Elongatsioonifaktorid pro- ja eukarüootides ja nende roll. EF-Tu (EF1a)- aa-tRNA transport ribosoomi A-saiti. Koodon-antikoodon interaktsiooni kontroll. EF-Ts (EF-1b)- GDP asendamine GTP-ga EF-TU-l. EF-G (EF-2) – katalüüsib ribosoomi translokatsiooni mRNA-l. 14 GTPaasid ja nende rollid rakus. Osalevad: rakulises signaaliülekandes, valkude translokatsioonil, rakujagunemise kontrollis, valgusünteesil. Mehhanism: GTP sidumine ja hüdrolüüs, pendeldavad 2 oleku vahel – GTP-seoseline AKTIIVNE; GDP-seoseline INAKTIIVNE. GTPaasi tsükkel, G-nukleotiidi vahetusfaktor GEF, GTPaasi aktiveeriv valk GAP GTPaasid ja G-domeen: Konserveerunud piirkonnad: switch I, switch II, P-loop P-loop seob GTP fosfaatrühmi Switch-id olulised GTP hüdrolüüsiks NB! Vaadake slaide 12 - 13
viib EF-Tu~GDP elongatsioonifaktor EF-Ts. Selle protsessi käigus hüdrolüüsitakse jällegi üks GTP molekul ja tekib EF-Tu~GTP. 3) Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat. 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA. Stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid, milleks on valgud tähistusega RF (release factor. A-saiti sisenenud RF
supressorvalkude tööd, see tagab nende endi paljunemise 4) viiruseline transaktivatsioon retroviiruste puhul, lisaks viiruse geenidele aktiveerib ka enda geenid 361. Rakuliste onkogeenide aktivatsioonimehhanismid: 4 tüüpi 1)punktmutatsioonid rakulistes proto-onkogeenides 2) rakuliste proto-onkogeenide amplifikatsioon, 3)rakuliste proto-onkogeenide translokatsioon aktiivse promootori/enhanseri alla 4)liit- onkovalkude teke translokatsioonil 362. Onkogeenid: geenid, mille alleelid võivad põhjustada rakkude kontrollimatut jagunemist, avastati esmalt RNA viirustel, Rousi sarkooniviiruse 4st geenist põhjustab kasvajaid v-src-geen, teistel leitud üle 100 virulentse onkogeeni v-onc, 363. Pro-onkogeenid: rakulised regulaarorvalgud, onkogeenide homoloogiad eukarüootide genoomis, põhjustavad intensiivset ja ebanormaalset paljunemist, nim c-src 364
Tu~GDP ribosoomilt. Tagasi aktiivsesse vormi viib EF-Tu~GDP elongatsioonifaktor EF-Ts. Selle protsessi käigus hüdrolüüsitakse jällegi üks GTP molekul ja tekib EF-Tu~GTP. 3)Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat. 68)Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. *A-saiti peab sattuma üks terminatsioonikoodon.(uaa,uag,uga) *stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid milleks on valgud tähistusega RF 1)A-saiti sisenenud RF muudab peptidüültransferaasiaktiivsust,nii et see lisab polüpeptiidahela viimase karboksüülrühmale vee molekuli
Selle tulemusena vabaneb kasvav polüpeptiidahel tRNA-st P-saidis ja seotakse kovalentselt tRNA-ga, mis asub A-saidis 3. Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat Polüpeptiidahela elongatsioon toimub kiiresti. Bakteris E. coli kulub eelpoolkirjeldatud kolme etapi läbimiseks 0,05 sekundit. Seega kulub 300 aminohappe pikkuse polüpeptiidi sünteesiks ligikaudu 15 sekundit. 68. Kirjeldage translatsiooni terminatsiooniprotsessi. *A-saiti peab sattuma üks terminatsioonikoodon.(uaa,uag,uga) *stop-koodoneid tunnevad ära terminatsioonifaktorid milleks on valgud tähistusega RF
transfer" regioone (15 või enam hüdrofoobset aminohapet). Valgud, mis läbivad membraani mitmeid kordi, sisaldavad neid enam. Viimasel juhul toimub valgu translokatsioon mitmeetapiliselt. Translokatsioonikanal sulgub, kui stop-signaal difundeerub lateraalselt lipiidse kaksikkihini. Seejärel reinitseerib sekundaarne signaaljärjestus translokatsiooni. Sama protsess kordub, kuni kogu valk on membraani paigutatud. Mõnede sisemembraani valkude puhul osaleb nende translokatsioonil SRP signal recognition particle mille koostisesse kuuluvad 4,5 S RNA ja 48 kDa suurune valk. SRP membraanseks retseptorvalguks on FtsY. Ekstratsellulaarsete valkude sekreteerimine Kirjeldatud on nii Sec-sõltuvaid kui ka sõltumatuid süsteeme. 24 Tüüp II ja tüüp IV sekretsioonisüsteemide puhul viiakse valgud periplasmasse Sec-süsteemi abil. Valgu translokatsioonil läbi välismembraani osalevad teised spetsiifilised valgud
tunnise näljutamise tagajärjel aga isegi 85%. Kui rakkude hoidmine 20 tunni vältel pH 5 juures on neile samuti letaalne, siis eelnevalt 3 tundi näljutatud rakkudest jääb ellu 40%. Üldise stressivastuse käigus on indutseeritud paljud "heat shock" valgud, millest osa on molekulaarsed shaperonid. Molekulaarsed shaperonid osalevad valkude pakkimisel, makromolekulide assambleerimisel ning valkude transpordil ja translokatsioonil läbi membraani. Olles oma funktsiooni täitnud, vabanevad nad lõpproduktilt ilma seda eelnevalt keemiliselt muutmata. 23. Kuidas on kontrollitud kuumashoki geenide avaldumine bakteris E. coli's? Kuumashoki valgud HSP-d (heat shock proteins) ekspresseeruvad basaalsel tasemel ka normaalsel temperatuuril. Enamus HSP-sid molekulaarsed shaperonid ja ATP-sõltuvad proteaasid (Lon, ClpAP), mis osalevad valkude voltimisel, assambleerimisel, transpordil, reparatsioonil ja degradatsioonil.
Tagasi aktiivsesse vormi viib EF-Tu~GDP elongatsioonifaktor EF-Ts. Selle protsessi käigus hüdrolüüsitakse jällegi üks GTP molekul ja tekib EF-Tu~GTP. 3) Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat. Polüpeptiidahela elongatsioon toimub kiiresti. Bakteris E. coli kulub eelpoolkirjeldatud kolme etapi läbimiseks 0,05 sekundit. Seega kulub 300 aminohappe pikkuse polüpeptiidi sünteesiks ligikaudu 15 sekundit. Translatsiooni terminatsioon Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA
Tagasi aktiivsesse vormi viib EF-Tu~GDP elongatsioonifaktor EF-Ts. Selle protsessi käigus hüdrolüüsitakse jällegi üks GTP molekul ja tekib EF-Tu~GTP. 3) Ribosoomi A-saidis asuv aminoatsüül-tRNA liigub P-saiti ja enne seda P-saidis asunud tRNA, mis ei ole enam aminohappega seotud, liigub E-saiti. Ribosoom liigub mRNA molekulil kolme nukleotiidi võrra edasi mRNA 3´-otsa suunas ning A-sait jääb vabaks, seondumaks järgmise aminoatsüül-tRNA molekuliga. Translokatsioonil osaleb elongatsioonifaktor EF-G ja protsess tarbib jällegi GTP energiat. Polüpeptiidahela elongatsioon toimub kiiresti. Bakteris E. coli kulub eelpoolkirjeldatud kolme etapi läbimiseks 0,05 sekundit. Seega kulub 300 aminohappe pikkuse polüpeptiidi sünteesiks ligikaudu 15 sekundit. Translatsiooni terminatsioon Polüpeptiidahela elongatsioon termineerub, kui ribosoomi A-saiti satub üks kolmest terminatsioonikoodonist, UAA, UAG või UGA
annaabi.ee 
