e. *transport tuumast tsütoplasmasse läbi pooride tänu mRNA polü A-sabale. 23. Nimeta keemilised reaktsioonid, mis on pre-mRNA splaisingu taga. Missugused on need 3 staadiumit, mida katalüüsib splaisosoom? a. Transesterfikatsioon - *branchpointi A 2'-OH ja introni 5'-otsa fosfaatrühma-vaheline 2'5'-fosfodiesterside*ligeeritakse 2 eksonit 3'5'-fosfodiestersidemega b. Vabaneb lasiaadistruktuuriline intron, mis lagundatakse kohe Rnaaside poolt. 24. Missugused U snRNAd osalevad pre-mRNA splaisingu regulatsioonis? a. U1, U2,U5U6U4 ja U1U4. 25. Mis on GT-AG reegel? a. Intron algab alati GT'ga ja lõppeb AG'ga. 26. Kirjelda mehanismi, mille abil tuumsest pre-mRNAst kõrvaldatakse intronid. a. Splaissingut teostab splaissosoom snRNP + pre-mRNA. b. *splaissosoom interakteerub pre-mRNA-ga ning moodustub splaissosoom c. *splaissosoom katalüüsib transesterfikatsiooni rekatsiooni:
bakterid. DNA võib ühelt rakult teisele üle kanduda (nt surnud rakult elusale). Hiirtega tehti katse, kus neid süstiti elusate S tüüpi rakkudega, elusate R tüüpi rakkudega ning surnud S ja elusate R rakkude seguga. Letaalseks osutusid esimene ja kolmas variant tõend transformatsioonist. Et teada saada, kas just DNA on virulentsete rakkude põhjustajaks, võeti DNA preparaat (mis sisaldas ka RNAd ja valke), mida töödeldi Rnaaside, Dnaaside ja proteaasidega. Transformatsiooni võime kaotas ainult see preparaat, mida oli töödeldud Dnaasidega. Järelikult on DNA pärilikkuse kandjaks. 43. Võrrelge DNA ja RNA koostist ning ehitust. DNA RNA Suhkrujääk on desoksüriboos Suhkrujääk on riboos. Paarduvad lämmastikalused A=T ja GC Paarduvad lämmastikalused A=U ja GC
piRNA – piwi-interacting RNA, peamiseks funktsiooniks on transopsoonide kaitse SRP RNA – signaali äratundmis kompleksi RNA komponent. Funktsiooniks ko-translatsiooniline translokatsioon ja post-translatsiooniline transport. IncRNA – pikk mittekodeeriv RNA, reguleerib geenide transkriptsiooni ning osaleb epigeneetilises regulatsioonis TERC – telomeraasi RNA komponent Rnaaside RNA komponent scaRNA – väikesed cajal keha RNAd • • Regulatoorse RNA liigid ja klassifitseerimine 1. miRNA – mikro RNAsid leidub eukarüootsetes rakkudes. miRNAd toimivad läbi RNA interferentsi, kus miRNA efektorkompleks ja ensüümid saavad seonduda komplementaarsele RNAle ja blokeerida mRNA transleerimist või kiirendada mRNA degradatsiooni 2. siRNA – väike interfereeriv RNA on lühike kaheahelaline RNA
Polüadenüülimine toimub kahes etapis esimese 12 A lisamine toimub väga aeglaselt, sellele järgneb väga kiire 200 või enama A lisamine. Selgita lühidalt mRNA polüadenüleerimise tähtsust eukarüoodi rakus kaitseb mRNAd lagundamise (eksonukleaasse aktiivsuse) ja modifikatsioonide eest; reguleerib mRNA eluiga ja translatsiooni initsiatsiooni. pre-mRNAst välja lõigatud intronite lagundamine intron vabaneb lariaatstruktuurina, mis lagundatakse kiiresti tuumas olemasolevate RNaaside poolt. 2. Kirjelda eukarüootse mRNA molekuliga toimuvaid muutusi pärast transkriptsiooni lõppu ja translatsiooni algust 5'cap struktuur eemaldatakse, mRNA seostub ribosoomiga, lisandub startkoodoniga (AUG) komplementaarne tRNA aminohappega, ribosoom liigub mööda mRNAd ning seostuvad järjest uued tRNAd aminohapetega, kuni ribosoom jõuab stopp-koodonini, kompleks laguneb, mRNA lagundatakse. 3. pre-mRNA järeltöötluse regulatsioon
moodustub branchpoint A 2'hüdroksüülrühma ja introni 5' otsa fosfaatrühma vaheline 2'5'-fosfodiesterside. Teise struktuurse muutuse tulemusena, teise transesterifikatsiooni reaktsiooni käigus, ligeeritakse kaks eksonit omavahel 3'5'fosfodiestersideme moodustumise tulemusena, nii et intron vabaneb harulise lariaat-- struktuurina. Eemaldatud intron lagundatakse kiiresti tuumas olemasolevate Rnaaside poolt. Splaisosoom on peaagu sama suur struktuur kui ribosoomi väike alaühik, koosnedes umbes 70 valgust, mis kõik osalevad splaisingus. Mõned splaisingfaktorid (SF) on assotseeritud snRNPdega, teised mitte. Selleks et eksport tuumast välja toimuks, peavad mRNAd olema lõplikult protsessitud. mRNAd, mis on splaisosoomi koosseisus, on reeglina ekspordi vastu "kaitstud". 43. Missugused U snRNAd osalevad pre-mRNA splaisingu regulatsioonis? Splaisingus osalevad viis väikest U-
väga erinev. mRNA degradatsioonil puudub ühtne rada. Iga individuaalse mRNA stabiilsuse seisukohalt on olulised nii tema sekundaarstruktuur kui ka translatsiooni kiirus. Teatavad sekundaarstruktuurid stabiliseerivad mRNA-d, osa on aga substraadiks endonukleaasidele. Degradatsiooni viivad läbi erinevad ekso- ja endoribonukleaasid. Paljud mRNA-d on stabiilsemad siis, kui neid efektiivselt transleeritakse, sest siis on nad ribosoomidega tihedalt kaetud ja seetõttu kaitstud RNaaside toime eest. mRNA stabiilsust mõjutavad tegurid 1. Translatsioon kaitseb mRNA-d degradatsiooni eest, mRNA on tänu ribosoomidele vähem nukleaasidele eksponeeritud. Oluline on aga seegi kas mRNA ribosoomidega katmata ala on nukleaaside poolt atakeeritav või mitte. 2. mRNA järjestused mRNA stabiliseerimisel on näidatud nii 5´ kui ka 3´ otsas paiknevate sekundaarstruktuuride mõju, UTR (untranslated regions) mRNA 5´ ja 3´otsas. REP Repetitive Extragenic palindromic sequences.
mRNA degradatsioonil puudub ühtne rada. Iga individuaalse mRNA stabiilsuse seisukohalt on olulised nii tema sekundaarstruktuur kui ka translatsiooni kiirus. Teatavad sekundaarstruktuurid stabiliseerivad mRNA- d, osa on aga substraadiks endonukleaasidele. Degradatsiooni viivad läbi erinevad ekso- ja endoribonukleaasid. Paljud mRNA-d on stabiilsemad siis, kui neid efektiivselt transleeritakse, sest siis on nad ribosoomidega tihedalt kaetud ja seetõttu kaitstud RNaaside toime eest. Degradatsiooniradade suhtes esineb komplementatsioon. Kui rakk on defektne ühe degradatsiooniraja suhtes, võib mRNA degradatsioon toimuda ka teise degradatsiooniraja kaudu, nii et silmatorkavat efekti mRNA stabiilsusele ei pruugi alati ilmneda. Kui ka komplementeeriv degradatsioonirada on defektne, on see rakkudele letaalne. Ensüümid, mis osalevad mRNA degradatsioonil Bakterites on kirjeldatud üle 20 RNaasi, mis osalevad tRNA-de ja rRNA protsessingul. Mõned neist
Arvatakse, et tuumades puudub translatsioon. RNA protsessimine nt splassimine, lõikamine rRNA protsessimine - prokarüootides rRNA iga modifikatsioonide jaoks on oma ensüüm - eukarüootides on rRNAd-es palju modifikatsioone. 2’OH metüleerimine (DNA-s pole 2’OH RNA-s on). Sage pseudouridüleerimine (uridiinist teakse pseudouridiin). Ühe ribosoomi peale ≈ säärast modifkatisooni. - modifikatsioonid stabiliseerivad RNA struktuuri ja metüleerimine muudab Rnaaside resistentseks. - gRNA ei osale siin toimetamises, vaid snoRNA-dena (väikese tuumakese RNA). Nt U3 RNA (see puudub splaissosoomis). U3 suunab RNA lühemakslõikamist. Lõigatakse välja 18S, 5,8 S jupid RNA-st. - modifikatsioonid viiakse sisse tuumakeses - rRNA-sid sünteesib RNA polümeraas I, sünteesi toimumisel tekib selle ümber tuumake (seal hDNA randeemsed kordused). Enne rRNA eraldumist toimub palju modifikatsioone.
Kõige kiiremini reageerib bakter keskkonna muutustele metabolismis osalevate ensüümiaktiivsuste muutustega, mida viib läbi allosteeriline regulatsioon. Aeglasem vastus keskkonnast tulnud signaalile on geenide ekspresseeritavuse muutmine, mis sisaldab endas mitut kontrollpunkti. Geenide avaldumist saab reguleerida transkriptsiooni initsiatsiooni ja transkriptsiooni enneaegse terminatsiooniga ehk attenuatsiooniga ning post-transkriptsiooniliselt RNaaside abil reguleerides RNA eluiga. Samuti on oluline kontrollpunkt translatsioon ning post-translatsiooniline valkude pakkimine ning degradeerimine. 68 Keskkonnast vastuvõetud signaalile võib bakter reageerida erinevalt, muutes ainult ühe geeni avaldumist või reguleerides mitme või isegi sadade geenide avaldumist korraga. Selleks, et toimuks geenide avaldumine, on esmalt vaja geene transkribeerida RNA-ks
annaabi.ee 
