lühem vajalik aeg, st 205°C juures 5') Etüleendioksiid (gaasiline etaanepoksiid, 2h gaasikeskkonnas veeaurus). Filtreerimine läbi steriliseeriva filtri (0.22 μm), kui lõpp-pakendis steriliseerida ei saa. Steriliseerimine γ-kiirgusega, aeg vastavalt tihedusele. Loeng 14 Sihtmärk -> Juhtühendi leidmine kombinatoorse sünteesiga -> aktiivse ühendi eraldamine -> struktuuri määramine -> SAR ja juhtühendi optimiseerimine (kombinatoorne süntees). Mis on klassikaline eesmärgile suunatud süntees? Tehakse primaarne struktuur-aktiivsuspõhine skriining, sekundaarne selektiivsuse ja toksilisuse põhine skriining, tertsiaarne metabolismi ja farmakokineetikat arvestav skriining, mille kõige tulemusena saadakse ravimi eellane ning võivad järgneda kliinilised katsed. 11 8-12 aastat, 500 miljardit USD Uus paradigma nõuab multiparameetrilist kriiningut, mis arvestaks samaaegselt
2) korrutis (ühisosa): sisaldab kõik el.s., mis sisalduvad korraga kõigis korrutatavatessündmustes Tõenäosus: iseloomustab esinemissagedust katsetes, on sündmuse mõõduks, arv nullist üheni Omadused: 1) Normeeriusaksioom (0-1) 2)Liitmisaksioom (summa P=sündmuste P summa) 3)tinglik tõenäosus Valemid: P(tühihulk)=o, P(el.s.ruum)=1, summa ja korrutise tõenäosus, erijuhud, vastandsündmuse P. Määramisviisid: A)klassikalised (kombinatoorne, geomeetriline, statistiline) B) mitteklassikalised (subjektiivne/intersubjektiivne, kuuluvusfunkts väärtus..) Juh. Su suurus, mis järjekordse katse tulemusel omandab mingi mitteennustatava väärtuse mingist võimalikust väärtuste hulgast. Liigid: diskreetne ( võimalike väärtuste hulk lõplik/loenduv, , tingimused: mittenegatiivsus, normeeritus) ja pidev (kontiinum) Jaotusseadus- määrab täielikult juh. Su. Omadused (2 kuju: jaotusfunktsioon ja jaotustihedus)
Domäänide struktuurid, milledes iga seitsmes aminohappejääk on Leu seovad DNAd kui dimeerid. Aluselised heeliks-ling-heeliks domäänid (bHLH). Erinevalt lZip'st on siin heeliksis mittehelikaalne ling, mis eraldab kummagi monomeeri -heeliksit. 22. Selgita transkriptsioonifaktorite interatsioonide kombinatoorikal põhinevat transkriptsiooni regulatsiooni olemust. Mõnede heterodimeeride puhul on igal monomeeril kindel järjestuse äratundmise spetsiifika. Kombinatoorne sidumine nende valkude puhul suurendab äratundmissaitide hulka. Kolme erineva faktori monomeerid võivad teoreetiliselt moodustada 6 homo- ja 6 heterodimeerset faktorit jne. Samas võivad aktivaatori monomeeriga kombineeruda ka inhibiitor, mis takistab seondumist DNAle. Kombinatoorne kompleksus on omane nii sidumissaitidele kui regulatoorsetele interaktsioonidele. 23. Mis roll on histoondeatsetülaasidel (HDAC) ja mis funktsioon on histoonatsetülaasidel (HAT)?
kaasavoolu tegur wake fraction coefficient kavitatsioon cavitation kavitatsioonarv cavitation number keeris vortex kere mõju tegur hull efficiency kettasuhe disc area coefficient laba kinnitusäärik blade flange ``kerge´´ sõukruvi ``light´´ propeller kineetiline energia kinetic energy kombinaatortunnusjoon combinator curve kombinatoorne juhtimine combinator control koonilisus conicity, cone (taper) angle koonus cone, taper koostatav composite, built up kroominikkelteras chromium-nickel steel kruvijoon helical line, spiral kruvijoone samm spiral pitch kruvipind helicoidal surface, helicoid käigudiagramm running diagramm käigusamm advance
korral üks tingimata toimub. Juhuslikud sündmused: *vastastikku välistuvad sündmused- ei sisalda samu elementaarsündmusi *vastastikku mittevälistuvad sündmused- sisaldavad samu elementaarsündmusi *sündmuste sisalduvus- kui toimub A, toimub ka B *vastansündmus- kõik elementaarsündmused, mis ei sisaldu sündmuses Tõenäosus iseloomustab sündmuse esinemissagedust katsetes. Tõenäousese määramisviisid: klassikalised(kombinatoorne, geomeetriline, statistiline), mtteklassikalised(subjektiivne,intersubjektiivne) Juhuslikuks suuruseks nim suurust, mis järjekordse katse tulemusel omandab mingi mittennustatava väärtuse mingist võimalikust väärtuste hulgast. Diskreetne juhuslik suurus: võimalike väärtuste hulk on lõplik Pidev juhuslik suurus: võimelike väärtuste hulk on kontiinum Jaotusfunktsioon on tõenäosus, et juhusliku suuruse väärtus ei ületa funktsiooni argumenti
1.Normeeritusaksioom: 0 P(A) 1 2 Liitmisaksioom: vastastikkku välistuvate sündmuste loenduva summa tõenäosus võrdub nende sündmuste tõenäosuste summaga, st P( Ai ) = P( Ai ) kui AiAj = Ø (-aditiivsus) 3.Tinglik tõenäosus määratletakse seosega P(A/B) = P(AB) / P(B) (tinglik tõenäosus näitab sündmuse A toimumise tõenäosust tingimusel, et sündmus B on juba toimunud ja P(B) 0) Tõenäosuse määramisviisid: Klassikalised: Kombinatoorne; Geomeetriline; statistiline mitteklassikalised: subjektiivne/intersubjektiivne; kuuluvusfunktsiooni väärtus,.. Juhuslikuk suurus- suurust, mis järjekordse katse tulemusel omandab mingi mitteennustatava väärtus mingist võimalikust väärtuste hulgast. Juhusliku suuruse põhiliigid: diskreetne juhuslik suurus: võimalike väärtuste hulk on lõplik või loenduv (nt variantide nr'id)
madalmolekulaarsetel pikk. Emissiooni regamist saab viivitada detekteerides vaid väikesi molekule. Nii saab mõõta keerulisi segusid, sünteesi produkte jne. Seostumsit valguga. Teisi viise – afiinsus, SPR- ja stsintillatsioon-skriining. Juhtühendi leidmine: võib olla kaugem ideaalist, madala aktiivsuse ja sobimatute kõrvalefektidega, kuid ta on vajalik lähtepunkt ravimidisainile ja tootearendusele. Allikad: - looduslike ühendite skriining, - kombinatoorne süntees, - meditsiiniline folkloor, - kompuuter disain, - sünt.pankade skriining, - juhus ja intuitsioon, - olemasolevad ravimid, - arvutiotsing andmebaasidest, - looduslikud - TMR-disain ligandid/modulaatorid, - Looduslike ühendite skriining: ammendamatu allikas. Beyond the wildest wet dreams of an organic chemist. Liigne keerukus, liiga madal
paraloogia tasemega. Seda omakorda defineeritakse geenide fraktsiooni järgi, millel on genoomis vähemalt üks paraloog. Paraloogia suhteline tase kahe genoomi vahel on võrdne RLP12=ruutjuur N1/N2. N1 ja N2 on geenide arv kahes erinevas genoomis. Paraloogia tase E.coli ja H.influenza jaoks on vastavalt 50% ja 33% ning RLP=1.52, kui geenide arvu vaheline suhe on 2.5. Mutatsioonimehhanismid, mis otseselt mõjutavad genoomi suuruse arengut: Kombinatoorne mutatsioonide ja selektsioonirõhu efekt viib genoomi suuruse kasvule, vähenemisele või stabiilsusele. 25. Prokarüootide genoomide evolutsioon. Prokarüootide genoomid on kompaktsed vastamaks kiirelt ja adekvaatselt keskkonna muutustele. Genoomide suurus korreleerub geenide arvuga. Esineb võime integreerida geneetilist materjali väljastpoolt ning seda ka kiirelt kaotada. Genoom sõltub otseselt bakteri ökoloogilisest nisist
Interaktsioonid reguleerivate valkudega määravad ära, kas toimub aktiveerimine või repressioon. Mõned regulaatorvalgud on eri rakutüüpides ühesugused, teistes aga spetsiifilised. Igal promootoril ja enhanseril omad spetsiifilised valgud, mis määravad ekspressiooni. Ekspressiooni määr on funktsioon negatiivselt ja positiivselt kontrollivate regulatoorsete valkude interaktsioonidest. Geeni regulatsioon on kombinatoorne; enhanserid ja promootorid seovad mitmeid regulatoorseid valke, mille tulemusena tekib palju erinevaid interaktsioone; sellest ka erinevad regulatsioonid. Kromosoomi struktuur, histoonid: Prokarüootidel puuduvad valgud kromosoomis, seepärast regulatsioon vahetu sidumine DNAga. Eukarüootidel kromosoomis DNA seotud histoonidega; see takistab transkriptsiooni, sest ei lase valkudel seonduda DNAga ja aktiveerida geene. Tõestatud DNase I tundlikkusega:
arengu lõppfaasi. Immunoglobuliinide spetsiifilisuse geneetiline alus. võimalik on 1011 erineva spetsiifilisusega antikeha. aluseks on Ig geenide segmentne olemus, millest iga segment kodeerib osa Ig polüpeptiidist. B-raku küpsedes segmendid ühendatakse DNA rekombinatsioonil, mille tulemusel moodustub tervet Ig varieeruvat osa kodeeriv geen. (ei ole kindel, kas järgnevad 3 punkti käivad siia, aga sellesse teemasse küll) kombinatoorne mitmekesisus. Igal geeni segmendil on mitu erinevat koopiat ja erinevaid kombinatsioone saab kasutada erinevatel rekombinatsioonidel. See on oluline kerge ja raske ahela V regiooni mitmekesisusel. ühenduslik mitmekesisus. See esineb erinevate geenisegmentide vahel, nukleotiidide lisamise ja ära võtmise tulemusel, rekombinatsiooniprotsessis. kombinatoorne, see tuleneb erinevate kergete ja raskete ahelate V-regioonide kombinatsioonidest,
aktiveerimiseks. Mida rohkem on transkriptsioonifaktoreid, seda rohkem geene. Erinevate elementidega seonduvad erinevad aktiivsusfaktorid. Võimendi ümbruses aktivaatorid on ≈ komplementaarsed promootorile seonduvate aktivaatoritega. Kui aktivaatorid sobivad omavahel, siis produktiivne transkriptsiooni kompleks. Kui aktivaatorid ei sobi, siis mitte produktiivne transkriptsiooni kompleks ja sünteesitakse ainult paar esimest nukleotiidi (poolik). Hulkraksete eukarüootide geenide kombinatoorne regulatsioon 62 Iga geeni avaldumiseks on vaja mitut hulka erinevaid transkriptsioonifaktoreid. Neil peavad ka omad geenid olema. Vajalik transkriptsioonifaktorite õige kombinatsioon. Transkriptsioonifaktoritel peab olema kooperatiivne toime – kõik peavad samal ajal õiges kohas olema. Kasutatakse aktivatsioonikompleksi. Igale aktivaatorile kindel DNA järjestus. Aktivaatori kombinatoorika kaudu on väheste aktivaatoritega võimalik
annaabi.ee 
