SÜA-lates on leitud GA-de signaliseerimise repressorid (negatiivsed regulaatorid). GA-de toimel repressorid lülitatakse välja. Kui sellises repressoris (funktsionaalses saidis) toimub mutatsioon, siis effekt on samasugune kui GA toimel. Esineb ka võimalus, et negatiivse regulaatori geenis toimub selline mutatsioon, mis põhjustab valgu aktiivsaidi (regulaatorsaidi) muutumist. Sel juhul GA ei saa oma toimet avaldada ja sellised taimed on GA tundetud. Sünteesitakse repressori konstitutiivselt aktiivne vorm mida GA välja ei lülita. Taimed on kääbused nagu GA-de sünteesi mutandid, kuid GA-d ei suurenda kasvu. Mutatsioonid repressiooni domäänis inaktiveerivad negatiivse regulaatori, mis ei pärsi enam kasvu ja taim kasvab pikaks ka GA puudumisel (Taiz lk-480-484) Tsütokiniinid Nimetus tuleneb nende ühendite võimest soodustada rakkude jagunemist. Et vigastatud kartulimugulad produtseerivad lõikepinnale aineid, mis soodustavad rakkude pooldumist, leiti G
Tegemist on autoregulatsiooniga, kus metüleeritud Ada valk seondub teda kodeeriva geeni promootoralale, mille tulemusena ada geeni transkriptsioonitase rakus tõuseb. Metüleerimata Ada valk on samuti võimeline promootoralale seonduma, kuid tunduvalt väiksema efektiivsusega ning sel juhul ada geeni transkriptsioonitase rakus langeb. Nii on võimalik Ada valgu ekspressioonitaset kontrollida vastavalt DNA kahjustuste hulgale rakkudes. Lisaks Ada valgule on bakterites veel konstitutiivselt ekspresseeruv O 6-MeG metüültransferaas Ogt. UV kiirgusest põhjustatud pürimidiini dimeeride lahutamine fotolüaasi abil toimub samuti kohapeal. Fotolüaas võib substraadile seonduda pimedas, kuid dimeeride lahutamiseks kasutab ta valguseenergiat. Seetõttu nimetatakse seda reparatsiooniprotsessi ka fotoreaktivatsiooniks. II. Lämmastikaluste väljalõikamine Kahjustatud lämmastikaluste kõrvaldamisel DNA-st osalevad N-glükosülaasid. Selle tulemusena tekib DNA
Rakusisene PPi hulk püsib üldjuhul muutumatuna (0,5 mM), kuid muutub detekteerimatuks stressitingimustes, näiteks glükoosi limitatsiooni puhul. P i rakku transportimisel osalevad 2 süsteemi Pst ja Pit süsteemid. Pst süsteem on kõrge afiinsusega, Pit aga madala afiinsusega. Olukorras, kus P i kontsentratsioon on kõrge, transporditakse seda rakku Pit transporteri abil, mida sünteesitakse rakus konstitutiivselt. Pi limitatsiooni korral aga indutseeritakse Pst süsteem (ligi 100-kordne aktivatsioon) ja P i viiakse rakku Pst abil. Samas arvatakse, et Pst süsteem toimib basaalsel tasemel ka P i kõrge kontsentratsiooni korral, kuna Pst süsteem kontrollib Pho reguloni negatiivselt. Intaktset Pst süsteemi on vaja Pho reguloni Pi poolsel inhibitsioonil. Pst süsteem koosneb mebraaniga assotsieerunud kompleksist, mille moodustavad 4 valku
RNA molekulid (snoRNA) alternatiivne splassing – ühel geenid mitu võimalikku produkti. eksonite ühendamine, mõned intronid jäetakse välja. Funktsionaalselt jaotatakse geene: struktuursed – kodeerivad valke ja RNA molekule regulaator – poolt kodeeritud produktid, võib ka RNA ja valk olla, aga reguleerivad teiste geenide avaldumist koduhoidja geenid (housekeeping) – hulkraksetes avalduvad igas rakus, ainuraksetes avalduvad konstitutiivselt (pidevalt). Neil pakineb 5’ osas oligopürimidiin järjestus (TOPP geenid). TOPP geenide intronites on sageli teisi kodeerivaid järjestusi – samuti koduhoidja geenid. Omapärane geenide kattumine, füüsiliselt ei kattu info, aga mõlema geeni produktid reguleeritud ühise kontrolljärjestuse poolt. Geenide kattumine esineb prokarüootides (mRNA tasemel ja DNA tasemel) – erinevate mRNA molekulide süntees. Eriti oluline viirustel. Geenide aktiivsuse regulatsiooni tasemed:
lihasmassi taastumist. Samuti suurendab Arahhidoonhape lämmastik oksiidi (NO) tootlikkust lihastes. Lisaks parandab arahhidoonhape lihastes veresoonkonda, kuna stimuleerib ka veresoonte taastumist. Prostaglandiine toodetakse paljude rakkude poolt; põhjustab silelihaste kontraktsiooni, trombotsüütide agregatsiooni, põletikku. Erinevalt teistest signaalmolekulidest eksotsüteeritakse prostaglandiine konstitutiivselt; kui aga rakke aktiveerida koe vigastamise või mingi keemilise signaali poolt, siis nende süntees tõuseb. Teatud prostaglandiine toodetakse suures hulgas emakas, kui algab sünnitustegevus. Need on olulised emaka silelihaste kontraktsiooni stimuleerimisel. Neid kasutatakse ka meditsiinis kunstliku abordi esilekutsumiseks. Prostaglandiinid indutseerivad ka näiteks lima eritumist mao limaskestast. Prostaglandiinide sünteesi aga omakorda indutseerib näiteks alkohol
Viiruse poolt nakatatud vastuvõtlikes rakkudes läbib viirus lüütilise tsükli, mis lõpeb tema järkjärgulise vabanemisega ja raku surmaga. Mittevastuvõtlikes rakkudes ei suuda viirus kogu elutsüklit lõpuni viia, rakk transformeerub ja algab selle piiramatu pooldumine. DNA ja RNA viiruste erinev käitumine peremeesrakus. RNA viiruste onkogeenne toime peremeesrakule. DNA viirused – viiruse DNA integreerub peremeesraku genoomi ja ekspresseerub konstitutiivselt. RNA viirused (retroviirused) – nakatavad uusi peremeesorganisme ja -rakke, kuid integreeruvad ka peremeesraku genoomi ja kanduvad järglastele sugurakkude kaudu edasi. Võivad käituda kui onkogeenide vektorid, kandes neid ühest rakust teise. Rous’i sarkoomi viirus’i on eelmisest genoomist üles korjanud c-Src geeni (protoonkogeen), mis on muteerunud ja muutunud v-Src’iks (onkogeen), mis viirusega nakatumise korral põhjustab uude DNA-sse integreerudes kasvaja teket.
Seega geenid ei ole alati ühetähenduslikud. Funktsionaalselt on geenid struktuursed ja regulaatorgeenid: struktuurgeenid kodeerivad valke ja RNA molekule, mis viivad läbi rakkudes eluprotsesse. Regulaatorgeenide poolt kodeeritud produktid, mis võivad samuti olla nii RNA kui valgulised, reguleerivad teiste geenide avaldumist. Eriline geenide rühm on nn. koduhoidjad geenid (housekeeping), mis avalduvad hulkraksetes organismides igas rakus ja ainuraksetes organismides avalduvad nad konstitutiivselt st. pidevalt (kui organism ei ole stressis ja geenid represseeritud). Koduhoijatel geenidel on eriline struktuur, nende 5' osas paikneb oligopürimidiin järjestus nn. TOP geenid. Just TOP geenide intronites on sageli veel teisigi kodeerivaid järjestusi, mis samuti kuuluvad koduhoidjate geenide hulka. See on omamoodi geenide kattumine, kus informatsioon küll füüsiliselt ei kattu. Siiski on mõlema geeni produktid reguleeritud ühise kontrolljärjestuse poolt.
Patogeeni otsus rünnata peremeesorganismi ,,võetakse vastu" kollektiivselt, mis hõlmab informatsiooni vahetamist ning aktiivset koostööd. Kuigi hulgatunnetus on levinud nii patogeensetel kui ka mittepatogeensetel bakteritel, tuntakse rohkem huvi patogeensete bakterite hulgatunnetuse vastu. Patogeensetel bakteritel on hulgatunnetus mehhanism, mis võimaldab bakteri populatsioonil kõige efektiivsemalt peremeesorganismi rünnata. Kui bakter ekspresseeriks virulentsusgeene konstitutiivselt, siis bakterite madala arvukuse korral saaks peremeesorganismi immuunsüsteem vähestest bakteritest jagu. Ära hoidmaks immuunsüsteemi vastust, ekspresseeritakse virulentsusgeene ainult piisava bakteriarvukuse korral. Pseudomonas aeruginosa ekspresseerib kahte olulist AHL signaalmolekuli: LasR-I (LuxR-I süsteemi ortoloog) süsteemi abil 3-oxo-C 12- homoseriin laktooni ja RhlR-I süsteemi abil C4-homoseriin laktooni. Need