Sisemembraani lipiidne kaksikkiht koosneb 20% Mitokondri välismembraan koosneb lipiididest ja lipiididest ja 80% valkudest. Sisaldab suures hulgas valkudest suhtes 1:1. Sisaldab mitu poriini molekuli, kardiolipiidi, mis teeb temast üsna läbimatu mis on multimeerne transpordivalk. membraani, lisaks puuduvad selles poriinid. Poriin moodustab veekanaleid läbi lipiidse kaksikkihi Sisemembraan sisaldab transportvalke, mis teevad välismembraanis. Kanal moodustab sõela, mis on selle valikuliselt läbitavaks väikestele molekulidele,
Klassikaline näide: hapniku seostumine hemoglobiinile Hemoglobiin on neljast subühikust koosnev tetrameerne valk Iga subühik on võimeline siduma ühe O2 molekuli O2 seostumine ühele subühikule tõstab ülejäänud subühikute afiinsust O2 suhtes Subühikute vahel eksisteerib koostöö Allosteerilised ensüümid: sigmoidsed V versus [S] kõverad Substraadi kooperatiivne seostumine avaldub ka reaktsioonikiiruse kaudu Ensüümkineetika ei allu Michaelis- Menteni võrrandile Multimeerne ensüüm esineb kahe konformatsioonilise vormina T ja R TR T madal afiinsus S suhtes R kõrge afiinsus S suhtes Substraat seostub eelistatult R vormile ja stabiliseerib seda kõrgetel substraadi kontsentratsioonidel on kogu ensüüm R vormis ja aktiivsus on kõrge Homoallosteeria teravdatud kontroll substraadi tasemel Hüpoteetiline näide: ekstreemne homoallosteeria ehk äärmiselt tugev kooperatiivsus Võimaldab hoida substraadi kontsentratsiooni püsivana mingis
· Seonduvad tekkinud kompleksiga TFIIE ja TFIIH Mediaatorkompleks transkriptsiooni koaktivaator, seostub RNA-polII C- terminaalse domääniga ning vahendab TF-dega; multiproteiinkompleks. 13. PolI ja PolIII-sõltuv transkriptsioon. Mille poolest need erinevad PolII- sõltuvast transkriptsioonist? Erinevalt PolII-st ei vaja teised transkriptsiooni initsiatsiooniks ATP hüdrolüüsi ensüümi. PolI sõltuv transkriptsioon rRNA: PolI initsiatsioonikompleks saab alguse kui multimeerne ülesvoolu aktivatsiooni-faktor (UAF) seondub ülesvoolu elemendiga. Kaks USFi alaühikut on histoonid, mis arvatavasti võtavad osa DNA seondumisel. Järgmisena seondub trimeerne tuumikfaktor koos TBPga, mis omakorda seondub nii UAFiga kui tuumik-faktoriga. Viimasena seondub PolI-Rrn2p kompleks juba ees olevate valkudega startsaidi lähedusse. Inimese rakkudes on TBP seotud kolme teise polüpeptiidiga, moodustades initsiatsiooni
stabiilsele "tupikteele" (offpath) valkude kokkupakkumisrajas Stanley Prusiner 1997 Nobeli meditsiinipreemia Valkude kvaternaarstruktuur Moodustub individuaalsete polüpeptiidahelate subühikute omavahelisel assotsiatsioonil Subühikute assotsiatsioon enamast mittekovalentne Monomeerne, oligomeerne, multimeerne valk Dimeerne, trimeerne, tertameerne jne. Kõige laiemalt on levinud dimeerid Identsed või sarnased subühikud homo: Homodimeer, homotrimeer jne. Erinevad subühikud hetero: Heterodimeer, heterotrimeer jne. Ribonuclease A (C575H901N171O193S12)
hulkades ja samuti oleks kontrollitud F + I summaarne hulk rakus? Kui F'i saab liiga palju, siis ta peab inhibeerima C-G katalüüsivat ensüümi või aktiveerima C- D katalüüsivat ensüümi ja kui I'd saab liiga palju, siis ta peab inhibeerima C-D katalüüsivat ensüümi või aktiveerima C-G katalüüsivat ensüümi. 83. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldiseisvat efektormolekulide seostumiskohta 84. Visandage reaktsioonikiiruse sõltuvus substraadi kontsentratsioonist juhul kui ensüüm seob oma substraati positiivse kooperatiivsuse alusel. 85. Märkige juurde milline graafikul kujutatud kõveratest vastab allosteerilise ensüümi kineetikale: a) efektori puudumisel b) allosteerilise inhibiitorijuuresolekul c) allosteerilise aktivaatori juuresolekul 86
erinevad konformatsioonid vesilahustes. Valgu struktuur määrab tema bioloogilise aktiivsuse (funktsiooni). Valgu AH järjestus on igale valgule omane unikaalne tunnus. See on kodeeritud vastava DNA lõigu ehk geeni nukleotiidide järjestusega. Valgu AH järjestuse kaudu realiseerub geneetiline informatsioon. Järjestust loetakse alati amino-ehk N-terminusest karboksüül-ehk C-terminus suunas. Monomeerne valk – üks polüpeptiidahel. Multimeerne valk – mitu polüpeptiidahelat. Lihtvalk on ehitatud ainult aminohapetest. Liitvalgus esineb veel täiendav rühm, milleks võib olla sahhariidi, rasvataolise või mõne muu lihtsama aine molekul, millega omakorda võivad olla seotud metalliioonid. Kui mitte-AH osa on funktsionaalselt oluline, siis nim seda prosteetiliseks rühmaks. Sõltuvalt mitte-AH osast jaotatakse valgud glüko-, lipo-, nukleo-, fosfo-, metallo-, hemo- ja flavoproteiinideks.
aminohappest. III. VALGU STRUKTUUR, ISELOOMUSTUS JA BIOLOOGILINE ROLL. (Õpik lk 45-58) 1. Üldine iseloomustus molekulide suurus, makrostruktuur, mono- ja oligomeerse valgu mõiste. Valgud on aminohapete polümeerid, milles aminohappejäägid on omavahel ühendatud kovalentsete sidemetega peptiidsidemetega. Koosnevad ühest või mitmest polüpeptiidahelast: monomeerne valk ( üks polüpeptiidahel); Multimeerne valk (mitu polüpeptiidahelat). Sisaldavad ka mitteaminohappelist osa: Lihtvalgud (koosnevad ainult aminohappest); Liitvalgud (sisaldavad lisaks mitteaminohappelist osa). Igal valgul on unikaalne aminohappe järjestus. See on kodeeritud vastava DNA lõigu järjestusega. 2. Lihtvalgud ja konjugeeritud e. liitvalgud mõisted, liitvalkude prosteetilised rühmad. Lihtvalgud koosnevad ainult aminohapetest.
kuidas peaks antud metabolismirada reguleerima. 80. Rakus on tegemist harukohta sisaldava metabolismirajaga. Rakul on vaja ühendeid F ja I võrdsetes hulkades. Milliste ühendite poolt ja milliseid etappe peaks tagasiside kaudu inhibeerima ja aktiveerima, et saavutada olukord, kus F ja I esineksid võrdsetes hulkades ja samuti oleks kontrollitud F + I summaarne hulk rakus? 81. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm on reeglina multimeerne ensüüm ja sisaldab aktiivtsentrist eraldiseisvat efektormolekulide seostumiskohta 82. Visandage reaktsioonikiiruse sõltuvus substraadi kontsentratsioonist juhul kui ensüüm seob oma substraati positiivse kooperatiivsuse alusel. 83. Märkige juurde milline graafikul kujutatud kõveratest vastab allosteerilise ensüümi kineetikale 84. Milleks on vajalik O2 kooperatiivne seostumine hemoglobiinile? Kopsudes on kõrge O2 kontsentratsioon ja kudedes madal
Produkt F peab inhibeerima CD katalüüsivat ensüümi ja/või aktiveerima CG katalüüsivat ensüümi. Ja sama I-ga. Lisaks on kasulik veel olukord, kus nii F kui ka I akumuleerumine inhibeeriks mõlema haruraja esimest ühist reaktsiooni ehk A B ensüümi. 83. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: a) käitub efektori puudumisel vastavalt Michaelis-Menteni kineetikale b) on reeglina monomeerne ensüüm c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldiseisvat efektormolekulide seostumiskohta e) on alati glükosüleeritud 84. Visandage reaktsioonikiiruse sõltuvus substraadi kontsentratsioonist juhul kui ensüüm seob oma substraati positiivse kooperatiivsuse alusel. 85. Märkige juurde milline graafikul kujutatud kõveratest vastab allosteerilise ensüümi kineetikale: a) efektori puudumisel b) allosteerilise inhibiitori juuresolekul c) allosteerilise aktivaatori juuresolekul 86
regulaatorite seondumise kohta või kohti. Neid kohti nimetatakse allosteerilisteks seostumiskohtadeks ja neid reguleerivaid ensüüme allosteerilisteks ensüümideks. krt kas keegi oskaks seda lühemalt sõnastada, ma ei oska? 92. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: a) käitub efektori puudumisel vastavalt MichaelisMenteni kineetikale??? b) on reeglina monomeerne ensüüm c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldi seisvat efektormolekulide seostumiskohta e) on alati glükosüleeritud Allosteerilised ensüümid on eranditult multimeersed valgud, s.t. nad koosnevad rohkem kui ühest subühikust ja sisaldavad seega ka rohkem kui ühte aktiivtsentrit (iga subühik sisaldab ühe aktiivtsentri). Allosteerilistele valkudele on omane substraatide (homoallosteeria) ja regulatoorsete efektormolekulide (heteroallosteeria) kooperatiivne seostumine valguga.
Neid kohti nimetatakse allosteerilisteks seostumiskohtadeks ja neid reguleerivaid ensüümeallosteerilisteks ensüümideks. krt kas keegi oskaks seda lühemalt sõnastada, ma ei oska? 92. Millised väited on õiged allosteerilise ensüümi kohta? Allosteeriline ensüüm: a) käitub efektori puudumisel vastavalt MichaelisMenteni kineetikale??? b) on reeglina monomeerne ensüüm c) on reeglina multimeerne ensüüm d) sisaldab aktiivtsentrist eraldi seisvat efektormolekulide seostumiskohta e) on alati glükosüleeritud Allosteerilised ensüümid on eranditult multimeersed valgud, s.t. nad koosnevad rohkem kui ühest subühikust ja sisaldavad seega ka rohkem kui ühte aktiivtsentrit (iga subühik sisaldab ühe aktiivtsentri). Allosteerilistele valkudele on omane substraatide (homoallosteeria) ja regulatoorsete efektormolekulide (heteroallosteeria)
RNA sünteesil on substraatideks (ribo-) nukleosiid 5'-trifosfaatidest. Sünteesitud RNA ahel vastab üks-üheselt temaga antiparalleelsele DNA matriitsahelale komplementaarsusprintsiibi alusel. RNA järjestusega identset DNA ahelat nimetatakse kodeerivaks ahelaks. RNA sünteesi käigus toimub DNA ahelate lahtiharutamine. Algne DNA struktuur taastub peale transkriptsiooni lõppu. Transkriptsiooni algatab ja viib läbi DNA-st sõltuv RNA polümeraas, mis on enamasti multimeerne ensüüm. Transkriptsiooni initsiatsioonil tunnevad nad ära väga spetsiifilisi DNA järjestusi ning ei vaja aktivatsioonil lisafaktoreid. Spetsiifilist DNA piirkonda, millega RNA polümeraas seondub, nimetatkse promootoriks. Bakterite RNA polümeraas koosneb viiest subühikust. Apoensüüm - koosneb neljast subühikust ja on võimeline katalüüsima RNA sünteesi. Apoensüümi subühikud on erinevates organismides struktuurselt lähedased. Holoensüümi koosseisu kuulub ka sigma faktor
terminaalne ots stabiliseerib tekkinud interaktsiooni laiudes START-saidi poole. TFIIB sidumisele järgnevalt toimub preformeeritud tetrameerse TFIIF ja RNAPolII sidumine. Viimase tulemusena paiguldub RNAPolII START-saidile. Enamuse promootorite puhul peab kompleksile siduma veel kaks GTFi, et DNA ahelad saaks eralduda ja toimuks matriitsahel vabanemine. Esimesena seondub tetrameerne TFIIE, mis tekitab sidumisvõimaluse TFIIHle (samuti multimeerne faktor, mis koosneb 9 alaühikust). TFIIH kompleksi seondumine lõpetab transkriptsiooni preinitsiatsiooni kompleksi formeerumise in vitro. 12. Mis on transkriptsiooni aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori omadusi? N-terminaalne DNAd - siduv domään, mis seondub teatud DNA järjestustele, ja C-terminaalne aktivatsiooni
komponentidele otseselt (näiteks temperatuuri tõus mõjutab otseselt tsütoplasma valkude aktiivsust ja konformatsiooni). 3 2. Transkriptsiooni initsiatsiooni kontroll bakterites RNA polümeraas Geenide avaldumist kontrollitakse esmalt RNA sünteesi e. transkriptsiooni tasemel. Transkriptsiooni algatab ja viib läbi DNA-st sõltuv RNA polümeraas, mis on enamasti multimeerne ensüüm. Monomeerseid RNA polümeraase on kirjeldatud lüütilistel bakteriofaagidel (näit. T7, T3, SP6). Enamasti on nende suurus üle 100 kDa. Transkriptsiooni initsiatsioonil tunnevad nad ära väga spetsiifilisi DNA järjestusi ning ei vaja aktivatsioonil lisafaktoreid. Monomeersed RNA polümeraasid on 5-10 korda kiiremad, nad sünteesivad 200 nt/sek (bakteri RNA polümeraas sünteesib 40 nt/sek). Erinevalt bakteriaalsetest RNA polümeraasidest ei ole nad Zn-metalloensüümid
annaabi.ee 
