Leidsid 13 sarnast õppematerjali, mis on seotud failiga "Tandeemselt kõrgeltkorduv mittekodeeriv DNA". Need materjalid aitavad sul teemat sügavamalt mõista.
satelliit, kordused, lihtsate, mittekodeeriv, suurusest, gradient, alpha, sait, üksikud, spots, simple, sequence, repeats, hajutatud, harvadgeeniekspressiooni kontrollis (TSIX). piRNAd koos PIWI valkudega kontrollivad transposonite ekspressiooni. 14. Valke kodeerivate geenide omadused ja funktsioonid. Inimgeenide suurus on väga varieeruv. Geenide ekson-intron struktuur: Vähesed inimgeenid esinevad üheeksonilistena. Keskmine geeni pikkus 27 kb. Geenide vahe 75 kb, Keskmine eksonite suurus 200 bp. (väikseim 3 bp, pikim 10 kb). Keskmine eksonite arv 9 (suurim titiin 363), Intronite suurus sõltub osaliselt geenide suurusest (10 bp100kb), Geenides (intronites) esineb tihti kordusjärjestusi, Mõned introniteta. 15. Geenide grupeerimise alused. Üksikud samased inimgeenid kodeerivad funktsionaalselt identseid polüpeptiide ning paiknevad kas klastris (-globiin) või ka erinevates kromosoomides (histoonid - 86 järjestust 10 kromosoomis, ubikvitiin polü- või bitsistroonsete transkriptsiooniühikutena), Funktsionaalselt sarnastesse geeniperekondadesse kuuluvad geenid on lähedalt seotud, kuid mitte identsed! Nad
(STR) vahelistes alades Hajuskordus üksik (IRS) SINES 105-106 150-300 bp üle genoomi R-vöötides LINES 104-105 1.5-6 kb üle genoomi G-vöötides DNA lateraalsed kordused Polüteniseerumine on endoreduplikatsiooni modifikatsioon, misläbi tekivad polüteensed kromosoomid. Polüteenseid kromosoome on kirjeldatud nii ainuraksetel, taimedel kui ka loomadel. Neid esineb süljenäärmete rakkudes, Malpighi rakkudes, ovariaalsetes toiterakkudes, naha-ja sooleepiteelis, trofoblasti rakkudes ja taime endospermi rakkudes. Polüteensed kromosoomid on üle saja korra suuremad kui metafaasi kromosoomid. Polüteensed kromosoomid tekivad kromatiidide
1 1 • Genoomi strukturaalne varieeruvus ja selle dünaamika: • Suured sturktuursed genoomi varieeruvused (mikroskoobi tasemel resolutsioon), nende detekteerimise võimalused. Aneuploidiad – üks või rohkem ekstra kromosoomi või kromosoomide puudumine Isokromosoomid – kaks identset kromosomaalset õlga Õrnad saidid – kordused mis on võimelised võtma ebatavalise mitte B- DNA vormi, mis võib häirida DNA replikatsiooni. Nt fragiilse X sündroom – detekteeritakse X kromosoomi muutusi vaadeldes, esineb CGG trinukleotiidse korduste arvu suurenemine FMR1 geenis. Marker kromosoomid – strukturaalselt ebanormaalsed kromosoomid, kus ei ole võimalik ühtegi osa identifitseerida
Spetsiifiline proteolüütiline töötlemine- väiksemaks lõikamine Mitmeahelaliste valkude moodustamine- üks valk võib koosneda mitmest peptiidist Valkude aktiivusse kestvus on erinev- mõned lülitatakse välja, lagundatakse, tagasiside inhibatsioon- kui produkti liiga palju, siis inhibeeritakse transkriptasioon Geeni struktuur: Enhanser- võimendi Promootor- lüliti TATA box- transkriptsiooni faktorite kinnituskoht Ekson- kodeeriv ala Intron- mittekodeeriv ala, lõigatakse välja 9. Transkriptsiooni ja antibiootikumid Rifamütsiin-seostub RNA polümeraasile. Aktinomütsiin D-seostub DNA-ga ja peatab mRNA ahela pikenemise. Erütromütsiin ja spectinomütsiin-mõjutavad mRNA seostumist ribosoomidega. Kloramfenikool, linkomütsiin ja tetratsükliin seostuvad ribosoomiga ja blokeerivad elongatsiooni. Streptomütsiin inhibeerib peptiidi sünteesi initsiatsiooni ja elongatsiooni 10. Geneetiline muutlikkus e. pärilik muutlikkus e
hormonaalselt töödeldud retsipientlooma emakasse. Seda meetodit rakendatakse koduloomade kloonimisel alates 1970ndatest aastatest. Tuumkloonimine - täiskasvanud looma mingi keharaku tuum siirdatakse munarakku, millest on oma tuum eemaldatud. Sel juhul saadakse tuumadoonoriga geneetiliselt (enam-vähem ?) identsed järglased. Rakukloonimine. Hulkraksete loomade rakkude kloonimiseks külvatakse hõredaid rakususpensioone pooltahkesse söötmesse või plastikplaadi lohkudesse või eraldatakse üksikud rakud mikropipetiga ja kultiveeritakse eraldi paljundussöötmes. Nii saadakse nt. monokloonseid antikehi produtseerivaid hübridoomirakkude kloone. DNA- kloonimine. Inimese (või muude organismide) suvalisi või kindlaid geene sisaldavaid DNA- fragmente kloonitakse bakterikloonide plasmiidides või pärmseenerakkude kunstlikes kromosoomides. Sel meetodil on loodud inimese genoomi mitmesugused pangad. GMO e. genetically modified organisms - geneetiliselt muudetud organismid. Maailmas on praegu
lineaarne). On GC rikas, seepärast tuuma DNAst kerge eraldada tsentrifuugimisel. mtDNAs puuduvad histoonide sarnased valgud. Kuna mitokondreid on rakus palju, siis nende koopiate arv eraldamisel suur ja neid on kerge amplifitseerida PCRiga. mtDNA suurus on väga varieeruv. mtDNA genoomi replikatsioon: Sarnane tuuma DNA replikatsiooniga (poolkonservatiivne) kuid tal on oma spetsiifiline DNA polümeraas. Toimub kogu aeg, mitte ainult S faasis, nagu tuuma DNA. Mittekodeeriv kontrollpiirkond moodustab lingu, mis funktsioneerib kui replikatsiooni piirkond. Mitokondriad kui organellid paljunevad, mitte ei moodustu de novo. mtDNA genoom: mtDNA geenid on tRNA, rRNA ja tsütokroom oksüdaasid, NADH-dehüdrogenaas, & ATPaasid . Mitokondriaalne geneetiline info ka tuumas: DNA polümeraas, replikatsiooni faktorid; RNA polümeraasid, transkriptsiooni faktorid; Ribosomaalsed valgud, translatsiooni faktorid, ah- tRNA süntetaasid; Samuti mõned tsütokroomid, NADH, ATPaasid.
P –sait – peptidüültRNA jaoks. A-sait – aminoatsüültRNA sidumiseks, pidama jääb selline valk, mille koodon-antikoodon seostumine sobib. tRNA on alguses A-saidis, hiljem P-s. P-l on kasvav peptiid. mRNA on seotud ribosoomi väiksema subühikuga. Selleks on mRNA-l väike kanal olemas. E-sait on koht, kuhu tRNA seostub enne vabanemist, Elongatsiooni käigus on ribosoomiga seotud kaks tRNA-d korraga. Suures subühikus on auk, kust kasvav peptiid läbi läheb. E- exit- sait - terminatsioon Geneetiline kood sõnastik, mille abil tõlgitakse nukleiinhapete järjestuses sisalduv geneetiline info valkude AH järjestuseks. Kolme nukleotiidiline järjestus – koodon – vastab ühele AH-le. valgusünteesi info kandja – RNA – 4 nukleotiidi – 43 – 64 kombinatsiooni. Kood on universaalne (elu monofüleetilisus), sünonüümne (sama tähendus ja kodeerivad samu AH), mitmetähenduslikkus (ühele AH vastab mitu koodonit).
1 MOLEKULAARBIOLOOGIA. 1. Kui aatom loovutab elektroni täielikult teisele aatomile, missugused keemilise sidemega on tegemist? Ioonside, sellised ained lahustuvad hästi, kuna ioonide hüdratatsioonienergia on suurem kui kristalli võreenergia 2. Miks vesi on hea lahusti (solvent)? Vesi on hea lahusti, sest ta lahustab nii tahkeid, vedelaid kui ka gaasilisi aineid. Vee molekul moodustab dipooli ning aatomid omandavad osalise laengu. Polaarsete ühenditega moodustab vesiniksidemeid, mis tagavad stabiilsust. 3. Termodünaamika II seadus. Kõik protsessid kulgevad tasakaalu e. minimaalse potentsiaalse energia poole e. entroopia kasvu suunas. Entroopia (S) on korrastamatuse mõõt [J/mol*K], korrastatud madal entroopia. Isoleeritud süsteemid püüavad korrastatud olekust korrastamata poole. Tasakaal on siis, kui entroopia on maksimaalne.Entroopia muutus on null pöörduvate
erinev ja sel juhul soodustab aktivaator polümeraasi seondumist promootorile. Sama aktivaator võib erinevate promootorite transkriptsiooni aktivatsioonil toimida erinevalt. Aktivatsiooni mehhanism sõltub sellest, kui kaugele regulaator promootorist seondub. CRP (cAMP Receptor Protein), tuntakse ka nimetuse all CAP (Catabolite Gene Activator Protein), on dimeerne valk, mis koosneb 2-st identsest 22,5 kDa suurusest subühikust (209 aminohapet). Ta on aktiivne ainult cAMP juuresolekul. CRP dimeer seondub 22 bp pikkusele palindroomsele järjestusele, mõlemale poolsaidile üks subühik. Erinevate promootorite puhul seondub CRP promootorist erinevale kaugusele: 1) lac promootor seondumine regiooni -72 kuni -52 2) gal promootor seondumine regiooni -50 kuni -25 6
http://www.tymri.ut.ee Õppetöö Geneetika 1 1. Sissejuhatus geneetikasse. Klassikalise ja molekulaargeneetika kujunemine. Geneetika tänapäeval: rekombinantse DNA tehnoloogia; genoomide sekveneerimine; globaalne geeniekspressiooni uurimine, geenikiibid. Kaasaegse geneetika rakendusalad; geneetika ja meditsiin (haigust põhjustavad mutatsioonid geenides, geeniteraapia, molekulaarne diagnostika); geneetika kaasaegses põllumajanduses; organismide kloonimine. Geneetika väärkasutused: eugeenika; lõssenkism. 2. Reproduktsioon kui pärilikkuse alus. Rakk kui elusorganismi ehituskivi. Eukarüootne ja prokarüootne rakk Kromosoomid. Rakutsükkel, selle toimumist mõjutavad kontrollpunktid. Raku jagunemine mitoosi teel. Raku jagunemine meioosi teel. Meioosi häired. Meioosi evolutsiooniline tähtsus. Gameetide moodustumine erinevatel organismidel: oogenees; spermatogenees; sugurakkude moodustumine taimedel. 3. Mendelism: pärilikkuse �
1. Sissejuhatus: klassikaline ja molekulaargeneetika, geneetika rakendus kaasajal Klassikalise ja molekulaargeneetika kujunemine Geneetika on suhteliselt noor teadus. Kuigi pärilikkuse põhilised seaduspärasused esitas Gregor Mendel aastal 1865, tuleb geneetika sünniks lugeda siiski 20-nda sajandi algust. Alles siis taasavastati Mendeli ideed, mis said aluseks klassikalisele geneetikale. Tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni, saadi 20-nda sajandi keskel. 1944. aastal kirjeldasid Avery ja ta kolleegid katseid, kus nad uurisid bakterite (Streptococcus pneumoniae) transformatsiooni rakkudest isoleeritud DNA-ga. Hersey ja Chase poolt aastal 1952 avaldatud tulemused kinnitasid seda, et DNA on pärilikkuse kandja. Nad näitasid, et bakteriviiruse T2 geneetiline informatsioon säilib DNA-s. 1953-ndal aastal avaldasid James Watson ja Francis Crick DNA kaksikhelikaalse struktuuri. Need avastused ja geneetilise koodi des
1. Transport-RNA struktuur Transport RNA (tRNA) avastati 50. aastate lõpul. tRNA oli esimene RNA, mille primaarstruktuur kindlaks tehti ja samuti esimene RNA molekul, mille ruumilist struktuuri tundma õpiti. Tänaseks on teada paljude tuhandete tRNA molekulide primaarstruktuur väga pajudes eri liikidest. Kõigi tuntud tRNA molekulide ruumiline struktuur on sarnane nii sekudaar- kui tetsiaarstruktuuri tasemel. tRNA molekulide pikkus varieerub tavaliselt 74-92 nukleotiidini, kuigi üksikud erandid on mõnevõrra lühemad või pikemad. tRNA nukleotiidid on nummerdatud ühtse nomenklatuuri alusel, esimene nukleotiid on 5' otsas. Sekundaarstruktuur on tRNA molekulidel samuti konserveerunud, mida iseloomustatakse ristikheina lehe kujuga. tRNA sekundaarstruktuuri moodustavad 4 kaksiahelalist osa (õlga) ja 4 üksikahelalist piirkonda. tRNA molekuli otsad asuvad lähestikku, nende paardumisel tekkiv kaksiahelaline osa e. õlg kannab nime aktseptoorne õlg
4Mikroobifüsioloogia LOMR.03.022 Riho Teras Sisukord 1. Bakterite kasv ja toitumine................................................................................ 4 1.1. Bakterite kasvatamine laboritingimustes.....................................................4 1.2. Elutegevuseks vajalikud elemendid.............................................................7 1.3. Söötmed bakterite kasvatamiseks laboris....................................................9 1.4. Füüsikalis-keemilised tegurid, mis mõjutavad bakterite kasvu...................10 2. Bakterite ehitus ja rakustruktuuride funktisoonid.............................................15 2.1. Tsütoplasma komponendid.........................................................................16 2.1.1. Nukleoid............................................................................................... 16 2.1.2. Tsütoplasma ja inklusioonkehad...........................................................19
annaabi.ee 
