keemilise energia muundamisel mehhaaniliseks energiaks. Glükoosi lagundamisel eraldunud süsinikdioksiid ning üksik prooton kantakse verre, et see hingamiselunditesse transportida ja see põhjustab vere pH langust ehk happelisuse tõusu. Nii suuremäärane vere pH langus kui tõus võib põhjustada inimese surma, kuna üksikud ioonid võivad hakata segama hüdrofoobse vastastikmõju toimel koosolevaid proteiine, ning tihtipeale selle tagajärjel aeglustades ensüümide tööd või denatureerides ensüümi, mis tähendab selle omaduste ja töövõime muutmist. Tavaliselt hoiab aga organism pH suhteliselt ühtlasel tasemel puhverlahuste abiga, mis suudavad lahuses esinevaid vesinik- või hüdroksiidiioone siduda, ilma et nende happelisus märgatavalt muutuks. Elusorganismid on meile teadaolevatest süsteemidest kõige keerukamad, ning avastatakse üha uusi teadmisi nende elutöö protsessidest. Kindlaks on siiski aga
imenduvateks molekulideks. Süsivesikute lagundamine algab suus. Nõrgalt happeline sülg (pH6.8) sisaldab amülaasi. Amülaas on esmane süsivesikuid hüdrolüüsiv ensüüm. Süljes sisalduva amülaasi toime piirdub toidumassiga, mis paikneb suus ja söögitorus, sest mao tugevalt happeline keskkond inaktiveerib selle ensüümi praktiliselt täielikult. Mao happeline keskkond aitab kaasa toidumassi seedimisele denatureerides makromolekulide struktuuri. Spetsiifilised mao proteaasid ja lipaasid aitavad läbi viia valkude ja lipiidide hüdrolüüsi. Peensooles on põhiliseks polümeerseid süsivesikuid hüdrolüüsivaks ensüümiks α- amülaas. See pankrease poolt sekreteeritav ensüüm on samasuguse spetsiifikaga nagu sülje amülaas, produtseerides disahhariide ja trisahhariide. Viimased konverteeritakse omakorda monosahhariidideks soolestiku sahharaaside poolt. Näiteks maltaasid
Perme(a?)biliseerimine on rakumembraani muutmine läbilaskvamaks, et värvid ja antikehad pääseksid rakku sisse. Värvimine on raku värvi muutmine, et rakku oleks võimalik kergemini mikroskoobis tuvastada. Eri rakuosi on võimalik erinevalt värvida ja nii saame eristada rakuosi kergemini. a. Mis on erinevus formaldehüüd- ja alkohoolsete fiksaatorite vahel? Tänu oma hüdrofiilsele OH rühmale, alkoholid katkestavad vesiniksidemeid ja hävitavad valkude tertsiaarset struktuuri denatureerides ja sadestades neid. Etanooli molekuli hüdrofoobne osa võib aga ka lipiididega seostuda, tõmmates neid raku membraanist välja ehk lahustades neid. Seega lisaks fikseerimisele alkoholid tekitavad auke plasmamembraanis ehk permeabiliseerivad rakke. b. Kuidas detergendid toimivad? Detergendid kergelt polaarsed molekulid, mis tõmbavad lipiidid plasmamembraanist välja. Alkoholi sarnaselt detergentidel on hüdrofoobne ja hüdrofiilne osa. c
Nõrgad keemilised sidemed, mis fikseerivad ruumilist struktuuri, grupeeruvad ümber või katkevad. Peptiidsidemed aminohapete vahel aga säiluvad. Denaturatsioon võib vähendada valgu lahustutvust, mistõttu sadeneb denatureerunud valk lahusest välja. Kui valgu peptiidside katkeb, on tegu valgu hüdrolüüsiga. Valkude detekteerimis kvalitatiivsed analüüsi meetodid: · värvusreaktsioonid · väljasadestamine (denatureerides, eraldades madalama molekulmassiga peptiide) · väljasoolastamine (valgufraktsioonide lahutamiseks) Kvantitatiivsed meetodid: · universaalsed omased kõikidele valkudele, nt biureedireaktsioon · spetsiifilised teatud aminohappeid sisaldavatele valkudele, nt tiooli ja Milloni reaktsioon 1.1.1 Biureedireaktsioon Kui ühendis on enam kui kaks peptiidsidet, moodustavad nad aluselises keskkonnas Cu2+ ioonidega violetse kompleksi
Membraanivalkude tüübid: perifeersed (välimised); integraalsed (sisemised); lipiid-ankurdatud valgud. Perifeersed valgud. Harilikult globulaarsed. Kinnituvad membraani integraalsetele valkudele nõrkade jõudude abil. Neid on kerge membraanilt dissotsieerida kas pehme detergendi või kõrge soolakontsentratsiooniga lahustega töötlemisel. Integraalsed valgud. Tugevasti kinnitunud lipiidi kaksikkihti. Neid on võimalik membraanist eemaldada ainult membraani denatureerides. Sagel transmembraansed. Võimalik ka monotoopne sidumine membraanile (ulatuvad vaid ühte lipiidikihti). Lipiid-ankurdatud valgud. Ankurdatud membraani tänu kovalentsele sidemele lipiididega. Valkude pöörduv ankurdamine membraanile ja vabastamine membraanilt kontrollib signaaliülekannet. 4 ankru tüüpi: Amiid-seotud müristüülankrud; Tioester-seotud (rasvhappe-) atsüülankrud; Tioeeter-seotud prenüülankrud; Glükosüül-fosfatidüülinositoolankrud.
(mingi radade jama). POLÜMERAASI AHELREAKTSIOON - PCR 12/11/09 Garry Mullis sai Nobeli preemia selle meetodi väljatöötamise eest. DNA sünteesi reaktsiooni jaoks oli vaja DNA polümeraasi (ensüümi), matriits-DNA, dNTP (4). Tegelikult sellisel kombel reaktsiooni ei toimu. Puudu on praimerid (lühike DNA lõik). DNA polümeraas ei suuda hakata nullist DNA ahelat sünteesima, küll aga olemasolevat ahelat pikemaks tegema. Denatureerides (lahti keerutades) kaheahelalist DNA molekuli temperatuuri toimel saame kaks üheahelalist DNA molekuli. Lisades nüüd katseklaasi sobivaid praimereid, suudab polümeraas sünteesida uue ahela ja saame kaks kaheahelalist DNA molekuli. Esimese tsükli alguses DNA proov toatemperatuuril. Tahtes ahelaid lahku viia tuleb proovi tõsta ~100 o ni. Tahtes praimerite seondumist DNA üksikahelaga tuleb proovi jahutada ~50o juurde. Tahtes DNA'd sünteesida tuleb temperatuuri veel alandada
2. Membraanivalkude tüübid: perifeersed (välimised); integraalsed (sisemised); lipiid-ankurdatud valgud. Perifeersed valgud. Harilikult globulaarsed. Kinnituvad membraani integraalsetele valkudele nõrkade jõudude abil. Neid on kerge membraanilt dissotsieerida kas pehme detergendi või kõrge soolakontsentratsiooniga lahustega töötlemisel. Integraalsed valgud. Tugevasti kinnitunud lipiidi kaksikkihti. Neid on võimalik membraanist eemaldada ainult membraani denatureerides. Sagel transmembraansed. Võimalik ka monotoopne sidumine membraanile (ulatuvad vaid ühte lipiidikihti). Lipiid-ankurdatud valgud. Ankurdatud membraani tänu kovalentsele sidemele lipiididega. Valkude pöörduv ankurdamine membraanile ja vabastamine membraanilt kontrollib signaaliülekannet. 4 ankru tüüpi: Amiid-seotud müristüülankrud; Tioester-seotud (rasvhappe-) atsüülankrud; Tioeeter-seotud prenüülankrud; Glükosüül-fosfatidüülinositoolankrud. 3
lipiidide vahele on mahutatud teised komponendid. Valgud võivad moodustada klastreid ja lipiidid võivad moodustada klastreid. Membraanivalgud · Perifeersed ehk välimised valgu - on harilikult globullaarsed, kinnituvad membraani integraalsetele valkudele nõrkade jõudude abil. Neid on kerge membraanilt dissotseerida. · Integraalsed ehk sisemised valgud on tugevasti kinnitunud lipiidi kaksikkihti. Membraanist võimalik eraldada ainult membraani denatureerides. Võivad olla transmembraansed või ainult olla ühes lipiidikihis. · Lipiid-ankurdatud valgud Membraantransport Väikesed apolaarsed ained lahustuvad membraani lipiidses kaksikkihis ning suudavad membraani iseseisvalt läbida. Polaarsed ja laetud ühendid ning ioonid vajavad membraanvalkude abi. · Passiivne difusioon transporditavad osakesed liiguvad õrgemalt kontsentratsioonilt madalama kontsentratsiooni poole.
vesiikulite abil · Eksotsütoos jääkained pakitakse membraani vesiikulitesse, mis sulavad kokku raku välismembraaniga, mis väljutavad oma sisu keskkonda. MEMBRAANIVALKUDE TÜÜBID: 1. perifeersed valgud globulaarsed, kinnituvad membraani integraalsetele valkudele; kerge membraanilt dissotseerid 2. intergraalsed valgud tugevasti kinnitunud lipiidi 2-kihti; võimalik eemaldada ainult membraani denatureerides 3. lipiid-ankurdatud valgud ankurdatud tänu kovalentsele sidemelde lipiididega. Pöördruv ankurdamine ja vabastamine kontrollib signaaliülekannet. FUNKTSIOONID: 1. ioonpumbad (ATPaasid), transpordivad ioone vastu gradienti 2. transportervalgud a. uniport kinnitub korraba ainult ühele lahustunud aine molekulile b. sümport ioonid ja transporditavad aminohapped liiguvad samas suunas c
integraalsetele valkudele nõrkade jõudude (elektrostaatilised interaktsioonid ja vesiniksidemed) abil. Kerge membraanilt dissotsieerida soolade või detergentide abil. Integraalsed (sisemised) valgud: tugevasti kinnitunud lipiidi kaksikkihti, sageli transmembraansed - 1 või mitu membraani läbivat segmenti (glükoforiin-1, bakteriorodopsiin-7). Membraanist saab eemaldada vaid memraani denatureerides. Lipiid-ankurdatud valgud: ankurdatud membraani tänu kovalentsele sidemele lipiididega. 4 ankru tüüpi: amiid-seotud müristüülankrud, tioester-seotud atsüülankrud, tioeeter- seotud prenüülankrud, glükosüül-fosfatidüülinositoolankrud. 6. Kirjeldage membraanitranspordi liike, mida iseloomustatakse terminitega a) difusioon, b) soodustatud difusioon c) aktiivne transport. Nimetage kõikide liikide puhul mõni transporditav ühend.
Avidiini on väga palju munarebus, sest ta on antimikrobiaalne, sest ta seob biotiini. Biotiin on enamuse mikroobide elutegevuseks vajalik vitamiin. Järgmine aste: hübridisatsioon mingi praimeriga, mis lõpeb enne uuritavat positsiooni. Lisatakse ainult 1 nukleotiid vastavalt sellele, kas seal on C või G ja polümeraas nii et ekstensioon toimub ainult 1 nukleotiidi võrra. Selle ahela peseme välja (denatureerides ta enne). Kerakesed saab välja fuugida või siis kui ta on magnetomadustega, saab magnetiga välja tõmmata. Kui selle oligonukleotiidi oleme välja saand, mis on 1 nukleotiidi võrra pikem, saadame oligomassspektromeetriasse, mis mõõdab ära ja ütleb, et miuke nukleotiid lisati. 2. Uuritav PCR produkt koos praimeriga, mis enne uuritavat nukleotiidi lõpeb, viiakse kandjale, tekib kiip
annaabi.ee 
