13. PolI ja PolIII-sõltuv transkriptsioon. Mille poolest need erinevad PolII- sõltuvast transkriptsioonist? Erinevalt PolII-st ei vaja teised transkriptsiooni initsiatsiooniks ATP hüdrolüüsi ensüümi. PolI sõltuv transkriptsioon rRNA: PolI initsiatsioonikompleks saab alguse kui multimeerne ülesvoolu aktivatsiooni-faktor (UAF) seondub ülesvoolu elemendiga. Kaks USFi alaühikut on histoonid, mis arvatavasti võtavad osa DNA seondumisel. Järgmisena seondub trimeerne tuumikfaktor koos TBPga, mis omakorda seondub nii UAFiga kui tuumik-faktoriga. Viimasena seondub PolI-Rrn2p kompleks juba ees olevate valkudega startsaidi lähedusse. Inimese rakkudes on TBP seotud kolme teise polüpeptiidiga, moodustades initsiatsiooni faktori SL1, mis seondub tuumikpromootorelemendile. PolIII sõltuv transkriptsioon tRNA,5 srRNA + väikesed RNA-d: PolIII sünteesib tRNAd ja 5S-rRNAd. Igas tRNA geenis on olemas sisemised promootorelemndid A box ja B box
stabiilsele "tupikteele" (offpath) valkude kokkupakkumisrajas Stanley Prusiner 1997 Nobeli meditsiinipreemia Valkude kvaternaarstruktuur Moodustub individuaalsete polüpeptiidahelate subühikute omavahelisel assotsiatsioonil Subühikute assotsiatsioon enamast mittekovalentne Monomeerne, oligomeerne, multimeerne valk Dimeerne, trimeerne, tertameerne jne. Kõige laiemalt on levinud dimeerid Identsed või sarnased subühikud homo: Homodimeer, homotrimeer jne. Erinevad subühikud hetero: Heterodimeer, heterotrimeer jne. Ribonuclease A (C575H901N171O193S12)
Iga kolmest RNAPol'st vajab oma polümeraasspetsiifilisi GTF'e ning tunneb ära erinevaid DNA järjestusi. PolI ega PolIII ei vaja erinavalt PolII'st transkriptsiooni initsiatsiooniks ATP-energiat. RNAPolI-sõltuv initsiatsioon. Initsiatsiooniks absoluutselt vajalik on core element (ulatub -40bp kuni +5bp). Initsiatsioonikompleksi moodustumine algab multimeerse UAF (ülavoolu-aktiveeriv-faktor) sidumisega -155bp kuni -60bp alale. Järgnevalt seondub trimeerne core-faktor koos TBP'ga core-elemendile. Viimases etapis RNAPolII eelmoodustunud kompleks koos Rnp3'ga assotseerub seondunud valkudega, paigutades polümeraasi startsaidi lähedusse. RNAPolIII-sõltuv initsiatsioon. Promootoralad asuvad täielikult transkribeeritava ala sees (tRNA geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box). Initsiatsiooniks on vaja 3 GTF'i: TFIIIC ja TFIIIB osalevad nii tRNA kui 5SrRNA, TFIIIA vaid 5SrRNA transkriptsiooni initsiatsioonil
hüdrofiilsed molekulid molekulmassiga kuni 600Da. Tüüpiliselt koosneb poor kolmest ühesugusest poriini monomeerist. Iga monomeeri tünni keskel on hüdrofiilne kanal. Poriine on ka mitokondri välismembraanis st et mitokondri eellane on GN bakter. Poriine on aspetsiifilisi, mis selekteerivad vaid suuruse järgi ja spetsiifilisi mis võivad ained laengu järgi valida. E.colil fosfoporiin PhoE on trimeerne poriin (koosneb 3st ühesugusest tünnist). Seda valku sünteesitakse rakkudes fosfaadinäljas. Läbi PhoE poriini sisenevad rakku anioonid. Maltoporiin LamB E.coli välismembraanis. Selle kaudu toimub maltoosi ja maltodektriinide difusioon. Maltoporiin on trimeerne poriin ja ta on ka spetsiifiliseks pinnaretseptoriks lambdafaagile. Aktiivtransport bakterid elavad looduses reegline lahjades lahustes. Ainete c rakus on sadu ja tuhandeid kordi kõrgem
Mediaator mõjutab otseselt transkriptsiooni preinitsatsiooni kompleksi kokkupanekut Inteiin on valgu segment, mis on võimeline iseennast välja lõikama ja järele jäänud valguosade vahele sünteesima peptiidsideme. RNAPolI-sõltuv initsiatsioon. Initsiatsiooniks absoluutselt vajalik on core element (ulatub -40bp kuni +5bp). Initsiatsioonikompleksi moodustumine algab multimeerse UAF (ülavoolu-aktiveeriv- faktor) sidumisega -155bp kuni -60bp alale. Järgnevalt seondub trimeerne core-faktor koos TBP'ga core-elemendile. Viimases etapis RNAPolII eelmoodustunud kompleks koos Rnp3'ga assotseerub seondunud valkudega, paigutades polümeraasi startsaidi lähedusse. RNAPolIII-sõltuv initsiatsioon. Promootoralad asuvad täielikult transkribeeritava ala sees (tRNA geenidel A box ja B box, 5SrRNA geenidel C box). Initsiatsiooniks on vaja 3 GTF'i: TFIIIC ja TFIIIB osalevad nii tRNA kui 5SrRNA, TFIIIA vaid 5SrRNA transkriptsiooni initsiatsioonil. On vajalik, et
asuvad "core" sisemuses. Seega, erinevalt reoviirustest, asuvad kõik rotaviiruste ensüümid "core" struktuuris (reoviiruste MT/GT - 2 on väliskapsiidi valk). 2. VP6 (780 subühikut, moodustavad 260 trimeeri) moodustab vahepealse kihi (T=13). Partikleid, milles on olemas sisemine ja vahepealne kiht nimetatakse double-layered particle'ideks (diameeter 70 nm) ja sellised partiklid on transkriptsiooniliselt aktiivsed. 3. Väliskihi moodustavad: - VP7 (780 subühikut, trimeerne glükoproteiin) ja - VP4 (120 subühikut). VP4 dimeerid moodustavad virioni pinnal 60 "oga" (pikkusega ca 10 nm). Rotaviiruse kapsiidis paikneb ka 132 kanalit (kokku 3 tüüpi, 12 + 60 + 60). I-st tüüpi kanalid (neid on 12) asuvad ikosaeedri tippudes ja on olulised RNA-metabolismiks (substraatide ja kofaktorite juurdepääs kapsiidis asuvale polümeraaskompleksile). Nende kanalite kaudu toimub ka sünteesitava mRNA väljumine kapsiidist.
Retseptor-guanülüültsüklaasid - katalüüsivad tsüklilise GMP teket tsütosoolis Ensüümiga seotud retseptorid Türosiin-kinaas-seotud retseptorid - seostuvad rakusiseste valkudega, millel endal on türosiinkinaasne aktiivsus Histidiin-kinaas-seotud retseptorid - aktiveerivad nn. “kahekomponentset” signaalirada, milles kinaas kõigepealt fosforüleerib iseennast ja siis kohe kannab fosfaadi teisele rakusisesele signaalmolekulile G-valkude ja nende retseptorite struktuur Trimeerne GTP-d siduv valk. Kinnitunud plasmamembraani(alfa ja gamma). Koosneb alfa: ras domään, AH domään (GDP seostumis koht),beeta ja gamma G-valgu retseptor (GPCR)- seotud plasmamembraanis G-valgu aktiveerumine G-valk-seotud retseptori abil. Signaalmolekul aktiveerib G-valgu retseptori, G-valk kinnitub Ras domääniga GPCR-le, vabaneb GDP ja siseneb GTP, mis aktiveerob alfa subühiku ja eraldunud beeta, gammaa subühikud.
praimeri, mis on komplementaarnte templeit DNA-ga ja seejärejl hakkab polümeraas seda pikendama moodustades lühikese 5'RNA-3'DNA tütarahela. Seejärel võtab polümeraas üle ja jätkab ahela pikendamist. Pol on seotud templeitahelaga seotuse tõttu Rfc-valguga (replication factor C), mis pöördudes muutub PCNA-ks (proliferating cell nuclear antigen trimeerne valk, mis ümbritseb tütarDNA-d). Tavaliselt on mehhanism kahesuunaline replikatsioonikahvlid liiguvad kahes suunas. Regulatsioon toimub kuuest MCM valgust koosneva helikaasi aktiivsuse kontrollimisega. Ensüümid: · Helikaas keerab DNA biheeliksi lahti · DNA güraas e. topoisomeraas kompenseerib lahtikeerdumist (aitab struktuuri hoida) · DNA-polümeraasid vastutavad polünukleotiidahelate sünteesi eest 5'->3' suunas
annaabi.ee 
