* Nukleosoomide 'hingamine' Nukleosoomi äärealal DNA n.ö. ,,hingab" st ajutiselt eksponeerib DNA-d, mis võimaldades transkriptsiooni regulaatoritel kergemini seostuda Seetõttu võimaldab nukleosoomi hingamine transkr. regulaatoril seostuda; 16. Transkriptsiooni repressorid. Transkriptsiooni regulaatorid: transkriptsiooni aktivaator lülitab geenid sisse ja repressor välja. Mõlemad seostuvad cis-regulatoorsele järjestusele DNA- Ühel transkriptsiooni faktoril, DNA helikaasil, on helikaasne aktiivsus ning on seetõttu seotud kaheahelalise DNA ahelate eraldamisega, tagamaks ligipääsu üheahelalisele matriits DNA-le. Teised valgud, aktivaatorid ja repressorid vastutavad koos erinevate seotud koaktivaatorite või korepressoritega transkriptsiooni moduleerimise taseme eest. 17. Geenide transkriptsiooni erinevused eukarüootides ja prokarüootides. 1. Prokarüootides seostuvad transkriptsiooni regulaatorid (aktivaatorid ja repressorid) otse DNA-le või RNA polümeraasile.
inhibitsioon. eIF4G (220 kDa). Molekulaarne adaptor, seob eIF4E, eIF4A, eIF3, Pab1p. eIF5 (125 kDa). Ribosoomist sõltuv GTPaas, soodustab ribosoomi alaühikute ühinemist. eIF6 (25 kDa) Seob 60S alaühikut, põhiline antiassotsiatsioonifaktor. 10. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Transkriptsiooni- initsiatsiooni kompleksi moodustumine. 11. Mediaator PILT on suur
mis sisaldab enamuse GTF'dest. Arvatakse, et selline kompleks istub DNA'le ühe sündmusena. 9. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? (TBP on eukarüootse transkriptsiooni faktori TFIID alaühik: TBP + 16 TAF'i = TFIID). Nime järgi võiks oletada, et kõik on. GTF'dest aga TFIIA. 10. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH kahel alaühikul on helikaasi ja ATPaasi aktiivsus. Sellega aitab ta luua transkriptsioonimulli. TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. (TFIIH ühe teise sub-kompleksi roll on fosforüleerida RNA polümeraasi suurima subühiku C-terminaalset domääni (CTD), mis on vajalik polümeraasi vabanemiseks PIC-ilt (pre-initsiatsiooni kompleks) ning transkriptsiooni üleminekul elongatsioonifaasi). 3 11. Joonista tüüpilise PolII promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni
9). Interakteeruvad rRNA-ga (erandiks L7/L12). Struktuur: globulaarne, globulaarne + struktuuritu, struktuuritu. Globulaarsed osad ribosoomipartikli pinnal. Struktuuritud osad ulatuvad partikli sügavusse. Puuduvad subühikute kokkupuutepinnalt (interface). 16S ja 23S rRNA struktuuri kujunemine & säilitamine. tRNA positsioneerimine ribosoomis. Dekodeerimine. mRNA mobilisatsioon (ingl. recruitment) (S1). mRNA sekundaarstruktuuride lammutamine (ribosoomi helikaasne 11 aktiivsus). Elongatsioonifaktorite – IF2, EF-Tu, EF-G - mobilisatsioon . Interaktsioon kasvava peptiidiga. r-valkude jaotus suures ja väikeses, subühikus 50S sisemuses paiknevad valguosad positiivselt laetud. 50S pinnal paiknevad valguosad negatiivselt laetud kust on pärit r-valkude nimed (a la S5, L4) S5 väikses subühikus: vähendab translatsiooni
On leitud, et üks või enam transkriptsiooni aktivatsiooni domääni on seotud järjestus-spetsiifilise DNAd-siduva domääniga linkeralade abil. Mõnedel juhtudel laiub aktivatsioonidomään DNAd-siduva domääni sisse. 13. Missugused TAFid on TBPga vahetus interaktsioonis? Olemas on 13 TAF-i, TAF TBP associated factor. TAF-1, TAF-2, TAF-6 (nõrgalt), TAF-11, TAF-12, TAF-13 14. Missugune TFII valk hüdrolüüsib ATPd ja mis protsessiga on tegu? TFIIH helikaasne aktiivsus saab oma energia ATP hüdrolüüsilt. Selle energia abil keerataksegi START-saidi piirkonnas DNA dupleksi lahti. See võimaldab RNAPolII-l avatud kompleksi vormis istuda matriitsahela START-saidile. Kui ka rNTPd on keskkonnas, siis RNAPolII alustab matriitsahela transkribeerimist. Transkriptsiooni käigus teine TFIIH alaühik fosforüülib paljudest erinevatest positsioonidest RNAPolII CTDi.
DNA replikatsioonikahvel peatub, kui DNA ahelas on kas DNA kahjustus, üksikahelaline või kaksikahelaline katke. Toimub rekombinatsiooniline reparatsioon RecF, RecO ja RecR osalusel. RecA soodustab DNA ahelate ülekannet, aitab neil paarduda ning osaleb DNA ahelate hargnemiskoha migratsioonil. Juhul, kui DNA-s on tekkinud kaksikahelaline katke, on lisaks RecA valgule vajalik RecBCD osalemine. RecBCD kompleksil on helikaasne aktiivsus, mis ilmneb dsDNA katke korral. Helikaasse aktiivsusega kaasneb ka eksonukleaasne aktiivsus, mis avaldub seni, kuni kompleks jõuab Chi saidini (asümeetriline 8-nukleotiidne järjestus) ning seal toimib RecBCD endonukleaasina. Chi sait inaktiveerib RecBCD eksonukleaasse aktiivsuse ning edasi käitub RecBCD kompleks ainult kui helikaas. RecA valgu abil moodustub dupleks homoloogilise alaga. Tekib "Holliday" struktuur kus DNA ahelad on risti
RNaas E N-terminaalne domeen on endonukleaasse aktiivsusega. Samasse domeeni lokaliseeriti hiljuti veel RNA 3' otsas olevate polü(A) ja polü (U) järjestuste degradatsiooniline aktiivsus. Ensüümi C-terminaalne domeen interakteerub degradasoomi 3 ülejäänud komponendiga. RhlB on ATP-sõltuv RNA helikaas, mis sisaldab konserveerunud aminohappeid D-E-A-D ning aitab lahti harutada RNA sekundaarstruktuure, mis vastasel korral blokeeriksid PNPaasi töö. RhlB helikaasne aktiivsus avaldub ainult siis, kui ensüüm on interakteerunud RNaas E-ga. mRNA stabiilsust mõjutavad tegurid Translatsioon Bakterirakus on transkriptsioon ja translatsioon omavahel tihedalt seotud. Alles sünteesitavalt mRNA-lt algab koheselt translatsioon, mistõttu ta on ribosoomidega kaetud. Translatsioon kaitseb mRNA-d degradatsiooni eest, sest sel juhul on mRNA tänu ribosoomidele vähem nukleaasidele eksponeeritud.
Relaksaasid on suured valgud, mil pea kõikidel on fosfodiesteraasne aktiivsus ja DNA-d protsessiv aktiivsus. R388 TrwC relaksaasi N-terminaalne domeen tunneb ära oriT järjestuse, teeb DNA-sse lõike ning seob kovalentselt DNA 5' otsa katalüütilise türosiini (Tyr18) jäägiga. Pärast lõiget jääb DNA 3' ots seotud relaksaasiga tugeva mittekovalentse sideme abil. R388 TrwC jääb DNA 5' otsaga seotuks Tyr amh-jäägi kaudu kuni DNA translokatsiooni lõpuni. Relaksaasil on helikaasne domeen 5'-3' suunalise helikaasse aktiivsusega, ATP-st sõltuv. Relaksaasi TraI domeenid ei seondu korraga oriT-le, vaid enne seondub endonukleaasne domeen ja siis helikaasne domeen. F-plasmiidi TraI vajab signaali, mis aktiveeriks autoinhibeeritud TraI helikaasse aktiivsuse. Tõenäoliselt on selleks vaja relaksaasi seondumist T4CP valguga. Abivalgud R388 plasmiidi korral on relaksaasil TrwC vaja seondumiseks abivalku TrwA, kuigi on näidatud, et TrwC on võimeline iseseisvalt oriT-ga
TAF on transkriptsiooni aktivatsiooni faktor. Kõik valgud seonduvad DNA-le korraga → kompleksis. Eelnevalt tehti DNA histoonidest vabaks. 2) Seondub lisaks TFIIA ja TFIIB. TFIIF seondub koos RNA polümeraas II-ga ja see kompleks hakkab ruumiliselt ümberkorralduma. 3) Seondub veel TFIIH – tekitab transkriptsiooni mulli. TFIIH ja TFIIE seondumise järel hakkab transkriptsioon. TFIIH fosforüleerib Ser (OH jääki), seejärel algab transkriptsioon. Tal on ka helikaasne aktiivsus. TFIIH-l on proteiinkinaasne aktiivsus (fosforüleerib CTD e karboksüterminaalse domääni, koosneb korduvatest järjestustes; 7 AH, millest 3 on Ser). TBP seondumine muudab DNA kuju. Transkriptsioon muudab DNA topoloogiat - DNA on nii pikk, ei saa ümber telje pöörelda. Kui teha transkriptsiooni mull, siis see soodustab vindi teket. Lk=Tw+Wr-. Mulli ees positiivsed ja taga negatiivses supervindid. Neid eemaldavad ja reguleerivad topoisomeraasid.
annaabi.ee 
