2. DNA järjestuste fülogeneetiliste puude arvutamine kasutades erinevaid fülogeneetiliste puude koostamise programme. a. Leida geeni rrsH (KEGG, iseloomustada lühidalt) järjestused järgmistele organismidele: 1. Escherichia coli K12 MG1655 2. Escherichia coli O157 EDL933 3. Salmonella typhimurium LT2 4. Shigella flexneri 301 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A b. Sooritada antud järjestuste MSA kasutades mõnda programmi (näiteks ClustalW, EBI). c. Moodustada nende järjestuste jaoks fülogeneetilised puud kasutades erinevatel arvutusmeetoditel (kaugusmeetodid, MP, ML) baseeruvaid fülogeneetiliste puude koostamise programme PHYLIP paketis (http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html, tutvuda programmide
Haigused SALMONELLA Salmonella on Vardakujuline bakter, mis põhjustab toidumürgitusi, haiguse nimi on Salmonelloos. Salmonelloosiks nimetatakse Salmonella perekonda kuuluvate bakterite poolt põhjustatud soolenakkust, millesse nakatutakse suukaudselt. Salmonellad on liikuvad bakterid, mis võivad põhjustada kõhutüüfust või salmonella-enteriiti ehk soolepõletikku. Kõhutüüfust tekitavad bakteri alaliigid Salmonella typhi ja Salmonella paratyphi. Soolepõletiku ehk salmonellaenteriidi kõige sagedasemaks tekitajaks on Salmonella enteritidis. Salmonellaenteriit on maailmas kõige levinum salmonellade poolt põhjustatud nakkus ning peaaegu alati toidumürgistuse tagajärg. Iseloomulik on rohke vesine kõhulahtisus või siis limane ja/või verine väljaheide ning palavik. Clostridium perfringens Clostridium perfringens - gram- positiivne, rangelt anaeroobne ,eoseid moodustavad vardakujulised Clostriumi perekonna bakterid
Salmonelloosiks nimetatakse Salmonella perekonda kuuluvate bakterite poolt põhjustatud soolenakkust, millesse nakatutakse Pilt 1 Salmonella suukaudselt. Salmonellad on liikuvad bakterid, mis võivad põhjustada kõhutüüfust või salmonella- enteriiti ehk soolepõletikku. Kõhutüüfust tekitavad bakteri alaliigid Salmonella typhi ja Salmonella paratyphi. Soolepõletiku ehk salmonellaenteriidi kõige sagedasemaks tekitajaks on Salmonella enteritidis. Salmonellaenteriit on maailmas kõige levinum salmonellade poolt põhjustatud nakkus ning peaaegu alati toidumürgistuse tagajärg. Iseloomulik on rohke vesine kõhulahtisus või siis limane ja/või verine väljaheide ning palavik. 1.2 Clostridium perfringens 3
Bakterid mängivad tähtsat rolli aineringes: lagundajatena, lämmastiku sidujatena (näiteks mügarbakterid) jm. SALMONELLA Salmonelloosiks nimetatakse Salmonella perekonda kuuluvate bakterite poolt põhjustatud soolenakkust, millesse nakatutakse suukaudselt. Salmonellad on liikuvad bakterid, mis võivad põhjustada kõhutüüfust või salmonella- enteriiti ehk soolepõletikku. Kõhutüüfust tekitavad bakteri alaliigid Salmonella typhi ja Salmonella paratyphi. Soolepõletiku ehk salmonellaenteriidi kõige sagedasemaks tekitajaks on Salmonella enteritidis. Salmonellaenteriit on maailmas kõige levinum salmonellade poolt põhjustatud nakkus ning peaaegu alati toidumürgistuse tagajärg. Iseloomulik on rohke vesine kõhulahtisus või siis limane ja/või verine väljaheide ning palavik. 4
kasutatav õhuniisutaja, mille desinfitseerimata reservuaarist võib leida küllalt laia valiku mikroorganisme. SALMONELLOS Salmonelloosiks nimetatakse Salmonella perekonda kuuluvate bakterite poolt põhjustatud soolenakkust, millesse nakatutakse suukaudselt. Salmonellad on liikuvad bakterid, mis võivad põhjustada kõhutüüfust või salmonella-enteriiti ehk soolepõletikku. Kõhutüüfust tekitavad bakteri alaliigid Salmonella typhi ja Salmonella paratyphi. Soolepõletiku ehk salmonellaenteriidi kõige sagedasemaks tekitajaks on Salmonella enteritidis. Salmonellaenteriit on maailmas kõige levinum salmonellade poolt põhjustatud nakkus ning peaaegu alati toidumürgistuse tagajärg. Iseloomulik on rohke vesine kõhulahtisus või siis limane ja/või verine väljaheide ning palavik. TEKKEPÕHJUSED JA -MEHHANISMID Salmonellad sisenevad organismi seedetrakti kaudu saastunud toidu või joogiga. Nakkusallikaks võivad olla paljud koduloomad
Info: http://www.inimene.ee/?disease=m&sisu=disease&did=350 Video malaaria kohta: http://www.youtube.com/watch?v=IVbq2yQH52g Salmonelloos Salmonelloosiks nimetatakse Salmonella perekonda kuuluvate bakterite poolt põhjustatud soolenakkust, millesse nakatutakse suukaudselt. Salmonellad on liikuvad bakterid, mis võivad põhjustada kõhutüüfust või salmonella-enteriiti ehk soolepõletikku. Kõhutüüfust tekitavad bakteri alaliigid Salmonella typhi jaSalmonella paratyphi. Soolepõletiku ehk salmonellaenteriidi kõige sagedasemaks tekitajaks on Salmonella enteritidis. Salmonellaenteriit on maailmas kõige levinum salmonellade poolt põhjustatud nakkus ning peaaegu alati toidumürgistuse tagajärg. Iseloomulik on rohke vesine kõhulahtisus või siis limane ja/või verine väljaheide ning palavik. Salmonellad sisenevad organismi seedetrakti kaudusaastunud toidu või joogiga. Nakkusallikaks võivad olla paljud koduloomad
gggaactcaaaggagactgccagtgataaactggaggaaggtggggatgacgtcaagtca tcatggcccttacgaccagggctacacacgtgctacaatggcgcatacaaagagaagcga cctcgcgagagcaagcggacctcataaagtgcgtcgtagtccggattggagtctgcaact cgactccatgaagtcggaatcgctagtaatcgtggatcagaatgccacggtgaatacgtt cccgggccttgtacacaccgcccgtcacaccatgggagtgggttgcaaaagaagtaggta gcttaaccttcgggagggcgcttaccactttgtgattcatgactggggtgaagtcgtaac aaggtaaccgtaggggaacctgcggttggatcacctcctta 5. Salmonella enterica serovar Paratyphi A http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?spt:SPA0256 Kristina Raud YAGB-41 060290 >spt:SPA0256 rrsH; 16S ribosomal RNA; K01977 16S ribosomal RNA (N) aattgaagagtttgatcatggctcagattgaacgctggcggcaggcctaacacatgcaag tcgaacggtaacaggaagcagcttgctgctttgctgacgagtggcggacgggtgagtaat
1| COG0149: Triosephosphate isomerase [Escherichia coli 53638] ref|ZP_00921264.1| COG0149: Triosephosphate isomerase [Shigella dysenteriae 1012] ref|ZP_00924873.1| COG0149: Triosephosphate isomerase [Escherichia coli 101-1] Length=249 96% sarnasus esines: Järelikult Salmonella vastava valgu järjestus pole täpselt identne võrreldud järjestusega, kuid on väga sarnane. ref|YP_153001.1| triosephosphate isomerase [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150] ref|YP_001591179.1| hypothetical protein SPAB_05055 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B str. SPB7] ref|ZP_02349944.1| hypothetical protein Sententeri_08764 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853] ref|ZP_02652409.1| hypothetical protein Sententeric_15496 [Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. GA_MM04042433] ref|ZP_02701262.1| hypothetical protein Saentericaenterica_24714 [Salmonella enterica subsp
Salmonella Üldist. G- fakultatiivselt anaeroobsed pulkbakterid, fermenteerivad, oksüdaas-. Välismembraan muudab kuivamisele vastuvõtlikuks. LPS somaatilisest O-polüsahhariidist, tuuma polüsahhariidist, lipiid A-st. Üle 2500 O serotüübi. Epidemioloogia. • Enamik infektsioone kontamineeritud toidu söömisel (linnuliha, munad, piimatooted). Lastel otsene fekaal-oraalne levik. • S. typhi ja S. paratyphi on ainult inimpatogeensed, teisi reservuaare pole, levivad inimeselt inimsele. Pikaajaline asümptomaatiline kandlus on sage. • Riskipopulatsiooni kuuluvad korralikult küpsetamata linnuliha ja munade sööjad, mao alahappesusega patsiendid, immuunkompromiteeritud (eriti AIDS) • Infektsioonid üle maailma, eriti aasta soojadel kuudel. Virulentsus. Enterobacteriaceae üldiselt: • Endotoksiin • Kihn
sisse süüa, et haigestuda. Maohape Shigellat ei tapa. Raviks kasutatakse AB, nagu ampitsilliini ja baktrimi. Levib Shigellaga saastunud (fekaalidega saastunud) toidu ja veega. Eestis oli 2003 aastal 143 shigelloosi juhtu. *Salmonella elab peamiselt inimese ja loomade sooles. Salmonellal on 12 liiki ja tohutult palju serovare (kuni 2400), mida põhjustavad erinevad pinnaantigeenid. Salmonellad põhjustavad kahte tüüpi haigusi: 1. Kõhutüüfus. Tekitavad S. typhi ja S. paratyphi A. Esimesed sümptomid on palavik ja peavalu. Tüüfusetekitaja satub organismi suu kaudu, jõuab peensoolde ja tungib selle limaskesta epiteelirakkudesse ja paljuneb peensoole lümfikoes ja makrofaagides. Soole limaskesta tekivad haavandid. Levivad vere ja lümfiteede kaudu, ringlevad organeis ja jõuavad maksast sapipõie kaudu soolde tagasi. Lüüsunud rakkudest vabanev endotoksiin satub verre. Sellega kaasneb veremürgitus (septitseemia). Alguses peale nakatamist on
n Dissemineerub harva. n Haiguse raskus sõltub tekitaja liigist - S. dysenteria kõige raskem, siis S. flexneri, S. sonnei ja S. boydii. Salmonella n Kliiniline tähendus kaks erinevat haigust - tüüfus ja gastroenteriit (salmonelloos). Mõlemad haigused algavad sama moodi, kuid gastroenteriidi korral jäävad bakterid soolde, tüüfuse korral tekitajad levivad. n Virulentsusfaktorid ¨ Endotoksiin võib omada rolli rakusisesel säilimisel ¨ Kihn S. typhi ja mõned S. paratyphi tüved ¨ Adhesioon fimbriatega ja ilma ¨ Tüüp III sekretsioonisüsteem viib molekule epiteelirakkudesse, mis vajalikud mikroobide sisenemiseks; aitab Salmonella'l makrofaagides säilida ¨ Välismembraani proteiinid - aitab Salmonella'l makrofaagides säilida ¨ Flagellad aitab bakteril soole limaskestal liikuda ¨ Enterotoksiin gastroenteriidi patogeneesis osaleb ¨ Rauda siduv süsteem. Salmonella infektsioon n Endosoomi haaratud salmonella liigub rakkude
annaabi.ee 
