6) Golgi kompleks 7) Tsütoplasmavõrgustik (kareda- ja siledapinnalist (kareda-pinnaline ER)) 8) Tsütoplaasm 9) Tsütoskeleet 10) Rakukest (tselluloosist, ligniinist, pektiinist.) 11) Vakuool 12) Platiidid (Leukoplastod, hloroplastis ja hromoplastid) 13) Rakumembraan Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõigavad katki DNA´d. On järjestusspetsiifilised ristriktaasid ja need restriktaasid, mis lõigavd DNA ahelat suvalistes kohtades. Restriktaasidel on omadus lôigata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lôikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis-järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) vôi siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends). Viimased kujutavad
väga lähedalt. Võiksime valida ka muud restriktaasid, nt PstI ja HindIII aga see oleks tülikas, kuna me ei eraldaks ainult meile huvipakkuvat fragmenti ja peaksime puhvritega jändama, kuna iga restriktaasi jaoks on erinevat soolakontsentratsiooni vaja. Mida silmas pidada kui kasutada mitut erinevat restriktaasi korraga? Millised lõikamiseks sobivad tingimused võivad erineda? Peame vaatama, mis puhvrit kasutame. Erinevatel restriktaasidel on erinevaid soolakontsentratsioone vaja. Samuti tuleks jälgida mis temperatuuri juures need restriktaasid töötavad. Enamusele sobib temperatuus 37 kraadi. Kontrollrestriktsiooni geelipildi analüüs. Minu restriktsioon õnnestus, kuna näeme, et eraldunud bänd on kuskil 600- 700bp, mis peakski nii olema. Rajal ei ole näha teisi segavaid bände ehk restriktaas ei ole kuskilt mujalt lõiganud. Praktiline töö nr.9: Bioinformaatiline sekveneerimise tulemuste analüüs
Restriktsiooni-ehk piiravad ensuumid 1970. a. avastati, et paljudel bakteritel on omadus lohustada bakterirakku tunginud voorast DNA-d (peamiselt bakterviiruseid) fragmentideks. Ensuume e nukleaase, mille abil viiruste DNA lohkumine toimus hakati nimetama restriktsiooniensuumideks, kuna nad olid maaravaks teguriks sellise nahtuse puhul nagu peremehepoolne bakterviiruste infitseerivuse piiramine (ingl.k. host restriction). Restriktsiooni nukleaasidel ehk restriktaasidel on omadus loigata DNA topeltahel labi kindlas piirkonnas (loikepiirkond-ingl. k. restriction site), mille maarab ara antud piirkonna DNA NH-jarjestus (aratundmisjarjestused; ingl. k. recognition sequenceskoosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensuumi jaoks on see erinev. Vordluseks -nt DNA-aasid lohustavad DNA-d juhuslikult. Praegu tuntakse ule 100 restriktsiooni ensuumi ning praktiliselt on voimalik mistahes geen voi mistahes DNA fragment genoomist valja loigata
rakkude arvu kahekordistumiseks. See on liigiti erinev ja sõltub oluliselt keskkonnatingimustest. 38. Eukarüootide riigid ja nende peamised tunnused Taimed, loomad, proistid, seened 39. Seeneraku ehitus vt. bioloogia lk.127 40. Taimeraku ehitus vt.koduõpetaja lk.41 ja bioloogia lk.128 41. Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõigavad katki DNA´d. On järjestusspetsiifilised ristriktaasid ja need restriktaasid, mis lõigavd DNA ahelat suvalistes kohtades. Restriktaasidel on omadus lôigata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lôikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis-järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) vôi siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends)
geeni mingisse plasmiidi vaid alustame sellest, et puhastame rakkudest vastava geeni pealt sünteesitud ja juba ära splicetud mRNA. Nüüd katseklaasis kasutades pöördtranskriptaasi sünteesime sellele mRNA'le ühe kaheahelalise DNA koopia. Seda koopiat kutsutakse sidiDNA'ks (?). Ja kõik jätkub endisel viisil. 05/11/09 Erinevad bakterid sünteesivad erinevaid restriktaase, erinevatel restriktaasidel on järjestusspetsiifika. Kui tahame kindlat lõiku DNA'st, siis valime sellise restriktaasi, mis lõikab katki sobivaid järjestusi. Kuidas me teame DNA nukleotiidset järjestust? Sequencing sekveneerimine. DNA nukleotiidse järjestuse väljaselgitamise meetodi mõtles välja F.Sanger. metoodika baseerub sellel, et Sanger võttis kasutusele nn modifitseeritud nukleotiidid. /ribonukleotiidis on nii 3'
POWERPOINT: regulatsioon 34. DNA-valk interaktsioonid regulatsioon toimib läbi paljude cis-acting elementide ja trans-acting faktorite vaheliste seoste. mitte-kovalentsed POWERPOINT: regulatsioon 35. Rekombinantse DNA metoodika alused POWERPOINT: rekombinantne DNA 36. Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõikavad DNA katki. On olemas järjestusspetsiifilised restriktaasid ja restriktaasid, mis lõikavad DNA ahelat suvalistest kohtadest. Restriktaasidel on omadus lõikata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lõikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis- järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) või siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends)
lõigud. 3.Eri päritolu DNA lõigud viiakse lahuses kokku; ühinevad komplementaarsuse alusel; „kleepuvate“ otste vahele tekivad vesiniksidemed. 4. Ensüüm ligaasi abil ühendatakse eri päritolu DNA lõigud omavahel kovalentsete sidemetega kokku- tekib rekombinantne DNA molekul. Restriktaasid. Restriktaasid on ensüümid, mia lõigavad katki DNA´d. On järjestusspetsiifilised ristriktaasid ja need restriktaasid, mis lõigavd DNA ahelat suvalistes kohtades. Restriktaasidel on omadus lôigata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lôikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis-järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) vôi siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends). Viimased kujutavad endast lühikesi
POWERPOINT: regulatsioon 34. DNA-valk interaktsioonid · regulatsioon toimib läbi paljude cis-acting elementide ja trans-acting faktorite vaheliste seoste. · mitte-kovalentsed POWERPOINT: regulatsioon 35. Rekombinantse DNA metoodika alused POWERPOINT: rekombinantne DNA 36. Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõikavad DNA katki. On olemas järjestusspetsiifilised restriktaasid ja restriktaasid, mis lõikavad DNA ahelat suvalistest kohtadest. Restriktaasidel on omadus lõikata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lõikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis- järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) või siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends)
coli rakkudesse) – plasmiidid - DNA molekulide lõikamine ja ühendamine - restriktaasid, ligaas - analüüsimeetodid võõrDNA jälgimiseks - elektroforees, hübridiseerimine 39. Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõikavad kindla DNA järjestuse(äratundmiskoht) katki nii, et tekivad iseloomulikud otsad. Äratundmiskohad on sageli palindroomsed, pikkusega 4-8 nt (AIAS SADAS SAIA) Restriktaasidel on omadus lõikata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lõikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis- järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) või siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends)
coli rakkudesse) plasmiidid - DNA molekulide lõikamine ja ühendamine - restriktaasid, ligaas - analüüsimeetodid võõrDNA jälgimiseks - elektroforees, hübridiseerimine 39. Restriktaasid Restriktaasid- restriktaasid on ensüümid, mia lõikavad kindla DNA järjestuse(äratundmiskoht) katki nii, et tekivad iseloomulikud otsad. Äratundmiskohad on sageli palindroomsed, pikkusega 4-8 nt (AIAS SADAS SAIA) Restriktaasidel on omadus lõikata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lõikepiirkond- ingl. k. cleavage site), mille määrab ära antud piirkonna DNA nukleiinhappeline-järjestus (äratundmis- järjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Kasutades erinevaid restriktaase, võime saada DNA fragmente, millel on kas tömbid (Hpa I) või siduvad otsad (ingl. k. cohesive ends)
Restriktsiooni- ehk piiravad ensüümid 1970. a avastati, et paljudel bakteritel on omadus lõhustada bakterirakku tunginud võõrast DNA-d (peamiselt bakterviiruseid) fragmentideks. Ensüüme e nukleaase, mille abil viiruste DNA lõhkumine toimus hakati nimetama restriktsiooniensüümideks, kuna nad olid määravaks teguriks sellise nähtuse puhul nagu peremehepoolne bakterviiruste infitsee- rivuse piiramine (ingl.k. host restriction). Restriktsiooni nukleaasidel ehk restriktaasidel on omadus lõigata DNA topeltahel läbi kindlas piirkonnas (lõikepiirkond - ingl. k. restriction site), mille määrab ära antud piir- konna DNA NH-järjestus (äratundmisjärjestused; ingl. k. recognition sequences- koosnevad 4-8 nukleotiidipaarist), kusjuures iga ensüümi jaoks on see erinev. Võrdluseks - nt DNA-aasid lõhustavad DNAd juhuslikult. Praegu tuntakse üle 100 restriktsiooni ensüümi ning praktiliselt on vôimalik mistahes
annaabi.ee 
