lüsosoom - 1 membraan Golgi kompleks - 1 membraan mitokonder - 2 membraani tuumake - puudub ribosoom puudub membraan rakutuum - 2 membraani Millised loetletud organismidest on eukarüoodid, millised prokarüoodid?kuusk - eukarüoodid mükoplasma - prokarüoodid rauabakter - prokarüoodid jaanalind - eukarüoodid amööb - eukarüoodid inimene eukarüoodid Tsentrosoom koosneb kahest tsentromeerist.EiKus paiknevad histoonid? Mis ülesanne neil on?Rakutuumas, pärilikkusaine pakitakse histoonidele (kromosoomiks kokku) Rakutuumaga organisme nimetatakse eukarüootideks.JahProkarüoodid on ilma rakutuumata organismid.JahKuidas toimub erinevate ainete transport rakku?vesi - osmoosiga gaasid - diffusiooniga kaaliumi ioonid - aktiivtranspordiga tahked makromolekulid - fagotsütoosiga vedelad makromolekulid - pinotsütoosiga Kõige väiksemaks rakuks peetakse:mükoplasmatMillsed funktsioonid on järgmistel rakuosadel rakus?rakumembraan - eraldab raku sisekeskkonda väliskeskkonnast,
Emaefekt, Epigeneetiline pärilikkus, Mitokondriaalne pärilikkus. 2. Faktid, mis toetavad mitokondrite evolutsiooni endosümbioosi teooriat? mitokondrid on eukarüootide evolutsiooni algetappidel rakku tunginud mikroorganismid purpursed fotosünteesivad bakterid, mis on kohanenud sümbiootiliselt eluks peremeesrakus. 1,5 - 2 mljrd. aastat tagasi. tõestus: sõltumatu genoom ja valgu süntees, mtDNA sarnasus prokarüootidega (rõngakujuline, puuduvad intronid ja histoonidele pakitus), suurus, tuumast sõltumatu jagunemine (paljunevad pooldumise teel) 3. Mitokondri peamised funktsioonid (2)? Ehitus ja iseloomustus? Kloroplastide ülesanne taimerakus? Ehitus?- Ülesanne on muundada väliskeskkonnast kättesaadav energia (kas päikesevalguse või keemiliste sidemete oma) rakule sobivasse vormi. Mitokondrid ja plastiidid (kloroplastid) on kahekordse membraaniga ümbritsetud organellid. Nad on spetsialiseerunud ATP sünteesile
Kromatiini esineb struktuurselt erinavais vormis: a) heterokromatiin- e.kondenseerunud kromatiinaine, 10% genoomist. Sisaldab põhiliselt mittetranskribeeritavaid struktuurgeene ja kordusjärjestusi. Tsentromeerne ja telomeerne ala on heterokromatiin b) eukromatiin-e. vähem kondenseerunud kromatiinaine. On see osa, mis katab transkriptsiooniliselt aktiivset ala ja on seetõttu ka lõdvemalt pakitud. Kromatiini struktuuri tagamisel osalevad lisaks histoonidele ka muud valgud: a)tugivalgud- mittehistoonsed kromatiini valgud, mis kinnituvad DNA-le läbi spetsiifiliste DNA piirkondade. See interaktsioon toimib kui transkriptsiooniline isolaator- isoleerib erinevad transkriptsioonilised ühikud b) SMC valgud on kromosoomi struktuuri säilitavad valgud, tavaliselt geenidevahelises alas kromosoomidel HMG valgud-(high mobility group)- seovad DNAd kooperatiivselt TF-dega Nukleosoom on DNA ja histoonide kompleks. Koosneb histoonidest
2 µm o Oluline et oleks suur eripind, sest see võimaldab kiiret ainevahtust keskkonnaga · Tuum: o Sisaldab palju RNAd o Palju kromosoome o Kiire kasv ja paljunemine, seetõttu valgusüntees o Puudub tuumamembraan o Piirkonda kus asub DNA nim nukleoidiks o Rõngaskromosoomi pikkus on üle 1mm, seega on oluline tema kokkupakkimine o Kokkupakkimises osalevad aluselised valgud o Mõningatel arhedel on leitud valgud, mis on sarnased eukarüootsetele histoonidele (arhedel tetrameer, eukarüootidel oktameer) o Bakterirakk on haploidne tal on üks rõngakujuline kromosoom o Mõndel on leitud ka lineaarseid kromosoome o Enamikel bakteritel on lisaks kromosoomile ka veel plasmiidid, kus paiknevad geenid, mis ei ole tavaolukorras bakterile hädavajalikud, kuid teatud olukordades osutuvad talle vajalikuks, (seal võivad esineda geenid, mis kodeerivad antibiootikume kahjustavaid ensüüme või toksiine.)
Kuidas toimub lõigustumisel rakutsükli regulatsioon (MPF-mitosis promoting factor), mida tähendab kesk-blastula üleminek (mid-blastula transition) ja sügoodi/embrüo genoomi aktivatsioon? MPF - blastomeeride sünkroonset lõigustumist aitavad kiiresti läbi viia maternaalselt talletatud komponendid nagu MPF e mitoosi võimendav faktor, mis koosneb tsükliin B ja tsükliin-sõltuvast kinaasist (CDK). Tänu sellele (ja ensüümidele, tubuliinidele, histoonidele jne) on klassikalisest rakutsüklist G1 ja G2 faasid kaotatud, mistõttu on rakujagunemine märgatavalt kiirem. - Kesk-blastula üleminek - aktiveeritakse sügoodi enda genoom. Kui varem oli jagunemine sünkroonne, siis nüüd lülituvad sisse G1 ja G2 checkpointid ja lõigustumine muutub asünkroonseks. MPF kaob, sest rakud sünteesivad MPF regulaatoreid. - Sügoodi genoomi aktivatsioon - sõltuvalt liigist aktiveeritakse
Repressor takistab aktiveeriva signaali jõudist aktivaatorile Repressor takistab üldiste transkriptsioonifaktorite kompleksi moodustamist Repressor värbab kormatiini ümberkorraldava kompleksi, et see viiks proootori piirkonna transkriptsioonieelsesse seisundisse Repressor tõmbab histooni deatsetülaasi promootori juurde. Histoonide atsetüleerituse vähedamine takistab transkriptsiooni Repressor tõmbab kohale histooni metüültransferaasi, mis paneb histoonidele külge metüülgrupi Isolaatorite ja tõkisjärjestuste osa DNA transkriptsiooni reguleerimises. Isolaatorid takistavad cis-regulatoorsete järjestuste toimet kõrvalasuvatele geenidele, Tõkisjärjestused (ingl.k. barrier sequence) takistavad heterokromatiinse ala levikut kromatiinil. Transkriptsioonijärgne geeniekspressiooni kontroll Transkriptsiooni sumbumine-geenide ekspressiooni inhibeeritakse transkriptsiooni enneaegse lõppemise tõttu
Repressor takistab aktiveeriva signaali jõudmist aktivaatorile Takistab üleüldiste transkriptsioonifaktorite kompleksi moodustumist Värbab kromatiini ümberkorraldava kompleksi viib promootori piirkonna transkriptsioonieelsesse seisundisse Tõmbab histooni deatsetülaasi promootori juurde histoonide atsetüleerituse väheb takistab transkriptsiooni Tõmbab kohale histooni metüültransferaasi, mis paneb histoonidele külge metüülrühma Mõlemad seostuvad cis-regulatoorsele järjestusele DNA-s. Kaasaktivaatorid, kaasrepressorid ei seostu otse DNA-le, vaid DNA-ga seotud transkriptsiooni regulaatoritele. 51. DNA nukleosoomse struktuuri mõju transkriptsiooni regulaatorite seondumisele. Transkriptsiooni regulaatori seostumine sõltub DNA kättesaadavusest seostumine nukleosoomides olevale DNAle on nõrgem kui “paljale” DNA-le
Arvatakse, et arhed on suhteliselt sarnased oma 3-4 miljardit aastat tagasi Maal elanud esivanematele, nad on aeglaselt evolutsioneerunud elasid ekstreemsetes keskkondades (arhed on ekstremofiilid). Bakterid on kiiremini evolutsioneerunud ja nende tänapäevased esindajad on ilmselt küllalt erinevad oma eellastest. Eukarüootide ja prokarüootide lipiidid on esterlipiidid, ARHEDE LIPIIDID ON EETERLIPIIDID. Arhedel (just eüarhedel) leitud valgud, mis on järjestuselt sarnased eukarüootide histoonidele. Arhede domeeni kaks oluliseimat hõimkonda on Euryachaeota ja Crenarchaeota. Eurüarhede hulka kuuluvad metanogeenid (metaboliseerivad metaani; ainult arhedele iseloomulik tunnus), halofiilid (soolalembesed; rakukest vajab soolast keskkonda) ja väävlit metaboliseerivad liigid. Krenarhed on ürgsemad. Halofiilsed arhed (näiteks perekond Halobacterium) sünteesivad ATPd valgusenergia arvel, kasutades selleks mitte klorofülli, nagu taimed ja teised fotosünteesivad bakterid, vaid punast
paiknevad DNA fiibris zig-zag mudeli kohaselt. Kokkupakkimiseks on vesiniksidemed head, kuna on suhteliselt nõrgad – ahelate katkestamine on raske, ahelate lahutamine aga kerge. 30 nm DNA fibrill – sisaldav kolmeastmelist vinti. DNA kokkupakkimisel on oluline teada, et seal on väga palju erineva astme vinte. Need on omakorda seotud järgmise astme struktuuridesse ja nii moodustubki kromosoom Kui uus DNA on sünteesitud, siis oluline protsess – lipukeste külgepanek DNA-le ja histoonidele. Histoonid, eriti H3 ja H4, mis jäävad DNA-ga seotuks, nende N- terminaalsetel sabadel on postmodifikatsioonilisi jääke. Histoone tuleb ka modifitseerida, atsetüleerimine on kõige tähtsam, eriti olulised on H3 jaH4 puhul. Histoonid koosnevad kindlatest struktuurielementidest. Kõigil on teatud sarnane struktuur. Palju hiiresabasid, igal histoonil on 2 saba. Soleid = heeliks, mudelil keskel auk. Aitab stabiliseerida DNA molekuli.
polümeraasi funktsiooni lokaalselt. Vaigistamise puhul katavad valgud ühtlaselt teatava DNA regiooni ja takistavad sinna teiste valkude seondumist. Selle tulemusena ei ole DNA kättesaadav ei DNA-d modifitseerivatele ensüümidele ega ka ligipääsetav RNA polümeraasile. Transkriptsiooni vaigistamine on üks põhilisi transkriptsiooni kontrollmehhanisme eukarüootides, bakterites on see vähem levinud. Mõned näited: H-NS (histone-like nucleoid-structuring protein) kondenseerib sarnaselt histoonidele DNA-d (samas on ta histoonidest struktuuri poolest erinev ning laengult neutraalne). H-NS vaigistab näiteks D-glükosiidide kasutamisega seotud bgl geene, seondudes 100-bp pikkusele AT-rikkale alale, mis asub nende geenide promootorist ülalpool. H-NS seondub eelistatult korduvat AT-motiivi sisaldavale paindega DNA-le ja oligomeriseerub seal. H-NS mõjutab ka DNA topoloogiat, suurendades DNA negatiivset superspiralisatsiooni.
annaabi.ee 
