Ilma transkriptsioonifaktoriteta ei ole võimalik RNA'd sünteesida. 19. Mis on promootor? DNA nukleotiidne järjestus, millega transkriptsiooni läbiviiv ensüüm (RNA-polümeraas) peab sünteesi alustamiseks ühinema. 20. Mis on enhaanser? DNA järjestus, mis määrab ajalis-ruumilist ekspressioonimustrit ja soodustab promootori aktiivsust. DNA järjestus enne promootorpiirkonda kuhu kinnituvaptsioonifaktd transkrior. 21. Milline on mRNA sünteesi juures DNA matriitsahel, milline kodeeriv ahel? Matriitsahel - transkriptsioonil DNA-ahel, mida kopeeritakse komplementaarse RNA-ahela moodustamiseks. Kodeeriv ahel - DNA ahel, mis on RNA-ga identse järjestusega. 22. Geeniekspressiooni regulatsioon. Diferentseerumise käigus kaotab rakk selektiivselt osa oma geenidest. Rakkude diferentseerumine on üldjuhul geenide valikulise ekspressiooni tulemus. Hulkrakses organismis esinev rakutüüpide
108. der Adhäsion, -e - haardumine 109. die Immunantwort, -en - immuunvastus 110. die Stammzelle, -en - tüvirakk 111. der Prokaryot, -e - prokarüoot, eeltuumne 112. resistent- resistentne 113. transgen- transgeenne 114. die Hefen- pärmid 115. extrazellulär- ekstratsellulaarne, väljaspool rakku tiomuv 116. intrazellular- intratsellulaarne, raku siseselt toimuv 117. der Doppelhelix, -en - kaksikheeliks 118. die Matrize, -en -matriitsahel 119. die Sequenzierung, -en -sekveneerimine 120. der Eukaryot- eükarüoot, päristuumne 121. der Polymorphism, -e - polümorfism 122. die Markierung, -en - markeerimine 123. die Hochleistungsmutante- kõrgtehnoloogiamutandid 124. die Berufskrankenheitenverordnung, -en - kutsehaiguse määrus 125. der Einzellerprotein, -en - üherakuline valk 126. die L Ascorbinsäure- vitamiin C 127. die Gewebe, -en - kude 128. krankhaft- haiguslik 129
Replikatsioon saab alguse replikatsiooni alguspunktist. Helikaas harutab lahti kaheahelalise DNA. Praimaas sünteesib RNA oligonukleotiidi. DNA polümeraas sünteesib uue DNA ahela. Ligaas seob DNA fragmendid kokku. Replikatsiooni kahvel laieneb kromosoomi DNAl mõlemas suunas. Replikatsiooniks on vajalikud DNA polümeraasid DNA sünteesi viivad läbi ensüümid, mida nimetatakse DNA polümeraasideks. DNA polümeraaside aktiivsuseks on vajalik RNA praimerahel või DNA matriitsahel. Sünteesiks on vaja vaba 3’OH otsa olemasolu, sest süntees toimub 5’-˃3’ suunas. Inimesel on 13 erinevat DNA polümeraasi. DNA polümeraasi tööd toetab nn β-alaühiku klamber (clamp). Replikatsioonil tekivad superspiraalid replikatsioonikahvli ette positiivne superspiraal replikatsioonikahvli taha negatiivne superspiraal Topoisomeraas ensüümid kõrvaldavad superspiraalid topoisomeraas I tekitab DNA üheahelalisi katkeid
08/10/10 TRANSKRIPTSIOON JA GEENI REGULATSIOON 1. Missuguseid geneetilise infovahetuse protsesse tähistavad a) transformatsioon, 2) transkriptsioon 3) translatsioon. Transformatsioon on geneetilise info ülekandumine ühest bakterirakust teise rakust isoleeritud DNA abil. Transkriptsioon ehk RNA süntees on DNA ühe ahela (matriitsahel) alusel komplementaarse RNA ahela süntees. Translatsioon on mRNA põhjal ribosoomides valguahela süntees. 2. Võrdle transkriptsiooni initsiatsiooni protsesse prokarüootidel ja eukarüootidel. Prokarüoodi transkriptsiooni initsiatsioon: RNA polümeraas seondub ühega paljudest spetsiifilistes tranksriptsiooni faktoritest (-faktor) moodustades holoensüümi
RNA sünteesiks kasutatakse vaid üht DNA ahelat T-U DNA-DNA (replikatsioon): vaja on praimerit, mõlemalt DNA ahelalt korraga T-T 58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. Mõlemal on initsiatsiooniks DNA ahelate lokaalne üksteisest eemaldumine. Prokarüoodil: · RNA polümeraasi holoensüümi seondumine promootorile · DNA ahelate lokaalne lahtisulamine transkriptsiooni alguspunkti sisaldava ala piirkonnas, et matriitsahel saaks paarduda RNA ahelasse lülitavate ribonukleotiididega. · Algab RNA ahela süntees, kus kasvavasse RNA ahelasse lülitatakse kuni 10 nukleotiidi ilma, et RNA polümeraas DNA ahelal edasi liiguks. RNA polümeraas on DNAl võimeline edasi liikuma alles siis, kui sigma faktor vabaneb. Siis algab RNA ahela elongatsioon. Eukarüoodil: · Enne kui eukarüootne RNA polümeraas seondub promootoralale ja algatab
Selle ensüümi vahendusel määratakse rakkudes millised geenid avalduvad, millal ja millises ulatuses. Prokarüootidel on 1, eukarüootidel 3, neil on erinevad markergeenid. Esineb ka ühepolüpeptiidilisi polümeraase. - kasutab substraadina ribonukleosiid trifosfaate. - aktiivtsentris toimub uue fosfodiestersideme süntees. Kui on kaheahelaline DNA, siis ainult ühelt ahelalt toimub transkriptsioon. See ahel, millelt sünteesitakse, on matriitsahel. - Polükondensatsioon reaktsioon – sünteesitakse fosfodiestersidemed polünukleotiidahelasse ja reaktsiooni käigus vabanevad pürofosfaadi jäägid. - 3’ O aktiveerib sideme, toimub ümberesterfitseerimise reaktsioon. PPi vabaneb. Osaleb 2 Mg iooni, üks koordineerib β- ja gammafosfaate. - 5’→3’ suunas süntees - RNA polümeraasid koosnevad paljudest subühikutest. Mitterakulised (viiruslikud)
asuvate aminohappeid määravate koodonite vahel snRNA - osalevad intronite slaissingul. 57. Mille poolest erineb transkriptsioni initsiatsioon replikatsiooni initsiatsioonist? Transkriptsiooni initsiatsiooni võib jaotada kolmeks etapiks: (1) RNA polümeraasi holoensüümi seondumine promootorile; (2) DNA ahelate lokaalne lahtisulamine transkriptsiooni alguspunkti sisaldava ala piirkonnas, et matriitsahel saaks paarduda RNA ahelasse lülitatavate ribonukleotiididega; (3) Algab RNA ahela süntees, kus kasvavasse RNA ahelasse lülitatakse kuni 10 nukleotiidi, ilma et RNA polümeraas DNA ahelal edasi liiguks (abortiivne transkriptsioon). RNA polümeraas on DNA-l võimeline edasi liikuma alles siis, kui sigma faktor vabaneb. Siis algab RNA ahela elongatsioon. *Iga konkreetse geeni puhul kasutatakse RNA sünteesiks matriitsina vaid üht DNA ahelatest. *RNA ahela
103. DNA õige lugemine (proofreading). Korrektuur. DNA info lugemine käib suunas 3'-5'. DNA õige lugemise korral on võimalik vead parandada. 3'-5' eksonukleaasne aktiivsus (sünteesimine toimub suunaga 5'-3'). 104. Replikatsiooni vereva ratta mudel. Ringikujulise DNA korral: replikatsioon algab DNA järjestusspetsiifilise endonukleaasi toimel. Üksikahelalise katkemisega reparatsiooni alguspunktis, kus moodustub vaba 3'-OH-grupp ja 5'- fosfaatterminus. 5'-lõpp eraldub rõngast kui matriitsahel, pöördub ümber oma telje. Veereva ratta replikatsioon võib põhjustada nii üksikahelalisi kui kaksikahelalisi replikatsiooniprodukte. 105. Molekulaarbioloogia põhipostulaat. Geneetiline info kandub nukleiinhappelt nukleinhappele ja nukleiinhappelt valku, mitte aga valgult nukleiinhappele. 106. RNA molekulide teke transkriptsioonil. Tüübid. Transkriptsioon - on RNA molekuli süntees, mis toimub rakutuumas interfaasi ajal. Transkriptsiooni teostab ensüüm RNA polümeraas
Ribosomaalse RNA geenide transkriptsioonitase on rakkudes kõrge 4. snRNA - Väikesed tuuma RNA-d osalevad intronite splaissingul. Small nuclear RNA 57. Mille poolest erineb transkriptsioni initsiatsioon replikatsiooni initsiatsioonist? Transkriptsiooni initsiatsiooni võib omakorda jaotada kolmeks etapiks: (1) RNA polümeraasi holoensüümi seondumine promootorile; (2) DNA ahelate lokaalne lahtisulamine transkriptsiooni alguspunkti sisaldava ala piirkonnas, et matriitsahel saaks paarduda RNA ahelasse lülitatavate ribonukleotiididega; (3) Algab RNA ahela süntees, kus kasvavasse RNA ahelasse lülitatakse kuni 10 nukleotiidi, ilma et RNA polümeraas DNA ahelal edasi liiguks (abortiivne transkriptsioon). RNA polümeraas on DNA-l võimeline edasi liikuma alles siis, kui sigma faktor vabaneb. Siis algab RNA ahela elongatsioon. 58. Võrrelge prokarüootset ja eukarüootset transkriptsiooni initsiatsiooni. 1
TFIIB on monomeerne valk, mis on natuke väiksem TBPst. TFIIB C-terminaalne ots interakteerub kahel pool TATAboxi TBP ja DNAga, samas kui tema N- terminaalne ots stabiliseerib tekkinud interaktsiooni laiudes START-saidi poole. TFIIB sidumisele järgnevalt toimub preformeeritud tetrameerse TFIIF ja RNAPolII sidumine. Viimase tulemusena paiguldub RNAPolII START-saidile. Enamuse promootorite puhul peab kompleksile siduma veel kaks GTFi, et DNA ahelad saaks eralduda ja toimuks matriitsahel vabanemine. Esimesena seondub tetrameerne TFIIE, mis tekitab sidumisvõimaluse TFIIHle (samuti multimeerne faktor, mis koosneb 9 alaühikust). TFIIH kompleksi seondumine lõpetab transkriptsiooni preinitsiatsiooni kompleksi formeerumise in vitro. 12. Mis on transkriptsiooni aktivaatori 2 funktsionaalset domääni ja kuidas mutatsioonid ühes või teises neist mõjutavad transkriptsiooni faktori omadusi?
promootorile, kattes regiooni -55 kuni +20 (80 bp). 5 2. Avatud kompleksi moodustumine, isomerisatsioon. Tekib mull, kus DNA ahelad on lahti sulanud. DNA ahelate lahtisulamine toimub regioonis -10 kuni +2. Järgneb abortiivne transkriptsioon, 2 kuni 9 nt süntees, mille käigus RNA polümeraas jääb seotuks samade DNA aladega kui alguses ning ei liigu edasi. DNA kodeeriv ahel on seondunud sigma faktoriga ning vaba matriitsahel on liikunud RNA polümeraasi aktiivtsentrisse. 3. faktori vabanemine võimaldab elongatsiooni, jääb kontakt kuni -35 heksameeriga (60 bp). 4. Pärast seda, kui on sünteesitud on 15 kuni 20 nt pikkune RNA ahel, jääb kontakt 30 bp-ga. Lahtisulanud ala on 17 bp pikkune, DNA:RNA hübriid 12 bp pikkune. RNA ahela elongatsioonikiirus on 40 nt/sek. Transkriptsiooni positiivne ja negatiivne regulatsioon transkriptsiooni aktivaatorite ja repressorite kaudu
RNA-lt valgule. Seda seaduspära nimetatakse molekulaarbioloogia põhidogmaks. Teatud viirustel, kelle genoomiks on RNA molekul (siia kuuluvad retroviirused, näiteks HIV), võib geneetiline informatsioon liikuda ka RNA-lt DNA-le. Informatsiooni liikumine RNA-lt valgule on aga alati ühesuunaline. Transkriptsioon ja translatsioon Transkriptsiooni käigus kasutatakse ühte DNA ahelatest matriitsina, et sünteesida sellele komplementaarne RNA ahel, mida nimetatakse transkriptiks. Näiteks kui matriitsahel DNA molekulis sisaldab nukleotiidset järjestust AAA, siis RNA molekulis vastab sellele järjestus UUU. Translatsiooni käigus ,,tõlgitakse" RNA molekuli nukleotiidne järjestus valgu (polüpeptiidi) aminohappeliseks järjestuseks geneetilise koodi kaudu. RNA molekulis paiknevad nukleotiidide tripletid määravad ära, millised aminohapped lülitatakse translatsiooni käigus polüpeptiidahelasse. Näiteks UUU triplet RNA molekulis vastab aminohappele fenüülalaniin polüpeptiidahelas
RNA-lt valgule. Seda seaduspära nimetatakse molekulaarbioloogia põhidogmaks. Teatud viirustel, kelle genoomiks on RNA molekul (siia kuuluvad retroviirused, näiteks HIV), võib geneetiline informatsioon liikuda ka RNA-lt DNA-le. Informatsiooni liikumine RNA-lt valgule on aga alati ühesuunaline. Transkriptsioon ja translatsioon Transkriptsiooni käigus kasutatakse ühte DNA ahelatest matriitsina, et sünteesida sellele komplementaarne RNA ahel, mida nimetatakse transkriptiks. Näiteks kui matriitsahel DNA molekulis sisaldab nukleotiidset järjestust AAA, siis RNA molekulis vastab sellele järjestus UUU. Translatsiooni käigus ,,tõlgitakse" RNA molekuli nukleotiidne järjestus valgu (polüpeptiidi) aminohappeliseks järjestuseks geneetilise koodi kaudu. RNA molekulis paiknevad nukleotiidide tripletid määravad ära, millised aminohapped lülitatakse translatsiooni käigus polüpeptiidahelasse. Näiteks UUU triplet RNA molekulis vastab aminohappele fenüülalaniin polüpeptiidahelas
annaabi.ee 
