniga. Hemoglobiini - ja -subühikud (141 ja 146 jääki) on lühemad müoglobiinist (153 jääki) lühema C-terminaalse H-heeliksi tõttu. LIISI KINK 42 BIOKEEMIA test I Hapniku sidumine Hb poolt kvaternaarstruktuuri muutus
20. Joonista tüüpilise PolII promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Mediaator kompleks ja selle tähtsus. Promootorid on TATAbox, Initsiaator, CpG. 1 TATA-binding protein seondub, väänab DNA-d 2 TF II B seondub kõikides rakkudes TATA-sse ja initsiatsioonisaidi alasse (tetrameer) 3 polümeraas II saab seonduda, sest TFIIB stabiliseerib tekkinud nurka Tekib preinitsiatsiooni kompleks (PIC), kuhu seondub TFIIE 4 helikaasi aktiivsusega keerab THIIH (9meer) DNA ahelad lahku ja polümeraas saab mööda matriitsi RNA ahelaid sünteesida ja peale sünteesi algust fosforüülib saba
Kompleksi kaltsiumkloriidiga (Calcex) kasutatakse kükmetushaiguste korral (vähemale Venamaal küll kasutatakse, kas teda ka üle piiri tuua lubatakse - ei tea) 6 CH2O + 4NH3 à (CH2)6N4 + 6 H2O Etanaal (atseetaldehüüd) CH3CHO õunalõhnaga (?) mürgine vedelik. Lahustub hästi vees ja on kergesti lenduv (keeb 210C) Trimeerumisel tekib nn paraaldehüüd - tugevatoimeline uinuti (CH3CHO)3 molekul on tsüklilise ehitusega. Protsess kulgeb väikese hulga konts. väävelhappe juuresolekul Tetrameer on tahke aine, kuivpõletusaine, "kuivpiiritus Sahhariidid (süsivesikud) Nimetus süsivesik tuli omal ajal sellest, et vesiniku ja hapniku aatomite arvud suhtuvad tavaliselt nagu vees s.o. 2:1 (glükoos C6H12O6 = 6C*6H2O ) Mõni sahhariid sellele kriteeriumile ei vasta (desoksüriboos C5H10O4). Mõni mittesahhariid, aga vastab - näiteks äädikhape CH3COOH. Segadust tekitab ka sõnade "süsivesik" ja süsivesinik" kõlaline sarnasus
Kompleksi kaltsiumkloriidiga (Calcex) kasutatakse kükmetushaiguste korral (vähemale Venamaal küll kasutatakse, kas teda ka üle piiri tuua lubatakse - ei tea) 6 CH2O + 4NH3 (CH2)6N4 + 6 H2O Etanaal (atseetaldehüüd) CH3CHO õunalõhnaga (?) mürgine vedelik. Lahustub hästi vees ja on kergesti lenduv (keeb 210C) Trimeerumisel tekib nn paraaldehüüd - tugevatoimeline uinuti (CH3CHO)3 molekul on tsüklilise ehitusega. Protsess kulgeb väikese hulga konts. väävelhappe juuresolekul Tetrameer on tahke aine, kuivpõletusaine, "kuivpiiritus Sahhariidid (süsivesikud) Nimetus süsivesik tuli omal ajal sellest, et vesiniku ja hapniku aatomite arvud suhtuvad tavaliselt nagu vees s.o. 2:1 (glükoos C6H12O6 = 6C*6H2O ) Mõni sahhariid sellele kriteeriumile ei vasta 11. klassi Orgaanika konspekt Jaan Usin 20 (desoksüriboos C5H10O4)
H4 (2 kordselt) – kokku 8 polüpeptiidi. H3 ja H4 moodustavad tetrameeri; üks H2A dimeer, teine H2B dimeer – oluline nukleosoomi lahtiharutamiseks. 10 H3 ja H4 – tetrameerid on kogu aeg koos ja need jäävad seotuks ühe ahelaga pärast replitseerimist. Teisele ahelale peab uued panema. Histoonid peavad juba valmis olema. H2A ja H2B dissotseeruvad. Histooni chaperonid – juhivad uued histoonid tütarDNA juurde. Kontrollib, et moodustaks tetrameer sellega, kellega peakski. Aitavad nukleosoomi moodustada. Erinevatel chaperonidel on erinevad rollid kokkupakkimisel. Nukleosoomis on histoonide ja DNA vahel 142 vesiniksidet. Nukleosoomide vahel on DNAga seotud H1 (histoon). H1 on oluline kromatiini struktuuri kohaselt. Histoonidel on üheahelalised DNA sabad, mis ulatuvad nukleosoomist välja. Olulised sündmused on mõjutatud sabadest. H3 koht – sealt läheb DNA välja. H2A ja H2B ei ole otstega seotud, vaid ainult selle järjestusega.
sisaldavad erinevaid N-allikaid. N2 fikseerimine atmosfäärist N2 fikseerivad bakterid (näiteks mitmed Rhizobium'i liigid, Klebsiella pneumoniae) on võimelised siduma lämmastikku atmosfäärist ja konverteerima seda ammooniumiks. N 2 fikseerimisel osaleb multikomponentne nitrogenaasi süsteem, mis koosneb kahest komponendist: 1. Komponent I dinitrogenaas (molübdeeni ja rauda sisaldav kahest erinevast subühikust koosnev MoFe-valk), tetrameer 2. Komponent II dinitrogenaasi reduktaas (raua ja väävli-seoseline Fe-valk, mis kannab elektronid dinitrogenaasile). Töötab dimeerina, sisaldab Fe 4S4 klastrit, mis on vajalik FeMo redutseerimiseks lämmastiku fikseerimisel. Erinevatel bakteritel on see süsteem sarnane nii funktsiooni kui ka valkude aminohappelise järjestuse põhjal. N2 fikseerimine on energiakulukas protsess. Nitrogenaasi reaktsiooni tulemusena tekib ammoonium ning vabaneb ka H2
annaabi.ee 
