Valgud on polümeerid mille koostiseks on aminohapped Valkude struktuur- Esimese,teise,kolmanda,neljanda järgu struktuur Valkude denaturatsioon-valkude kõrgemat järku struktuuride lagnm Valkude renaturatsioon-kõrgemat järku struktuuride taastumine Valkude hüdrolüüs-pepitsiilsidemete lõhkumine Rna-polümeer mille monomeerideks on ribonukleotiidid rna on üheahelaline Dna-t-c-a-c-g-a-t-g Rna-a-g-u-g-c-u-a-c rna tekib rakutuumas,kõikides rakkudes on 3me tüüpi rnasid Ribosoomides toimub valgusüntees ribosoomid on membraanidel
Transkriptsioonil kasutatakse ühte DNA ahelat matriitsina, et sünteesida komplementaarne RNA ahel. Sünteesitud RNA-d nimetatakse vahel transkriptiks. Valkudeks transleeritavad RNA-d nimetatakse reeglina informatsiooni RNA-ks ehk mRNA-ks (messenger RNA). RNA-s tümiini asemel uratsiil ning desoksüriboosi asemel riboos. Kuna RNA on üheahelaline, siis ta moodustab molekulisiseste nukleotiidide paardumise kaudu mitmesuguseid erinevaid struktuure. RNAsid on erinevaid: mRNA – informatsiooni RNA (messenger RNA). Peamine RNA molekul, mis transleeritakse valguks. tRNA – transpordi RNA (transfer RNA). Madalmolekulaarsed RNA-d, mis on vajalikud translatsiooni läbi viimiseks. Toimivad adapteritena mRNA koodonite ja aminohapete vahel. rRNA – ribosoomi RNA (ribosomal RNA). Ribosoomi struktuuri osad, ka funktsionaalse tähtsusega. hnRNA – heterogeenne tuuma RNA (heterogenous nuclear RNA) on esmane
42. Mis on genoom, proteoom, trankriptoom, reguloom? a. Genoom kogu organismi poolt kantav geneetiline informatsioon. b. Proteoom organismis sisalduvate valkude kogum (muutub pidevalt erinevalt genoomist). c. Transkriptoom rakkude poolt toodetud mRNA hulk. d. Reguloom rakus olevate regulatsioonikomponentide hulk (geenid, mRNA..). 43. Loetle kõik tuumakeses sünteesitavad RNA tüübid. Missugused ensüümid neid RNAsid transkribeerivad? a. rRNA PolI 44. Mis vahe on miRNAl ja siRNAl? a. miRNA mikroRNA, üheahelaline RNA molekul 21-23 nukleotiidi pikkune. Peamine funkt.: Geeni regulaator. b. siRNA silencingRNA 2ahelalilised RNA molekulid, 20-25 nukleotiidi pikkused. c. Peamine funkts.: geenide vaigistamine, seondub inaktiivsele nukleaasi kompleksile, mis aktiveerub ja moodustub RNA indutseeritud vaigistus, kompleksi RISC.
Mikrosatelliitidest erinevad need selle poolest, et esimeste kordusalad on lühemad. Minisatelliidid on polümorfsed ning nende alade pikkuse järgi saab iga inimese jaoks koostada unikaalse DNA sõrmejälje. Speiser DNA. Mitteklassifitseeritud, mittetranskribeeritav, genoomis esindatud üksikkoopiana, sisaldub rRNA transkriptsiooniühikus. Inimese genoomi suurus ca 3 miljardit bp ja struktureeritus 46 kromosoomi, 23 000 geeni, valke ja funktsionaalseid RNAsid kodeerib vaid 5%, võrdlus teiste organismide genoomidega varieerub suuresti, seost genoomi suuruse ja organismi keerukuse vahel pole. 5. Liikuv DNA (transposoonid). DNA järjestused, mis suudavad ühe raku piires genoomis ümber paigutuda. Erinevad klassid. Klass I ehk retrotransposoonid (retroviiruse tüüpi, tuntud ka kui LTR-tüüpi ja mitte-LTR-tüüpi (LINEd ja SINEd)) ning klass II ehk DNA transposoonid. Evolutsiooniline tähtsus. Transpositsioon võib esile kutsuda mutatsioone ja
Ning sigma faktor. Ülesandeks on katalüüsida mRNA ja ncRNA sünteesi. Eukarüootides on mitmeid RNA polümeraase, igaühte saab iseloomustada tema poolt sünteesitud RNA produktiga. RNA polümeraas I sünteesib pre-rRNA'd. RNA polümeraas II sünteesib mRNA prekursorid ja enamiku snRNA ja microRNA. RNA polümeraas III sünteesib tRNA, rRNA (5S) ja teisi väikesi tuumas ja tsütosoolis leiduvaid RNA'se. RNA polümeraas IV sünteesib siRNA'd taimedes. RNA polümeraas V sünteesib RNAsid, mis on seotud siRNA-juhitud heterokromatiini moodustumisel taimedes. Eukarüoodi RNA polümeraasid I, II ja III struktuurid on mõnevõrra homoloogsed prokarüootse omaga. Kõik sisaldavad 3 suurt alaühikut ja 10-14 väiksemat alaühikut, milledest mõned on olemas kõigi kolme polümeraasi kompleksis (täpsemalt kirjeldada ei viitsi). 7. Mis on TBP funktsioon initisiatsioonikompleksi tekkes?
Eukarüootidel on kolme tüüpi tuumset RNA polümeraasi. Kõik kolm polümeraasikompleksi sisaldavad kahte suurt ja kahte väiksemat kompleksi valku, milledel on suur homoloogia E. coli RNA polümeraasi , ' ja alaühikutega. Lisaks sisaldavad kõik 3 kompleksi ka hulgaliselt väiksemaid alaühikuid. Mõnesid väiksemaid alaühikuid need kompleksid jagavad, mõned on unikaalsed. RNA polümeraas I sünteesib ainult pre-rRNAd. RNA polümeraas II sünteesib mRNAsid and mõnesid väikseid tuuma RNAsid, mis osalevad mRNA splaisingus. RNA polümeraas III sünteesib tRNAsid, 5S rRNAsid, and mitmeid suhteliselt lühikesi stabiilseid RNAsid (U6, splaisingus; 7S, transpordis). Trankriptsiooni initsiatsiooni käigus fosforüülitakse RNA polümeraas II suurima alaühiku karboksüterminaalne domään (CTD), korduv heptapeptiidne järjestus, mis jääb fosforüülituks kuni matriitsilt transkriptsiooni lõpuni. Sarnaselt bakteri RNA polümeraasiga, initseerib RNA
rRNA – osaleb translatsioonil, moodustades mikrokeskkonna katalüütiliseks reaktsiooniks. tRNA – osaleb translatsioonil, transpordib aminohappeid ribosoomidesse tmRNA – transfer messenger RNA, päästab stoppama jäänud ribosoomid snRNA – small nuclear RNA ehk U-RNAd, paiknevad tuumas Cajal kehades, osalevad splaissimisel snoRNA – small tuumakese RNA, modifitseerivad teisi RNAsid miRNA – mikro RNA, osaleb geeniregulatsioonis siRNA – small interfering RNA, osaleb geeniregulatsioonis piRNA – piwi-interacting RNA, peamiseks funktsiooniks on transopsoonide kaitse SRP RNA – signaali äratundmis kompleksi RNA komponent. Funktsiooniks ko-translatsiooniline translokatsioon ja post-translatsiooniline transport. IncRNA – pikk mittekodeeriv RNA, reguleerib geenide transkriptsiooni
PROKARÜOOTSED POLÜMERAASID üks RNA polümeraas. Sünteesib miRNAd ja ncRNAD. Kaks subühikut; ja ' subühik; subühik ja faktor. EUKARÜOOTSED POLÜMERAASID I III on struktuurilt samad, mis prokarüootsed polümeraasid. 1. polümeraas I preRNA 2. II mRNA prekursorid, snRNA, micoRNA 3. III tRNA, rRNa, muud väikesed tuuma/tsütosooli RNAd 4. IV siRNA taimedes 5. V sünteesib RNAsid, mis on seotud siRNADe juhitud heterokromatiinide moodustumisel taimedes. VALGU FUNKTSIOONI REGULEERIMISE RAKU POOLT a. Rakk hakkab valku tootma alles siis, kui selleks tekib vajadus. Näiteks kui E.Coli keskkonda ilmub laktoos, hakkab ta tootma laktoosi lõhustavaid valke. b. Rakk jaotab erinevate ülesannetega valgud eri organellide vahel. Niimoodi ei lähe substraadid ja produktid segi, ning vastupidised protsessid saavad korraga toimuda raku eri osades.
endast ekspresseeritavaid geene). Ka mõne teise taimede reoviiruse mõningad segmendid on struktuurselt bitsistroonsed. Kas ja kuidas ekspresseerub in vivo nende teine ORF pole enamasti selge. Pole täiesti selge, kuidas saavutatakse genoomi pakkimine virionidesse, nii et igas partiklis oleks üks koopia igast segmendist. Teada on, et iga fragment sisaldab vähemalt kahte äratundmisregiooni, millest üks eristab viiruse RNAsid raku RNA-dest ja teine iga segmenti teistest segmentidest. 3.4.3. Geeniekspressioon ja replikatsioon Reoviiruste replikatsiooni protsessist taimes on teada väga vähe, enamus andmeid pärineb putukarakkude (leafhopper) kultuuris toimuvast replikatsioonist. Taimede reoviiruste infektsioon vektorirakkudes on mittetsütopatogeene. Replikatsioon toimub rakkude tsütoplasmas ja replikatsioon skeem on sarnane loomade reoviirustele ja dsRNA genoomsetele bakteriofaagidele:
haigustekitajaid, nende mürke ja kõrvaldada surnud rakke enne, kui need haigust põhjustavad. Samuti reageerida siirdatud kudedele ja muundunud rakkudele (kasvajatele). Immuunsüsteem ei ole meie arenguks hädavajalik, kuid ilma selleta jääksime ellu vaid steriilsetes tingimustes. Kaitsemehhanismid: Barjäärid- nahk ja limaskestad, ensüümid, antibakteriaalsed peptiidid, konkurents Nahk: mehhaaniline tõke ja happeline keskkond (pH 3-5), RNAsid, sebum (sebum- triglütseriidide, vaha ja õli segu mis teeb nii naha kui juuksed veekindlamaks) Limaskestad: Sealne normaalne mikrofloora on patogeenidele kinnitumiskoha ja toitainete konkurent. Enamus patogeene pole vôimelised tervet limaskesta läbima. Ripsepiteel väljutab mikroobe. Lima koosneb põhiliselt mutsiinidest, mis on klass tugevalt glükosüleeritud valkusid (glükoproteiine). Patogeenid kleepuvad sinna kinni, ei saa edasi.
Bacillus subtilis'e faagi 29 promootorite modifitseerimisega laboris, konstrueeriti promootor, mille järjestused kattusid täpselt sigmaD konsensusjärjestustega TTGACA N 17 TATAAT. Ootamatult ilmnes, et sellelt promootorilt ei transkribeeritud sugugi kõige intensiivsemalt geene, vaid hoopis promootorilt, mis oli keskmiselt sarnane sigmaD konsensustega. Antud juhul seondus RNAP promootoriga nii tugevasti, et RNAP suutis sünteesida ainult paari nukleotiidipikkusi RNAsid ning seejärel transkriptsioon peatus. Seega optimaalne promootori järjestus ei pruugi anda tugevaimat transkriptsiooni. Aktivatsioon. Aktivatsiooni korral suureneb geenide transkribeeritavus regulaatorite toimel. Tavaliselt on geenid transkribeeritud madalal tasemel, mida nimetatakse ka basaalseks tasemeks. Kui promootoralale seonduvad regulaatorid, siis transkriptsioon võimendub mitmeid või mitmeid sadu kordi.
annaabi.ee 
