Kontrolltöö 1. 1. Milline järgnevatest vektorsüsteemidest kasutab peremeesrakku sisestatud DNA konstrukti tsirkulariseerimiseks cre rekombinaasi ? a) Plasmiid b) Mitte ükski c) Kosmiid d) YAC e) P1 2. Üheks väga levinud viisiks reaalaja kvantitatiivse PCR-i (qPCR-i) tegemisel on TaqMan proovide kasutamine. Millisel DNA polümeraasi omadusel, lisaks 5'-3' sünteesi aktiivsusele, põhineb antud tehnoloogia? a) DNA polümeraasi 3'-5' eksonukleaassel aktiivsusel b) DNA polümeraasi 5'-3' eksonukleaassel aktiivsusel c) DNA polümeraasi termostabiilsusel 3
DNA struktuurid, mis on vajalikud konservatiivseks kohtspetsiifiliseks rekombinatsiooniks 86 osalevad järjestused: 1) 2 pööratud kordusjärjestust 2) krossingoveri piirkond, see, mis jääb pöördepunktide vahele Rekombinaas 1. Ser-rekombinaas – tekib vahehühend, kus valgu O on seotud DNA 5’ P-ga. 3’ ots on nüüd vaba OH rühmaga, sarnaselt teise ahelaga. (salmonella rekombinaas, Tn 3 rekombinaas, Hin rekombinaas). 1 rekombinatsioon = 4 rekombinaasi molekuli, vaja teha 4 katket. 2. Tyr-rekombinaas – tekin üheahelaline katke, korraga vaja 2 Tyr rekombinaasi molekuli. (Faag P1 Cre, E. coli, faag lambda integraas). Kahel pool krossingoveri piirkonda on rekombinaasi äratundmisjärjestused. Cre rekombinaasi äratundmismehhanism Faagi P1 rekombinaas (Tyr). Tekib 2 Holliday kompleksi. Pärast ühe ahela vahetust toimub teine Lambda faagi integreerimine peremehe kromosoomi Kui rakk on nakatunud, siis DNA integreerub peremeesraku genoomi. E
ANTIGEEN on immuunvastust esilekutsuv aine, mille toimel organism toodab antikehi. Antigeen võib-olla potentsiaalselt organismi kahjustav kehavõõras aine (nt valk) aga ka bakterid, viirused, mille sissetungimine organismi põhjustab spetsiifiliste, nende vastu suunatud antikehade tekke, samuti lümfotsüütide aktiivseks muutumise. Antigeenid võivad organismi tungida naha, limaskestade, hingamis- ja seedetrakti kaudu. ANTIKEHAD ehk immunoglobuliinid (ka immuunkehad, kaitsekehad) on kehavedelikes lahustuvad essentsiaalsed molekulid, mis liigitatakse glükoproteiinid hulka ja mida toodavad immuunsüsteemi B- lümfotsüüdid. Immunoglobuliinidel on omadus "ära tunda" ja seonduda antigeenidega. IMMUNOGEEN on antigeen, mis kutsub esile immunvastuse. Reeglina makromolekulid. Kõik immunogeenid on antigeenid, aga mitte alati vastupidi. Immunogeensus antigeenil sõltub molekuli suuruse...
35. Kuidas saab konservatiivset kohaspetsiifilist rekombinatsioonis toimivat bakteriaalset ensüümi kasutada koespetsiifiliselt geenide väljalülitamiseks hiires? Lõikesaitide ees kasutatakse koespetsiifilist promootorit (rekombinaas ainult selles koes), mis on seotud konservatiivse kohaspetsiifilise rekombinatsiooni ensüümiga bakterites. Huvipakkuvas koes seega toodetakse ensüümi Cre rekombinaas, mis lõikab kohaspetsiifilistelt saitidelt ja nii saame geeni eemaldada. Kui rekombinaasi ekspresseeritakse ainult maksas, kustutatakse huvipakkuv geen ainult seal. Teistes kudedes aga geeni ei lõigata välja, kuna rekombinatsioonigeenile eelneb koespetsiifiline promootor. 5. RNA ja transkriptsioon DNA transkriptsiooni tulemusena tekib üheahelaline RNA molekul, mis on komplementaare DNA kaksikahela ühe ahelaga 36. Informatsiooni ülekande etapid eukarüootide ja prokarüootide geenilt valgule Eukarüootidel - RNAs on exonid (kodeeriv) ja intronid (mittekodeeriv).
olevatelt raskelt ja kergelt ahelatelt st. enne nende ühinemist Ig molekuliks, mis toimub ER cisternae's (siin AK assembleerumine ja glükosüleerimine). Edasi suunatakse AK Golgi'le ja sekretoorsesse vesiikulisse, kus ta kas seotaks membraani külge (mIg) või sekreteeritakse keskkonda (sIg). Rekombinatsiooni viivad läbi spetsiifilised rekombinaasid. RAG 1 ja RAG2 ning TdT on ainsad lümfoidse päritoluga geeniproduktid, mis on vajalikud VDJ ümberkorraldusteks. Tsütokiinid avavad DNA rekombinaasi jaoks. 16. B lümfotsüütide valmimine B-rakkude arengu hõlmab kaks faasi: 1) AG- sõltumatu B-rakkude küpsemise faas luuüdis; 2) küpsete B-rakkude antigeenist sõltuv aktivatsioon ja differentseerumine perifeerias, mille tulemusena tekivad antikehi sekreteerivad plasma rakud ja mälu B-rakud. B-rakkude areng saab alguse lümfoidsetest tüvirakkudest, need prolifereeruvad ja differentseeruvad pro -B rakkudeks, Ig-sid raku pinnal veel pole; sünteesitakse ainult µ-ahelat;
faktorit G. G aktiivsus on samuti SpoIIAB poolt kontrollitud. Lisaks aktiveerib teda E poolt kontrollitav hüpoteetiline faktor Y. K ekspressiooni kontrollitakse nii transkriptsiooni, sait-spetsiifilise rekombinatsiooni kui ka valgu protsessingu kaudu. E aktiveerib transkriptsiooni aktivaatori spoIIID transkriptsiooni. SpoIIID omakorda aktiveerib E-sõltuva spoIVCB geeni transkriptsiooni, mis kodeerib K N-terminaalset segmenti. Samas operonis sisalduv geen spoIVCA kodeerib sait-spetsiifilist rekombinaasi. K C-terminaalne osa on kodeeritud spoIIIC geeni poolt, mis paikneb sigma faktori N-terminaalset poolt kodeerivast geenist 42 kb kaugusel. Sait- spetsiifiline rekombinaas katalüüsib nende 2 regiooni liitumist geeniks sigK. Rekombinatsiooni käigus deleteerub vahepealne 42 kb-pikkune DNA lõik. sigK kodeerib prekursorvalku, mis protsessitakse aktiivseks valguks. Seejärel aktiveeritakse K moduloni geenid, millest paljud on seotud spoori kesta sünteesiga. 35
Nimelt on näidatud, et SeqA-defektsetes mutantides toimub GATC saitide metüleerimine oriC piirkonnas varem kui metsiktüüpi bakterites. Replikatsiooni terminatsioon ja tütarmolekulide dekatenatsioon terC ja terB blokeerivad replikatsioonikahvli liikumist vasakult ning terD ja terA paremalt. Nende kahe regiooni vahe on 275 kb. ter järjestused seovad valku Tus, mis blokeerib replikatsioonikahvli liikumiseks vajaliku helikaasi töö. Rekombinatsioon dif saitidest Xer rekombinaasi toimel tagab tütarmolekulide teineteisest eraldumise, dekatenatsiooni. Vajalik on ka DNA güraasi ja topoisomeraasi IV juuresolek. Tütarkromosoomide jaotumine Septumi moodustumine raku pooldumiseks toimub siis, kui raku pikkus L (E. coli puhul on see 2,8 µm) on kahekordistunud (2L). Tütarkromosoomid liiguvad teineteisest kaugusele 1L. Üks võimalikke jaotumisprotsessis osalevaid valke on MukB - 177 kDa suurune valk, mille ennustatud sekundaarstruktuur sarnaneb müosiini raskele ahelale
Heptameeri lõppjärjestus on ühinenud täpselt pea pea vastu viisil ja on tekkinud signaalühendus (signal joint). V ja J segmendid, mis jäävad kromosoomi, ühinevad kodeerumisühenduseks (codering joint). Ensüümide kompleksi, mis üheselt teostab somaatilist V(D)J rekombinatsiooni, nimetatakse V(D)J rekombinaasiks. RAG-1 ja RAG-2 on rekombinatsiooni aktivatsiooni geenid, mis sisaldavad lümfotsüüdi-spetsiifilisi rekombinaasi komponente. See paar geene on ekspresseeritud lümfotsüütidel, kuna nad on ühinenud antigeeni retseptoritega. RAG proteiinid ei ole ainsad ensüümid. Veel on tähtsad DNA ligase IV, DNA-PKA, KU, endonukleaasid jne. RAG-1 j RAG-2 ühilduvad spetsiifiliselt RSS-dega. RAG-1 tunneb ära spetsiifilise nanomeeri RSS-s. Endonukleaas aktiveerib RAG proteiini kompleksi, mis teeb kaks eraldi seisvat DNA katki 5` juurest, jättes vabaks 3´- OH grupi
annaabi.ee 
