Geen on genoomsete järjestuste ühendus, mis kodeerib potensiaalselt kattuvate ning funktsionaalselt seotud produktide komplekti . geen on dna funktsionaalne ühik. Eukarüoodi geen pole pidev, vaid koosneb eksonitest ja intronitest. 8. Geenide klassifikatsioon eukarüoodil? Struktuurgeenid sisaldavad infot kas ainult RNA või RNA ja valgu ehituse kohta. mRNA, tRNA, rRNA, snRNA (small nuclear RNA) , miRNA, piRNA jt. Struktuurgeen on geen, mis kodeerib iga RNA või valku, mis ei ole regulatoorne faktor (nt. regulaatorvalk). Regulaatorgeenid kontrollivad struktuurgeenide aktiivsust ja avaldumist. a) geen, millelt sünteesitakse repressorit, mis läbi interaktsiooni operaatorgeeniga lülitab välja struktuurgeenide aktiivsuse. b) iga geen, mille produkt mõjutab teiste geenide aktiivsust 9. Mida tead miRNA kohta? miRNA väikesed (19-24 nukleotiidi) üheahelalised RNA
tmRNA – transfer messenger RNA, päästab stoppama jäänud ribosoomid snRNA – small nuclear RNA ehk U-RNAd, paiknevad tuumas Cajal kehades, osalevad splaissimisel snoRNA – small tuumakese RNA, modifitseerivad teisi RNAsid miRNA – mikro RNA, osaleb geeniregulatsioonis siRNA – small interfering RNA, osaleb geeniregulatsioonis piRNA – piwi-interacting RNA, peamiseks funktsiooniks on transopsoonide kaitse SRP RNA – signaali äratundmis kompleksi RNA komponent. Funktsiooniks ko-translatsiooniline translokatsioon ja post-translatsiooniline transport. IncRNA – pikk mittekodeeriv RNA, reguleerib geenide transkriptsiooni ning osaleb epigeneetilises regulatsioonis TERC – telomeraasi RNA komponent Rnaaside RNA komponent
snRNA-d - Väiksed tuuma RNA-d, osalevad paljudes tuumas toimuvates protsessides, k.a. pre-mRNA splaissing snoRNA-d - Väiksed tuumakese RNA-d, mis aitavad töödelda ja keemiliselt muuta rRNA-sid miRNA-d - MikroRNA-d, reguleerivad geeniekspressiooni blokeerides spetsiifiliste mRNA-de translatsiooni ja põhjustavad nende lagundamist siRNA-d - Väiksed segavad RNA-d, lülitavad välja geeniekspressiooni juhtides mRNA-de lagundamist ja moodustades kompaktse kromatiini struktuuri piRNA-d - Piwi-ga seostuvad RNA-d, seostuvad piwi valkudega ja kaitsevad sugurakke transposoonsete elementide eest lncRNA-d - Pikad mittekodeerivad RNA-d, paljud neist toimivad kui tellingud; nad reguleerivad mitmeid erinevaid protsesse rakus, k.a. X-kromosoomi inaktivatsioon * Prokarüootide ja eukarüootide mRNA üldise struktuuri võrdlus. Prokarüootide mRNA 5' ja 3' otsas on polümeraasi poolt sünteesitud mitte modifitseeritud otsad.
snRNA-d - Väiksed tuuma RNA-d, osalevad paljudes tuumas toimuvates protsessides, k.a. pre-mRNA splaissing snoRNA-d - Väiksed tuumakese RNA-d, mis aitavad töödelda ja keemiliselt muuta rRNA-sid miRNA-d - MikroRNA-d, reguleerivad geeniekspressiooni blokeerides spetsiifiliste mRNA- de translatsiooni ja põhjustavad nende lagundamist siRNA-d - Väiksed segavad RNA-d, lülitavad välja geeniekspressiooni juhtides mRNA-de lagundamist ja moodustades kompaktse kromatiini struktuuri piRNA-d - Piwi-ga seostuvad RNA-d, seostuvad piwi valkudega ja kaitsevad sugurakke transposoonsete elementide eest lncRNA-d - Pikad mittekodeerivad RNA-d, paljud neist toimivad kui tellingud; nad reguleerivad mitmeid erinevaid protsesse rakus, k.a. X-kromosoomi inaktivatsioon . DNA struktuuris oleva TATA-kasti ja promootori piirkonna roll DNA transkriptsiooni läbiviimises. Eukarüoodi DNA transkriptsiooniks vajaliku valkude kompleksi põhilised komponendid.
käigus sõltumatuse kaotanud riikide iseseisvus. Atlandi harta sõlmimisega astus usa sisuliselt sõtta. Tema tohutu tööstusvõimsus rakendati nüüd tööle võidu saavutamise nimel. 7 septembril 1917 tegi jaapani laevastik üllatusrünnaku USA vaikse ookeani peabaasile pearl harboris. Seega õnnestunud lägiga tagas jaapan endale pooleks aastaks sõjalise plekaalu kogu vaiksel ookeanil. Jaapanlased vallutasid filipiinid,indoneesia,pirna ja kogu ülejäänud kagu-aasia ning tungisid india ning austraaliani. USA oli aga nüd avalikult sõjas ja jõudude vahekord otsustavalt liitlasriikide kasuks muutunud. Jaapanlaste edasitungike pandi piir juba 1942 aasta juunis kui nad kaotasid otsustava midway merelahingu. Kuni sõja lõpuni pidas jaapan kaitselahinguid. USA sõtta astumine tähendas ka allveesõja hoogustumist. Kuid siingi toimus 1949 aastal murrang. Ameerika tööstus lihtsalt suutis toota uusi laevu
snRNA-d - Väiksed tuuma RNA-d, osalevad paljudes tuumas toimuvates protsessides, k.a. pre-mRNA splaissing snoRNA-d - Väiksed tuumakese RNA-d, mis aitavad töödelda ja keemiliselt muuta rRNA-sid miRNA-d - MikroRNA-d, reguleerivad geeniekspressiooni blokeerides spetsiifiliste mRNA-de translatsiooni ja põhjustavad nende lagundamist siRNA-d - Väiksed segavad RNA-d, lülitavad välja geeniekspressiooni juhtides mRNA-de lagundamist ja moodustades kompaktse kromatiini struktuuri piRNA-d - Piwi-ga seostuvad RNA-d, seostuvad piwi valkudega ja kaitsevad sugurakke transposoonsete elementide eest lncRNA-d - Pikad mittekodeerivad RNA-d, paljud neist toimivad kui tellingud; nad reguleerivad mitmeid erinevaid protsesse rakus, k.a. X-kromosoomi inaktivatsioons 6. Geeniekspressiooni kontroll 48. Geeniekspressiooni kontrolli 6 etappi eukarüootides. 1. Kontroll transkriptsiooni tasemel – kui sageli ja millal transkribeeritakse vastavad geeni 2
toimemehhanism Dicer on RNaas III perekonna endoribonukleaas, mis lõikab dsRNA-d and pre- mikroRNA-d lühikesteks 20-25 bp pikkusteks dsRNA-deks (2 bp jääb 3’-otsast üle ulatuma). Dicer koosneb 3 domeenist: 2 RNaas III domeeni ning üks PAZ domeen. Interageerub abivalkudega. Argonaut on RISC kompleksi katalüütiline komponent. Seondab endaga erinevate klasside väikseid mitte-kodeerivaid RNA-sid (miRNA, siRNA, piRNA). Väikesed RNA-d juhivad agronaudi valgud komplementaarsete mRNA-de juurde. Osadel agronautidel on endonukleaasne aktiivsus, mis lõikab mRNA-d, lisaks osaleb siRNA passenger-ahela degradatsioonis. Kolm rühma: argonaudi-sarnased AGO1; piwi-like proteins, group 3 mikroRNA ja siRNA biogeneesi võrdlus miRNA siRNA
. .1,..'-- -____ -lu
- 1' :. nlvqar* tunut
eest. RNA sünteesi põhietapid Pre-initsiatsioon Initsiatsioon Promootori vabastamine Elongatsioon Terminatsioon RNA-de tüübid. • mRNA-d - messenger RNA-d e. käskjalg RNA-d • rRNA-d - ribosomaalsed RNA-d • tRNA - transport RNA-d • snRNA-d - väiksed tuuma RNA-d • snoRNA-d - väikesed tuumakese RNA-d • Erinevad mittekodeerivad RNA-d: mikroRNA-d e. miRNA-d (üheahelalised) siRNA-d - väiksed segavad RNA-d (kaheahelalised) piRNA-d - Piwi segavad RNA-d (tansposoonide vaigistajad sugurakkudes) Tsütoplasma võrgustik (TV) Tsütoplasmavõrgustik e. endoplasmaatiline retiikulum (ER) on ühekordse membraaniga ümbritsetud terviklik kompartment, mis on iseloomulik kõigile eukarüootidele. ER-i membraan moodustab üle poole kogu raku membraanistikust ja on barjääriks luumeni ja tsütosooli vahel, ta vahendab teatud kindlate molekulide liikumist ühest kompartmendist teise. ER-i membraanis
- siRNA suunatakse RISC kompleksi (RNA induced silencing complex) - RISC kompleks leiab siRNA järjestuse alusel märklaud mRNA (komplementaarsuse alusel leitakse üles) - mRNA lagundatakse või muudetakse translatsioonikõlbmatuks miRNA – eriti olulised arenguliselt (microRNA) - genoomis kodeeritakse väikesed RNA-d - moodustavad „juuksenõela“ struktuure – 2-ahekalised osad lõigatakse välja - funktsioneerivad geenide vaigistamisel sarnaselt siRNA-le piRNA – nagu miRNA, aga päritolult teistsugused, 1-ahelalised RNA-d - genoomis kodeeritud väikesed RNA-d - ei moodusta juuksenõela struktuure - seonduvad PIWI valguga - funktsioneerivad transposoonide vaigistamisel Histoonide deatsetüleerimine vaigistab geenide telomeeri piirkonnas. Mõnes kohas ei avaldu geenid kunagi – heterokromatiin. Nt. kromosoomide otstes asuvad telomeeri piirkonnad. Valgud Sir 2, Sir 3 ja Sir 4 on seotud, suunavad deatsetüleerimist
annaabi.ee 
