Rakumembraanis olevad valgukanalid, immunsüsteemis valgud 2. Regulaatorgeenid määravad ära struktuurgeenide avaldumise. Kõik ensüümid. · Transkriptsioonile järgneb translatsioon. · Translatsioon- valgu tootmine DNAs oleva informatsiooni baasil. DNA nukleotiidide järjestus määrab ära valkude aminohappelise järjekorra. · Geneetiline kood sisaldab informatsiooni aminohapete kohta. Kolm järjestikulist nukleotiidi mRNAl moodustavad koodoni, mis määrab ära ühe aminohappe. Selle koodi lahtimuukimiseks kasutatakse koodipäikest. · Geneetilise koodi omadused: universaalus- kehtib kogu eluslooduses; sünonüümsus- ühele aminohappele võib vastata mitu koodonit; ühetähendlikkus- ühele koodonile vastab alati ainult üksainus aminohape; mittekattuvus- üks ja sama nukleotiid ei saa olla korraga kahes kõrvutiolevas koodonis
Geeni ekspressioon: translatsioon ja geneetiline kood Geeni väljendus on valk; kui rakul on vaja valku, siis tuleb lugeda vastavat geneetilist koodi. 1. Translatsioon mRNAl oleva info konverteerimine a/h järjestuseks ehk polüpeptiidiks Geneetilise info lugemine kahe etapiline: 1. Transkriptsioon sünteesitakse DNA matriitsil üheahelaline RNA molekul DNA matriitsil Valk ehk proteiin: Suure mol.kaaluga, lämmastikku sisaldav orgaaniline ühend Sisaldab ühte või mitut polüpeptiidi. Polüpeptiidid koosnevad aminohapetest Aminohapped: Amino grupp (NH2)
Punktmutatsioon – mõne lämmastikaluse insertsioon (liitmine), deletsioon (kotamine) või asendamine Missenssmutatsioon – kui saadakse kodoon, mis kodeerib teist aminohapet Nonsenssmutatsioon – kui tulemuseks saadakse koodon, mis valgu sünteesi lõpetab Vaikiv mutatsioon – kui ekslikult replitseerunud koodon kodeerib sama eminohapet mis ennegi Pöördmutatsioon, mis geeni funktsiooni taastab Lugemisraami nihe e. Raaminihe – kui lugemisraam mRNAl nihkub tänu nukleotiidide insertsioonidele või deletsioonile äsja sünteesitud DNAs Mõju Mutatsioonid tekitavad mittefunktsioneerivaid valke, mis võivad olla ohtlikud ja lausa surmavad Organismid selliste mutatsioonidega , mis osutavad kasulikuks antud keskkonnas, on võimelised adapteeruma, elus püsima ja paljunema – need mutatsioonid on aluseks populatsioonis toimuvatele muutustele Iga muutus,m is muudab organismi loodusliku selektsiooni survele
Tuleneb sellest, et enamikel organismidel on vähem kui 45 tRNAd, vaja oleks üle 60, mistõttu antikoodoni 5' lämmastikalus, mis seostub mRNA 3' lämmastikalusega, pole ruumiliselt nii piiratud kui kaks teist lämmastikalust (või ka tRNA3' pole nii piiratud). 5. tRNA struktuur sekundaarstruktuur ristikheinalehe kujuline, tertsiaarstruktuur L- kujuline, selle funktsionaalsed antikoodon (seostub koodoniga mRNAl), aktseptorõlg (sinna seostub aminohape) ja struktuursed osad kolm lingu (T-, D- ja antikoodon-õlg) ning 3' paardumata osa. Struktuurid sarnased, kuna liituvad ribosoomi samasse saiti, erinevused antikoodoni ja aktseptorõla osas (ka teised nukleotiidid võivad olla erinevad). 6. tRNA identsuse elemendid tRNA struktuurielemendid, mis määravad ära, millise aminohappega tRNA aminoatsetüleeritakse, diskriminaatoralused isoaktseptoorsetel tRNAdel on 4
toitainete transpordis. Kaarel Krjutškov 1. Millised on FACSi eelised võrreldes käsitsi pipeteerimise ees, kui uuritakse transkriptoomi ühe raku tasandil? FACSi eelistatakse, kui on vaja väga kõrge kvaliteeti saavutada puhastamisel, kui rakk ekspresseerib väga madalal tasemel uuritavat markerit. 2. Miks kasutatakse UMI-t ning ankurdatud polü-T praimerit? UMI – unique molecular identifier – märgistatud järjestus ja 5’ positsioon mRNAl moodustavad UMI. Ehk UMId märgistavad transkriptid ning võimaldab neid kvantitatiivselt detekteerida. polüT praimereid kasutatakse polüadenüleeritud mRNA pöördtranskriptsiooniks ja cDNA sünteesiks. Sünteesitud cDNA 3’ otsa lisatakse polüA saba terminaalse desoksünukleotidüül transferaasi vahendusel, et varustada cDNA mõlemad otsad universaalse, kuid omavahel erineva ankurjärjestusega. Teise cDNA
sünteesitakse ERile kinnitunud ribosoomidelt. Ribosoomide ülesandeks on transleerida mRNAs peituv informatsioon valgujärjestuseks. mRNA lugemine käib kolmenukleotiidiste koodonite (tripletite) kaupa, millest igale seatakse vastavusse õige aminohape. Igale aminohappele vastab konkreetne tRNA, mis selle ribosoomi transpordib. Aminohappe ja tRNA kompleksi nimetatakse aminoatsüül-tRNAks. Viimane sisaldab oma järjestuses kolmenukleotiidist antikoodonit, mis paardub mRNAl asuva koodoniga komplementaarsuse alusel. 20.Hormonaalse signaali ülekandega seotud mõisted a) primaarne ülekandja e hormoon, s.o organismis tekkiv substants, mis edastab signaali mingi muutuste tekitamiseks rakus. b) retseptor - ainult sihtelundite rakkudel on retseptorid vastavate hormoonide jaoks, mistõttu nad saavad "lugeda" hormoonides keemiliselt kodeeritud informatsiooni c) sekundaarne ülekandja - vabaneb rakus, kui hormoon seondub sihtmärk-raku
Spetsiifiline valk CBP seondub mRNA 5' otsas oleva 7-metüülguanosiiniga ning edasi skaneerib initsiatsioonikompleks mRNA-d kuni esimese AUG koodonini. Enamasti algab eukarüootides translatsioon esimeselt AUG koodonilt. 67. Kirjeldage translatsiooni elongatsiooniprotsessi. 1. Aminoatsüül-tRNA seondub ribosoomi A-saiti, paardudes antikoodonjärjestuse kaudu parasjagu A-saidis oleva koodonjärjestusega mRNAl, olles assotsieerunud elongatsioonifaktoriga EF-Tu, mis on seotud GTPga 2. Peptiidsideme moodustumine ribosoomi A-saidis asuva aminoatsüül-tRNA aminorühma ja ribosoomi P-saidis asuva tRNA-ga seotud kasvava polüpeptiidahela viimase AH karboksüülrühma vahel Selle tulemusena vabaneb kasvav polüpeptiidahel tRNA-st P-saidis ja seotakse kovalentselt tRNA-ga, mis asub A-saidis.
Ribosoomide ülesandeks on transleerida mRNAs peituv informatsioon valgujärjestuseks. mRNA lugemine käib kolmenukleotiidiste koodonite (tripletite) kaupa, millest igale seatakse vastavusse õige aminohape. Igale aminohappele vastab konkreetne tRNA, mis selle ribosoomi transpordib. Aminohappe ja tRNA kompleksi nimetatakse aminoatsüül-tRNAks. Viimane sisaldab oma järjestuses kolmenukleotiidist antikoodonit, mis paardub mRNAl asuva koodoniga komplementaarsuse alusel. Translatsioon toimub suunal 5' -> 3'. 19. Translatsioon. Just aminoatsüül-tRNA süntetaas on ensüüm, mis identifitseerib tRNA molekuli ning sünteesib tRNA molekuli ja vastava aminohappe vahele estersideme, realiseerib geneetilise koodi. Translatsioon on peamine osa valgusünteesist, selle käigus sünteesitakse aminohapetest polüpeptiidahel. Valgusünteesiks on vajalikud ribosoomid (rRNA),
põhineda raku mRNAde väljatõrjumisel translatsioonikompleksist enam aktiivsete viiruse mRNAde poolt; reoviiruse hilises infektsioonis toimub raku cap-sõltuva translatsiooni ümberlülitus cap- sõltumatule translatsioonile (annab eelised viiruse hilistele capeerimata transkriptidele). 3.1.8. Replikatsioon Reoviiruse RNA replikatsioon leiab aset moodustunud core-partiklis. Iga pakitud mRNA on maatritsiks täispika negatiivse ahela sünteesile, igal mRNAl sünteesitakse ainult üks negatiivne ahel. Seda reaktsiooni teostab partiklis asuv RNA polümeraas. 3.1.9. Virionide moodustamine ja vabanemine Segmentide sorteerimine ja pakkimine Reoviiruse virioni pakkimisvõime on piiratud kümne segmendiga. Kuna reoviiruse virione teadud viisil töödeldes on võimalik saavutada PFU:partikel suhe ligikaudu 1:1, siis peab igas partiklis asuma terviklik genoom. Mehhanism, mille abil virioni pakitakse üks koopia igast
RNAP III. • • MikroRNAde seondumiskohad – paiknemine, omadused, ennustamine • Paiknevad praktiliselt alati valku kodeerivate geenide mittekodeerivates alades, 3’-UTR-des, võivad asuda ka nt kodeerivas alas, aga see on väga erandlik. Võivad paikneda ka mittekodeerivate geenide transkriptides, pseudogeenide või lncRNAde järjestustes. miRNAde seondumiskohad on peamiselt intron kodeeritavas alas, kuna degradatsioon takistab miRNAde seondumist mRNAl, sp on need seondumiskohad 3’UTR, kuna ribosoom ei läbi seda. Küpse miRNA järjestuse nukleotiidid 2-7 moodustavad seed regiooni, mis paarduvad komplementaarsuse alusel sihtmärk mRNA 3’UTR-ga ning selle piirkonnaga on määratud mRNAde seondumise spetsiifilisus. Kui seed ja 3’UTR vaheline seondumine on täielikult komplementaarne, toimub mRNA lagundamine, kui aga osaliselt komplementaarne, toimub mRNA translatsiooni inhibeerimine. Seondumiskohal on
annaabi.ee 
