Eukarüootsete organismide genoomiprojektid (pärmid, eelloomad, hulkraksed) Pärmid: *Esimesena sekveneeritud eukarüoot Saccharomyces cerevisiae -pagaripärm (1996 a., 14 Mb, 16 kromosoomi, lisaks plasmiidid ja dsRNA viirused). Umbes 6340 geeni, 7% kodeerib mittetransleeritud RNA-d. Valke kodeerivaid ORF-e 5773 (25% nendest iseloomustamata). Geenide pikkus ca. 1.5 kb. Geenide kaugus ca 2 kb. Genoom väga kompaktne. Kromosoomides funktsionaalsed elemendid ARS, TEL, CEN. 2002 a. Schizosaccharomyces pombekäärituspärm, genoom. 13.8 Mb. 4940 valke kodeerivat geeni e. 57% genoomist. Sarrnasem kõrgemate eukarüootidega kui S.cerevisiae. *Erinevused intronite arvus (S.cerevisiae275 e. 5%, S.pombe43%), transposonite arvus (S.cerevisiaearvukalt, S.pombevaid mõned) Protozoa: *Esimene sekveneeritud eukarüootne parasiit Plasmodium falsiparum2002 a. (samal aastal P.yoelii yoelii, näriliste parasiit). Genoomi suurus 23 Mb, 14 kromosoomi, umbes 5300 geeni
Transkriptsioonifaktorid seonduvad DNA-le järjestusspetsiifiliselt. RNAde liigid: 1. mRNA infokandja DNA ja valkude sünteesi vahel (2-5% raku RNAst) 2. rRNA - üle 90%raku RNAst 3. tRNA aminohapete transport ja geneetilise koodi dekodeerimine valgu sünteesiks 4. ribosüümid RNA-ensüümid 5. mikro-RNAd posttranskriptsiooniline geenide aktiivsuse regulatsioon Escheria coli soolekepike Saccharomyces cerevisiae pagaripärm Schizosaccharomyces pombe poolduv pärm Caenorhabditis elegans ümaruss Drosophila melanogaster äädikakärbes Danio rerio sebrakala Geen DNA järjestuse lõik, mis kodeerib valku või struktuurset, katalüütilist või regulatoorset RNAd Histoon väga konserveerunud aluseline valk DNA ja RNA erinevused: · desoksüriboos, riboos · tümiin, uratsiil · kaheahelaline, üksikahelaline · RNA omab katalüütilist funktsiooni Transkriptsioon ehk RNA süntees.
Rickettsia - + + Saccharomyces 0 + Salmonella enterica - + ? Sarcina + + + + + Sarcina Maxina ja S.Ventriculi + + + + + Schizosaccharomyces 0 Shigella - + Sorangium - + Spiroheedid M M Staphylococcus aureus + F + Streptococcus pyogenes + F + + + Streptococcus thermophilus + + F + +
Harilikult on pärmseened ovaalse kujuga ja nende suurus jääb vahemikku 15--20 µm. Pärmseened koosnevad membraaniga ümbritsetud tuumast ja paljunevad nii suguliselt kui ka mittesuguliselt. Hingamistüübilt on nad fakultatiivsed anaeroobid. Mittesuguline paljunemine toimub pungudes või pooldudes. Enamus pärmseeni siiski pungub. Eosrakule moodustub puhetis (pungakene), kuhu läheb üle tuum ning pärast seda pung eraldub rakuseinaga. Mõned Schizosaccharomyces´e esindajad võivad paljuneda ka pooldumise teel nagu bakterid. Kõige tuntumaks pärmseene liigiks on Saccharomyces cerevisiae, kes esineb tavalises pulkpärmis. Saccharomyces´e perekonda kuulub ligikaudu 40 erinevat liiki. Paljud pärmseened on olulised leiva, õlle ja veini valmistamise juures, kuna nad võtavad osa käärimisprotsessidest. 4. Hallitusseente ehitus, paljunemine, kasutusalad ja tuntumad liigid
pseudoteetsium); eoskottide tüübid (operculate, inoperkulate), eoste arv eoskotis; strooma; pleomorfism , ana- ja teleomorf (vereva karikseene näide); homo- ja heterotallism; toitumistüübid (saprotroofid, parasiidid, sümbiondid); ökoloogia; levik; tähtsus. Kolm alamhõimkonda: Taphrinomycotina näidetena Taphrina betulina - kaseluudik (taimepatogeen), Neolecta (viljakehaga kottseent, kes on lahknenud evolutsioonis enne pärme), Pneumocystis carinii (inimese patogeen), Schizosaccharomyces octosporus (poolduv pärm). Saccharomycotina , viljakeha evolutsioonis taandarenenud; näidetena Candida albicans – inimese patogeen; Saccharomyces cerevisieae - leiva-pärmseen “tõeline” pärm. Pezizomycotina traditsioonilises mõistes kui viljakeha omav päriskottseen; näidetena Sarcoscypha austriaca - verev karikseen; Nectria haematococca ja tema anamorf Fusarium solani; Aspergillus nidulans (homotall).
On võimeline tekitamaks mitmeid haigusi oma peremehes. Kinnituvad rakule, sisestavad mürke, häirivad normaalset rakutalitlust. Hea, sest paljuneb kiiresti… saab kasvatada katseklaasil Saccharomyces cerevisiae – pagaripärm. Aitab mõista raku- ja molekulaarset protsesse eukarüootides. Üherakuline organism on ka toidutööstuses tähtis (leib, õlu, vein, ensüümid, ravimid). U 6000 geeni. Schizosaccharomyces pombe – poolduv pärm. Õlust. Some gene sequences are as equally diverged between the two yeasts as they are from their human homologues. U 4900 geeni. 62. Caenorhabditis elegans ja Drosophila melanogaster geenitehnoloogia mudelobjektidena. Caenorhabditis elegans – paeluss. Uss eostatakse ühe rakuna. Sellel on närvisüsteem ja aju. Demonstreerib käitumismustreid ja on võimeline algeliseks õppimiseks
Pärmseened koosnevad membraaniga ümbritsetud tuumast ja paljunevad nii suguliselt kui ka mittesuguliselt. Hingamistüübilt on nad fakultatiivsed anaeroobid. Mittesuguline paljunemine toimub pungudes või pooldudes. Spoorid moodustuvad askuses ehk spoorikotis. Moodustuvad askusspoorid. Enamus pärmseeni siiski pungub. Eosrakule moodustub puhetis (pungakene), kuhu läheb üle tuum ning pärast seda pung eraldub rakuseinaga. Mõned Schizosaccharomyces´e esindajad võivad paljuneda ka pooldumise teel nagu bakterid. Kõige tuntumaks pärmseene liigiks on Saccharomyces cerevisiae, kes esineb tavalises pulkpärmis. Paljud pärmseened on olulised leiva, õlle ja veini valmistamise juures, kuna nad võtavad osa käärimisprotsessidest. Saccharomyces cerevisiae – kasutatakse peamiselt käärimis- ja kondiitritööstustes, kuid teda võib leida ka keefirist ja juustudelt
7. Eukarüootsete organismide genoomiprojektid (pärmid, eelloomad, hulkraksed). Esimesena sekveneeritud eukarüoot Saccharomyces cerevisiae - pagaripärm (1996 a., 14 Mb, 16 kromosoomi, lisaks plasmiidid ja dsRNA viirused). Umbes 6340 geeni, 7% kodeerib mittetransleeritud RNA-d. Valke kodeerivaid ORF-e 5773 (25% nendest iseloomustamata). Geenide pikkus ca. 1.5 kb. Geenide kaugus ca 2 kb. Genoom väga kompaktne. Kromosoomides funktsionaalsed elemendid ARS, TEL, CEN. 2002 a. Schizosaccharomyces pombe käärituspärm, genoom. 13.8 Mb. 4940 valke kodeerivat geeni u. 57% genoomist. Sarnasem kõrgemate eukarüootidega kui S. cerevisiae, Erinevused intronite arvus (S. cerevisiae 275 e. 5%, S. pombe 43%), transposonite arvus (S. cerevisiae arvukalt, S. pombe vaid mõned). Esimene sekveneeritud eukarüootne parasiit Plasmodium falsiparum 2002 a. (samal aastal P.yoelii yoelii, näriliste parasiit). Genoomi suurus 23 Mb, 14 kromosoomi, umbes 5300 geeni. Geenid on pikemad, kui pärmidel (2
bakterirakud. Harilikult on pärmseened ovaalse kujuga ja nende suurus jääb vahemikku 15--20 µm. Pärmseened koosnevad membraaniga ümbritsetud tuumast ja paljunevad nii suguliselt kui ka mittesuguliselt. Hingamistüübilt on nad fakultatiivsed anaeroobid. Mittesuguline paljunemine toimub pungudes või pooldudes. Enamus pärmseeni siiski pungub. Eosrakule moodustub puhetis (pungakene), kuhu läheb üle tuum ning pärast seda pung eraldub rakuseinaga. Mõned Schizosaccharomyces´e esindajad võivad paljuneda ka pooldumise teel nagu bakterid. Kõige tuntumaks pärmseene liigiks on Saccharomyces cerevisiae, kes esineb tavalises pulkpärmis. Saccharomyces´e perekonda kuulub ligikaudu 40 erinevat liiki. Kõik nad paljunevad pungumisega ja moodustavad ovaalseid või ümaraid rakke. Nad võivad moodustada spoore askustes ning on võimelised kääritama suhkruid ja produtseerima alkoholi.
Plasmiidid võivad jaguneda tütarrakkude vahel ebavõrdselt ja kui ei ole peal selektiivset pressi, siis võib plasmiid osadest rakkudest kergesti elimineeruda. Mõned bakterid paljunevad ka pungumise teel (Hyphomicrobium, Rhodomicrobium, Ancalomicrobium). Pung moodustub kas otse emarakule või hüüfi tippu. Pungumisel eraldub pung alati emarakust enne, kui ta on emaraku suuruseks kasvanud. Ka pärmid paljunevad pungumise teel. Aga on ka nöörduvaid pärme(fission yeasts), nagu Schizosaccharomyces pombe. Bakteritel tuntakse aga ka keerulisemat paljunemist. Niitjad tsüanobakterid ja Thiothrix, Leucothrix, Sphaerotilus ja Caryophanon paljunevad liikumisvõimeliste paljunemisrakkude- goniidide abil. Goniidid moodustuvad niidi tipmiste rakkude jagunemisel ja omavad vibureid. Omapäraselt paljuneb üks suuremaid baktereid Epulopiscium fischelsonii, kelle emarakus moodustuvad elusad tütarrakud, mis väljuvad pilu kaudu tema rakul. Seega on tegu "sünnitajabakteriga".
95 Sal. newport 0.95 Ent. aerogenes 0.94 Microbacterium 0.94 Vib. parahaemolyticus 0.94 Lac. viridescens Schizosaccharomyces Rhisopus 0.93 Mucor 0.93 Rodotorula 0.92 Mic. roseus Pichia 0.91 Anaer. Staphylococcus 0.91
annaabi.ee 
