VALKUDE STRUKTUUR
Aminohapped:
-Kõik kodeeritud aminohapped on - aminohapped
Kõik kodeeritud aminohapped on L- aminohapped
-Valkude järjestuses saab eristada N- ja C- terminust-
vastavalt amonohapete paiknemisele järjestuses
-Kõik kodeeritud aminohapped on L-optilises isovormis
-Aminohappeid iseloomustab spetsiifiline pH väärtus,
mille juures ta ei ole laetud pI, isoelektriline punkt
Hüdrofiilsed aminohapped
Figure 3-2
Hüdrofoobsed ja mittepolaarsed
aminohapped
Peptiidside- tagab valkude
primaarstruktuuri
Moodustub kondensatsioonireaktsiooni käigus
-oligopeptiidid
-polüpeptiidid
Peptiidside on planaarne, osaliselt kaksiksidemelise olemusega-
tänu resonantsefektile
Resonantsefekt tagab ka peptiidsideme pikkuse 1,33A (vs.1,45A)
Tänu resonantsile on peptiidside jäik ja samatasapinnaline- trans
peptiidside
50 punkti
Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 50 punkti.
~ 46 lehte
Lehekülgede arv dokumendis
2009-09-22
Kuupäev, millal dokument üles laeti
56 laadimist
Kokku alla laetud
2 arvamust
Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid
Kristiina Kokk
Õppematerjali autor
Osaliselt laetud: amiidrühma N on osaliselt positiivne, karbonüülrühma O osaliselt negatiivne. Keemiliselt väheaktiivne – stabllisus suur. Pro- tsükliline kõrvalahel välistab pöörde-cis peptiidsidemed- b- pööre Valkude järjestuses eristatakse N- ja C- terminust (vaba aminorühm ja karboksüülrühm). Valk kasvab alati N-terminusest C-terminusse. 4. Kuidas on defineeritud peptiidid ja valgud? Peptiid – aminohappejärjestus, millel puudub selgelt defineeritud kolmemõõtmeline struktuur, enamasti lühikesed ahelad (<100 aminohappe) Valk – polüpeptiidahel, millel on kindel kõrgemat järku struktuur (ja bioloogiline funktsioon), sageli kvaternaarstruktuur 5 Valgu struktuuritasemed, interaktsioonid, mis stabiliseerivad struktuure Valkude funktsionaalsus on tagatud nende kolmemõõtmelise struktuuriga- konformatsiooniga-, mis omakorda tuleneb valkude aminohappelisest järjestusest. Aminohapete kõrvalahelate erinevad omadused tingivad nende
MOLEKULAAR- JA RAKUBIOLOOGIA | YTM0011 I KONTROLLTÖÖ KORDAMISKÜSIMUSED | 20/09/10 I VALKUDE STRUKTUUR 1. Aminohapped, aluselised ja happelised, hüdrofiilsed ja hüdrofoobsed, polaarsed vs. mittepolaarsed, kõrvalahelate tüübid. Aluselised: Lüsiin, Arginiin, Histidiin. Happelised: Aspartaat, Glutamaat. Hüdrofoobsed: Alaniin, Valiin, Leutsiin, Metioniin, Isoleoutsiin, Fenüülalaniin, Trüptofaan, Tyrosiin. Hüdrofiilsed: Arginiin, Lüsiin, Aspargiin, Glutamaat, Proliin, Aspartaat.
Valkude ruumiline struktuur 1. Valkude struktuuri määravad faktorid 2. Valkude sekundaarstruktuur 3. Valkude tertsiaarstruktuur 4. Valkude kvaternaarstruktuur 5. Valkude struktuuri näiteid: RibonukleaasA, Müoglobiin, Hemoglobiin, Insuliin Valkude struktuur? · Bioloogiliste makromolekulide struktuur kirjeldatakse erinevatel tasanditel PRIMAARSTRUKTUUR. Aminohappe jääkide lineaarne järjestus · primaarstruktuur · sekundaarstruktuur · tertsiaarstruktuur · kvaternaarstruktuur heeliks leht SEKUNDAARSTRUKTUURID DOMEENID ehk SUPERSEKUNDAARSTR Millised faktorid määravad valkude
Mõõtmed 20nm ... 1µm; geenide arv 3...200; nukleotiidide arv 3 tuhat kuni 300 tuhat. Kuna puudub iseseisev ainevahetus ja reprodutseerumisvõime, siis viirusosakesed pole elusorganismid. LIISI KINK 6 BIOKEEMIA test I II. VESI JA VESILAHUSED. TERMODÜNAAMIKA ALUSED. 1. Vesi omadused, struktuur, H-sidemed vees ja jääs. Omadused Kõrge sulamis- ja keemistemperatuur (0°C ja 100°C) Suur aurumissoojus (540 kcal/kg = 2260 kJ/kg) Suur soojusmahtuvus (1 kcal/kg·deg) Kõrge pindpinevus Kõrge dielektriline konstant Maksimaalse tihedus vedelas olekus Struktuur Jäik struktuur teeb vee molekuli polaarseks. Võime moodustada neli H-sidet molekuli kohta. Hapnikuaatomi kaks paardumata elektroni moodustavad kaks negatiivse laengu piirkonda.
RNA polümeraase on väga palju erinevaid tüüpe. Eukarüootides on kolm erinevat RNA polümeraasi, mis sünteesivad erinevaid RNA molekule. RNA sünteesil on substraatideks (ribo-) nukleosiid 5'-trifosfaatidest. Sünteesitud RNA ahel vastab üks-üheselt temaga antiparalleelsele DNA matriitsahelale komplementaarsusprintsiibi alusel. RNA järjestusega identset DNA ahelat nimetatakse kodeerivaks ahelaks. RNA sünteesi käigus toimub DNA ahelate lahtiharutamine. Algne DNA struktuur taastub peale transkriptsiooni lõppu. Transkriptsiooniga on seotud RNA protsessing ja modifitseerimine. 3. Translatsioon - valgu biosüntees. Translatsioon tähendab tõlkimist. Molekulaarbioloogias tähendab translatsioon RNA (seega ka DNA) nukleotiidse järjestuse tõlkimist valkude aminohappeliseks järjestuseks. Valkude sünteesiks vajalikku geneetilist informatsiooni kannab mRNA (matriits- ehk informatsiooniline- RNA)
Peptiidahela Φ ja Ψ nurgad – võimalikud nurgad, mille all võivad planaarse peptiidsidemega (-N(H)-C(=O)-) külgnevad aminohappejäägid paikneda (planaarse peptiidsideme suhtes). Peptiidside – side, mis ühendab valkude primaastruktuuris esinevaid aminohappejääke. Peptiidside on planaarne, sest seal esineb resonantsstruktuur. N ja C terminus – peptiidahela (valkude primaarstruktuuri) otsas; N-ots tähistab vaba aminorühmaga otsa ning C-ots vaba karboksüülrühmaga otsa. Valgu süntees toimub N- terminusest C-terminuse poole, st. uusi aminohappeid liidetakse eelmise aminohappe karboksüülrühma külge. Üldiselt aminohappe aminorühmapoolne ots ja karboksüülrühmapoolne ots. Polüpeptiid ja oligopeptiid – polüpeptiid tähistab (pikka) polümeeri, mille monomeerideks on aminohapped; oligopeptiid on lühike aminohapete polümeer (5-7? aminohapet). Natiivne ja denatureeritud struktuur – natiivne struktuur on valgu selline konformatsioon,
TBP Nterminaalne domään on erinevatelt organismidelt pärit TBP valkudel nii pikkuselt kui järjestuselt väga varieeruv. Sellel on oluline roll RNAPolII-katalüüsitud snRNAde geenide transkriptsioonis. TBP monomeer pakkub moodustades sadul-struktuuri, kus molekuli 2 poolt omavad diaadset (polaarset, kaheli) sümmeetriat, ent pole identsed. Nagu HMGI ja teised DNAd-painutavad valgud, interakteerub TBP DNA väikese vaoga, painutades tugevasti kaksikheeliksit. DNAd-siduv valgu pind on TBP puhul konserveerunud kõigis eukarüootides, mis selgitab ka TATAbox promootorelemendi kõrget konserveerumist läbi evolutsiooni. 11. Kas transkriptsioonifaktorid (aktivaatorid) interakteeruvad otse(vahetult) TBPga? Jah, Kui TBP istub TATAboxil, siis saab TFIIB seonduda. TFIIB on monomeerne valk, mis on natuke väiksem TBPst. TFIIB C-terminaalne ots interakteerub kahel pool TATAboxi TBP ja DNAga, samas kui tema N-
funktsioneerimise. Uurib füüsikalis-keemiliste struktuuride ja biokeemilis-füsioloogiliste funktsioonide vastavust. Teadussuund hakkas arenema pärast makromolekulide ruumilise struktuuri kindlakstegemist (DNA 3-ruumiline struktuur). Molekulaarbioloogia dimensioon – 1 A – 300 A (üle 500 – rakubioloogia, alla 1 - biofüüsika) 1 A (ongström) = 10 -10 m 1nm = 10 A 2-ahelalise DNA läbimõõt – 20 A kovalentne side – 1,5 A globulaarse valgu d – 50 A dsDNA (double stranded) d – 50 A ribosoomide, valgumolekulide d – 200-300 A DNA aluspaaride vahe – 3,4 A vesiniksideme pikkus – 3 A nukleosoom – 60x110x110 A bakteri ribosoom – 200x200x230 A tuumapoorid – 120x120x75 A bakteriaalne RNA polümeraas – 90x90x60 A Molekulaarbioloogia põhidogma DNA↔ RNA →valk DNA sünteesitakse nii DNA kui RNA alusel! RNA-sõltuv DNA polümeraas – pöördtranskriptaas – revertaas – katalüüsib DNA
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
Kõik kommentaarid