1) transcription-coupled repair (TCR), mis aktiveerub, kui RNA polümeraas "avastab" DNA kahjustuse ning jääb seetõttu transkribeeritavale alale seisma. TCR tagab transkribeeritava DNA ahela kiire parandamise. 2) global genome repair (GGR), mis toimub transkriptsioonist sõltumatult ning on mõnevõrra aeglasem kui TCR. GGR parandab ka näiteks vigastusi transkribeeritava geeni mittekodeerivas DNA ahelas. · Mismatch repair (MMR) kõrvaldab vigastused, mis on tekkinud DNA replikatsiooni või rekombinatsiooni käigus. Nendel juhtudel pole kumbki DNA ahel otseselt vigane, kuid nad ei paardu omavahel. 2. Limiteeriv valik/pärandumine 3. Rekombinatsiooni mehhanismid (põhjalikult) e. ristsiire. Universaalne bioloogiline mehhanism. Homoloogiline rekombinatsioon on protsess, kus kaks sarnast või identset DNA molekuli vahetavad nukleotiidseid järjestusi
on assotseerunud unikaalsete eri päritolu koodidega. Andmeanalüüs kas FACS või mikroskoopia abil. 14.Mutatsioonide tüübid Paar bp,suured deletsioonid,triplet ekspansioon,numeraalsed ja struktuurilised,suured insertsioonid. Nukleotiidi asendus:kõik.- Suhteliselt tavalised. Sünonüümsed tavalisemad kui mittesünonüümsed.Transitsioonid tavalisemad kui transversioonid Insertsioon:paar bp, triplet ekspansioon, suured insertsioonid.- Sagedased mittekodeerivas DNAs.Harvad, kuid patogeensed.Harvad (duplikatsioonid, transposonid) Deletsioon:paar bp, suured deletsioonid.- Sage mittekodeerivas DNAs, harvad kodeerivas osas.Harvad (esinevad kordusjärjestustega regioonides) Kromosomaalsed vead: numeraalsed ja struktuurilised.- Harvad, tavaliselt patogeensed. Tihti vähirakkudes ja tavalisemad kui somaatilised mutatsioonid. 27 Transversioonid on pürimidiinide asendused puriinidega ja puriinide asendused
neandertaallastel samalaadne järjestus. 42. Mis on korduselementide funktsioonid genoomides? Nende funktsiooni ei teata, nimetatakse rämps DNA-ks. 43. Mis on SINE ja LINE? Kordusjärjestused (Short/Long Interspersed Nuclear Repeats), esimene 100-300 bp (13% meie genoomist), teine 6000- 8000 (21%). 44. Mis on SNP-d, nende tüübid ja tähtsus? Detailsed kirjeldused. Single Nucleotide Ploymorphysm – 1 1400 nukleotiidist on erinev indiviididel. Asukoha järgi on mittekodeerivas regioonis, kodeerivas regioonis: sünonüümsed ehk vaikivad, mittesünonüümsed: missense ja nonsense. SNP- d esinevad keskmisel iga 100-300 nukleotiidi järel. Ei ole organismile kahjulikud, kuna ei põhjusta aminohapete mutatsioone. Kasutatakse biomarkeritena.geneetilises kaardistamises, populatsioonigeneetikas. Praeguseks teada 9 miljonit erinevat SNP-d. 45. Mis ORF ja kuidas seda kindlaks määrata saab? Open Reading
Samas regulatoorses järjestuses, kuhu seonduvad, on cis-mõjuvad valgud. 37. Kadunud pärilikkus (missing heritability) on: Kui individuaalsed geenid ei seleta palju haiguse, käitumise ja teiste fenotüüpide pärilikkuse kohta. 38. Mis on mikrosateliitide ebastabiilsus (microsatelite instability) ja tooge üks näide haigusest, mis on sellest põhjustatud. Mikrosatelliidid on lühikesed DNA kordusjärjestused genoomi mittekodeerivas piirkonnas. Nad säilitavad indiviidi elu vältel stabiilse pikkuse. Mikrosatelliitide ebastabiilsus thendab nende pikkuse muutumist ning see on seotud mutatsioonidega reparatsioonigeenides. Nt kolorektaalvähk. 39. Mis on DNA fingerprintining Ka DNA profiling on meetod kohtuekspertiisis inimeste tuvastamiseks nende DNA põhjal. DNA profiilid on DNA variatsioonid, mis on erinevad kõigis mittesuguluses olevatel inimestel. Kasutatakse mikrosatelliite
Pärast hübridisatsiooni ergastatakse proovid laseriga, mis põhjustab raadiosignaali tekke, ja ülekandja identiteedi tuvastamise. 14. Mutatsioonide tüübid · nukleotiidi asendus suhteliselt tavalised. Transversioon (pürimidiin asendus puriiniga ja vastupidi), transitsioon sagedasem (pürimidiin asendus pürimidiiniga ja puriini asendus puriiniga). A->G või C->T on väga palju sagedasemad. · Insertsioon paarialuspaarilised sagedased mittekodeerivas DNA's, triplet ekspansioonid harvad, kuid patogeensed. · Deletsioon paarialuspaarilised sagedased mittekodeerivas DNA's, suured deletsioonid esinevad korduvjärjestustega regioonides. Tavaliselt patogeensed. · Kromosomaalsed vead numeraalsed ja struktuurilised, harvad ja patogeensed, tihti vähirakkudes. Sünonüümne mutatsioon aminohape ei muutu nukleotiidi asendudes; mittesünonüümne on tavalisem. · Tsütosiini deaminatsioon: C->U
ingl enhancer), millega seostuvad regulaatorvalgud. Cis - elemendid peavad asuma DNA samal ahelal millelt toimub mRNA süntees. (Mutatsioonid promootoris või regulaatorpiirkonnas on cis-toimega, sest nad mõjutavad ainult selle geeni ekspressiooni kus mutatsioon toimus) Regulaatorelemendid, mida nim võimendajateks (ingl enhancer) (DNA lõigud pikkusega 50bp-1,5kbp) paiknevad promootorpiirkonnast tuhandeid nukleotiide (isegi kuni 50000 bp) kaugemal 5'otsa pool ja ka geeni mittekodeerivas piirkonnas. Cis elemendid ja enhancer'id avaldavad oma reguleerivat toimet transkriptsioonile kui nendega seostuvad valkud, mida nim transkriptsiooni faktoriteks (trans-faktorid). Seostumine tagab DNA paindumise, nii et regulaatorvalk saab seostuda RNA polümeraasiga, peamiste transkriptsiooni faktoritega või teiste valkudega. Repressorid ja aktivaatorid on trans-toimega nad mõjutavad nende poolt reguleeritud geenide ekspressiooni sõltumata sellest millises DNA molekulis need paiknevad
1. kasutatakse geneetikat isikute tuvastamisel (DNA sõrmejäljed) – mittekodeerivas DNA järjestuses on erinevused (kordusjärjestused), mis on igal inimesel erineva pikkusega. Lisaks leiab geneetika kasutust geenmutatsioonide uurimisel, mis põhjustavad haigusi – tsüstiline fibroos (kahjustab organite epideelrakkude ioonkanaleid ning tekib limakiht + põletik), Huntingtoni tõbi (neuronid hakavad surema liigutuste kehvenev koordineerimine), fragiilne X (tugev alaareng),
Tavaliselt ollakse infitseeritud 15 eluaastaks. Levik ilmselt respiratoorselt. Latentne infektsioon reaktiveerub immuunsupressioonil: AIDS, transplantatsioon, rasedus. 10% AIDSi-patsientidest saab PML-i, see on fataalne 90% juhtudest. Ülemaailmne, sesoonsuseta. Replikatsioon. Genoom jaguneb varaseks, hiliseks, mittekodeerivateks regioonideks. Varane regioon ühel ahelal kodeerib T-valke (transformatsiooni-), hiline regioon teisel ahelal kolme viiruse kapsiidivalku VP1, VP2, VP3. Mittekodeerivas regioonis on DNA replikatsiooni alguspunkt, transkriptsiooni kontrolljärjestused varaste ja hiliste geenide jaoks. Viirus siseneb rakku, DNA uncoatitakse, viiakse tuuma. Varased geenid toodavad suuri T ja väikseid t antigeene, mis hoogustavad rakukasvu. Replikatsioon vajab raku transkriptsiooni ja DNA replikatsiooni hammasrattaid. T, näiteks, seondub DNA-ga ja kontrollib varaste ja hiliste geenide transkriptsiooni ning inaktiveerib p53 ja p105RB – põhjustades raku kasvu.
Eukarüootides on leitud üks universaalne terminatsioonifaktor: eRF (54 kDa dimeer). Põhjustab terminatsioonikoodonist sõltuvat valgusünteesi terminatsiooni. Kuna eukarüootide valgusünteesi terminatsiooni on seni suhteliselt vähe uuritud, siis on tõenäoline, et on veel avastamata terminatsioonifaktoreid (näiteks prokarüootse RRF'i analoog). On leitud eukarüootseid mRNA-sid kus 5´cap-i ja valku kodeeriva lugemisraami vahel on tuhandeid nukleotiide. Need mRNA-d sisaldavad oma 5´-mittekodeerivas osas tugevaid RNA sekundaarstruktuure ja sageli ka kümneid AUG koodoneid. Selliste mRNA-de translatsiooni initsiatsioon ei saa toimuda skaneerimise teel. On teada, et nende mRNA-de sekundaarstruktuurid juhivad kuidagi 40S alaühiku õige initsiaatorkoodoni lähedale. Sisemist translatsiooni initsiatsiooni suunav struktuuri mRNA's kannab nime IRES (internal ribosome entry site). Sellist cap-st sõltumatut translatsiooni kasutavad mitmed rakulised mRNA-d (TBP, FGF2, IGF2, antennapedia,
Paljude initsiaatorvalkude mRNA-l on initsiaatorpiirkond kaugel 5’ otsast. Siin ei toimu skaneerimine vaid sisemine initsatsioon. Oluline on mRNA ruumiline struktuur, mis määrab ära 40 subühiku seondumise saidi. üks universaalne terminatsioonifaktor: eRF – põhjustab terminatsioonikoodonist sõltuvat valgusünteesi terminatsiooni. Paljudel eukarüootsetel mRNA-del on AUG koodon cap’ist kaugel (kuni 1000 nukleotiidi). Need mRNA-d sisaldavad 5’ mittekodeerivas osas tugevaid RNA 36 sekundaarstruktuure ja kümneid AUG koodoneid. Selliste mRNA-de translatsiooni initsiatsioon ei saa toimuda skaneerimise teel. Nad juhivad kuidagi 40S alaühiku õige initsiaatorkoodoni juurde. Sisemist translatsiooni initsiatsiooni suunav struktuur mRNA-s – IRES – internal ribosome entry site. Cap-sõltumatu translatsiooni kasutavad mitmed rakulised mRNA-
annaabi.ee 
