Samuti tundus esmapilgul, et trüptofanaasne aktiivsus puudub minu uuritaval mikroobil. Siiski hakkas vaikselt tekkima veekihile õrnalt punakas alkoholkiht, kuigi see oli väga nõrk. Seega ei osanud täpselt hinnata, kas on olemas trüptofanaas või mitte. Indooltesti tuleks korrata, et veenduda täiesti ensüümi olemasolus. Minu tundmatul tüvel ei tuvastanud amülaasi, proteaasi ega kaseiini. -glükosidaas (eskuliin) ja -galaktosidaas andsid positiivse tulemuse. Arginiini dihüdrolaas, ureaas ja DNaasi testid olid negatiivsed. 5. kasv temperatuuril, NaCl kontsentratsioonidel ja pH-l 37 °C juures kasv puudus täielikult, kuid 42 °C juures esines. Maksimaalne soolataluvus oli 7% juures, kuid eelistas (kõige tugevam kasv) 0% juures kasvada. Kõige nõrgem kasv oli pH 3 juures ja tugevaim alates pH 9-st kuni 11-ni. 6. 16S rRNA geeni järjestus Kasutades BLAST andmebaasi ja tundmatu tüve 16S rRNA järjestust, sain lõpuks tulemuseks Enterobacter aerogenes'i. Tüve 33 ja E
Kofaktorid- mõned ensüümid, mis sisaldavad või vajavad funktsioneerimiseks teatud aatomeid või ioone. või tsütokroomoksüdaas, katalaas, peroksüdaa. -tsütokroomoksüdaas. - süsihappe anhüdraas, alkoholdehüdrogenaas. - heksodinaas, glükoos-6-fosfataas, püruvaatkinaas. -arginaas, ribonukleotiidreduktaas. -püruvaatkinaas. -ureaas. Mo- dintrogenaas. Se- glutatioonperoksüdaas. Oligosahhariidid: maltoos, sahharoos, tsellobioos Lipiidid: mõiste ja jaotus. Lipiidid on rasvad ja rasvataolised ained, mis on lähedaste füsikokeemiliste omadustega (kuid võivad olla erineva keemilise struktuuriga). Lahustumatud vees, kuid hea lahustuvus orgaanilistes lahustites: benseenis, dietüüleetris, triklorometaanis jne. selle põhjuseks on hüdrofoobsete rühmade ja radikaalise esinemine kõikides lipiidides. Lipiidiid jaotatakse
Zn Alkoholi Aitab ensüümil siduda NAD + dehüdrogenaas elektrostaatiline katalüüs, redoksreaktsioonid Mn Histidiini ammoniaak Tõmbab elektrone enda poole lüaas · kaudselt ATP- Co Glutamaadi mutaas Co on osaks koensüümist kobalamiin Magneesium kompleks Ni Ureaas Esineb aktiivtsentris Mo Ksantiini oksüdaas Oksüdeerimine-redutseerimine V Nitraadi reduktaas Oksüdeerimine-redutseerimine Metallid on olulised Se Glutatiooni Asendab ühes tsüsteiinijäägis mikroelemendid peroksüdaas väävliaatomit Mittevalgulised biokatalüsaatorid: ribosüümid Ribonukleaas P katalüüsib tRNA eellasmolekuli
bakteritele, arhedele ja üherakulistele loomadele on hästi dokumenteeritud, nendes organismides on nikkel tähtis katalüsaator erinevatele bioloogilistele reaktsioonidele tänu oma mitmekülgse kordinatsiooniga geomeetriale, mis muudab metallid üleüldse olulisteks osadeks igas elussüsteemis. Nikkel on vajalik element mitmetes essentsiaalsetes metalli-ensüümide aktiivtsentrites bakteritele ja madalamatele-eukarüootidele. Avastatud on 8 mikroobset niklit sisaldavat ensüümi: ureaas, hüdrogenaas, CO dehüdrogenaas, atsetüül-CoA süntaas, metüül- CoM reduktaas, Ni-superoksiidi dimutaas, happereduktsiooni dioksügenaas ja glüoksalaas I, lisaks on neid veel avastamisel. Taimedel on kindlaks tehtud niklit vajavaks ureaas, mõned taimed on arenenud ka hüperakumuleerima nikli ioone, luues komplekseid süsteeme metalli mürgisuse vähendamiseks ja homöostaasiks, mis on uurimise all, et kunagi kasutada reostuste puhastamiseks.
koostisosana. Nikli ühendeid kasutatakse ka keraamikatööstustest värviühenditena. Niklit kasutatakse ka müntide valmistamisel. Inglise keeles kasutusel olev sõna nickel, mis tähendab viiesendist, tuleneb just selle niklisisaldusest. Elemendi bioloogiline roll Ni lülitati biometallide nimistusse hiljuti, kuna varem ei tuntud ühtegi Ni biofunktsiooni. Ni biofunktsioonid inimorganismis on väga piiratud. Ni kuulub mõnede ensüümide koostisse. Ni sisaldav ensüüm ureaas katalüüsib uurea lagunemist ammoniaagiks. Infarkti eel suureneb inimese kehas koheselt niklisisaldus. Nikli puudusel kehas aga tekib aneemia. Nikkel osaleb mikroorganismide metabolismis, mille tulemusena vesinikust ja CO2-st moodustub metaan. Nikkel on ülimalt toksiline, niklit sisaldav tolm tekitab kopsuvähki. Sigaretisuits sisaldab väga mürgist nikkelkarbonüüli. Nikli ühendid satuvad inimkehasse enamalt joogivee ja toidu kaudu. Nikkel võib
Selle "kestaga" saabki teda mediaatoriga seostuda, aktiivtsentri tööd häirimata. *** Keskkonnas muutuval ioonide kontsentratsiooni muutumise mõõtmisel põhineva biosensori näiteks on uurea (kusiaine ehk karbamiid) sensor, mis kasutab ensüüm ureaasi ja mida kasutatakse neeruoperatsioonide ja dialüüsi jälgimiseks. Reaktsiooni tulemusel muutub keskkonna ioonide kontsentratsioon, mis võimaldab seda tüüpi biosensoriga jälgida uurea kontsentratsiooni. NH2CONH2 + 3H2O ureaas 2NH4 + + HCO3 - + OH- Meetodit saab edukalt laiendada kasutades teisi ensüüme ja ensüümikombinatsioone, mis produtseerivad erinevaid ioone näit. amidaasid, dekarboksülaasid, esteraasid, fosfataasid ja nukleaasid. *** Optiliste biosensorite hulka kuuluvad ka mitmesugused ühekordse kasutamisega testribad. Näiteks glükoosi hulga mõõtmiseks veres ja ka uriini analüüsideks. Esimesel juhul on testribale immobiliseeritud ensüümid: glükoosi
a C VITAMIIN) Koensüümid on madalmolekulaarsed orgaanilised ühendid (mittevalguline osa), mis koos ensüümide valguosaga (apoensüümidega) osalevad ensüümi katalüüsis (aktiivtsentris) moodustades toimivaid ensüüme. Tänu koensüümidele saab moodustuda toimiv ensüüm. VII. KATALÜÜSI REGULATSIOON. (Õpik lk 88-93,115-127) 1. Ensüümide spetsiifilisus milles avaldub ja millele baseerub. Absoluutne spetsiifilisus toime avaldub vaid ühele substraadile (ureaas katalüüsib vaid karbamiidi hüdrolüüsi reaktsiooni). Stereospetsiifilisus võime toimida ainult teatavale stereoisomeerile (glükoosi metaboliseerivad ensüümid toimivad vaid D-glükoosile). Sidemespetsiifilisus võime toimida teatavale kovalentsele sidemele. Geomeetriline spetsiifilisus võime eristada substraate molekulis esinevate keemiliste rühmade järgi. 2. Reaktsioonikiiruse reguleerimise võimalused rakkudes. Ensüümide kovalentne modifitseerimine
. on ensüümide võime eristada substraate, millele nad toimivad või võime substraadis läbi viia teatud tüüpi muutusi Spetsiifilisus toimib molekulaarse äratundmise kaudu, mille aluseks on ensüümi aktiivtsentri ja substraadi struktuurne vastavus Eristatakse: A. Substraadispetsiifilisus ensüümi toime avaldub ühe substraatide grupi või ühe substraadi suhtes Alaliigid: · Absoluutne spetsiifilisus toimib vaid ühele substraadile; Esineb harva (ureaas katalüüsib vaid karbamiidi hüdrolüüsi reaktsiooni) · Stereospetsiifilisus reaktsioon toimub vaid ühe stereoisomeeriga (glükoosi metaboliseerivad ensüümid toimivad vaid D-glükoosile) · Sidemespetsiifilisus ensüüm eristab substraadis teatavat kovalentset sidet (invertaas toimib a,b(1,2)-glükosiidsidemele sahharoosis) · Rühmaspetsiifilisus teatavate keemiliste rühmade erista-mine substraadi
Bacillus licheniformis'e eksoensüüme (amülaasid, lipaasid, proteaasid) kasutatakse pesupulbrite lisandina, sest nad töötavad hästi aluselises keskkonnas. Ka tsüanobakterid eelistavad aluselist keskkonda, sest assimileeritav CO2 lahustub hästi aluselises vees. Neutrofiilid kasvavad hästi neutraalses keskkonnas. Enamus baktereid on neutrofiilid. 17.Kuidas saab helicobacter pylori inimese maos elada? Mao limaskestale kinnitub... haavanditega seostatakse teda. Tema relvaks on ureaas . Lagundav ensüüm. Tekitab enda ümber ammoniaagi pilve, mis neutraliseerib mao hapet, tema ümber ph aluselisem siis. 18.Miks on kasulik karbamiidiga näts? Inimese suuuõnnes on uureat lagundavad bakterid. Karbamiid on toiduks uureat lagundavatele bakteritele. 19.Mis on kõige kiirgusresistentsem bakter? Deinococcus radioduras - tumpline ümarbakter, kes talub kiirgust. 20. Inimese mikrofloora üldselt? Inimese kehapiirkondade normaalne mikrofloora
KATALÜÜSI REGULATSIOON 1. Ensüümide spetsiifilisus milles avaldub ja millele baseerub. Ensüümide spetsiifilisus on ensüümidele omane võime eristada reaktante (substraate), millele nad toimet avaldavad. Ensüümide spetsiifilisus realiseerub molekulaarse äratundmise tulemusena, mille aluseks on ensüümi aktiivtsentri ja substraadi struktuurne komplementaarsus. Spetsiifilisuse aspekte: - Absoluutne spetsiifilisus toime avaldub vaid ühele substraadile (ureaas katalüüsib vaid karbamiidi hüdrolüüsi reaktsiooni) - Stereospetsiifilisus võime toimida ainult teatavale stereoisomeerile (glükoosi metaboliseerivad ensüümid toimivad vaid D-glükoosile) - Sidemespetsiifilisus võime toimida vaid teatavale kovalentsele sidemele - Geomeetriline spetsiifilisus võime eristada substraate molekulis esinevate keemiliste rühmade järgi.
CONS Üldist. G+, katalaas+, koagulaas–, fakultatiivsed anaeroobid. Virulentsus. S. epidermidis, S. haemolyticus: lima produktsioon, kinnitumaks võõrkehadele ja takistamaks antibiootikumide juurdepääsu. S. epidermidis moodustab biofilmi, mille lagunemisel vabaneb suur hulk mikroobe. S. saprophyticus: Pili (tüüp 1) põieepiteelile kinnitumiseks, peptidoglükaan, teihhoiinhapped aktiveerivad komplementi, põhjustavad põletikku. Ureaas põhjustab uriini alkaliseerumist, muudab kivide tekke võimalikuks. Epidemioloogia. Tavalised naha mikroobid, esinevad arvukalt suuõõnes, seede- ja kuseteedes (seega naha ja limaskestade koloniseerijad). S. Saprophyticus põhjustab noortel naistel tihti tsüstiiti. CONS on levinud oportunistlikud patogeenid, põhjustades infektsioone vähenenud resistentsusega patsientidel (vastsündinud, onkoloogilised ja transplantatsioonipatsiendid). Haigused. S. epidermidis
Mo MoO42- Nitraadireduktaas, nitrogenaas Co Co2+ Vitamiin B12 ja selleseoselised ensüümid Cu Cu2+ Cyt oksüdaas ja oksügenaasid W WO42- Formiaadi dehüdrogenaas Ni Ni2+ Ureaas, hüdrogenaas, CO dehüdrogenaas Aktiveeritud sulfaat PAPS Väävel mikroobid kasutavad enamasti sulfaatset väävlit, mida tuleb rakuainesse lülitamiseks redutseerida. Söötmetesse pannakse sulfaati ammooniumsulfaadina, mis on nii S- kui ka N-allikaks. Sulfaat transporditakse rakku ATP energia arvel. Et redutseerida sulfaati, tuleb ta esmalt aktiveerida ATP arvel fosfoadenosiinfosfosulfaadiks (PAPS) ja seejärel toimub redutseerimine sulfiidini. Redutseerijatena
vaheproduktid Keskkonnamikrobioloogia konspekt 2005; Tri Kolledz Ammonifikatsioon thendab org. lmmastiku bioloogilist muundumist ammooniumiks. Protsessi esimest etappi viivad lbi rakuvlised ensmid: need depolmeriseerivad valgud, aminosuhkrud ja nukleiinhapped. I Eksoensmid Valke lagundavad prote(in)aasid ja peptidaasid. Kitiini lagundavad kitinaas ja kitobiaas. Peptidoglkaani lagundab lsosm. Nukleiinhappeid lagundavad ribonukleaasid ja desoksribonukleaasid (jagunevad endo- ja eksonukleaasid). Ureaas lagundab uurea CO2 ja NH3 -ks. II Rakusisesed ensmid Aminorhmade puhul toimub aminorhma eemaldamine aminohappe dehdrogenaaside vi okdaaside vahendusel deamineerimise protsessis. Nukleotiidide lagundamine on mitmeetapiline protsess. Enamasti on aminohapete, aminosuhkrute ja nukeiinhapete lagundamisel heterotroofsete mikroobide eesmrgiks saada energiat ja ssinikku. Ammonifikatsiooniprotsessi kigus vabanenud NH3 vib ksitleda kui katabolismi krvalprodukti.
annaabi.ee 
