polümeraasi ja promootori piirkonnas asuva TATA-boksiga (u.25nukl). Transkriptsiooni initsiatsioon: 1.Geeni aktivaator-valk seondub kromatiiniga, seejärel seondub kromatiini ümberkujundavate valkude kompleks 2.modifitseeritakse histoonid, toimub kromatiini osaline lahtipakkimine 3.geeni regulaator-piirkonnaga seonduvad
-----DNA-valk kompleksid immunopretsipiteeritakse -----Eri allikatest pärit (kotroll ja test DNA) kompleksidega seostatakse linkerid ja amplifitseeritakse ning märgistatakse erinevate värvidega -----Tulem hübridiseeritakse kiipidele -----Mida erinevam on signaali erinevus fragmentide vahel, seda tugevam on valkude seostumine antud fragmendiga -Kaardistamine kasutades DNA adeniin metüültransferaasi määramist ------DNA adeniin metüültransferaas seotakse kromatiiniga seostuvatele valkudele ja ekspresseeritakse rakkudes ------Kimäärne valk seostub kromatiiniga ja metüleerib naabruses asuva adeniini. ------Metülatsioonitundlik DpnI lõikab DNA metüleeritud GATC saitides. ------Fragmendid eraldatakse suuruse järgi, märgistatakse ja hübridiseeritakse kiipidega 24 L-DNA-l baseeruv universaalne kiip: Algne hübridisatsioon toimub lahuses, mille järel märgistatud proovid deotakse kiibile.
6 29. Kirjelda DNA struktuuri mõju geenide aktivatsioonile/inhibitsioonile. Jälle ei saa aru, mida siin tahetakse (kas kaksiheeliksi mõju v?) pmst nagu eelmine küsimus... 30. Kirjelda kromatiini immunosadestamismeetodit. Kromatiini immunosadestamine (Chromatin immunopresipitation) võimaldab jälgida valk-DNA interaktsioone üle terve genoomi ning seeläbi võimaldab leida transkriptsioonifaktorite seostumisi in vivo ja seeläbi anlüüsida regulatoorseid võrke. Valk koos kromatiiniga on rakulüsaadis ajutiselt seotud, siis DNA-valk kompleks lõigutakse ja DNA fragmendid seotud uuritava valguga seejärel immunosadestatakse. Siis need DNA lõigud puhastatakse ja leitakse nukleotiidne järjestus. Need DNA järjestused peaksid olema seotud uuritava valguga in vivo. 31. Mis on kromatiini metüleerimise tähtsus? Kromatiini histoonseid sabasid kontrollitakse lisaks veel pöörduva fosforüülimise (Ser, Thr), pöörduva
valgu konformatsiooni teke toimub. Vajalik ATP. Esinevad pro- ja eukarüootides. Rakubioloogia I, Kordamisküsimused: rakutuum, geeniregulatsiooni sissejuhatus. 1. Nimeta protsesse, mis toimuvad eukarüootse raku tuumas. DNA replikatsioon, reparatsioon(parandamine) ja RNA transkriptsioon, tuumatransport, RNA subühikute kokkupanek 2. Kus ja kuidas paiknevad lamiinid ja mis on nende ülesanne? Lamiinid paiknevad tuumamembraani sisepoolusel ning ühendavad membraani kromatiiniga. Toetavad sisemembraani seespoolt. 3. Milline on valkude transpordi erinevus tsütoplasma-ER-i ja tsütoplasma-tuuma vahel? Tsütoplasma-tuuma vahel toimub transport läbi spetsiifiliste tuumapoooride, mis lasevad NLS'i ja NES'i abil endast läbi kõrgmolekulaarseid ühendeid. Valk kokkukeerdunud. Tsütoplasma-ER'i vahel toimub transport läbi translookonite, SRP(signaaliäratundja partikkel) determineerib, kas valk saab ER'i v mitte. Valk lahtikeerdunud.
valkudest tellinguga nim. tellingutega seotud piirkondadeks SAR (scaffold-associated regions) või maatriksiga seotud piirkondadeks (ingl matrix attachment regions MAR). SAR paikneb transkriptsiooniühikute vahel st geenid paiknevad kromatiini lingudes. Lingude pikkus 200 1000 bp. Kromosoomide mitootilise struktuuri tekkes osalevad erilised valgulised kompleksid, mida nim kondensiinideks. Kondensiinide koosseisu kuuluvad SMC valgud dimeersed molekulid, millede vabad otsad osalevad kromatiiniga seostumises ja hüdrolüüsivad ATP (4-56 Alberts). Täiendav tellingute-DNA kompleksi spiraliseerumine annab metafaassete kromosoomide struktuuri ja põhjustab DNA lühenemist umbes 10 korda. Heterokromatiin ja eukromatiin Kui mitoos on läbitud, siis kromosoomid dekondenseeruvad ja muutuvad nähtamatuks va mõningad piirkonnad värvimisel (näit. Giemsa järgi) jäävad selgesti nähtavateks ja on nähtavad ka elektronmikroskoobis tumedate piirkondadena. Selliseid piirkondi tugevasti
Ligikaudud 106 rosetti eksisteerib inimese 4. kromosoomi igas kromatiidis. Kromatiini struktuur mõjutab transkriptsiooni otseselt. Mida kondenseeritum kromatiin on, seda raskendatum on transkriptsioon, una vajalikud valgud ei pääse DNA saitidele ligi. Kromatiini immunosadestamine võimaldab jälgida valk-DNA interaktsioone üle terve genoomi ning seeläbi võimaldab leida transkriptsioonifaktorite seostumisi in vivo ja seeläbi anlüüsida regulatoorseid võrke. Valk koos kromatiiniga on rakulüsaadis ajutiselt seotud, DNA-valk kompleks lõigutakse ja DNA fragmendid seotud uuritava valguga seejärel immunosadestatakse. Siis need DNA lõigud puhastatakse ja leitakse nukleotiidne järjestus. Need DNA järjestused peaksid olema seotud uuritava valguga in vivo. Kromatiini histoonseid sabasid kontrollitakse lisaks veel pöörduva fosforüülimise (Ser, Thr), pöörduva monoubikvitineerimise (Lys H2A C-terminuses) ning mittepöörduva metüleerimisega (Lys)
ATP hüdrolüüs, eubakteritel [H+] erinevus membraani külgedel. Kordamisküsimused: rakutuum, geeniregulatsiooni sissejuhatus. Kordamisküsimused: rakutuum, geeniregulatsiooni sissejuhatus. 1. Nimeta protsesse, mis toimuvad eukarüootse raku tuumas. DNA replikatsioon, reparatsioon ja RNA transkriptsioon, tuumatransport, RNA subühikute kokkupanek 2. Kus ja kuidas paiknevad lamiinid ja mis on nende ülesanne? Lamiinid paiknevad tuumamembraani sisepoolusel ning ühendavad membraani kromatiiniga. Toetavad sisemembraani seespoolt. 3. Milline on valkude transpordi erinevus tsütoplasma-ER-i ja tsütoplasma-tuuma vahel? Tsütoplasma-tuuma vahel toimub transport läbi tuumapoori kompleksi, ehk läbi spetsiifiliste pooride, mis on valmis läbi laskma kõrgmolekulaarseid ühendeid. (või pigem vaata küsimus number 5. vaja on signaale NLS ja NES + tuuma transpordi retseptorid.)Tsütoplasma ja ER-i vahel toimub transport aga läbi translookonite
Rekombinatsiooni toimumiseks on vaja avatud kromatiini struktuuri ja kaheahelaliste katkete DSB initsiatsiooni. Tavaliselt esinevat DSB-d peamiselt kromatiini kergesti ligipääsetavates regioonides. Pärmis on kolme tüüpi hotspote: • α – korreleerub transkriptsioonifaktorite seostumissaitidega ehk eeldab transkriptsioonifaktori seondumist. • β – sisaldab nukleosoomidest vabat DNA järjestust ehk assotseerub nukleaasitundliku kromatiiniga • γ – on kõrge C+G nukleotiide koostisega, kõrge GC % • Pärmis rekombinatsiooni ja transkriptsiooni initsiatsioon on seotud 12-ne (CCGNN) tandeemse kordusega. See on väga tundlik DNaas I-le. Ainult transkriptsioon on seotud 48 CCGNN kordusega. • Kõrgemate eukarüootide puhul on pakutud, et rekombinatsiooni toimumist tõstab kõrgem GC sisaldus, kõrgem Alu elementide ja geeni sisaldus. χ-motiiv stimuleerib rekombinatsioonilist aktiivsest. Samuti
kromatiinsest kompleksist, restriktsioonanalüüs, Southern blotting see on klassikaline skeem, kuidas määrata kindlaks DNaas I hüpersensitiivseid alasid kromatiinis. Tundlikus alas on DNA transkriptsiooniliselt aktiivne (vähem kondenseerunud). 10. Histoonide N- ja C-terminuste modifikatsioonid: kromatiini kondensatsiooni ja funktsiooni regulatsioon. Histooni N-terminuste modifitseerimisega kontrollitakse kromatiini kondenseerituse astet. Histoonsed sabad võivad siduda ka teisi kromatiiniga seonduvaid valke, mis osalevad sellistes protsessides nagu transkriptsioon ja replikatsioon. Ulatuslik ubikvitiinimine viib valkude proteosoomse lagundamiseni. Histoonide N-terminuste atsetüülimise regulatsioon on üks geeniregulatsiooni mooduseid, mis teatud kromosoomialas mõjutab oluliselt DNA-histoonide omavahelisi interaktsioone ja kromatiini pakkimist kondenseeritud või vähem kondenseeritud struktuuriks. Histoonide (de)atsetüleerimise mehanism ja teostavad valgud
funktsioonid). Tuumaümbris koosneb kahest membraanist – sisemine, välimine tuumamembraan. Tuumalähedane ruum (perinuclear space) – see on ala, mis jääb kahe tuumamembraani vahele. Sisemises membraanis asuvad lamiinid, mis seovad endaga kromatiini ja tuuma valke. Tuuma laamina – valkude võrgustik, mis annab tuumaümbrisele toese. 1) Reguleerib genoomi organiseeritust ja kromatiini struktuuri a. interakteerudes otseselt kromatiiniga ja seostudes kaudselt kromatiini modifitseerivate ja reguleerivate valkudega 2) Reguleerib geeniekspressiooni a. Eraldab transkriptsioonifaktorid tuumaümbrisesse – piirab nende kättesaadavust nukleoplasmas 3) Vahendab tuuma ja tsütoskeletivahelisi struktuurseid sidemeid LINC kompleksi kaudu a. koosneb lamiinidest, sisemisest tuumamembraani proteiinist ja
vahel, st geenid paiknevad kromatiini lingudes ning geen võiks teoreetiliselt avalduda ka nii, et DNA jääb toesevalkudega seondunuks. Kromosoomide mitootilise struktuuri tekkes osalevad lisaks veel üht tüüpi valgulised kompleksid, mida nim kondensiinideks ja kohesiinideks, mis kuuluvad SMC valkude perekonda (structural maintenance of chromosomes).Tegu on dimeersete (funktsionaalne on kahest identsest valguahelast moodustunud struktuur) molekulidega, mille vabad otsad osalevad kromatiiniga seostumises ja hüdrolüüsivad ATP-d, et DNA liigutamiseks energiat saada. Milles seisneb C-väärtuse paradoks? Seaduspära organismi keerukuse ja genoomi suuruse vahel alati ei kehti ja seda nimetatakse C- paradoksiks. Kirjeldage geeni ehitust. Geeniks loetakse lisaks kodeerivatele piirkondadele ka regulaatorpiirkonnad, mis võivad kodeeerivast osast küllalt kaugel paikneda, ja ka osad, mis mRNA eellasest välja lõigatakse - intronid.
kromatiini lingudes ning geen võiks teoreetiliselt avalduda ka nii, et DNA jääb toesevalkudega seondunuks. Kromosoomide mitootilise struktuuri tekkes osalevad lisaks veel üht tüüpi valgulised kompleksid, mida nim kondensiinideks ja kohesiinideks, mis kuuluvad SMC valkude perekonda (structural maintenance of chromosomes).Tegu on dimeersete (funktsionaalne on kahest identsest valguahelast moodustunud struktuur) molekulidega, mille vabad otsad osalevad kromatiiniga seostumises ja hüdrolüüsivad ATP-d, et DNA liigutamiseks energiat saada. 30. Milles seisneb C-väärtuse paradoks? Seaduspära organismi keerukuse ja genoomi suuruse vahel alati ei kehti ja seda nimetatakse C- paradoksiks. 31. Kirjeldage geeni ehitust. Geeniks loetakse lisaks kodeerivatele piirkondadele ka regulaatorpiirkonnad, mis võivad kodeeerivast osast küllalt kaugel paikneda, ja ka osad, mis mRNA eellasest välja lõigatakse - intronid.
annaabi.ee 
