peptiidsed ravimid nagu nt penitsilliin. Oligopeptiidid (2-20 aminohappejääki) Polüpeptiidid (25-50 aminohappejääki) Üle 50 aminohappejäägi sisaldavat polüpeptiidi nimetatakse valguks- Vastavalt aminohappejääkide sisaldusele: Dipeptiid, Tripeptiid, Tetrapeptiid Jne Igas peptiidis on ahela ühes otsas vaba aminorühm (peptiidis N-terminus) ja teises otsas karboksüülrühm (peptiidis C-terminus), nimetuse andmist ja AH-jääkide nummerdamist alustatakse N- terminaalsest aminorühmast. PEPTIID JA PEPTIIDI KOVALENTNE „TÜVI“ C-N side on konjugeerunud, see takistab vaba pöörlemist peptiidsideme ümber Side on kovalentne, peptiidsidemes osalev C aatomi on sp2 hübridiseerunud (1 kaksikside), peptiidrühma aatomid asuvad ühel tasapinnal (side on jäik). Korduvatest peptiidrühmadest moodustub „kovalentne tüvi“, millest nurga all väljuvad R-rühmad
struktuur); denatureeritud struktuuri korral on valk oma kõrgemat järku struktuurid kaotanud (kõrge temp., denatureerivad ained, jne.). Denatureerunud valk võib valesti kokku pakkuda ning kaotada oma natiivne struktuur. Edmani degradatsioon – valkude primaastruktuuri määramise protsess, kus N-terminusest eraldatakse ükshaaval aminohappeid ... (?) Kümotrüpsiin ja trüpsiin – proteolüütilised valgud, mis lõikavad peptiidsidet spetsiifilise aminhappe C-terminaalsest otsast. Kümotrüpsiin lõikab aromaatsete kõrvalahelatega aminohapete juurest; trüpsiin positsiivset laengut kandvate aminohapete juurest. Spetsiifiline aktiivsus – ensüüm katalüüsib talle spetsiifilist reaktsiooni ja spetsiifiliste molekulidega?. Nt. eksonukleaasne aktiivsus, peptidaasne aktiivsus? Geelfiltratsioon Ioonvahetuskromatograafia Afiinsuskromatograafia SDS geelelektroforees – geelelektroforees naatrium dodetsüül sulfaadiga (Sodium Dodecyl
(Peptiide ja valkude vahe: peptiidid on lühikesed valgu molekulid ja nendel ei teki väga kindlat muutumatut kolmemõõtmelist struktuuri). Kui aminohappejäägid on polümeriseeritud üheks molekuliks, siis seal näeme, et selle polümeeri otsad erinevad üksteisest. Ühte otsa jääb vaba aminorühm, mis ei moodusta peptiidsidet. Teise otsa jääb vaba karboksüülrühm, mis samuti ei moodusta peptiidsidet. Nii räägimegi valkude puhul amiinoterminaalsest otsast või N-terminaalsest otsast ja karboksüülrühmast või C terminaalsest otsast. Nii on ka valkudel oma orientatsioon ja süntees toimub alati N-terminusest C-terminuse poole, ehk järgmine aminohappe jääk lülituks C-termaalsesse otsa. Kuidas valkusid sünteesitakse? Kuidas ribosoom teab, milline aminohappe jääk tuleb järgmisena sünteesitavasse valgu molekuli lülitada?
toimel aktiveerib ensüümi. Näit. Pankrease proteaaside aktivatsioon kaksteistsõrmiksooles (duodenum). Pankrease ensüümid on pankrease nõres inaktiivsete proensüümide ehk sümogeenidena. Ensüümide aktivatsioon toimub alles kaksteistsõrmiksooles, see algab trüpsinogeeni (sümogeeni) muundamisega aktiivseks trüpsiiniks enteropeptidaasi toimel. Selles reaktsioonis `lõigatakse' trüpsinogeeni N-terminaalsest osast ära heksapeptiid. Tekkinud trüpsiin aktiveerib teised pankrease ensüümid. Glükosüleerimine (sahhariidide liitmine): Peaaegu kõik ekstratsellulaarsed ensüümid on glükosüleeritud. Oligosahhariidiahelad liidetakse ensüümi asparagiinile, treoniinile või seriinile. Oligosahhariidiahelad liidetakse ensüümi asparagiinile, treoniinile või seriinile. Oligosahhariidiahelad ei osale otseselt
ribosoomidel sünteesitud valke. Valkude kotranslatsiooniline seostumine ER-ga. Karedapinnaline ER. Liiderjärjestus, signaaliäratundja partikkel (SRP), signaalpeptidaas Sünteesitavate valkude seostumine ER-ga algab juba enne seda kui tema süntees on täielikult lõppenud, s.t. toimub kotranslatsiooniline seostumine. ER-ga seostuvatel valkudel on N- terminaalses osas nn. signaalpeptiid e. liiderjärjestus. Kuna valgu süntees algab valgu N-terminaalsest osast, siis liiderjärjestus valmibki kõige esimesena. Liiderjärjestuse tunneb ära ja seostub sellega signaaliäratundja partikkel e. SRP (signal-recognition particle). SPR kujutab endast valgu ja RNA kompleksi. SRP omakorda seostub ER-i membraanis oleva SRP retseptoriga. Kuna SRP seondumise ajal oma retseptoriga valgu tagumist otsa alles sünteesitakse ribosoomide poolt, siis tulemuseks on see, et ka ribosoomid kinnituvad ER-i membraani külge
membraan seob ühe osa ribosoomidel sünteesitud valke. Valkude kotranslatsiooniline seostumine ER-ga. Karedapinnaline ER. Liiderjärjestus, signaaliäratundja partikkel (SRP), signaalpeptidaas Sünteesitavate valkude seostumine ER-ga algab juba enne seda kui tema süntees on täielikult lõppenud, s.t. toimub kotranslatsiooniline seostumine. ER-ga seostuvatel valkudel on N-terminaalses osas nn. signaalpeptiid e. liiderjärjestus. Kuna valgu süntees algab valgu N-terminaalsest osast, siis liiderjärjestus valmibki kõige esimesena. Liiderjärjestuse tunneb ära ja seostub sellega signaaliäratundja partikkel e. SRP (signal-recognition particle). SPR kujutab endast valgu ja RNA kompleksi. SRP omakorda seostub ER-i membraanis oleva SRP retseptoriga. Kuna SRP seondumise ajal oma retseptoriga valgu tagumist otsa alles sünteesitakse ribosoomide poolt, siis tulemuseks on see, et ka ribosoomid kinnituvad ER-i membraani külge. Ribosoomid, mis on seotud ER-ga,
Etapid: Signaaljärjestusega valk seostub chaperonidega, mis kasutavad ATP energiat, et hoida valk lahtikeerdununa, ainult sellise struktuuriga valgud saavad mitokondrisse siseneda. Sisenev valk liigub läbi välismembraani ja sisemembraani spetsiaalsete kanali kaudu ning see saab toimuda vaid sellises kohas, kus kaks membraani kokku puutuvad. Transpordiks on vajalik ka pmf. Ka maatriksis säilitatakse valgu lahtikeerdunud strukt. ning N-terminaalsest otsast eemaldatakse signaaljärjestused. Pärast seda valgud konformeeruvad. 108. Eeldades, et ühe ATP tekkimiseks peab läbi ATP süntaasi minema mitokondrites 4 prootonit, mitu ATPd on võimalik saada steaarhappe (18 süsinikku molekulis) oksüdeerumisel. Põhjendada arvutuskäik. 144? Oksüdeerub 9 AcCoA, 8 NADH ja 8 FADH2 molekuli. AcCoA omakorda 3NADH ja 1 FADH molekuli peale. Kokku on siis 35NADH ja 17FADH2. NADH oksüdeerumisel liigub 10 prootonit, FADH2 puhul 6
Kui eIF2 on seotud GDP-ga, siis nukleotiidivahetusfaktor eIF2B eemaldab temalt GDP ja asendab GTP-ga ning eIF2 aktiveerub. Kui aga eIF2 on fosforüülitud, siis seob ta eIF2B ja selline kompleks on täiesti inaktiivne. Eukarüootide mRNA translatsiooni alustamist mõjutab sageli stardikoodonite „lekkiv skanneerimine“. Mitte esimese, vaid järgmiste AUG stardikoodonite lugemine ribosoomi subühiku poolt võib reguleerida eukarüootide mRNA translatsiooni alustamist. Tekivad valgud, mille N- terminaalsest otsast on osa puudu. Kui sealt puudub signaaljärjestus, siis sellised valgud ei lähe tsütoplasmavõrgustikku ja jäävad tsütosooli. Seega aminohappelise järjestuse poolest väga sarnaste valkude paiknemine rakus võib olla täiesti erinev. Geeniekspressiooni reguleerimine mRNA stabiilsuse tasemel. Eukarüootide mRNA lagunemise kaks viisi. Kui mRNA polüA sabalüheneb kriitilise pikkuseni, siis mRNA lagundatakse.
NH O R + H2O R OH + R OH R OH Katalüüsib C-terminaalse am.happe hüdrolüüsi polüpeptiidides. C-terminaalsest otsast vabastab järjest am.happe jääke. Spetsiifilisus pole väga kõrge sellel ensüümil. Glutaminaas NH2 NH2 H2N HO O + H2O O + NH3
- valgu kodeeriva ala algusel leidmine mRNA-l - õige lugemisraami fikseerimine - esimese peptiidsideme süntees Elongatsioon: - valguahela pikenemine kuni stoppkoodonini Terminatsioon: - stoppkoodoni äratundmine terminatsioonifaktori poolt - sünteesitud valgu, mRNA, tRNA vabanemine - ribosoomi subühikute eraldumine – taastub ribosoomi algolek (subühikud eraldi ja ribosoomid on läbinud valgusünteesi ribosoomi tsükli. Valku hakatakse sünteesima N-terminaalsest otsast C-poole. Initsiatsioon Peab olema koodon, millelt valgusüntees algab. (Transkriptsioonis oli promootor). osalevad lisaks ribosoomidele ka valgulised initsiatsioonifaktorid, initsiaator-tRNA ja GTP. Järgnevalt prokarüootide initsiatsioon. Ribosoom peab seostuma mRNA-ga, leidma üles startkoodoni ja initsiaator-tRNA (peavad ka seostuma ribosoomile). Initsiatsioon ei lõppe enne kui on esimene peptiid sünteesitud. Esinevad 23
annaabi.ee 
