(М128) 80 ! Aktinomütsiin D (antibiootikum): ühineb eukarüoodi rakus DNA-ga ja takistab RNA polümeraaside liikumist, seega kõikide RNA tüüpide süntees on inhibeeritud. Alfa-amanitiin: valgekärbseseene alkaloid, inhibeerib rakus RNA polümeraas II, mRNA süntees muutub võimatuks. ! 14. Aminohapete aktiveerimine ja adapteerimine. (Б137) 84 ! ! Vaja on aminohappeid (20 põhitüüpi), tRNAd (32 eri tüüpi), energiat (ATP, GTP) ja erinevaid valke (initsiatsioonifaktorid IF1, IF2, IF3 ja ensüümvalgud AAS-id e aminoatsüül-tRNA-süntetaasid , kodaasid e aminoatsüül-tRNA-ligaasid jne) Aktiveerimine: AH + ATP + AAS -> AH-AMP-AAS (aktiveeritud aminohape) + 2P Ensüüm liidab aminohappe külge adenosiinmonofosfaadi (AMPi). Adapteerimine (aminohappe kinnitumine tRNA külge) AH + AMP + AAS + tRNA -> AH-tRNA (aminoatsüül-tRNA) + AMP + AAS Adapteerimise tulemusena saadaksegi tRNA ja aminohappe ühismoodustis, ensüüm ja AMP vabanevad.
inosiin, pseudouridiin, 1-metuulguanosiin, ribotumidiin (ainuke T RNA-d koosseisus) jt. 3'-otsas CCA-OH järjestus, mille külge tuleb aminohape. Ristikulehe kujuline sekundaarstruktuur, kolm lingu, millest keskmine - antikodoon-ling. Tertsiaarne str-r peab omama ôiget antikodooni järjestust, tundma ara ôige aminoatsüül-tRNA-süntetaasi, seonduma ribosoomi ôiges saidis. 126. Translatsiooni initsiatsioon prokarüootidel. Initsiatsioonifaktorid. 30S ribosoomi alaüksuses on A e. aminoatsüülsait (sisenemissait), P e. peptidüülsait (peptiidsideme teke) ja E e. väljumissait. Translatsiooni initsiatsioonifaktorid prokarüootidel: lahustuvad valgud IF-1, IF-2 ja IF-3; 1 molekul GTPd ja dissotsieerunud ribosoomi 30S ja 50S alaüksused. 1-ne tRNA on tRNAfMet (formuul-metionuul-tRNA). Internaarselt tRNAMet, millel sama metioniini AUG koodon. tRNAfMet-ga seondub IF-2 ja samal ajal moodustub IF-3/mRNA/30S alauksuse kompleks. Need
(initsiatsioonist tuleb kunagi eraldi loeng). Initsiatsiooni põhiline keerukus valgusünteesis seisneb tõsiasjas, et kui RNA süntees algab 1 nukleotiid enne või pärast, siis suurt funktsionaalset kaotust pole. Tuleb leida üles õige lugemisraam ja alustada valgusünteesi sealt kohast, kus ta on ettenähtud algama – initsiatsiooni kõige tähtsam ülesanne. Translatsiooni initsiatsioonil osalevad mitmed initsiatsioonifaktorid: IF1, IF2, IF3. Initsiaatorkoodoni üles leidmisel osaleb Shine-Dalgarno (SD) järjestus, mis asub mRNA initsiaatorkoodoni ees. rRNA 3’ ots seondub SD järjestusega. Initsiaatorkoodoniks on AUG. Kui 30S initsiatsioonikompleks on paika saanud, siis lahkub sealt IF3 faktor ning järelejäänud kompleksiga ühineb suurem subühik, misjärel võib elongatsioon peale alata. AUG start-koodon on komplementaarne initsiaator-tRNA-ga (ehk fMet-tRNA, antikoodoniks
Defineeri prokarüootne operon. Geneetilise ekspressiooni ühik, mis koosneb ühest või enamast geenist ning operaator- ja promootorjärjestusest, mis reguleerivad nende transkriptsiooni. Kirjelda geeni aktivatsiooni protsessi prokarüoodis trp või lac operoni näitel. Laktoosi seondumisel repressoriga lac operonil muutub repressor inaktiivseks ja transkriptsioon saab toimuda. Alternatiivsed sigma faktorid. Kontrollivad teatud geenirühmade avaldumist, on initsiatsioonifaktorid, tunnevad ära promootori. Aktivaatorite osatähtsus 54-RNA polümeraasi regulatsioonis. Aktivaator aktiveerib transkriptsiooni 54-sõltuvalt promootorilt. Kahekomponentsed transkriptsiooni regulatsiooni süsteemid. Induktsioon geenide ekspressiooni suurenemine vastuseks metaboliidi kontsentratsiooni tõusule ja repressioon geenide ekspressiooni vähenemine vastuseks metaboliidi kontsentratsiooni tõusule. 2. Mis on sigma faktori funktsioon
24kDa). RNA väljub kapsiidist (5’ ots ees) ja liigub piki pili raku suunas. Nagu kõikide positiivse polaarsusega RNA genoomsete viiruste puhul on leviviiruste esimeseks biosünteesiks nakatatud rakkude translatsioon, see toimub rakku sisenenud genoomselt RNA-lt. Prokarüootse translatsiooni initseerimine Initsiatsiooniks on vajalik: 30S ja 50S sübühikut mRNA fMet- tRNA GTP Initsiatsioonifaktorid IF1- blokeerib ribosoomi A-saidi, hoiab selle vabana ja võimaldab fMet-tRNA-l seonduda ainult P saiti. IF3- blokeerib E-saidi ja takistab ribosoomi subühikute omavahelist asotsiatsiooni. IF4- väike GTP-ase, mis seondub fMet- tRNAga ja aitab sellel seonduda 30S subühikuga. - 16s rRNA tunneb oma 3’ otsaga ära RBS elemendi (ribosoomi seondumissait, Shine-Dalgarno järjestus) mis asub 5 -10 b ülapool initsiaatorkoodonit: see paigutab p-saidi initsiaatorkoodoni kohale.
peptiidsideme süntees. Elongatsiooni käigus toimub valguahela pikenemine kuni stop- koodonini. Terminatsioonil toimub stop-koodoni äratundmine terminatsioonifaktori poolt, sünteesitud valgu, mRNA ja tRNA vabanemine ning ribosoomi subühikute eraldumine. Sellega on taastunud ribosoomide algne olek, st. subühikud on eraldi ja ribosoomid on läbinud valgusünteesi ribosoomi tsükli (joon. 8.9). Valgusünteesi initsiatsioonil osalevad lisaks ribosoomidele ka valgulised initsiatsioonifaktorid, initsiaator-tRNA ja GTP. Initsiatsioon toimub prokarüootidel ja eukarüootidel võrdlemisi suurte erinevustega, seepärast käsitleme siin ainult prokarüootset initsiatsiooni ja eukarüootide valgusünteesi omapära käsitleme eraldi peatükis. Bakteritel on kaks konserveerunud valgusünteesi initsiatsioonifaktorit, mõnedel bakteritel on kolm erinevat initsiatsioonifaktorit. Neist IF-2 on suur valk (molekulmass 110 kD), IF-3 ja IF-1 on väikesed valgud (9 ja 25 kD vastavalt)
RNA süntees on lihtsam – süntees toimub komplementaarsuse alusel, igale nukleotiidile vastab teine nukleotiid, osaleb RNA polümeraas ja vajalikud nukleotiidid. Translatsioon on keerulisem – paljud molekulid, AH-d, ATP, GTP, kofaktorid, hulk valke. tRNA-sid osaleb translatsioonil ca 40 erinevat. tRNA otsas on AH – aminoatsüül-tRNA (3’ otsas on AH). Translatsioonifaktorid aitavad läbi viia translatsiooni. Esinevad initsiatsioonifaktorid (3), elongatsioonifaktorid (EF-Tu, EF-Ts ja EF-G, eukarüootides on need EF1A, EF1B ja EF2) ja terminatsioonifaktorid (RF-1, RF-2, RF-3, RRF, korraga toimub ainult kas RF-1 või RF-3 – aitavad valgusünteesi lõpetada ja suunavad produkti vabanemist). RRF – aitab ribosoomi vabastada, vajalik selleks, kui ribosoom on ühe valgu sünteesinud, siis saab teist hakata sünteesima. mRNA 5’ → 3’ suunas hakatakse lugema. Ribosoom loeb mRNA-d samas suunas, kui teda sünteesitakse
Terminatsioonil toimub stop-koodoni äratundmine terminatsioonifaktori poolt, sünteesitud valgu, mRNA ja tRNA vabanemine ning ribosoomi subühikute eraldumine. Sellega on taastunud ribosoomide algne olek, st. subühikud on eraldi. 9 Valgusünteesi initsiatsioon. Osalevad lisaks ribosoomidele ka valgulised initsiatsioonifaktorid, IF-1, IF-2 ja IF-3. Valgusünteesi elongatsiooni käigus toimub ribosoomis peptiidahela pikendamine vasavalt mRNA programmile kuni ribosoomi dekodeerivasse tsentrisse jõuab üks kolmest stop-koodonist. Elongatsioonil osalevad lisaks ribosoomidele, mRNA'le ja aa-tRNA'le veel elongatsioonifaktorid: EF-Tu, EF-Ts ja EF-G ning kofaktorina GTP. Peptiidahela terminatsioonil osalevad terminatsioonifaktorid RF-1, RF-2, RF-3 ja RRF. Nimed tulenevad sõnadest release (vabanema ingl. k
Initsiaator-koodonile eelneb ribosoomi sidumispiirkond RBS (ribosome binding site) ehk Shine-Dalgarno järjestus. RBS (4-7 NA) on komplementaarne ribosoomi väiksema subühiku RNA (16S rRNA) 3' otsaga. Paikenb AUG koodonist 5-7 nukleotiidi eespool 10. RBS (Shine Dalgarno järjestus vs Kozaki järjestus), translatsiooni initsiatsioon, eukarüoodi ja prokarüoodi võrdlus Initsiatsioon: Valgusünteesi initsiatsioonil osalevad lisaks ribosoomidele initsiatsioonifaktorid, initsiaator-tRNA ja GTP. Bakteriaalne initsiatsioon: · ·IF1 ja IF 3 koos ribosoomi väikese subühikuga ja fMet-tRNAi seondub mRNAle-RBSile (Shine-Dalgarno sequence) 70S initsiatsioonikompleks saavutatakse kui IF2 vahendatud GTP hüdrolüüsi energia arvelt viiakse kokku väike ja suur alaühik. Shine-Dalgarno järjestus ( Shine-Dalgarno box), on ribosomaalne seondumissait, mis paikneb 6-7 nukleotiidi ülevalpool start koodonist. See on
annaabi.ee 
