Rakufaasis on jaotunud ühtlaselt üle kogu tuuma. Struktuur sarnane kõigil eukarüootidel. Kromatiin pakkimise käigus moodustab mitoosi ajal (metafaasis) nähtavaid kromosoome. Mediaatori funktsioon transkriptsiooni initsiatsioonil Mediaator on suur valkkompleks, mis funktsioneerib transkriptsiooni koaktivaatorina. Pol II initsiatsiooniks in vivo on vaja multivalkset mediaator-kompleksi, mis assotsieeruks mittefosforüülitud Polümeraas II C-terminusega, moodustades väga suure holoensüümi ning sisaldades ka enamuse generaalsetest transkriptsiooni faktoritest, toimides sillana ensüümi ja transkriptsioonifaktorite vahel. Ehk mediaator mõjutab otseselt transkriptsiooni preinitsiatsiooni kompleksi kokkupanekut. (Mediaatorkonpleks on vajalik edukaks transkriptsiooniks peaaegu kõikides II klassi geeni promootorites pärmis) Mida reguleerib nonsense mediated decay pathway?
promootorile, avatud kompleksi teket või promootori vabanemist. DNA-l endal võib ka olla regulatoorne tähtsus. DNAs olevad lühikesed AAAA või TTTT järjestused soodustavad DNA paindumist, mis tõenäoliselt soodustab DNA mähkumist RNAP ümber ning transkriptsiooni initsiatsiooni. Spetsiifilisi AT-rikkaid järjestusi nimetatakse UP-elemendiks, mis asub tavaliselt positsioonis -40 ... -60 geeni algusest. UP-element seondub RNAP -subühiku C-terminusega ning põhjustab konformatsioonilisi muutusi RNAP-s, mis indutseerib kordades transkriptsiooni initsiatsiooni (nt E. coli ribosomaalsete geenide operon rrnB). 72 8.3. Transkriptsiooni reguleerimine Bakteris jagatakse transkriptsiooni reguleerimine kaheks: positiivse kontrolli korral regulaatorvalgud aktiveerivad transkriptsiooni ning negatiivse kontrolli korral represseerivad transkriptsiooni
6. Transmembraansete valkude membraani suunamine signaalankurjärjestus on signaaliks SRPle ja peatab translokalisatsiooni ja "stop-transfer" ankurjärjestus peatab translokalisatsiooni. 7. Kuidas viiakse membraani intra- N-terminusele lähim hüdrofoobne järjestus initsieerib vastsünteesitud ahela sisestamise ER membraani nii, et N-terminus on tsütosooli poole orienteeritud; seega see -helikaalne segment funktsioneerib kui signaalankurjärjestus ja ekstratsellulaarse N-terminusega transmembraanseid valke? N-terminusele lähimale hüdrofoobsele järjestusele järgneb grupp positiivselt laetud aminohappeid; tulemusena sisestab esimene -heeliks vastsünteesitud ahela translokonisse nii, et N-terminus ulatub luumenisse. 8. Mitokondriaalsed signaaljärjestused on signaaliks vastavatele retseptorvalkudele, mis translokeerivad vastavad valgud läbi organelli membraani, kuidas toimub valkude suunamine
tagumine ots) proteaassel lõhustamisel. Esmalt toodetakse signaaljärjestus, mis seostub polüpeptiidiga ERil, seejärel transleeritakse, glükosüleeritakse ja lõigustatakse ülejäänud jupist ümbrise valgud, mis moodustavad ogasid. Glükoproteiine töödeldakse nagu normaalseid rakulisi, viiakse siis plasmamembraani. C-valgud moodustavad ikosaeedrilise kapsiidi, mis siis seostub viiruse glükoproteiine sisaldavate membraanidega. Kapsiid seostub glükoproteiinse oga C-terminusega, ümbris tõmbub tihedalt ümber kapsiidi. Viirus vabaneb plasmamembraanist pungudes. Patogenees. Ei ole tsütolüütiline, teatud rakuliinidel omab tsütopatoloogilist efekti. Rubella replikatsioon takistab superinfitseerivate picornaviiruste replikatsiooni. Rubella infitseerib ülemisi hingamisteid, levib lokaalsetesse lümfisõlmedesse, mis langeb kokku lümfadenopaatia faasiga. Järgneb vireemia, viirus levib üle keha
Tüübid II ja III sisemine signaaljärjestus Tüüp IV mitu sisemist signaali Üks kord membraani läbivad valgud sisaldavad ühte sisemist topogeenset järjestust Mitu korda membraani läbivad (multipass transmembrane) valgud sisaldavad vastava arvu topogeenseid järjestusi 28 20. Kuidas viiakse membraani intra- ja ekstratsellulaarse N terminusega valke? Signaal-ankur järjestused: seondub translokoniga, kuid süntees jätkub. Stop-transfer-ankur järjestused: seondub translokoniga, aga inhibeerivad sünteesi (arestitakse valgu süntees) Vt ka 20ndat! 21. Mitokondriaalsed signaaljärjestused, kuidas toimub valkude suunamine erinevatesse lokalisatsioonidesse mitokondris(matriks, membraan, membraanidevaheline ruum)? Mitokondriaalsed valgud sünteesitakse eelasvalkudena, mis sisaldavad signaaljärjestusi. Sellised järjestused
TCR koosneb kahest ahelast, mis on omavahel seotud disulfiidsidemetega – α/β (TCR2) 90-95% T-rakkudel ja γ/δ (TCR1) ahelad 5- 10% T-rakkudel. Mõlemad ahelad omavad kaht osa – V (variaabelne) regioon ja C (konstantne) regioon. Mõlemal ahelal on 3 komplementaarsust määravat piirkonda, hüpervariaabelsed alad - CDR1, CDR2, CDR3. CDR3 on põhiline vastutaja antigeeni äratundmises. CDR1 α-ahelal seondub peptiidi N- terminaalse osaga ning β-ahela CDR1 seondub C-terminusega. CDR2 on vastutav MHC-molekuli äratundmise eest. TCR-i transmembraanne osa koosneb positiivselt laetud aminohapetest, mis on olulised, et TCR saaks seostuda negatiivset transmembraanset osa omavate koretseptoritega (nt. CD3, mis on oluline kompleks signaali ülekandes). TCR-i tsütoplasmaatiline „saba“ on üsna lühike. TCR-i CDR3-e rekombineerumine toimub tüümuses. α-ahela rekombinatsioon toimub VJ
Aktivaatori ja RNA polümeraasi interaktsioon sõltub sellest, kui kaugele aktivaator transkriptsiooni alguspunktist seondub. Vastavalt interaktsiooni tüübile liigitatakse aktivaatoreid klass I ja klass II aktivaatoriteks. Klass I või klass II aktivaatorina võib sõltuvalt oma seondumiskohast käituda ka üks ja sama aktivaator (näit. CRP). Klass I aktivaatorid Aktivaator interakteerub RNA polümeraasiga, seondudes subühiku C-terminusega (CTD), tõstes sel viisil RNA polümeraasi afiinsust promootorile. Kontaktsaidid (5 - 19 ah) on erinevate aktivaatorite puhul erinevad. Klass I aktivaatorid on näiteks Ada - aktiveerib geenid, mis osalevad oksümetüülguaniini poolt indutseeritud DNA kahjustuste reparatsioonil; IHF - stimuleerib transkriptsiooni faag lambda promootorilt pL; OmpR - osmoregulatsioon; OxyR - oksüdatiivse stressi vastus; CRP lac promootori puhul -
annaabi.ee 
