trüptofanaas (indooltest) + - [2] amülaas (tärklis) - - [4] proteaas (kaseiin) - - [5] proteaas (zelatiin) - - [2] -glükosidaas (eskuliin) + + [2] -galaktosidaas + + [2] arginiini dihüdrolaas - - [2] ureaas - - [2] DNaas - - [2] Kasv temperatuuril ja NaCl kontsentratsioonidel 37 °C - optimum 30 37 °C [6] 42 °C + max NaCl 7% 7% [7] 9. Lisaks testisime: Kasv maltoosil oli olemas. E. aerogenes kasvab samuti maltoosil. [4] Kõige parem kasv oli pH 9-11, kuigi E. aerogenes'i pH optimum on 9 juures
Ajalooliselt 3 meetodit ensümaatiline hüdrolüüs happeline hüdrolüüs (DNA, kaasneb depuriinimine) aluseline hüdrolüüs (RNA) Nukleaasid Ensüümid, mis katalüüsivad fosfodiestersideme hüdrolüüsi Funktsioone nukleiinhapete degradatsioon kahjustuste, võõra DNA sissetungi korral jm Mõned nukleaasid on DNA või RNA spetsiifilised, mõned järjestusspetsiifilised, mõned mittespetsiifilised DNaas desoksüribonukleaas, hüdrolüüsib DNA molekule RNaas ribonukleaas, hüdrolüüsib RNA molekule Nukleaasid Vastavalt hüdrolüüsitava sideme asukohale jaotatakse nukleaasid: Eksonukleaasid katalüüsivad terminaalse nukleotiidi eemaldamist 3´ eksonukleaasid 5´ eksonukleaasid Endonukleaasid katalüüsivad ahelasisese fosfodiestersideme hüdrolüüsi produktiks 3´ fosfaadiga nukleotiid
keemiliselt määratud, et see sisaldab 21 % adenini ? a) Genoomis on 21 % guaniini b) Guanini % ei saa niimoodi määrata c) Genoomis on 29 % guaniini d) Genoomis on 10.5 % guaniini e) Genoomis on 58 % guaniini 9. Rakulisel (in vivo) DNA kloonimisel on võimalik meid huvitava geenijärjestuse sisestamiseks plasmiidvektorisse kasutada erinevaid ensüüme. Milliseid ensüüme järgnevast valikust saaks rakendada: a) DNA topoisomeraas I b) DNaas I c) DNA polünukleotiid kinaas d) DNA ligaas e) T7 DNA polümeraas 10. Kõik järgnevad väited radioaktiivselt märgitud riboproovi osas on õiged välja arvatud: a) See on sünteesitud T7 DNA polümeraasiga b) Ensüüm võib kasutada Sp6 promootorit c) Seda saab kasutada proovina Northern blot analüüsil d) See on kindla pikkusega proov 11. Mille poolest erinevad DNA ja RNA? a) DNA sisaldab viit erinevat lämmastikalust, kuid RNA vaid nelja
koosneb kahest tsentromeerile kinnitunud tütarkromatiidist. 9. Kirjelda eksperimenti, mis võimaldaks teha kindlaks, et transkriptsiooniliselt aktiivne DNA on teisti pakitud, kui transkriptsiooniliselt inaktiivne DNA. Histoonide N-terminuste deatsetüleerimine põhjustab kromatiini kondenseerumist ning kondenseerunud kromatiinilt transkriptsiooni ei toimu; histoonide atsetüleerituse astet seostatakse kromatiinse DNA suhtelise resistentsusega nukleaaside toimele; osaline DNaas I töötlus, DNA eraldamine kromatiinsest kompleksist, restriktsioonanalüüs, Southern blotting see on klassikaline skeem, kuidas määrata kindlaks DNaas I hüpersensitiivseid alasid kromatiinis. Tundlikus alas on DNA transkriptsiooniliselt aktiivne (vähem kondenseerunud). 10. Histoonide N- ja C-terminuste modifikatsioonid: kromatiini kondensatsiooni ja funktsiooni regulatsioon. Histooni N-terminuste modifitseerimisega kontrollitakse kromatiini kondenseerituse astet
varjutavad tekkinud happelise reaktsiooni 10. Mis on IMViC test ja milliste mikroobide eristamisel on ta oluline? Enterobaktereid tuvastav testide seeria. 11. Mis tähtsus on eksoensüümidel ja nimeta neid? Eksoensüümid – bakterite produtseeritud ensüümid, mis lagundavad väljaspool rakku olevad polümeersed orgaanilised ühendid. Proteaas, esteraas, glükosidaas, galaktosidaas, trüptofanaas, arginiini dihüdrolaas, amülaas, DNaas, tsellulaas. 12. Millisesse ensüümide klassi kuuluvad eksoensüümid? Hüdrolüütilised ensüümid. 13. Mille järgi on võimalik määrata mikroobi trüptofanaasset aktiivsust? Indooltestiga. Trüptofaan lagundatakse indooliks. Kasutatakse lisaks Kovacsi reaktiivi. Erepunane värvus. Kasutatakse LB söödet. Indooli kuhjub ja seda ei metaboliseerita. 14. Mida peab sisaldama indooltesti tegemiseks kasutatav sööde? Trüptofaani. 15
enhanserid ja promootorid seovad mitmeid regulatoorseid valke, mille tulemusena tekib palju erinevaid interaktsioone; sellest ka erinevad regulatsioonid. Kromosoomi struktuur, histoonid: Prokarüootidel puuduvad valgud kromosoomis, seepärast regulatsioon vahetu sidumine DNAga. Eukarüootidel kromosoomis DNA seotud histoonidega; see takistab transkriptsiooni, sest ei lase valkudel seonduda DNAga ja aktiveerida geene. Tõestatud DNase I tundlikkusega: DNaas I degradeerib transkriptoorselt aktiivset DNA-d; Histoonid katavad mitte- transkribeerivat DNA-d DNaas I eest. Kui lisada histoone, siis konkureerivad histoonid sidumisega promootoritel ja inhibeerivad transkriptsiooni. Järelikult transkriptoorselt aktiivsed geenid on nõrgemalt histoonidega seotud kui inaktiiivsed. Histoonid modifitseeruvad nii fosforüleerimise kui atsetüleerimise teel, mis muudab nende sidumisvõimet DNA-ga. Enhanseriga seonduvad valgud konkureerivad ja blokeerivad
paremalepöörduv/positiivne ja vastupidi vasakulepöörd/negatiivne. 82. Kromosoomid struktuur prokarüootidel. Prokarüootidel (bakteritel, viirustel) koosnevad kromosoomid ainult kahest DNA niidist (valk puudub). DNA ahelad on neil tavaliselt omavahel ühendatud algusest ja lõpust nii, et nad moodustavad rõnga. Selline rõngas on tavaliselt spiraliseerunud negatiivselt. Volditud kromosoom, 50-100 lingu e. domääni, negatiivselt superspiraliseerunud volditud kromosoom; Rnaas ja Dnaas - põhjustavad osalise lahtivoltimise; üksikahelalisi katkemisi. 83. ocDNA, cccDNA, lineaarne DNA. Konkatemeerid. cccDNA (kovalentselt suletud tsirkulaarne DNA); ocDNA (avatud ringkujuline DNA) lineaarne DNA (12 aluselised üksikahelalised "kleepuvad" otsad). Interkonversioon - ringikujuliseks kleepuvad otste abil. Lineaarne DNA on see, kus ahelad on üksteise peegelpildid (ühe ahela 5' on teise ahela 3' otsaga kohakuti ja vastupidi).
Pärmis on kolme tüüpi hotspote: • α – korreleerub transkriptsioonifaktorite seostumissaitidega ehk eeldab transkriptsioonifaktori seondumist. • β – sisaldab nukleosoomidest vabat DNA järjestust ehk assotseerub nukleaasitundliku kromatiiniga • γ – on kõrge C+G nukleotiide koostisega, kõrge GC % • Pärmis rekombinatsiooni ja transkriptsiooni initsiatsioon on seotud 12-ne (CCGNN) tandeemse kordusega. See on väga tundlik DNaas I-le. Ainult transkriptsioon on seotud 48 CCGNN kordusega. • Kõrgemate eukarüootide puhul on pakutud, et rekombinatsiooni toimumist tõstab kõrgem GC sisaldus, kõrgem Alu elementide ja geeni sisaldus. χ-motiiv stimuleerib rekombinatsioonilist aktiivsest. Samuti palindroomsed järjestused, mis soodustavad sekundaarstruktuuride moodustamist stimuleerivad DSB teket – loop osa on tundlik endonukleaasidele ja seega toimub selles piirkonnas kromatiini lõikamine
rakukultuurist midagi, mis muutis mittevirulentsed elusad IIR tüüpi rakud virulentseteks. See tähendab, et ta transformeeris IIR rakud patogeenseteks limakapsliga rakkudeks IIIS(kandis IIIS DNA väliskeskkonnast IIR bakterirakku). 1944 näitasid Avery, MacLeod ja McCarty, et S.Pneumoniae mittevirulentsete IIR tüüpi rakkude transformeerimist IIIS tüüpi virulentseteks rakkudeks põhjustas DNA. Nad näitasid, et desoksüribonukleaas (Dnaas), mis lagundas DNA, kõrvaldas ka transformatsioonivõime. Ribonukleaas (lagundab RNAd) ja proteaas (lagundab valke) transformatsioonivõimet ei mõjutanud. 1952 Hershey ja Chase tõestasid, et bakteriofaag T2 geneetiline info on talletunud DNA-s. Eelnevalt oli näidatud, et T2 faagi elutsükkel tomub ainult E.Coli rakkudes. Järelikult sõltub faagi paljunemine totaalselt E.Coli raku metaboolsest masinavärgist. Hersley ja Chase näitasid, et kui viirus
tsütotoksilisust, T-rakkude mittespetsiifilist mitogeensust, B-rakkude funktsiooni immuunsupressiooni, sarlakilööve. • Streptolüsiin S – mitteimmunogeenne, lüüsib leukotsüüte, trombotsüüte, erütrotsüüte, vabastab lüsosomaalseid ensüüme. • Streptolüsiin O – teeb sama, mis eelmine, aga on immunogeenne. Kasutatakse hiliskomplikatsioonide diagnostikas. • Streptokinaas – trombide lüüs, võimaldab levikut kudede. • DNaas – depolümeriseerib rakuvaba DNAd mädas • C5a peptidaas – degradeerib C5a. Haigused. • Streptokokiline farüngiit – 15% kõigist farüngiitidest. Äge algus, palavik, kurguvalu, suurenenud mandlid, katuga kaetud. Valdavalt 5-15-aastastel. Võib esineda tservikaalne lümfadenopaatia. 20% farüngiitidest (ülejäänu viirused) • Sarlakid – algus farüngiidilaadsete sümptomitega, mandlid valge katuga. 1-2 päeva pärast erütematoosne lööve ülakehal ja jäsemetel
-CTD ning selle tulemusena seondub RNA polümeraas promootoriga tugevamalt. Näiteks rrnB promootori puhul võimendab UP element transkriptsiooni vähemalt 30 korda. Osade promootorite puhul võib UP elemendi mõju olla aga tunduvalt nõrgem. Selliste UP elementide järjestus erineb tunduvalt konsensusjärjestusest nnAAA(A/T)(A/T)T(A/T)TTTTnnAAAAnnn. Viimaste aastate tulemused viitavad sellele, et UP element võiks olla küllaltki levinud komponent paljude promootorite puhul. Seda on näidatud DNaas I protektsiooni katsetel ("footprinting" analüüs), kus on leitud, et -CTD protekteerib A-rikkad järjestused promootori 35 elemendist ülalpool. Seega omavad enamus A-rikkaid järjestusi, mis põhjustavad DNA paindumist (bendingut), transkriptsiooni aktivatsioonil positiivset rolli eeskätt UP- elemendina. Teatud juhtudel võib UP-element transkriptsiooni mõjutata ka negatiivselt. Seda juhul, kui - CTD seondub UP-elemendiga liiga tugevalt
annaabi.ee 
