1. Mis on sidumissait? Mille poolest ta a) sarnaneb, b) erineb TATAbox- st? 2. Sidumissait - regioon (valgus, DNA-s jne), mis on spetsiifiliseks seostumiseks teistele molekulidele, ioonidele. It is a region on a protein, DNA, or RNA to which specific other molecules and ions -- in this context collectively called ligands, or more specifically, protein ligands -- form a chemical bond. 3. TATA-box is a DNA sequence (Cis-regulatory element) found in the promoter region of most genes in eukaryotes. It is the binding site of either
b) seonduvad plasmamembraanis olevatele retseptoritele. 8. Mitut rakkudes toimivat signaaliülekande rada teate? Nimetage, millised need on. 9. Iseloomustage hormoonide retseptoreid järgmistest aspektidest: a) lokalisatsioon b) keemiline koostis ja struktuur c) toimimise põhimõtted · Retseptorvalgud membraanis - 7 transmembraanse segmendiga retseptor * ekstratsellulaarne hormooni sidumissait * intratsellulaarne sait seondumaks G-valguga · Retseptorensüümid 1-transmembraanse segmendiga retseptor * ekstratsellulaarne hormooni sidumissait * intratsellulaarne katalüütiline domeen · Oligomeersed ioonkanalid · Tuumaretseptorid 10. Joonistage cAMP molekuli põhimõtteline struktuur ja näidake, mille poolest cAMP ja AMP struktuurid erinevad. Kirjeldage cAMP bioloogilist rolli. cAMP on sekundaarne signaalmolekul
Too näiteid, kuidas transkriptsioonifaktorite post-translatsioonilised modifikatsioonid mõjutavad nende a) DNAle sidumisevõimet ja b) nende võimet initseerida transkriptsiooni. Transkriptsioon toimub rakutuumas. TF'd transkribeeritakse nagu enamus valke tuumas ning transleeritakse tsütoplasmas. Tsütoplasmast liiguvad valgud seejärel tagasi tuuma. a) mitmed TF'd, ntks STAT valgud, peavad olema fosforüülitud, et saaks DNA'ga siduda. 14. Mis on sidumissait? ja mille poolest ta a) sarnaneb, b) erineb TATAbox-st? DNA sidumissait on igasugune regioon DNA'l, kuhu teised molekulid võivad seonduda. Ka TATA-box on sidumissait, mis on alati promootor-regioonis ja on sidumissaidiks RNAPolII'le. 15. Defineeri enhancer ja loetle enhanceri omadused. Missuguseid analüüsimeetodeid kasutatakse enhanceralade tuvastamiseks? Enhancer on lühike DNA lõik, kuhu saavad seonduda valgud, et võimendada geenide transkriptsiooni taset geeniklastris
BIOKEEMIA III TESTIKS | Mihkel Heinmaa YAGB22 | TTÜ kevad 2010 XX FOTOSÜNTEES 1. Kloroplasti ehitus. Tülakoidid on volditud struktuurid, nn lamellid, mis kokku pakituna moodustavad graani. Lahustuv on kloroplastist on strooma. Tülakoidvesiikulite sisu nim tülakoidruumiks või luumeniks. Valgusreaktsioonid toimuvad tülakoidmembraanis. Pimedusreaktsioonid stroomas. 2. Valguseaktsioonides püüavad fotosünteesivad rakud päikese valgusenergiat ja muudavad selle keemiliste sidemete energiaks NADPH kui redutseerija ja ATP kui energiakandja vormis, eraldub hapnik. + + 2 H2O + 2 NADP + x ADP + Xpi O2 + 2 NADPH + 2 H + x ATP + x H2O Pimereaktsioonides e süsinikufikseerimise reaktsioonides kasutatakse NADPH kui redutseerijat...
asuvale ekstratsellulaarsele retseptorile · ...aktiveerib või inhibeerib tsütoplasmas või tuumas kulgevaid protsesse · ... võib olla cAMP, cGMP, Ca2+, IP3, DAG, NO· jt; · ... tuleb degradeerida või kõrvaldada rakust, kui signaal on edastatud NB! Oluline protsess! Retseptorvalgud (7-transmembraanse segmendiga retseptorid, 7-TMS); N: adrenaliini ja glükagooni retseptorid. Neil on ekstratsellulaarne hormooni (ligandi) sidumissait intratsellulaarne sait G-valguga seondumiseks Retseptorensüümid (1-transmembraanse segmendiga retseptorid, 1- TMS); N: insuliini retseptor ekstratsellulaarne hormooni (ligandi) sidumissait intratsellulaarne katalüütiline domeen kas türosiini kinaas või guanülüültsüklaas (sünteesib cGMP) Oligomeersed ioonkanalid - valgukompleksid, mille subühikud koosnevad paljudest transmembraansetest segmentidest.
lisamine; C-terminaalne amidatsioon; glükosüleerimine, fosforüleerimine; GTP-d hüdrolüüsivad lülitid. Protein self-splicing mehhanism, kus aktiivne valk saadakse pärast valgu autokatalüütilist modifitseerimist lõigatakse välja osa järjestustest (intein) ja ligeeritakse ülejäänud valk kokku. II VALKUDE INTERAKTSIOONID 1. Ligand, sidumissait, afiinsus, dissotsatsioonikonstant. Ligand on valguga spetsiifiliselt interakteeruv molekul (polüpeptiid või mittevalguline). Ligandi seondumine toob märklaudvalgus esile konformatsioonilisi muutusi. Afiinsus on ligandi (k.a ensüümi) spetsiifilisuse mõõt. (ligandi siduv sait retseptoritel, substraati siduv sait ensüümidel, atiivsait ensüümidel) Dissotsiatsioonikonstant on happe tugevuse kvantitatiivne mõõt. Mida suurem on K a arvväärtus, seda rohkem hape
PIC üldjoontes sarnaselt Pol II promootoritega, kuid erinevaid faktoreid on vähem. PolIII-sõltuv transkriptsioon: vajalik fakrot - TFIIIC. promootorid on reeglina transkribeeritava ala sees. Promootorit tunneb ära TFIIIC (5 subühikut), mis toob kohale TFIIIB (koosneb TBP-st ja kahest TAF-ist) TFIIIB toob kohale Pol III. 13. Transkriptsioon - on RNA molekuli süntees, mis toimub rakutuumas interfaasi ajal + tsütoplasmas. Transkriptsioonifaktorid paiknevad tuumas. 14. Sidumissait on piirkond proteiinil, DNAl või RNAl, mille külge teised spetsiifilised molekulid ja ioonid moodustavad keemilist sidet. TATA box - TATA järjestus, paljude eukarüootsete geenide promootoralas olev konsensusjärjestus, mis seob üldist transkriptsioonifaktorit ja määrab seega ära transkriptsiooni alguskoha. 15. ,,Enhancer" ehk võimendav järjestus, mis stimuleerib transkriptsiooni ja mida vajatakse geeni maksimaalseks transkriptsiooniks. Paljude eukarüootsete promootorite aktiivsust
Transposons act somewhat similarly to viruses and in humans are an underlying cause of hemophilia, certain cancers, and other diseases. In other organisms, they can become a permanent and even beneficial part of the genome, as in maize corn, where transposons account for half the genome, and certain bacteria, where genes for antibiotic resistance can spread by means of transposons. Also called jumping gene. · Trasktriptsiooni faktori sidumissait - Sidumissait on ala DNA-l, millele transkriptsioonifaktor seondub. Regioon (valgus, DNA-s jne), mis on spetsiifiliseks seostumiseks teistele molekulidele, ioonidele. · Speiser - geenide vaheline ala. Puuduvad prokarüootsetes geenides. · TBP - The TATA-binding protein (TBP) is a general transcription factor that binds specifically to a DNA sequence called the TATA box. Kuulub TFIID kompleksi. TBP is a
modifitseerimist st lõigatakse välja osa järjestusest-intein-ja ligeeritakse ülejäänud valk kokku) Lisaks: proteolüütiline lõikamine(selleks et saada aktiivset valku lõigatakse osa aminohappelisi järjestusi ära), aminohappeline modifitseerimine, prosteetiliste rühmade lisamine(prosteetiline rühm – koensüüm, mis on kogu reaktsiooni vältel tugevalt ensüümi külge seotud, kas kovalentselt või paljude nõrkade interaktsioonidega). VALKUDE INTERAKTSIOONID 1. Ligand, sidumissait, afiinuss, dissotsatsioonikonstant Ligand on valguga spetsiifiliselt interakteeruv molekul (polüpeptiid või mittevalguline). Ligandi seondumine toob märklaudvalgus esile konformatsioonilisi muutusi. Afiinsus on ligandi (k.a ensüümi) spetsiifilisuse mõõt. (ligandi siduv sait retseptoritel, substraati siduv sait ensüümidel, atiivsait ensüümidel) Dissotsiatsioonikonstant on happe tugevuse kvantitatiivne mõõt. Mida suurem
Ligand-siduvad domäänid funktsioneerivad tuuma-retseptoritel kui aktivatsioonidomäänid, kui nad on ligandseoselises vormis. Ligandi sidumine indutseerib konformatsioonilise muutuse, mis lubab ligand-siduval domäänil ligand-seoseliselt anda interaktsioone ka tuuma-retseptorite ko-aktivaatori lühikese -heeliksi domääniga, mille tulemusena moodustub kompleks, mis aktiveerib nende geenide promootoreid, mis sisaldavad tuuma-retseptori sidumissaiti. 23. Mis on sidumissait? ja mille poolest ta a)sarnaneb, b)erineb TATAbox-st? Sidumissait on ala DNA-l, millele transkriptsioonifaktor seondub. Mõlemad on transkriptsioonifaktorite sidumisalad. TATA-box esineb eukarüootides, sidumissait on ka prokarüootides; TATAbox-ile seondub TBP (mõni TAF ka; TFIID kompleks), konkreetne järjestus; sidumissaitidel on erinevad järjestused, mistõttu võib neile seonduda ka erinevaid transkriptsioonifaktoreid. 24
Komplement ja fagotsüüdid aitavad antikehal inaktiveerida organismi sissetungijaid. Komplemendi peamised funktsioonid on · Antikehade poolt märgistatud rakkude lüüs · Opsonisatsioon -> Fagotsütoos · Kemotaksis · Immuunkomplekside (IC) lagundamine Komplemendi aktivatsiooniks on kolm erinevat teed: · Klassikaline - süütenööriks on IgM või IgG, mis on seondunud antigeeniga. Antikeha seondumisel antigeenle, paljastub antigeeni sidumissait, mis on sidumisekohaks esimesele komplemendi komponendile C1-le. See molekul on moodustunus C1q, C1r ja C1s. C1 seondumise tagajärjel aktiveeruvad C1r ja C1s subühikud. Aktiveeritud C1s vastutab järgmise kahe komplemendi C4 ja C2 lõikamise eest. C4 lõigatakse kaheks fragmendiks, suurem C4b molekul seondub märklaud membraaniga, väiksem C4a molekul ujub minema. C4b seondub seejärel C2. Seejärel C1s jällegi lõikab C2
Linker-skaneerivat mutatsioon- ja 5'-deletsioonanalüüsi. 7. Regulatoorsete elementide tuvastamise meetodid: 5' deletsioon analüüs 5' otsast hakatakse deletsioone tegema ja linker skaneeriv mutatsioonanalüüs analüüsitakse kattuvate mutatsioonidega geeni promootor-reporter konstruktide rühma mõõtes rakus reportergeeni ekspressioonitaset või teatud kindla mRNA sünteesi taset. Kui tase on langenud, on mutatsioon regulaatorelemendis. 8. Mis on sidumissait? Koht DNAl, kuhu seonduvad erinevad valgud ja mille poolest ta a) sarnaneb TATAbox-le, ka TATAboxile seonduvad valgud b) erineb TATAbox-st? TATAboxilt algab transkriptsioon, see on promootorjärjestus. 9. Joonista tüüpilise RNA Pol II promootori struktuur ja kirjelda faktoreid, mis sinna transkriptsiooni initsiatsiooni käigus seovad. Seostuvad transkriptsioonifaktorid, mis on vajalikud transkriptsiooni toimumiseks, näiteks RNA Pol II sidumiseks start-saiti,
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
