(plasminogen activator inhibitor)[5] CA125 (cancer antigen 125)[2],hCG (human chorionic gonadotrophin)[11],HE4 (human epididymis Munasarja vähk protein 4), VEGF (Vascular Endothelial Growth Factor)[12] CEA (carcinoembryonic antigen)[2], CD133, CD24, CD29, CD44, CD166, EpCAM (epithelial cell Soolevähk adhesion molecule), ALDH1A1, ALDH1B1, Lgr5 (leucine-rich-repeat-containing G-protein- coupled receptor 5)[13] KRAS, EGFR (Epidermal Growth Factor Receptor), ALK (Anaplastic Lymphoma Kinase)[14], CEA Kopsuvähk (carcino emryonic antigen), NSE (neuron-specific enolase), CA-125[5] Eesnäärmevähk PSA (Prostate specific antigen)[11], PCA 3 (Prostate cancer antigen 3), ERG [15] Kõhunäärmevähk CA 19-9 (cancer antigen 19-9)[11], CD1D [16], PEAK1 [17]
Transkriptsiooni sünkroniseerimiseks ja võimendamiseks on olemas veel geeniekspressiooni aktivaatorvalgud, mis samuti seonduvad enhancer-piirkondadele. Aktivaatorite seondumine erinevatele geenidele erinevates kombinatsioonides võimaldab aktiveerida neid geene üheaegselt. Geenid võivad paikneda kas ühes rakus või erinevates rakkudes. Aktivaatorid seonduvad DNA biheeliksi ''suurele vaole'' ja neil on teatud tunnusmotiivid. Helix-turn-helix;helix-loop-helix;zinc-finger;leucine zipper 6. Kuidas toimub ja milleks kasutatakse DNA metüleerimist imetaja genoomis? Loetle nähtusi, mis on seotud DNA metüleerimisega? Dna metüleerimine - tsütosiini viiendasse positsiooni lisatakse metüülrühm 5 metüültsütosiin. Protsessi viib läbi dna-polümeraas. Eelistatult metüleeritakse guaniini ees asuv tsütosiin cg. Dna metüleerimine pärsib geeni ekspressiooni. Metüleerimine on
Transgeenne analüüs analüüs, mille jooksul geenide rühma viiakse üle ühe organismi DNAst teisse. 20. Transkriptsioonilise aktivaatori funktsionaalsed domäänid: N-terminaalne DNAd - siduv domään, mis seondub teatud DNA järjestustele, ja C-terminaalne aktivatsiooni domään, mis interaktsioonis teiste valkudega aktiveerib transkriptsiooni. 21. Peamised DNAd siduvad domäänid heeliks-pööre-heeliks (helix-turn-helix), tsink-sõrm- valgud (zinc finger), leutsiin-lukud (leucine zipper), aluselised heeliks-ling-heeliks (bHLH) domäänid, homeodomään valgud. 23. Histoondeatsetülaas (HDAC) ensüümide klass, mis eemaldavad atsetüül rühmasid - N-atsetüüli lüsiini aminohappest histoonil. Histoonatsetülaas (HAT) ensüümid, mis atsetüleerivad kaitstud lüsiini aminohappeid histooni proteiinidel transfeerides atsetüül rühmad astüül CoA-st lüsiini -N-atsetüüli lüsiinist, funktsioneerib üle terve ensüümi
(HREs) Trans-faktorid · Kontrollivad geeni ekpressiooni: ruumiline regulatsioon väljendub ainult teatud rakkudes ajaline reg. väljendub teatud ajal (näiteks arenguetapp) aktivatsiooni tagajärjel (fosforüleerimine) ligandi (ehk mingi molekuliga) sidumisel keskkonna tingimuste muutusel · Peamised tüübid (võtmed): steroid retseptor zinc finger valgud leucine zipper (iga 7. on leu) Wendy Prioonid · Prions, which cause diseases such as Creutzfeldt-Jakob and BSE (Bovine spongiform encephalopathy, commonly called mad cow), are pretty scary stuff. They don't have any genetic material; instead, they're made from a protein that's normally produced by the brain. Like something out of science fiction, they adopt
Mõned peamised trans faktorite rühmad: · heeliks-pööre-heeliks (ingl helix turn helix) Esinevad dimeeridena, mõlemi dimeeri üks heeliks osaleb dimeeride vahelise sideme tekkes, teine heeliksite paar moodustab käärisarnase struktuuri, mille otsad paiknevad DNA kahes kõrvutiasetsevas suures vagumuses. Seda tüüpi trans faktoriks on näiteks repressor, mis takistab bakteriofaagide paljunemist bakterirakus. · leutsiini tõmblukk (ingl leucine zipper) Kahest dimeerist moodustub samuti käärisarnane struktuur mis seostub DNA sügava vagumusega. Dimeerid hoitakse koos hüdrofoobsete jõududega Leu jääkide vahel . · tsinksõrmed (ingl zinc fingers) DNA sügava vagumusega komplementaarne ruumiline struktuur mis tekib valguahela paindumisel tsingi ioonide ümber. Iga tsingi aatom on seotud nelja aminohappega (His, Cys) Eukarüootse geeni regulatsioonil hulk aktivaatorvalke mõjuvad koos, osutades
Üle 20 imetajatel (NOD2-muramüül dipeptiid) RLR retseptorid RNA helikaasid Taimede PPR retseptorid(XA21, FLS2) MBL (mannan-binding lectin) C-reaktiivne valk Komplemendi retseptorid RNA helikaasid RIG-I ja MDA5 RIG-I ja akronüümid immunoloogilistes tekstides RIG-I(retinoic-acid-inducible protein ) retseptorite (tsütosoolsed RNA helikaasid) käivitatud signaalirajad Taimede immuunsüsteemi elemente PAMPS- Pathogen-associated molecular pattern LRR- leucine-rich repeat (leutsiini rikaste kordustega retseptorid) R genes (resistentsuse geenid) RNA interference Lihtsamad keemilised mediaatorid ja signaalnolekulid (salitsüül hape,jasmon hape, etüleen.....) Immuunreaktsioonid taimedel miRNA ssRNA molekule mõnest tuhandest kuni 40,000 molekulini raku kohta Leitud kõigis metazoa liikides, 0.5-1% geenidest siRNA märklauaks on geenid, millest on ise pärit miRNA reguleerib erinevaid geene
DNA ahelate lahtisulamist. Samalt promootorilt võib toimuda nii aktivatsioon kui repressioon ja aktivaatorid võivad seonduda eri kohtadesse. Erinevate geenide puhul miks mitte. Näiteks erinevaid regulone kontrollivad regulaatorid võivad transkriptsiooni kas stimuleerida (näiteks PhoB), inhibeerida (näiteks LexA) või mõnede geenide puhul stimuleerida ja teiste puhul inhibeerida (näiteks Lrp leucine response protein). Repressor + korepressor= transkriptsioon Repressor + induktor= ei transkribeerita Aktivaator + induktor= transkriptsioon Aktivaatori represseerimine=ei transkribeerita 3. Transkriptsiooni regulatsioon DNA superspiralisatsiooni kaudu. Normaaltingimustel pöörab iga aluspaar kaksikheeliksi telge 34,5 kraadise nurga võrra. DNA heeliksi täispööre saavutatakse 10,4 aluspaariga. Promootorjärjestuse TTGACA N17 TATAAT puhul on -35 ja -10 heksameerid DNA heeliksis samasse
aga üle 70 korra. Stressivastuse käigus võidakse produtseeritakse rakus signaalmolekule e. alarmoone. Tuntumad signaalmolekulid on näiteks cAMP ja guanosiintetrafosfaat ppGpp. Erinevaid regulone kontrollivad regulaatorid võivad transkriptsiooni kas stimuleerida (näiteks PhoB), inhibeerida (näiteks LexA) või mõnede geenide puhul stimuleerida ja teiste puhul inhibeerida (näiteks Lrp leucine response protein). Osa regulone on kontrollitud alternatiivsete sigma faktorite poolt (näiteks 32 regulon). Regulatsioon võib toimuda mitmel erineval viisil: 1) regulaatori kovalentne modifitseerimine enamasti fosforüleerimine/defosforüleerimine (PhoB, NtrI), 2) negatiivse regulaatori degradeerimine (näit. LexA), 3) sigma faktori rakulise hulga tõstmine (32), 4) valgu konformatsiooni muutmine ligandi sidumisel. Bakteris E
Amino acids: glycine, alanine, lysine, cysteine, methionine, Sweet glutamine, succinic Organic acids: lactic, inosinic, ortho-phosphoric, and pyrrolidone Sweet carboxylic Amino acids: aspartic acid, histidine, asparagines Sour Organic acids: succinic, lactic, inosinic, ortho-phosphoric, Sour pyrrolidone carboxylic Hypoxanthine, anserine, carnosine Bitter Amino acids: arginine, leucine, tryptophan Bitter Monosodium glutamate (MSG), inosine and guanosine Savory, brothy, beefy. monophosphate (IMP,GMP) Bis(2-methyl-3-furyl) disulfide Roasted meat 2-methyl-3-furanthiol Roasted meat 4-hydroxy-5-methyl-3(2H)-furanone (HMF) Meaty
annaabi.ee 
