ehk lootepõiekese sisemassi rakkudest. Nende uurimine on alles alusuuringute faasis. Inimlootelt saadud embrüonaalsete tüvirakkude uurimine on eetilises mõttes vaieldav, sest tüvirakkude tüve saamiseks tuleb lõhkuda blastotsüst (loode, milles ei ole veel üle 150 raku), mida võidakse pidada inimeseks. 57. Mille poolest erineb organismide kloneerimine DNA kloneerimisest? Kloneerimine- DNA, raku või geneetiliselt ideeentse järglaskonna saamine, olemasolevate geenikoopiate tekitamine. DNA kloonimine- on teatud DNA lõigu paljunemine. St. meil on juba üks DNA lõik ja me tahame saada selle koopiad. Ja DNA kloonerimist me võime läbi viia katseklaasis. Me saame täpset DNA koopiaid. Orgaanismide kloonerimisel me peame toimima keerulisemalt: tuleb eraldada viljastatud munarakust tuum, ja viia selle tuuma asemele teise looma somatilise raku tuum. Siis seda munarakku viiakse asendusema emaksse ja sündib klooneetitud loom. See loom ei ole 100%
m-FISH: tulemus umbes sama, mis SKY'l, muidu natuke erinev (näiteks eksitatsioon). Tehakse spektraalanalüüs. 3D-FISH: Interfaasi rakus on kromatiin lahti pakitud ja aktiivne, aga kromosoomide asukoht ei ole suvaline. Kromosoomide territooriumid näeb ära konfokaalmikroskoopiaga funktsioneerivas intaktses tuumas: reaalajas transkriptsiooni, splaissingu jm vaatamine. 7. Võrdlev genoomne hübridisatsioon ... on molekulaar-tsütogeneetiline meetod, mis uurib geenikoopiate numbri muutusi kasvajarakkudes. Meetod baseerub fluorestseeruvalt värvitud tuumori ja punaselt värvitd (rhodamiin) normaalse DNA võrdluses. Meetod detekteerib vaid mittebalanseeritud muutusi. Erinevalt värvitud DNA'd segatakse, lisatakse cot-1 DNA'd (et alla suruda korduvaid DNA järjestusi). Segu hübridiseeritakse normaalsete metafaasi kromosoomidega. Värvingust on seejärel aru saada, mis osad on puudu või juures. Teiste sõnadega:
Kui plasmiid DNA integreerub tüvirakkude kromosoomidesse, viia need tagasi blastotsüsti ja blastostüst viia aesendusema emakksse.Oodata laste sündi.Sellisel juhul sündivad nn kimäärsed loomad, milleosa rakkudest on transgeensed ja osa rakkudest on ,,normaalsed". 51. Mille poolest erineb organismide kloneerimine DNA kloneerimisest? Kloneerimine- DNA, raku või geneetiliselt ideeentse järglaskonna saamine, olemasolevate geenikoopiate tekitamine. DNA kloonimine- on teatud DNA lõigu paljunemine. St. meil on juba üks DNA lõik ja me tahame saada selle koopiad. Ja DNA kloonerimist me võime läbi viia katseklaasis. Me saame täpset DNA koopiaid. Orgaanismide kloonerimisel me peame toimima keerulisemalt: tuleb eraldada viljastatud munarakust tuum, ja viia selle tuuma asemele teise looma somatilise raku tuum. Siis seda munarakku viiakse asendusema emaksse ja sündib klooneetitud loom
tekesugurakkude liin eristub pärast raku jagunemistemasorganismi geeniproduktid (keemiline gradient) määravad embrüos esiosa/tagaosa ja selgmise/kõhtmise sümmeetriateljestikuorganismi põhigeenid määravad embrüo segmentatsiooni ja spetsialiseerumise ning rakkudevaheliste signaaliülekandega eri tüüpi rakukihtide moodustumise ja organite tekke (morfogenees) 250. Geenidoos: tunnust määravate geenikoopiate (ka alleelide) arv, millega määratakse ära moodustuva produkti hulk ja tunnuse intensiivsus või normaalsus 251. Soo määramise protsess: X:A-suhte tuvastamine Drosophila numeraator- ja denominaatorelementide poolt, vastavate geeniproduktide suhe sõltub X-kromosoomide arvust autosoomides, vaba numeraatorvalgu olemasolul aktiveeritakse koos emaorganismist, munarakku sünteesitud valkudega ka Sxl- geeni transkriptsioon, numeraatorvalkude puudumine põhjustab Sxl-
-Proovide ettevalmistamine (märgistamine) ja hübridiseerimine -Tulemuse salvestamine (pildi skaneerimine) ja kvantifitseerimine (signaalitugevuse väljendamine numbriliselt) -Andmebaasi loomine, normaliseerimine ja filtreerimine -Statistiline analüüs ja andmetöötlus Mikrokiipide kasutamine meditsiinis: -Haigusseoseliste geenide leidmine - Õige ravikuuri määramine -Ravimite kõrvalmõjude ja vastuse ennustamine -Täpse diagnoosi andmine, sadade eri parameetrite põhjal -Geenikoopiate arv (array CGH) -Uute ravimite sihtmärkide leidmine, ravimite testimis ning avastamis hõlbustamine jpm. Mikrokiipide põhiplatformid: -cDNA kiibid -Lühikeste oligodega kiibid -Pikkade oligodega kiibid Mikrokiipide problemaatilised parameetrid: -Kõrgekvaliteetsete (kliiniliste) proovide (tuumori, kontrollkoed) olemasolu -Kõrgekvaliteetse RNA puhastamine -Eksperimendi ettevalmistus: mida võrrelda millega? -Andmeanalüüs -1: Mida teha andmetega? -2: Kuidas seda teha?
(lisatuna keemia-ja/või hormoonravile) bioloogilist ravi. (MOVET 2011) HER2 staatust määratakse operatsioonil või biopsiaga võetud koetükist. Kasutusel on kaht tüüpi HER2 testimise meetodit. IHC (immunohistokeemia) meetodit kasutatakse liigse HER2 valgu (üleekspressiooni) määramiseks rinnavähi koes. CISH või FISH (kromogeenne või fluorestsents In situ hübridisatsioon) meetodit kasutatakse liigse HER2-geenikoopiate (amplifikatsiooni) määramiseks. (HER2... 2011) 22 3.2.7. Lisauuringud Kõrge rinnavähiriskiga naiste puhul kasutatakse ka geneetilist sõeluuringut selle uuringu eesmärgiks on leida muutusi rinnavähi geenides. Selleks tehakse enamasti vere analüüs või uuritakse mingi organi või koe tükikest. Uuring on kallis ja ei ole veel laialdaselt kättesaadav.
Nädal 3 1. Selgita mõisteid genealoogia, geeniliin, viimane ühine esivanem. Kuidas mõjutab rekombinatsioon sama organismi eri lookuste genealoogiaid? Genealoogia on perekonna või geneetilise lookuse põlvnemissuhete kirjeldus. Geeniliin on homoloogsete DNA lõikude ehk lookuste põlvnemisliin. Viimane ühine eellane MRCA (Most Recent Common Ancestor) on noorim kõigi kaasaegse valimi liinide ehk geenikoopiate ühine eellane minevikus. Rekombinatsiooni puhul on igal lookusel oma genealoogia ja viimane ühine eellane. 2. Kirjelda liinide sorteerumist populatsioonides geenitriivi tagajärjel! Kas koalestsentsiteooria modelleerib kõigi populatsiooni geeniliinide põlvnemist? Mis ajalises suunas mudel töötab? Haploidsete geenide triivi näide – peale 20 põlvkonna on jäänud ainult 2 liini. Lõpuks jääb mitmest liinist alles ainult üks liin
Nädal 3 1. Selgita mõisteid genealoogia, geeniliin, viimane ühine esivanem. Kuidas mõjutab rekombinatsioon sama organismi eri lookuste genealoogiaid? Natalja Genealoogia - perekonna või geneetilise lookuse põlvenemissuhete kirjeldus. Geeniliin - homoloogsete DNA lõikude ehk lookuste põlvenemisliin. Viimane ühine ellane MRCA - noorim kõigi kaasaegse valimi liinide ehk geenikoopiate ühine eellane minevikus. Rekombinatsiooni korral on igal lookusel oma genealoogia (geenipuude konfliktid) 2. Kirjelda liinide sorteerumist populatsioonides geenitriivi tagajärjel! Kas koalestsentsiteooria modelleerib kõigi populatsiooni geeniliinide põlvnemist? Mis ajalises suunas mudel töötab? Natalja Selle geeni viimane ühine eellane asus indiviidis, kes pärandas vähemalt kaks koopiat sellest geenist ja nende järeltulijad on tänaseni säilinud
Restriktsioon analüüs: Geeni struktuuri määramiseks; piiranguks on restriktsiooni saitide olemasolu ja restriktaaside valik. RFLPs on väga oluline analüüs nii kriminalistikas kui fülogeneesi uuringutes (igal indiviididil erinevatel kohtadel restriktsiooni saidid, selle tulemusena ka erinevad lõikude pikkused. Meetod oluliselt odavam kui DNA sekveneerimine. DNA lõikusid saab hübridiseerida nn.Southern blotiga, ilma kloonimata. See näitab homoloogia olemasolu või ka geenikoopiate arvu. Northern Blot: Põhimõte sama mis Southern blotil, aga kasutatakse RNAd DNA asemel. Mõõdetakse mRNA suurust, määratakse erinevusi promootor ja terminaator saitide vahel jne. Kasutatakse geeni ekspressiooni uurimisel, kui palju ja millistes kudedes, millises rakutsüklis jne. geen on ekspresseeritud. Inimese genoom: Hinnanguliselt 24 -32,000 geeni (sinnani arvati, et50,000-100,000). Ainult 50% rohkem kui nematoodil C. elegans. Ainult 1-1.5% genoomist kodeerib valku. 50%
Isane saab lahkuda esimesena, ja siis pole emasel enam võimalik järglasi tema hoolde jätta. Miks toimub viljastamine just emas-, aga mitte isasorganismi sees? Siin peitub vastus ilmselt spermide suuremas liikuvuses ja hulgas võrreldes munarakkudega. Organismisisese viljastamisega liikidel pole isadus alati garanteeritud. Selliste liikide emane võib olla kindel, et kõik järglased on kindlasti tema omad. Seevastu isane ei saa olla sada protsenti kindel, et ta hoolitseb just enda geenikoopiate eest, sest emastel võib esineda paariväliseid kopuleerumisi ka teiste isastega peale oma sotsiaalse partneri. Kaks viimast punkti seletavad ühtlasi, miks uniparentaalset isahoolt esineb enamasti just kaladel. Veekeskkonnas ei ole kehasisene viljastamine teatavail põhjustel otstarbekas ja siin koeb emane kõigepealt vette oma munarakud, misjärel isane need viljastab. Sellest tulenevalt on emasel võimalus
annaabi.ee 
