Tartu Ülikool
Maximum likelihood ehk
suurima tõepära meetodi kasutamine fülogeneesipuude tegemisel
Referaat
Koostaja : Einar Kärgenberg
Õppejõud: Urmas Saarma
Tartu 2007
Suurima tõepära meetod (ingl.k: maximum likelihood, likelihood või
lihtsalt ML) kuulub mitmete teiste fülogeneetiliste meetodite hulka,
mis püüavad välja selgitada, kuidas on toimunud mingite organismirühmade põlvnemine ning kui suur on nendevaheline sugulus .
Enamasti on selleks opereerimisühikuks liik ja andmestik on DNA
järjestuste kujul (kuid võib olla ka valkudel põhinev analüüs).
Nii nagu teistel meetoditel , on ka eelnimetatul omad eelised ja
puudused. Miinustele vaatamata on ML üsna laialt kasutatav ning
tihti hea alternatiiv teistele meetoditele (näiteks parsimooniale).
Suurima tõepära meetod põhineb optimaalsusprintsiibil, mille puhul
valitakse mingit kindlat andmestikku kasutades väljatöötatud puude
seast parima resultaadiga puu. Selleks, et leida, kui tõepärane on
mingi teada oleva järjestuse asetus meie poolt uuritavas
fülogeneesipuus, peab lähtuma puu topoloogiast, harude pikkusest,
nukleotiidide sagedusest ja transitsiooni ning transversiooni määrast
(transitsioon on olukord, kus DNA-s (CT,AG) ja
10 punkti
Autor soovib selle materjali allalaadimise eest saada 10 punkti.
~ 6 lehte
Lehekülgede arv dokumendis
2010-01-04
Kuupäev, millal dokument üles laeti
20 laadimist
Kokku alla laetud
0 arvamust
Teiste kasutajate poolt lisatud kommentaarid
Einar Kärgenberg
Õppematerjali autor
võrrelda ortolooge. Paraloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud eellasgeeni duplitseerumise tulemusel. Paraloogid on samast liigist pärit järjestused, millel on üks ühine eellane. Vt küs.10. Ksenoloogsed geenid on homoloogsed geenid, mis on tekkinud horisontaalse geeniülekande tulemusena. DNA evolutsiooni mudelid 20. Mis on DNA järjestuste mutatsiooniline küllastumine ja kuidas see mõjutab fülogeneesipuude konstrueerimist? Mutatsiooniline küllastumine ehk sama nukleotiidipositsiooni mitmekordne muteerumine. Mida kauem aega tagasi järjestused lahknesid ja mida kiiremini nad evolutsioneeruvad, seda suurem on mutatsiooniline küllastumine ja seda enam hinnatakse tegelikku asenduste arvu alla ehk hinnatakse alla tegelikku evolutsioonilist muutust. 21. Mis on DNA evolutsiooni mudelid ja milleks neid kasutatakse?
informatsioonilist müra. Sageli väljendatakse sama tunnuseseisundi esine- mist eri taksonite juures pisut erinevas sõnastuses (näit.: õis on verev / veripunane; leht on karvane / karvkattega, jne.). Sageli "ununeb" mõni antud taksoni jaoks autori poolt vähemoluliseks peetud tunnus hoopiski märkimata; tunnuste järjestus kirjeldustes on sageli ebajärjekindel. Seda kõike aitab vältida tunnuste kodeerimine ja arvutiprogrammide (näit. DELTA - seda õpime praktikumis) kasutamine. Veelgi tähtsam on kodeerimine klassifitseerimisel. 4.2.1. Tunnuste kodeerimine võimaldab nende hõlpsat väljendamist ja kasutamist arvutiprogrammides. Kui meie loetelus on kolmandaks tunnuseks värvus ja sellel on neli tunnuse seisundit (1 - valge, 2 - kollane, 3 - sinine, 4 - punane), võime punase värvuse kui tunnuse kodeerida numbritega 3,4. Kui tunnus on varieeruv, saab ka seda kodeerida (näit.: esineb tunnuse seisund 5 või 6; 5 kuni 6; 5 ja 6 samaaegselt; konkreetne tähistusviis
1 “Valgu biosüntees 2012” loengute põhipunktid Valgusünteesi uurimise meetodid Rakuvaba valgusüntees Milliseid komponente peab sisaldama rakuvaba valgusünteesi ekstrakt (mis peab ekstraktis olema ja mida tuleb lisada) On olemas ribosoomid ja translatsiooni faktorid. Rakud lüüsitakse DNaasi juuresolekul, tsentrifuugitakse ja dialüüsitakse. Lisatakse: mRNA või DNA + RNAP (NTP), Aminohapped, ATP, GTP ja energia regeneratsiooni süsteem (PEP/PK, AcP/AK, KrP/KP) S12 puhul ka glükoos vms energia allikas, SH reagent (DTT, 2- ME), Mg2+, K+, Na või NH4+ Mille poolest erinevad bakterite ja eukarüootide rakuvaba valgusünteesi ekstraktid Bakterite lüsaadid saavad produtseerida vaid teatud komplekssusega valke, kuna puuduvad võimalused teatud protsessimisteks ja voltumisteks. Samas kõige kiiremini kasvatatav ning kõige kuluefek
Molekulaarbioloogia Molekulaarbioloogia – tegeleb päriliku info kodeerimise, säilitamise ja ülekande mehhanismi uurimisega, samuti päriliku info realiseerumise molekulaarsete mehhanismidega (kuidas info geenides määrab elusorganismi ehituse ja tema funktsioneerimise. Uurib füüsikalis-keemiliste struktuuride ja biokeemilis-füsioloogiliste funktsioonide vastavust. Teadussuund hakkas arenema pärast makromolekulide ruumilise struktuuri kindlakstegemist (DNA 3-ruumiline struktuur). Molekulaarbioloogia dimensioon – 1 A – 300 A (üle 500 – rakubioloogia, alla 1 - biofüüsika) 1 A (ongström) = 10 -10 m 1nm = 10 A 2-ahelalise DNA läbimõõt – 20 A kovalentne side – 1,5 A globulaarse valgu d – 50 A dsDNA (double stranded) d – 50 A ribosoomide, valgumolekulide d – 200-300 A DNA aluspaaride vahe – 3,4 A vesiniksideme pikkus – 3 A nukleosoom – 60x110x110 A bakteri ribosoom – 200x200x230 A tuumapoorid – 120x120x75 A bakteriaalne RNA polümeraas – 90x90x60
1. Kirjelda paari sõnaga, mis asi oli (on) loomulik teoloogia (Natural theology). Keskaja Euroopa kristliku maailmakäsitluse kujunemisel oli Aristotelesel suur roll. Tema kirjutistel oli isegi liiga suur mõju need pärssisid edasist uurimist, sest kõik oli "valmis". A. Toomas leidis, et Aristotelese kirjeldatud loomade imekspandavad kohastumused on parim tõestus Jumala olemasolu kohta. Ainult suur Jumal võib olla nii ettenägelik ja tark, et kõik elusoleva nii täiuslikult vormida. "Natural Theology"püsis valdava maailmakäsitlusena Darwinini välja. Loodust uuriti, et paremini mõista Jumala loomisimet. 2. Kirjelda kahte 18. sajandi valgustusajastu mõtlejat ja nende ideid liikide muutumisest Maupertuis arutleb ähmaselt millegi üle, mis meenutab LV-d. Tegeles pärilikkusega näitas, et vanemad (emane/isane mõlemad) pärandavad järglastele tunnuseid ja uuris statistiliselt varieeruvust. Arutles selle üle, miks troopikas on inimestel tume nahavärv (kas p?
Raku jagunemine mitoosi teel. Raku jagunemine meioosi teel. Meioosi häired. Meioosi evolutsiooniline tähtsus. Gameetide moodustumine erinevatel organismidel: oogenees; spermatogenees; sugurakkude moodustumine taimedel. 3. Mendelism: pärilikkuse üldprintsiibid. Monohübriidne ristamine dominantsuse ja lahknemise printsiip (Mendeli I ja II seadus); geen ja selle erinevad vormid alleelid; homosügootsus ja heterosügootsus; sümbolite kasutamine geneetikas; genotüüp ja fenotüüp. Dihübriidne ristamine sõltumatu lahknemise seadus e. vaba kombineerumise seadus (Mendeli III seadus). Mendeli seaduste kasutamine inimese geneetikas. 4. Mendelismi edasiarendus. Alleelne varieeruvus ja geeni funktsioon: semidominantsus ja kodominantsus; mitmene allelism e. polüallelism; alleelide seeriad; mutatsioonide testimine alleelsuse määramiseks; mutatsioonide toime organismile
1. Sissejuhatus: klassikaline ja molekulaargeneetika, geneetika rakendus kaasajal Klassikalise ja molekulaargeneetika kujunemine Geneetika on suhteliselt noor teadus. Kuigi pärilikkuse põhilised seaduspärasused esitas Gregor Mendel aastal 1865, tuleb geneetika sünniks lugeda siiski 20-nda sajandi algust. Alles siis taasavastati Mendeli ideed, mis said aluseks klassikalisele geneetikale. Tõendid selle kohta, et DNA kannab geneetilist informatsiooni, saadi 20-nda sajandi keskel. 1944. aastal kirjeldasid Avery ja ta kolleegid katseid, kus nad uurisid bakterite (Streptococcus pneumoniae) transformatsiooni rakkudest isoleeritud DNA-ga. Hersey ja Chase poolt aastal 1952 avaldatud tulemused kinnitasid seda, et DNA on pärilikkuse kandja. Nad näitasid, et bakteriviiruse T2 geneetiline informatsioon säilib DNA-s. 1953-ndal aastal avaldasid James Watson ja Francis Crick DNA kaksikhelikaalse struktuuri. Need avastused ja geneetilise koodi des
Usk Et inimkond on elanud kaugelt suurema aja oma eksistentsist väga aeglaselt muutuvas maailmas, on loomislegendid (suured religioonid) valdavalt lähtunud loodu täiuslikkusest - Jumal on kõikvõimas ja täiuslik - seega peab olema ka loodu täiuslik. Ja kuigi antiikkreeka mõte oli palju rikkam, kui niisugune must-valge stsenaarium, läks keskaega ja kristlusesse üle siiski eelkõige Platoni Absoluutse Idee kontseptsioon. Sellest tulenevalt: idee ebatäiuslikust loodusest, mis on pidavas muutuses ja kohanemises muutuva ümbruskonnaga ei saanudki olla elujõuline. Täiuslikkuse ja muutumatuse samastamine ei ole ju tegelikult sugugi imperatiivne: täiuslikkust võib samahästi interpreteerida võimena muutuda. Kuid on ilmne, et ideed muutuvast loodusest hakkasid elujõudu koguma alles 18 sajandi teisel poolel. Dogmaatiline kirik ja tähttähelt võetav Vana Testament on valdavalt võõras ka tänapäeva (katoliku) kirikule. Paavst astus siin hiljaaegu paar otsustavat sammu. Galileo
annaabi.ee 
Sisene Facebook'ga
Sisene Google'ga
Sisene LinkedIn'ga
Kõik kommentaarid