isoleutsiini (Iso) koodon, mitokondris vastab aga metioniini (Met) initsiaatorkoodonile. Osad mitokondriaalsed valgud on kodeeritud tuumas asuva DNA poolt mitokondriaalse ja genoomse DNA interaktsioon. 6. mtDNA praktiline tähtsus teaduslikes ja meditsiinilistes uuringutes? mtDNA-s on geenide evolutsioon 10 korda kiirem tuuma omast. mtDNA mutatsioonide uurimine võimaldab määrata sündmuste toimumise aega evolutsioonis. evolutsiooni uurimiseks emaliini pidi sekveneeritakse inimpopulatsioonide mtDNA. populatsioonide mtDNA järjestused liidetakse, et jõuda mtDNA järjestuseni, mis esines ühisel eellasel. eellasjärjestus asub punktis, kus kahe isendi DNA haplotüübid liituvad ühiseks aheldusrühmaks. loetakse kokku mutatsioonid, mis jäävad eellase ja tänapäeva vahele. kui jagada mutatsioonide arv mutatsioonisagedusega, on võimalik leida aeg, mis on möödunud ühisest eellasest lahknemisest . DNA evolutsiooni kiiruseks on 0,57 mutatsiooni genoomis/aastas
Asukoha määratlemiseks viiakse kontiigidega läbi protseduur, mida nimetatakse skäffoldimiseks. Skäffoldimisetapil kasutatakse kahte tüüpi järjestusi: kontiige (liidetud lugemeid) ja lugemite paare (mate pair). Toimub kontiigide järjestamine ning orienteerimine kasutades lugemite paarist pärit lisainformatsiooni, mis leidub nende järjestuse mõlemas otsas (paired end). Paariliste lugemite tegemisel fragmenteeritakse DNA ja saadakse järjestusi, mille otsi sekveneeritakse genereeritakse lugemid. Fragmentide keskmine piirkond jääb tavaliselt sekveneerimata. Skäffold koosneb kontiigidest ja kontiigide vahele jäävatest tühimikest (gaps). Paralleelselt termini paired end kõrval kasutatakse ka mate pair, mis täidavad mõlemad sama eesmärki ehk annavad informatsiooni kahe lugemi vahelisest füüsilisest kaugusest. Erinevus nende vahel seisneb raamatukogu tegemise metodoloogias
Lisaülesanded: 5.1) Sekveneerimissegu sisaldab nii dNTP kui ddNTP, mis on nende erinevus? dNTP-desoksü, ddNTP-didesoksü (2' ja 3' asendites vesinikud, terminaatornukleotiid). ddNTP ei inkorporeeru nii hästi, pannakse lahusesse suure kontsentratsiooniga (ülehulgas). 5.2) Kui ddNTP inkorporeerub kasvavasse DNA ahelasse, miks ekstensioon termineerub? 3' otsas on vesinik, ei saa moodustuda fosfodiesterside järgmise nukleotiidiga. 5.3) Pikemad järjestused (>1000 nt) sekveneeritakse järestuse otstest kahe erineva vastassuunalise praimeriga kahes erinevas katseklaasis. Miks ei teostata sekveneerimist kahe erineva praimeriga ühes katseklaasis? Sest järjestused kuhjuksid üksteise peale ning pildi pealt pole neid kerge eristada. 5.4) Sekveneeritav DNA sade lahustatakse formamiidis, mis sisaldab 5 mM lõppkontsentratsiooniga EDTA-d (FA+EDTA lahus). Kui palju on vaja pipeteerida 800 l FA+EDTA tegemiseks 0,5 M EDTA lahust? 8 l.
Embrüote kromosoome on vaja uurida, et vältida mutatsiooniga embrüo siirdamist ja suurendada võimalust, et rasedus ei katkeks. Saab eraldada embrüost 2 rakku, analüüsida nende kromosoome ning siirata emakasse ainult terveid embrüoid. Rakus on ainult 2 DNA koopiat, seega on kergam RNAd uurida, sest neid on rakus palju. Saab uurida CNVsid ja SNPi infot kiipidega. Kasutatakse ka uue põlvkonna sekvenerimist kus sekveneeritakse ära kogu genoom ja saab öelda kas mõnda kromosoomi on 3 koopiat või 1 või on normaalne ja saab siirata. Kadri Haller Kikkatalo 1. Missuguseid naise immuunsüsteemi poolseid mehhanisme tooksite välja raseduseelse partnerspetsiifilise tolerantsi tekkeks ja kuidas mõjutavad neid naise ja mehe infektsioonhaigused suguteedes? Lisaks vereseerumis ja munasarja koes leiduvale FSH-le puutuvad naise immuunsüsteemi rakud kokku ka partneri seemnevedelikus
faktoreid tulenevad üksikute harvaesinevate uudsete mutatsioonide kõrgest heterogeensusest. Mõte seisneb selles, et vanad kahjulikud mutatsioonid on asendunud uute kahjulike mutatsioonidega. Evolutsioon. Kui mõni mutatsioon on väga harv, siis ei tule see assotsiatsiooniuuringul välja, ei küündi vajaliku Üle genoomi uuringus leitakse SNPd, mis on haigusega seotud, ning vaadatakse, mis haplotüüpi kuulub, tuginedes tag-SNPdele. Seejärel sekveneeritakse või genotüpiseeritakse juhtudel need blokid ja vaatakse kõiki variatsioone ja alleelisagedusi (juhtude ja kontrollide võrdlemiseks) ning nende seost haiguse esinemisel, kasutades logistilist regressiooni. Need faktorid, millega on kõige suurem assotsiatsioon, tehakse funktsionaalne hindamine ehk siis, kuidas valk funktsionaalselt töötab ja avaldub. Märkimisväärsed SNPi alleelisageduste erinevused viitavad võimalikele uutele geenidele ja lookustele
Kuna ddNTP-l pole OH rühma 3´asendis ta ei ole võimeline moodustada fosfodiester sideme järgmisega nukleotiidiga. 5.2) Kui ddNTP inkorporeerub kasvavasse DNA ahelasse, miks ekstensioon termineerub? Kui ddNTP inkorporeerib kasvavasse DNA ahelasse, termineerub ekstensioon, sest ddNTP-l pole OH rühma 3´asendis ja ta ei ole võimeline moodustada fosfodiestersideme järgmise nukleotiidiga. 5.3) Pikemad järjestused (>1000 nt) sekveneeritakse järestuse otstest kahe erineva vastassuunalise praimeriga kahes erinevas katseklaasis. Miks ei teostata sekveneerimist kahe erineva praimeriga ühes katseklaasis? Kahe erineva praimeriga ei teostata sekveneerimist ühes katseklaasis, kuna sel juhul moodustub segasegment ja me ei saa sekveneerimise tulemuse näha. 5.4) Sekveneeritav DNA sade lahustatakse formamiidis, mis sisaldab 5 mM lõppkontsentratsiooniga EDTA-d (FA+EDTA lahus)
o määratakse aktiivsus 15 o sünteesitakse testimiseks individuaalselt ainult 3 ühendit. Aktiivse ühendi struktuuri määramine Peptiididel o Mikrosekveneerimine, kus biokatsed viiakse läbi kandjale seotud ainega (vaja u 100 pmol peptiidi). Aktiivsed ained eraldatakse fluorestseeruvuse alusel mikroskoobi all mehaaniliselt, eemaldatakse kandjalt ja sekveneeritakse. Mittepeptiididel o Individuaalne ühendi süntees ja tagging o Ühel kandjal paralleelselt kahe ühendi süntees: eesmärkühend ja kodeeriv märkühend igale etapile. o See nõuab tahkelt kandjalt olema kaks eristatavat linkerit. o Märkühendid võivad olla peptiidid, keemilised märgid või oligonukleotiidid. o Vabastamine kandjalt peab olema selektiivne.
kiipi ja saadakse teada, kus tuleb värv esile. 2. DNA-Pol põhised pürosekveneerimistehnikad: väga kiire ja võimas. 1. Klassikaline oligonukleotiidide kiip, millel on erinevad oligonukleotiidi, millel 1 positsioonis on erinev nukleotiid. Ja meid huvitav produkt hübridiseerub ainult ühele neist ja annab fluorestseeruva signaali. Sekveneeritakse väga lühikesi DNA ahelaid, tavaliselt tehakse 2 aluspaari. Oluline on see, et proov võib olla väga lahja. Põhimõte on see, et kui polümeraas liidab mingi nukleotiidi DNA ahelale ja pürofosfaat liitub? Lisatakse adenosiin-5-fosfosulfaat ja ATP sünteesitakse neist kahest ühendist kokku. Lisades lutsiferaasi, saab valguse. Kui lisame nukleotiidi, mis sinna positsiooni sobib, saamegi valguse. 3
kombineerimist. • Paired-end sekveneerimine – võimaldab sekveneerida fragmendi mõlemad otsad ja saada kõrge kvaliteediga, joondatavad järjestuse andmed. DNA proov fragmenteeritakse ja spetsiifilise suurusega fragmentide otstesse ligeeritakse adaptorid. Fragmendid tsirkulariseeritakse adaptorite vahendusel, lõigatakse ning selekteeritakse adaptoreid sisaldavad fragmendid. Fragmentide otsad sekveneeritakse kaardistatakse võrrelduna referents järjestusega. Kui otsad on oodatava kaugusega ei esine variatsiooni referents-järjestuse ja proovi vahel. Kui otsad lähemal kui oodatud, on tegemist insertsiooniga proovis (duplikatsioon). Kui otsad on kaugemal lahus kui oodatult, on tegemist deletsiooniga proovis. Kui otsad on mitteoodatud orientatsiooniga on tegu inversiooniga proovis. Võimaldab paljastada seosed kahe otsa vahel.
annaabi.ee 
