rakkude retseptorite tootmine. 11. Mis on healoomulise ja pahaloomulise 5. Millised on tähtsamad transkriptsiooni kasvaja erisusesed? kontrolli mehhanismid mis võimaldavad · Healoomulised: Aeglaselt kasvavad, geenide valikulist aktivatsiooni? kapselduvad, mitteinvasiivsed, ei · Kontroll transkriptsioonifaktoritega, metastaseeru, hästi diferentseerunud mis seostuvad nukleosoomidega ja · Pahaloomulised: kiiresti kasvavad, destabiliseerivad genoomi mittekapselduvad, invasiivsed, · Histoonide atsetüleerimine , mis metastaseeruvad, samuti lagundab nukleosoomset vähediferentseerunud struktuuri ja aktiveerib genoomi 12
Lokaliseerunud ER-is ja vähesel määral rakumembraanis. Auksiini toimel ekspresseeruvad geenid jaotatakse kahte rühma: 1. Varased (ekspressioon stimuleerub juba olemasolevate trans faktorite toimel), ekspressiooni ei pärsi valgu sünteesi inhibiitorid, IAA toime ilmneb juba minutite/tunni möödudes. Eristatakse mitmeid valkude rühmi: a. Osalevad kasvu ja arengu regulatsioonis AUX, SAUR (väikese molekulmassiga 9-10 kDA valgud, mis sarnanevad transkriptsioonifaktoritega seostumiskoht DNA-le, kiire turnover), rakkude kommunikatsioonis b. Aktiveeruvad stressi tingimustes IAA toimel on leitud glutatiooni-S-transferaaside sünteesi. Need ensüümid detoksifitseerivad rakkudesse sattunud toksilisi ühendeid, seostades neid glutatiooni külge ja viies rakust välja rakuseina või vakuooli. IAA aktiveerib ACC süntaasi, soodustades seega etüleeni teket. 2. Hilised – ekspresseerumiseks on vajalik valkude süntees
13. Kuidas mõjutab kromatiini struktuur transkriptsiooni? Kui kromatiin on kondenseerunud, ei pääse RNA-polümeraasid ja transkriptsioonifaktorid DNAle ligi ning transkriptsiooni ei toimu. 14. Kromatiini-seoselised mittehistoonsed valgud maatriksivalgud, transkriptsioonifaktorid, replikatsioonivalgud, HMGd ja nende mõju kromatiini struktuurile moodustavad kromatiini lingumiseks vajalikke struktuurseid võrgustikke, transkriptsioonile teatud HMG valgud seonduvad DNAle kooperatiivselt transkriptsioonifaktoritega, mis tunnevad ära teatud DNA järjestusi, stabiliseerides sellega transkriptsiooni- multivalkkomplekse sellel geeniregulaatoralal ja replikatsioonile osalevad eukarüootse rakutsükli regulatsioonis. Mis on MARid ja nende tähtsus? Matrix-attachment regions, alad kromatiinikiududel, mis seonduvad võrgustikule (maatriksile), organiseerivad kromatiini struktuurseteks domeenideks (lingudeks), neil on oluline roll geeniekspressiooni reguleerimisel, hoiavad ära DNA vaba liikumise tuumas. 15
Üldjoontes on transkriptsioon prokarüootides ja eukarüootides sarnane (mõlema puhul vaja DNA ahelate eemaldumist üksteisest jms); eukarüootidel on protsess keerulisem. Eukarüootidel toimub RNA süntees rakutuumas (prokarüootidel selgelt eristuv tuum puudub). Eukarüootsed RNA polümeraasid ei saa iseseisvalt transkriptiooni initsieerida; enne promootoriga seondumist on vaja polümeraasi seondumist transkriptsioonifaktoritega. 58. Transkriptsiooni elongatsioon ja terminatsioon. Elongatsioon: RNA polümeraasist vabaneb sigma faktor. DNA ahelad on teineteisest 18bposas eraldunud, RNA ahela süntees toimub kiirusega 40 nt/sek (= 40 ribonukleotiidi RNAsse sekundis). RNA polümeraas ise keerab ettepoole lahti ja sulgeb tagantpoolt jälle DNA kaksikheeliksi. Tekkinud DNA-RNA dupleks on lühike, tavaliselt 3 nukleotidipaari pikk; protsessi stabiilsuse tagab seega pigem DNA ja RNA
Stimuloni kuuluvad geenid, operonid, regulonid ja modulonid, mille tööd mõjutab üks ja sama keskkonnastiimul. Suur osa neist stiimulitest on tunnetatavad rakusiseselt. Samasse stimuloni kuuluvate regulatoorsete üksuste tööd kontrollivad erinevad regulaatorid. Stiimulite mõjul võidakse sünteesida väikeseid signaalmolekule nagu näiteks cAMP, ppGpp või homoseriin laktoon, mis mõjutavad transkriptsiooni kas otseselt või interakteerudes transkriptsioonifaktoritega. Globaalse regulatoorse võrgustiku uurimine eeldab erinevate meetodite kombineeritud rakendamist: 1. Genoomi järjestuse analüüs võimaldab identifitseerida potentsiaalseid promootoreid ja motiive, mis on konserveerunud sama regulaatori poolt kontrollitavate geenide ees. Regulaatori seondumisala suurem kokkulangevus konsensusjärjestusega esineb geenide puhul, mille avaldumisele on uuritaval regulaatoril tugevam efekt ja siis, kui regulaatorvalk seondub ühte
vastuse regulaatorvalgule ja G-valgule, mida fosforüülitud fütokroom võib omakorda fosforüülida. 37. Nimetage fotomorfogeneetiliselt mõjuva valguse retseptoritest algava signaali liikumise ahela komponendid, mis on nende funktsioonideks? Valk Toime Lokalisatsioon rakus DET1 Seostub transkriptsioonifaktoritega Rakutuumas (de-etiolatsioon) modifitseerides nende toimet DNA-le COP1 Ubikvitiini ligaas HY5 valgule Rakutuumas pimedas, valges fosforüülituna 15 (konstitutiivne tsütoplasmas, HY5 saab toimida morfogenees)
mRNAle, kuid ei ole iseseisvalt infektsioosne. Lihtsate retroviiruste genoom koosneb 3 peamisest geenist, mis kodeerivad polüproteiine järgmiste ensüüm- ja struktuurvalkude tarvis: • Gag: grupispetsiifiline antigeen. Kapsiidi, maatriksi ja nukleiinhapete seostusvalgud. • Pol: polümeraas, proteaas, integraas. • Env: ümbrise glükoproteiinid. Kummaski genoomi otsas on long-terminal repeat (LTR) järjestused, milles sisalduvad promooterid, võimendaja (enhancerid) ja teised raku transkriptsioonifaktoritega seostumiseks vajalikud järjestused. Onkogeensetel viirustel on lisaks veel kasvu reguleeriv onkogeen. Komplekssed retroviirused (HTLV ja lentiviirused) kodeerivad ka mitmeid regulaatorvalke, mis vajavad keerulisemat splaissingut kui lihtsatel retroviirustel. Viiruse glükoproteiinid toodetakse env geenilt kodeeritud polüproteiini proteolüütilisel lõhustamisel, glükoproteiinide suurus erineb grupiti. Glükoproteiinid moodustavad pulgakommilaadsed trimeersed struktuurid virioni pinnale
Kui viia D. simulans'i per geen D. melanogaster' genoomi, asendub 60-sekundiline tsükkel 35-sekundilise tsükliga. Geeni per produktiks on valk (PER), mis on oma funktsioonilt transkriptsioonifaktor. See valk on kontsentreerunud rakutuuma ning nii vastava mRNA kui ka valgu enda tase rakus kõiguvad rütmiliselt. PER valku on leitud eeskätt aju rakkudes, kuid ka teistes rakkudes. Kuna PER valgul pole DNA-ga seondumise domeeni, mõjutab ta transkriptsiooni kaudselt, interakteerudes teiste transkriptsioonifaktoritega. PER valgu puhul esineb autoregulatsioon. PER represseerib teda kodeeriva geeni transkriptsiooni. Selle tulemusena väheneb rakkudes vastava mRNA hulk ning seejärel ka valgu hulk. Kui PER valgu hulk väheneb, toimub geeni derepressioon ning mRNA süntees algab uuesti (tavaliselt toimub see koiduajal). PER valk toimib repressorina, komplekseerudes valguga TIM (timeless), mille tase on samuti kõrge öö saabudes ja langeb hommikuks. Leiti, et valgus inaktiveerib valgu TIM ning see
Näiteks ammooniumi olemasolu tunnetatakse glutamiini ja -ketoglutaraadi rakusisese kontsentratsiooni kaudu. Enamuse kataboolsete radade puhul kontrollib substraadi või selle laguprodukti olemasolu rakus seda, kas vastava raja geenid avalduvad või mitte. Stiimulite mõjul võidakse sünteesida väikeseid signaalmolekule nagu näiteks cAMP, ppGpp või homoseriin laktoon, mis mõjutavad transkriptsiooni kas otseselt või interakteerudes transkriptsioonifaktoritega. Signaalne transduktsioon Lisaks rakusiseselt tunnetatavatele stiimulitele on neid, mida tunnetatakse rakupinnal. Sel juhul on tegemist väliskeskkonna otsese tunnetamisega spetsiifiliste transmembraansete retseptorite abil, mis kannavad signaali rakku. Vastavat protsessi nimetatakse signaalseks transduktsiooniks. Tavaliselt toimub signaali ülekandumine kahekomponendilise süsteemi abil. Stiimuliteks, mida tunnetatakse kahekomponendiliste
- ei moodusta juuksenõela struktuure - seonduvad PIWI valguga - funktsioneerivad transposoonide vaigistamisel Histoonide deatsetüleerimine vaigistab geenide telomeeri piirkonnas. Mõnes kohas ei avaldu geenid kunagi – heterokromatiin. Nt. kromosoomide otstes asuvad telomeeri piirkonnad. Valgud Sir 2, Sir 3 ja Sir 4 on seotud, suunavad deatsetüleerimist DNA metüleerimine ja histoonide deatsetüleerimine viib geenide vaigistamisele. Metüleeritud osad ei seostu transkriptsioonifaktoritega. DNA vermimine isa- ja emasliinis – geneetiline imprinting. Metüleeritakse geenide regulatoorsed elemendid. Võimendi olemasolu, aktiveerib ühte geeni olenevalt isolaatori asukohast. Prion valgu struktuurid – valk (membraaniga seotud), mis eksisteerib kahes erinevas struktuurses vormis. Neil vormidel on erinev funktsioon. Tekitavad üksteist, üleminek on tagatud. Algne vorm koosneb α-heeliksitest ja – lingudest, lahustuv vorm. Kui läheb
annaabi.ee 
